-
DNA density-dependent uptake of DNA origami-based two-or
three-dimensional nanostructures by immune cellsTatsuoki Maezawaa,
Shozo Ohtsukia, Kumi Hidakab, Hiroshi Sugiyamab,c, Masayuki Endob,
c, Yuki Takahashia, Yoshinobu Takakuraa, Makiya Nishikawaa,d*
a Department of Biopharmaceutics and Drug Metabolism, Graduate
School of Pharmaceutical Sciences, Kyoto University, Sakyo-ku,
Kyoto 606-8501, Japan
b Department of Chemistry, Graduate School of Science, Kyoto
University, Sakyo-ku, Kyoto 606-8502, Japan
c Institute for Integrated Cell-Material Sciences, Kyoto
University, Sakyo-ku, Kyoto 606-8501, Japan
d Laboratory of Biopharmaceutics, Faculty of Pharmaceutical
Sciences, Tokyo University of Science, Noda, Chiba 278-8510,
Japan
The manuscript was written through contributions of all authors.
All authors have given approval to the final version of the
manuscript.
* Corresponding Author Tel: +81-4-7121-4450; Fax:
+81-4-7121-4450;
Email: [email protected]
Electronic Supplementary Material (ESI) for Nanoscale.This
journal is © The Royal Society of Chemistry 2020
mailto:[email protected]
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Supplementary Table S1. Staple lists of five DNA
nanostructures.
Rec180Name Sequences (5′ 3′)Rec180-1
TTTTGGGGTGAACATATTGACTGAGAGATTTARec180-2
TAGAATGAGGTTGGCAAGTTAACAGACTTTAC*Rec180-3
TGTTATTGTCTTTTGGGCTTCTATATACATTTRec180-4
TTCTTTCCCATTTTGTTCTACAAGTCTGTTTCRec180-5
TAAATCTTGATATTTACTCACTGTRec180-6
TTATTTATGCTTAATGGAATTATACAGCCAGTRec180-7
AGGTATCAAAAATACATATGATAAATTAAGATRec180-8
AGGTCACTTGTAAAATGCCATATTCAAAAATCRec180-9
TGAGCTCTTCTAAAAAAGAAAAAGTCTCCATTRec180-10
CTATCCCCATTTTTTACATATAAATTTTGTGTRec180-11
TCAGGTCACAGAGAGCTGAACAAAATTCCATACCACATTTRec180-12
TATGCACATGGGTAGTGTGATAAAAACAGCTTRec180-13
CTTTAAGGATTCAATTAGTTCTTATTTTTCATRec180-14
TTTCCCATTACATATATCAATGGGAATATTTTRec180-15
CCTGTTTTACTCTATTTTATCAGCGTGGAACARec180-16
TCACATGCCTAAACCCTCATGGCTAAGCTCTCRec180-17
CAGCAGTTGTTTAATGTACTAAGCAAATCAGCRec180-18
TCTAAAAGTGATGGCATGCTTCTATGTACTAARec180-19
