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Il existe de nombreuses espèces bactériennes, qu’on peut classer d’aprèsquelques critères fondamentaux :
- morphologie des colonies- forme & taille des cellules- coloration GRAM- quelques caractères biochimiques simples d’orientation- mode respiratoire- mobilité
Croissance et maintien des µorganismes en laboratoire- aliments essentiels (acides aminés, peptides, bases nucléiques, sucres…),- éléments minéraux : fer, phosphore, soufre, magnésium,....-facteurs de croissance (sang, protéines, vitamines)
Système tampon pour éviter les variations importantes du pH
Milieu liquide ou semi-solide ou solide (agar)
Les milieux de culture
1-milieux complexes (ou riches) : composition chimique inconnue (croissance dela plupart des µorganismes)peptones (hydrolysats de protéines à partir digestion viande, caséine, soja,gélatine....) = source C et énergie
ex LB (Luria Broth), bouillon au soja
2-milieux synthétiques (ou minimums)composés chimiques purs (phosphate, azote, soufre....) en solution dans l’eauex milieu M9
Plusieurs espèces dans l’échantillon1- Isoler la bactérie d’intérêt2-Enrichir
Une espèce dans l’échantillon1- Enrichir
--> Morphologie des colonies
Morphologie des colonies
Couleur
Aspect (sec, gras, transparent…)
Les types de milieux de culture
Milieux solides pour l’isolement liquides pour culture de bactéries pures ou lors d’infection monoµbienne
2- milieux différentiels: distinction de différents groupes de bactéries(caractéristiques biologiques) = IDENTIFICATION
Mee propriétés biochimiques d'une bactérie pour commencer à l'identifier: étudedu métabolisme respiratoire, des glucides, des protéines, des lipides....
Les types de milieux de culture
Lac+ (colonies rouges)
Lac- (colonies incolores)
Utilisation du LactoseMacConkey utilisation --> "pH(indicateur coloré, rouge neutre)
Caractère fermentaire (2 &3) ou oxydatif (1) Dégradation Glu -->déchets acides (indicateur de pH, rouge de phénol) Production soit de CO2 soit de CO2 et H2 (insoluble)
Fermentation - +- + + +Production H2 - - - + +
test catalase (addition H2O2 )+: dégagement H2
milieu jaune d’oeuf!: hydrolyse des lipides
Bacillus +
E. coli -
Alcaligenes -
test uréase!:Production NH3 --> "pH (indicateurcoloré, rouge de phénol)
E. coli - Proteus vulgaris +
gélose au sang!: bactéries hémolytiques ounon
E. coli - S. aureus +
mobilité (0,5% agar)
Effet de l’oxygène
Pseudomonas, Acinetobacter,Neisseria
Campylobacter, Mycobacteriaceae
Entérobactéries (Escherichia,
Salmonella), streptocoques,staphylocoques
Bactéries intestinales (Bacteroides,
Fusobacterium, Clostridium) et florecommensale
Exemples
Accepteur final d’électrons lorsrespiration aérobie (réduit en eau)
Nécessaire à < 0,2 atm (PP < celle air)
Pas nécessaire, mais utilisé (switch)(oxydation des substrats et fermentation)
- milieux de culture dont la composition permet de mee une activité enzymatique: ß-galactosidase (ONPG), lysine décarboxylase (LDC), ornithine décarboxylase (ODC), uréase(URE)
- activité fermentaire est révélée avec un milieu type contenant un sucre, unindicateur coloré des changements de pH (fermentation sucre " pH)
Tests d’identification en microméthodeGalerie API20-E (Biomérieux)
plus sensiblesmesures photométriques en continu --> identification des principales bactéries isolées en pratique médicale en moins de 5 h
Systèmes automatisés
caractères morphologiques
caractères physiologiques et métaboliques
caractéristiques moléculaires :- composition en bases des AN (GC%)- amplification-séquençage gène codant ARN16S(phylogénie moléculaire : appareils de traduction sonttrès conservés, non échangés par transfertshorizontaux)- comparaison de protéines (séquençage, Ac)