Nanodrop(Protocol( - Weber Labweberlab.byu.edu/Portals/105/Protocols/Nanodrop Protocol.pdfNanodrop(Protocol 9/25/2013TO((Purpose ......

Nanodrop  Protocol  9/25/2013  TO  

 Purpose  The  main  reason  to  run  a  nanodrop  is  to  find  the  concentration  of  your  DNA  (or  protein).  We  run  a  nanodrop  after  each  miniprep  cleanup  we  do  and  before  we  run  any  experiment  where  we  need  to  know  the  amount  of  DNA  we  have  (such  as  restriction  digests,  ligations,  etc.).    Protocol  

1.) Prep  your  DNA  you  wan  to  nanodrop  (miniprep,  PCR  cleanup,  gel  extraction,  etc.).  

2.) Assemble  all  tools  you  need:  a. 2.5  pipette  b. tips  c. DNA  sample  d. Blank  of  some  sort.  For  example,  if  you  eluted  DNA,  then  use  the  

elution  buffer  as  your  blank.  e. Marker  

3.) The  nanodrop  machine  is  in  the  Grose  lab.    

i.  4.) Turn  on  ND-­‐1000  

i.  5.) Load  2μL  of  ddH2O  to  wash.    

ND-­‐1000  

ND-­‐1000  

i.  6.) Exit  out,  blot  with  a  kimwipe,  and  reload  another  2μL  of  ddH2O  

i.  7.) Blot  and  Load  2μL  of  the  blank  8.) Now  you  are  ready  to  measure.  To  make  sure  you  are  correctly  calibrated,  

load  another  2μL  of  your  blank  and  hit  “Measure.”  This  measurement  should  not  be  off  by  more  than  1  ng/μL.  

i.    9.) Label  your  sample  under  “sample  ID”.  Blot,  load  2μL  of  your  sample,  and  hit  

measure.  Save  a  copy  of  your  graph  after  each  sample  under  the  “Weber”  folder  on  the  desk  top.  

 Notes  Your  280/260  measurement  should  be  about  1.80.    Samples  should  read  about  100-­‐300  ng/μL    Your  graph  should  look  like  the  graph  to  the  right.                

Load  Samples  Here  

Blot  to  Clean  

Measure,  Blank  

Nanogram  r

eading