TAGACTTAGTCATAAGAAATTTTTCTATGGCCRec180-20
GTATGGTATAACAATCTTTTCTTTTTTTAAAARec180-21
AAGCTCTCCAGATGAAAACCAAGAAATATGTTRec180-22
TTAATGAACTTAGAGATAATTTTAATCTATCARec180-23
GCTCTCATCAACCTGTTGATAGTATATTATTTRec180-24
TGAAGTCTATTTAAAGTTTTGCCTATCATCATRec180-25
GACTTTGATAATTCACTGGAATTTTATATTTCRec180-26
ATGTTTGAGGTTTCCTAGGTTATCCAGGGCAARec180-27
AACTTAAAAAAAGAATATATAAGGCAATCTCTRec180-28
GTGTTGCACATATTACAATTCTCTAAGTTTTARec180-29
TGACTTTTTACTGATTTGTAAGACCAATGATARec180-30
ATAAGTCTATCTGTTCAAATTTTTTTCTCATGRec180-31
TGCTCCTCTCATGTTTCATGTACTAATGTACT
-
Rec180-32 GGTTTTAAACAATAAAATTAATATTCTCATGTRec180-33
TAAGAAAATAGCCTCTAAGGTTTTTTACTGGGRec180-34
ATAATCTGAATATTTTCTGTCATTCTCTACACRec180-35
TTATTTTTCTTAATGGTTTTTTAAGTGGTTAGRec180-36
ACTCTCTCAGTCCTCTCACCCACACAGGGTGARec180-37
GTCATGGCCCACCTCACTCCACTCAGTCATCCRec180-38
TATTTCTCCACAGATGTTACTTAGCTGAAGTTRec180-39
GTTCTCTGGTTTAATTGTCAACTACACATCCCRec180-40
TGTAATGATGTATTATACTATGCATGGTCAACTTGGCCATRec180-41
AGGGTGTTTGCCTGCTGGGTCTCTCTCAGTCCRec180-42
GCTCATCCCCCCAGGGCTGCTCTCCTTTTAAARec180-43
GGTGGAGAAGGGCCACTGGCATCCCCTTTTAARec180-44
AATTAAGCTAATTTAGTGTATATGTTCTTTTTRec180-45
ATGCCAATATTTCTGAGATTGAGTGTCTAGTTRec180-46
CATCATCTCTGACCACACCTGCAAAGCATACARec180-47
TCCACAAAATCTCTGGAGAACCCCAACCTGTCRec180-48
AGTCCAGAACTCAACAGCTCCAGCCCTGTTTT*Rec180-49
TGGCTGTGAGCACTGGGACAGCACGATATACTRec180-50
GGACTGCTGAGATGAACCCAAGCC
Rec90
Name Sequences (5′ 3′)Rec90-1
TGAACATATTATTTATTGGGTAGTCTATCATARec90-2
TTTAAAGGGTTTCATGTGAACTAAACCCTCATGGCTAATGRec90-3
TAAATCTTGATATTTAGTGGAACATTCTTTCC*Rec90-4
TGTTATTGTCTTTTGGGCTTCTATATACATTTRec90-5
ATGTTTAATACTAAGCTCTCATGTTTGAACAAAGAAAAAARec90-6
ACACTGAACTCTTTACTGGGGTGTRec90-7
CCCCAACCTTTTAATTAAGCAGGGCCACTGGCRec90-8
TCCCATTGTTATTTTCTAAAAGATTTTTCTCTRec90-9
AGGTCACTTACATATACATCATTTRec90-10
TTAGGACTCATTCTATGGCCTGACTTTTCTTATCTTTCAT
Rec90-11TAGAATGAGGTTGGCAAGGTATCAATTCAATTAGTTCATTTTTTTCAT
Rec90-12 CAATGTTTTTTCTCTAATTTAGTGATTTTTGT
-
Rec90-13 ACCTGATGCTTCTATATAAAATGCCATTTACA
Rec90-14CAGAGAGCTGAACAAAGAGATTTATTGACTGAATTCCATACCACATTT
