Master 2 ème année Université Pierre et Marie Curie. Mention 6 (Spécialité Microbiologie) Parcours de Microbiologie Environnementale Le parcours de recherche de Microbiologie Environnementale est composé de 4 modules de 6 ECTS réalisés à l’Observatoire Océanologique de Banyuls entre le 15 octobre et le 7 décembre 2007 , et complété par une UE d’ouverture (6 ECTS) au choix de l’étudiant. UE de projet (UE 591) [15 – 26 octobre] Réalisation d’un rapport bibliographique en relation avec le stage de 2 ème semestre Cours : - Recherche bibliographique et gestion des références - Conseils à la préparation d’un rapport de stage, d’une présentation orale et d’un poster - Tenue d’un cahier de laboratoire B iodiversité des microorganismes marins (UE 555) [29 octobre - 9 novembre] Cours : - Techniques d’étude moléculaires de la biodiversité microbienne - Classification du monde microbien. Flux d’informations génétiques et biodiversité - Adaptations microbiennes aux environnements extrêmes et exploitation de la biodiversité microbienne TP : - Prélèvements en mer. Culture et isolement de souches bactériennes et de bactériophages - Hybridation in-situ, RFLP, SSCP, PCR temps réel, microscopie électronique à transmission - Bioinformatique : analyse de séquences P roduction, dégradation et transfert de la matière organique dans la colonne d’eau (UE 546) [12 novembre - 23 novembre] Cours : - Origines, caractéristiques et voies de dégradation de la matière organique dans les milieux aquatiques - Importance des différents flux de production et de respiration au sein du réseau trophique microbien - Contrôle par les ressources nutritives et phénomène d’eutrophisation TP : - Expériences de biodégradation de la matière organique et d’enrichissement en sels nutritifs - Mesures de la biomasse et de l’activité des bactéries et du phytoplancton. Bilan de carbone - Cytométrie en flux, radioincoporations, dosages chimiques (matière organique, sels nutritifs, O2) Q ualité des eaux littorales (UE 545) [26 novembre - 7 décembre] Cours : - Techniques d’épuration des eaux usées. Survie des bactéries entériques en eau de mer - Virus pathogènes et algues toxiques en milieu marin. Détection des agents pathogènes en mer - Conchyliculture et environnement. Pathologies microbiennes en aquaculture - Réglementation sur la qualité des eaux et des produits de la mer. Réseaux de surveillance TP : - Analyse de la qualité microbiologique des eaux, des sédiments et des coquillages - Techniques alternatives de détection de germes pathogènes (PCR sur gènes spécifiques, FISH et cytométrie scanner en phase solide, activité enzymatique et fluorimétrie) - Visites extérieures : station d’épuration, exploitation conchylicole, laboratoire de l’IFREMER Stage 2 ème semestre (5 mois) en laboratoire (Universités, CNRS, IFREMER, IRD, INRA) Contact : Observatoire Océanologique de Banyuls (http://www.obs-banyuls.fr) Philippe LEBARON ([email protected]) / Fabien JOUX ([email protected])
2
Embed
Mention 6 (Spécialité Microbiologie) Parcours de ... · - Adaptations microbiennes aux environnements extrêmes et exploitation de la biodiversité microbienne TP : - Prélèvements
This document is posted to help you gain knowledge. Please leave a comment to let me know what you think about it! Share it to your friends and learn new things together.
Transcript
Master 2ème année Universi té Pierre et Marie Curie. Mention 6 (Spéciali té Microbiologie)
Parcours de Microbiologie Environnementale
Le parcours de recherche de Microbiologie Environnementale est composé de
4 modules de 6 ECTS réalisés à l’Observatoire Océanologique de Banyuls entre le 15 octobre et le 7 décembre 2007, et complété par une UE d’ouverture (6 ECTS) au choix de l’étudiant.