Rec90-15 TGCAAATAATTTTTTACTGATTTGACTTAGCCRec90-16
ATGCAATCTAATTAACAATCTTTTATTCACTGGAATTTTTTTGTGTGT
Rec90-17TGATAAATGTGATAAAGACTTTACAGTTAACAAACAGCTTTTTTGGGG
Rec90-18 AATGTACTTAGAGATAATTTTAATAATACATARec90-19
GTTTTATATAAAATTATCATGTTTRec90-20
CAGAACTCAACAGCTCCAGCCACATACTATGCRec90-21
AGAGTTTCATGGTTTTTTAATTTTRec90-22
CTGTTCAATATATGCAATGATAGTTTATACTARec90-23
GAGTTGTATCTCTGATTTCTGAGAGATTATTT
Rec90-24ATCCCTGAAGTTGGTGGAGACCACTCTCTCCCCCAGGGCTGGTTTTAA
Rec90-25 AAAAAGATTCAATGGGTCTGTTTCTCTACAAGAATATTTTRec90-26
ACTCAGCAGTGACATCATCTCTGACCACACCTRec90-27
TAAGCATATTACAATTGTCTTGATGGCTTGAT*Rec90-28
GCAAAGTCATCCTCCACAAAATCTCTGGAGAARec90-29
CATGGCCACAGATGTTTAAGACTTCTTTTTATRec90-30
AGTATGTACTAAGCTCATATAAATCAGCAACTRec90-31
AAAATCCTTTAAGGAATAAGATCAGCAGTTCARec90-32
TAAGAAATTTAAAGTTTTGCCTTCTAAAAAAGRec90-33
AAAGTGCACTCTCACCCACACCCACCACCTGGRec90-34
CCTTTTATTTTTTACATATAAATATTATCAGCCTCACTGTCTATCCCCRec90-35
TCCTGGACTGCTGAGATGAACAGGTACAGCTC
Rec90-36TGCAGATATCCCTGGCTGTGAGCACTGGGACAGCACTGGTCCTATAGT
Rec90-37 TGCACAGCGCCAGTTCACATGCCTAAGCTCTCRec90-38
AAGAATATGTCTCTCAGGGCAAACCTCACTCCRec90-39
ATCCAGTCCACAGTTGCCTGCTGGATAAGGCTRec90-40
TGTACTAAGCTCTCATTTTTAAGGTTTCCTAGTCTGCCACRec90-41
TTTTAATAAATTGTCAACTACCTGTGTCAGTCRec90-42
CATTTTGTTGAGCTCTACTCTATTTATTTCCCRec90-43
TGTTTTTCTCCATTTAGACTTATACTTTGTGG
-
Rec90-44GAAGTACAGATGAAAACCAAGACATTAATGGAATTATAAATATGTTTC
Rec90-45 CTAGTTTTTTTTCTGTTTGAGTCARec90-46
AATCTATAGCCTCTAAGCTCTCCAATCTCTGT
Rec50
Name Sequences (5′ 3′)Rec50-1
GCAGGAGATGTTACTTACTTCTTTTTATAATCRec50-2
TTTTATTTCTGTCATTCAGTCATAARec50-3
TGTTGCTTCTATATTAAAAATGCCATATACAA*Rec50-4
TTGTTATTGTCTTTTGGGCTTCTATATACATTRec50-5
CTGAAGTCTACTGGGGTGTTGCAARec50-6
GTTTAATTTCTAATTTAGTGTATATTGTCTAGRec50-7
TTAGAATGAGGTTGGCGGTATCAATTCAATTAGTTCTTTTTTTTCATARec50-8
ATATATAACTCAGGGCAAACTCTCCTCCACTCRec50-9
TAAATCTTGATATTTAGTGGAACATTCTTTCRec50-10
TTTCTCTTTTTTTTAATTTTAAAARec50-11
AACCTGTCAATTAAGCCACGCCACTGGCATCCRec50-12
AGATTACAATTCTCTTTTGATGGCATGATAGTRec50-13
AAGGTTTTCATGTACTAACTAAACCCTCATGGCTAATGTACTRec50-14
GGACTTTGTATGGCCTGACTTTTCTTAATGGTCATCTGTRec50-15
GGACTGCTGAGATGAACAGGGTGAGCTCATCCRec50-16
AAAAGATCCAATGGGTCTGTTTCTTTCTACAAGAATATTTRec50-17
GTTTTTCTATTTAGACTTATAATTTGTGGTTARec50-18
GTGAACATTATTTATTGGGTAGTGTATCATATRec50-19
AGTCCTCTGTTGCCTGCTGGGTCTGGCTTTTARec50-20
ATGTACTAAGCTCTCAAATCAGCAACTTAAATRec50-21
GGTCACTTACATATATATCATTTTRec50-22
GTACTAAGAGATAATTTTAATTAAATACATAT*Rec50-23
AGTCATCCTCCACAAAATCTCTGGAGAACCCCRec50-24
ACTCAACAGCTCCAGCCACATCCCATGCCAATRec50-25
GAAATTTTAAGTTTTGCCTTCTCCAAAAAAGARec50-26
CTAAGCTCTCATGTTTAAGGTTTCCTAGGTTACCACAAAGRec50-27
AAATCCTTTAAGGAAAGATCAGCAGTTCAACCRec50-28
GATATACTTGGCTGTGAGCACTGGGACAGCACTGGTCAACTAGTGAG
-
T
Rec50-29CTGAAGTTGGTGGAGACCACCTCATCCCCCAGGGCTGCTCTTAAGTTT
Rec50-30 GCACAGCTAGTTCACATGCCTTAGCTCTCATGRec50-31
TCAAATTTTGCAATGATAGTTCTCACTATGCA
Rec50-32AGTACAGATGAAAACCAAGACAGCCTAATGGAATTATAAATATGTTTCAG
Rec50-33 TGCATCCTCTAAGGTTTCCAATCTCTGTCATG
Rec50-34GATAAATCTGATAAAGACTTTACAAAGTTAACAAACAGCTTTTTTGGG
Rec50-35 AATATTTCGTCAACTACCTGTTTTAGTCCAGARec50-36
TGCACACACACCCACACCCAAGCCCTGGTCCT
Rec50-37CAGAGAGCTGAACAAAGAGATTTATATTGACTGAATTCCATACCACATTT
Rec50-38 AGCATACACATCATCTCTGACCACACCTGCAARec50-39
CCATTTTGGAGCTCTACTCTATTTATTTCCCTRec50-40
TTTAATGAAGCTCTCATGTTTGAACAATAAAAAAAAAGARec50-41
CCCATTGTTTTTCTAAAAGATTTATCTCTACARec50-42
TGTATTATTGATTTCTGAGATTGAATTTAGAGRec50-43
TTTTATTTTTTACATATAAATATTATCAGCCTCACTGTCTATCCCCRec50-44
TATAAGAAATTAATATATGTTTAATRec50-45
AATCTAATTAACAATCTTTTCTTCACTGGAATTTTTTTGTGTGTATRec50-46
ATATTTTTTTACTGATTTGTAAGAGCCTTTT
Rec0
Name Sequences (5′ 3′)Rec0-1 GTATGGTATAACAATCATAAGTCTRec0-2
GGGCAAACGGCACCACCTGGTCCTGTGACATCATCTRec0-3
AGGTATCAAAAATACATATGATAAATTAAGATRec0-4
TTCTTTCCCATTTTGTGCACTGGTTTTTAATTRec0-5
TATGCACATGGGTAGTGTGATAAAAACAGCTTTTTTRec0-6
AAGGTTTTAAGTTGGGTGCTTCTATGTARec0-7
TGTTGTCATCTCTCCCCCAGGGCTGTTATCCTRec0-8
GCCATATTCAAAAATCCTTTAAGGATTCAATTRec0-9
TCTTTTTATCTATGGCCAAATTTTTCTCTACAC
-
Rec0-10 TTAATATTTCTACCACCTCACTCCACTCAGCATGTCAGTCRec0-11
TCATGTTTCATGTACTCTCCTCTGCCACAAAGGTCTCTCARec0-12
TTTTTTAAATTTTTTACTGATTTGTTGAGTTT*Rec0-13
CAGAACTCAACAGCTCCAGCCACATCCCTGGCRec0-14