UE de projet (UE 591) [15 – 26 octobre] Réalisation d’un rapport bibliographique en relation avec le stage de 2ème semestre Cours : - Recherche bibliographique et gestion des références - Conseils à la préparation d’un rapport de stage, d’une présentation orale et d’un poster - Tenue d’un cahier de laboratoire
B iodiversité des microorganismes marins (UE 555) [29 octobre - 9 novembre] Cours : - Techniques d’étude moléculaires de la biodiversité microbienne - Classification du monde microbien. Flux d’informations génétiques et biodiversité
- Adaptations microbiennes aux environnements extrêmes et exploitation de la biodiversité microbienne TP : - Prélèvements en mer. Culture et isolement de souches bactériennes et de bactériophages
- Hybridation in-situ, RFLP, SSCP, PCR temps réel, microscopie électronique à transmission - Bioinformatique : analyse de séquences
Production, dégradation et transfert de la matière organique dans la colonne d’eau (UE 546) [12 novembre - 23 novembre]
Cours : - Origines, caractéristiques et voies de dégradation de la matière organique dans les milieux aquatiques - Importance des différents flux de production et de respiration au sein du réseau trophique microbien - Contrôle par les ressources nutritives et phénomène d’eutrophisation TP : - Expériences de biodégradation de la matière organique et d’enrichissement en sels nutritifs
- Mesures de la biomasse et de l’activité des bactéries et du phytoplancton. Bilan de carbone - Cytométrie en flux, radioincoporations, dosages chimiques (matière organique, sels nutritifs, O2)
Qualité des eaux l it torales (UE 545) [26 novembre - 7 décembre] Cours : - Techniques d’épuration des eaux usées. Survie des bactéries entériques en eau de mer - Virus pathogènes et algues toxiques en milieu marin. Détection des agents pathogènes en mer - Conchyliculture et environnement. Pathologies microbiennes en aquaculture - Réglementation sur la qualité des eaux et des produits de la mer. Réseaux de surveillance TP : - Analyse de la qualité microbiologique des eaux, des sédiments et des coquillages - Techniques alternatives de détection de germes pathogènes (PCR sur gènes spécifiques, FISH et
cytométrie scanner en phase solide, activité enzymatique et fluorimétrie) - Visites extérieures : station d’épuration, exploitation conchylicole, laboratoire de l’IFREMER
Contact : Observatoire Océanologique de Banyuls (ht tp://www.obs-banyuls.fr ) Philippe LEBARON ([email protected]) / Fabien JOUX ([email protected])
Liste des laboratoires d’accueil de stages M2
Laboratoire d’Océanographie Biologique de Banyuls. UPMC-CNRS UMR 7621 Equipe Diversité et fonctionnement des écosystèmes pélagiques. http://www.obs-banyuls.fr/Index.htm Laboratoire d’Océanographie de Villefranche. UPMC-CNRS Equipe Diversité, biogéochimie et écologie microbienne http://www.obs-vlfr.fr/LOV/EMB/ Centre d'Etudes d'Océanographie et de Biologie Marine de Roscoff. UPMC-CNRS UMR7144. Equipe Plancton océanique ; http://www.sb-roscoff.fr/Phyto/ Laboratoire structure et fonction des systèmes hydriques continentaux. UMPC-CNRS UMR 7619 http://www.sisyphe.jussieu.fr/ Université de Pau et des Pays de l’Adour. Laboratoire d’écologie moléculaire http://www.univ-pau.fr/RECHERCHE/LEM/LEM/IndexLEM.htm Université Aix-Marseille III. Laboratoire de microbiologie géochimie écologie marines. UMR CNRS 6117 http://www.com.univ-mrs.fr/LMGEM/ Université de Savoie. Equipe microbiologie aquatique Université de Clermont Ferrand. Laboratoire de biologie des protistes http://www.protistes.univ-bpclermont.fr/ Université Libre de Bruxelles. Equipe écologie des systèmes aquatiques Institute of Marine Sciences (ICM), Barcelona, Spain. Department of Marine Biology and Oceanography http://www.icm.csic.es/ INRA. Thonon-les-Bains. Equipe microbiologie aquatique http://www.thonon.inra.fr/phyto/phyto-frame.htm Institut de Recherche pour le Développement. Centre de Nouméa, Nouvelle-Calédonie http://www.ird.nc IFREMER Nantes. Département "Environnement, Microbiologie et Phycotoxines" http://www.ifremer.fr/microbio/ IFREMER Sète. Laboratoire Environnement Ressources Languedoc-Roussillon http://www.ifremer.fr/lerlr/ Chemunex (Société de Biotechnologies spécialisée dans le diagnostic rapide en microbiologie) http://www.chemunex.com/ Eau de Paris. Département Qualité et Environnement
Exemples de stages M2 - Diversité des cyanobactéries et des cyanophages lors d’un bloom phytoplanctonique printanier - Etude de la diversité des communautés bactériennes et archéennes dans le lagon de Clipperton - Etude par MICROCARDFISH de l’impact des radiations solaires sur le bactérioplancton en Méditerranée - Effets de différentes limitations nutritionnelles sur la réponse de deux bactéries marines exposées au stress UV - Compétition entre dénitrification-ammonification du nitrate : influence des facteurs environnementaux - Identification et distribution des principaux groupes phylogénétiques bactériens dans l’Océan Austral - Caractérisation et description de nouvelles espèces bactériennes isolées d’écosystèmes marins - Détection des bactéries selon leurs activités physiologiques grâce à l’utilisation de sondes fluorescentes. - Etude des biofilms formés à la surface de matériaux au contact de l’eau potable ou d’une eau en cours de traitement - Impact des hydrocarbures pétroliers sur les communautés bactériennes marines - Relations phylogénétiques au niveau des taxons spécifiques et infraspécifiques du genre Ceratium - Influence de la microflore marine sur la mesure de l’activité β-D glucuronidase des Escherichia coli - Mécanismes moléculaires impliqués dans les proliférations de cyanobatéries toxiques du genre Microcystis - Diversité du phytoplancton en relation avec la variabilité des milieux lagunaires et côtier méditerranéens