CTGTCATTAATCTGCATATTACAATATATGCARec0-15
TCTAAAAGTGATGGCAGTGTTGCAAATATTTTRec0-16
TAGACTTAGTCATAAGTGACTTTTCTTAATGGRec0-17
AGTTCTTATTTTTCATAGGTCACTTGTAAAATRec0-18
ATCTCTGGAGAAAGTTAACAGACTTTACRec0-19
GACTTTGATAATTCACTGGAATTTTATATTTCRec0-20
CAGTCCTGAAGCTCTCTCATGGCTAATGTACTRec0-21
AAGCTCTCCAGATGAAAACCAAGAAATATGTTRec0-22
TTATTTATGCTTAATGGAATTATACAGCCAGTRec0-23
CCATGATGGCCCTCCTGATATTTACTCACTGTRec0-24
ATCTCTGTCTCTCACCCACACCCAATCCTCCACAAARec0-25
TTTCCCATTACATATATCAATGGGAATATTTTRec0-26
TGAAGTCTATTTAAAGTTTTGCCTATCATCATRec0-27
AAGCCACATCTCTGATTTCTGAGATAAGACTRec0-28
TAAATCTTATAGTGAGTACTATGCRec0-29
TTTAAAGGAAATCAGCTACTAAGCTCTCATGTRec0-30
CCTGTTTTACTCTATTTTATCAGCGTGGAACARec0-31
ATGATAGTGATGTTACTTAGCCTTRec0-32
TAAAATTAATATTTTTAAGGTTTCCTAGGCTCTCCARec0-33
TAGAATGAGGTTGGCACCCCAACCTACAGCTCRec0-34
GGGGTGAACATAGCAAAGTCAGCCAGGGRec0-35
TCACATGCCTAAACCCATGTTTGAACAARec0-36
CTCATGTGAATTGTCAACTACCTGCAACTTGGRec0-37
AAGAATATGCATCCCTGAAGTTGGTGGAGCTARec0-38
CAATGTTTTAATGATTATTTAGAGATTTTTGTRec0-39
CTAGTTTTTTTTAAAATTTTCTTTGTGGTTAGRec0-40
TTAATGAACTTAGAGATAATTTTAATCTATCARec0-41
TGTGAGCACTGGGACATCTACAAGTCTGTTTCRec0-42
TGAGCTCTTCTAAAAAAGAAAAAGTCTCCATTRec0-43
ATTTAGTGTTCTCTTTACTTTATAAGAAAAAARec0-44
CTATCCCCATTTTTTACATATAAATTTTGTGT
-
Rec0-45 CAGCAGTTGTTTAATGAACTTAAATAGCCTCTRec0-46
CTGACCACACCTTTGACTGAGAGATTTA*Rec0-47
TGTTATTGTCTTTTGGGCTTCTATATACATTTRec0-48
TCAGGTCACAGAGAGCTGAACAAAATTCCATACCACATTTRec0-49
CTAAGCTCTCATCAACCTGTTGATAGTATATTATTTRec0-50
ATCCAGTCCATGGCAGGGCCACTGATAAGGCT
Rec50/50
Name Sequences (5′ 3′)Rec5050-1
TGATATTTAGTGGAACATTCTTTCCTCTATTTRec5050-2
CTTAGAGATAATTTTATGTACTAAGCTCTCATAAATTAATRec5050-3
CTGCTGAGATGAACAGGGTGACATAGACCACCRec5050-4
TTCTATGGAGACTTCTTTGATAGTTRec5050-5
CAACAGCTCCAGCCACATCCCTGGAGTTGTAT*Rec5050-6
ACCACACCTGCAAAGTCATCCTCCAGCCACAGRec5050-7
ATTTAAAGTTTTGCCTAGAAATTTTTCTCTACTTCTGTCARec5050-8
GTTCAAATAAATAAGTRec5050-9 CTAAGCTCTATCCTCAGGGCAAACTRec5050-10
TTGTAAAATTTTCATAGGTCACTTGTCTTTTGRec5050-11
GATTTGTACCTGACTTTTCTTAATAGGACTTTRec5050-12
ATTGTCAATTTAGTGTATATGCAATTTATAATCTGCATARec5050-13
TTCTCTAACTACCTGTTTTAATTAACAAAATCRec5050-14
TGTCAGGCACCACCTGTCCAGTCCTCTCACCCCTGCTGGGRec5050-15
ATGTTTAAATTAAGATCCCTTTAAGRec5050-16
CTCTCCCCCTCAGCATACAGCTCAGTCCTGGARec5050-17
TTATACTGCTCTTAGTTTTTAATATRec5050-18
GAGTCATATCTCCATTTCCCTGTTTRec5050-19
GAAAATACACTTTACAGGTATCAAAGGTTGGCRec5050-20
TCTCTCAGTCCTGCTCCTCTGCCRec5050-21
TTCTAAAACTGTTTCTGAGCTCTACCATTTTGRec5050-22
ATTGACTGAATTCCATACCACATTAGAGAGCTRec5050-23
ATGGCAGGTCCCTGAAGTTGGTGGCATCTCTGRec5050-24
TAATTCACTGGAATTTTCTTTTCTTTGTGGTTGGTTTTTTRec5050-25
CAGATGAAAACCAAGACCTCATGGCTAATGTATTCATGTARec5050-26
TCTGGAGAACCCCAACCTGTCAGTAATGTTTA
-
Rec5050-27 AACTAAACCAGCCAGTTATATGCACRec5050-28
GAACAAAGGGAATTATAAATATGTTGAAGTARec5050-29
TGATAAAGATATGATAAATCTATCCACATGCRec5050-30
ATGTGGCAGCCACTTACTTAGCCTTTATAAGAAAAAAAARec5050-31
TCTCATGTCTAAGCTCRec5050-32 AATTTTAATTTTGTCTATCATGTGTRec5050-33
TCCTAGGTTCATGTTTGAACAATAGTTTAATGRec5050-34
CTCTGATTGCAGATATACTATGCCCCAGAACTRec5050-35
ATTAACAATTTTGTGTGTTCCCTTTRec5050-36
TATTTTTTTCACTGTCTATCCCCACTAAATCTRec5050-37
AATGATTATGGCCCTCCTATAGTGCTGTGAGCACTGGGACRec5050-38
TTACAATTGGGTGTTGCAAATATTACTGAAGTRec5050-39
TTCTACAAGAATATTTTTGTTATTACATATATRec5050-40
TATCAGCCACATATAAATATATTTAGACTTARec5050-41
GTTTATTTTGCCACTTACAAAAATAGCAGTTRec5050-42
CAACCTGTTGATTCTACATGCTAGTATGTACTCTAAGGTTRec5050-43
GAATATATGCAACTTAAATAGCCTAAGCTCTCRec5050-44
ATAAATCAAAGGCTTTTTCTCTGTCRec5050-45
CTTGATGGTATTATTTTTTTTCCCARec5050-46
TCACTCCACAGGGCTGCTCTCCAAAAAGGTTTTAAGGTT*Rec5050-47
GGCTTCTATATACATTTTAGAATGTTCAATTARec5050-48
TATACTATTCTGAGATTGAGTTTCGTTTTATTTTTTACTRec5050-49
AAGTTAACAAACAGCTTTTTTGGGGGGTAGTGRec5050-50
AGCTTAATAGATTTATTATTTATTGTGAACATRec5050-51
CAATGGGTAAGAAAAAGATCATCACTAAAAGAll ODNs have a phosphodiester
backbone. Modification with Alexa Fluor 488 at the 5-end is
indicated by asterisk (*).
-
Fig. S1caDNAno diagrams and helix arrangements of five DNA
nanostructures. The blue strands are the scaffold. (a) Rec180, (b)
Rec90, (c) Rec50, (d) Rec0, and (e) Rec50/50.
(a) Rec180
(b) Rec90
-
(c) Rec50
(d) Rec0
-
(e) Rec50/50