Top Banner
NAMD Uygulama 2: VMD ile Taşıyıcı Membran Sistemi Kurulumu Murat ÇAVUŞ
19

Membran Sistemi Kurulumu - magum.hacettepe.edu.tr · Membran Sistemi Kurulumu ... topology top all 27 prot lipid. rtf #aliases x mcavus@mcavus: 0949 -"WORKSHOP/ magum/VMD/system-kurulum/sys

Apr 13, 2019

Download

Documents

vobao
Welcome message from author
This document is posted to help you gain knowledge. Please leave a comment to let me know what you think about it! Share it to your friends and learn new things together.
Transcript
Page 1: Membran Sistemi Kurulumu - magum.hacettepe.edu.tr · Membran Sistemi Kurulumu ... topology top all 27 prot lipid. rtf #aliases x mcavus@mcavus: 0949 -"WORKSHOP/ magum/VMD/system-kurulum/sys

NAMD Uygulama 2: VMD ile Taşıyıcı Membran Sistemi Kurulumu

Murat ÇAVUŞ

Page 2: Membran Sistemi Kurulumu - magum.hacettepe.edu.tr · Membran Sistemi Kurulumu ... topology top all 27 prot lipid. rtf #aliases x mcavus@mcavus: 0949 -"WORKSHOP/ magum/VMD/system-kurulum/sys

MAGUM 20-22.02.2013 MC

2a65.pdb: Eksik Rezidüler

Page 3: Membran Sistemi Kurulumu - magum.hacettepe.edu.tr · Membran Sistemi Kurulumu ... topology top all 27 prot lipid. rtf #aliases x mcavus@mcavus: 0949 -"WORKSHOP/ magum/VMD/system-kurulum/sys

MAGUM 20-22.02.2013 MC

2a65.pdb: Eksik Rezidüler

Page 4: Membran Sistemi Kurulumu - magum.hacettepe.edu.tr · Membran Sistemi Kurulumu ... topology top all 27 prot lipid. rtf #aliases x mcavus@mcavus: 0949 -"WORKSHOP/ magum/VMD/system-kurulum/sys

MAGUM 20-22.02.2013 MC

2a65.pdb: Bağlanma Durumunda İyonlar

Page 5: Membran Sistemi Kurulumu - magum.hacettepe.edu.tr · Membran Sistemi Kurulumu ... topology top all 27 prot lipid. rtf #aliases x mcavus@mcavus: 0949 -"WORKSHOP/ magum/VMD/system-kurulum/sys

MAGUM 20-22.02.2013 MC

2A65.pdb: Dimer

Page 6: Membran Sistemi Kurulumu - magum.hacettepe.edu.tr · Membran Sistemi Kurulumu ... topology top all 27 prot lipid. rtf #aliases x mcavus@mcavus: 0949 -"WORKSHOP/ magum/VMD/system-kurulum/sys

MAGUM 20-22.02.2013 MC

2A65.pdb: Protein Yönelimi

Page 7: Membran Sistemi Kurulumu - magum.hacettepe.edu.tr · Membran Sistemi Kurulumu ... topology top all 27 prot lipid. rtf #aliases x mcavus@mcavus: 0949 -"WORKSHOP/ magum/VMD/system-kurulum/sys

MAGUM 20-22.02.2013 MC

2A65.pdb: Psf Oluşturma

Page 8: Membran Sistemi Kurulumu - magum.hacettepe.edu.tr · Membran Sistemi Kurulumu ... topology top all 27 prot lipid. rtf #aliases x mcavus@mcavus: 0949 -"WORKSHOP/ magum/VMD/system-kurulum/sys

MAGUM 20-22.02.2013 MC

2A65.pdb: Proteinin Merkeze Taşınması

Page 9: Membran Sistemi Kurulumu - magum.hacettepe.edu.tr · Membran Sistemi Kurulumu ... topology top all 27 prot lipid. rtf #aliases x mcavus@mcavus: 0949 -"WORKSHOP/ magum/VMD/system-kurulum/sys

MAGUM 20-22.02.2013 MC

2A65.pdb: Lipidin Eklenmesi

Page 10: Membran Sistemi Kurulumu - magum.hacettepe.edu.tr · Membran Sistemi Kurulumu ... topology top all 27 prot lipid. rtf #aliases x mcavus@mcavus: 0949 -"WORKSHOP/ magum/VMD/system-kurulum/sys

MAGUM 20-22.02.2013 MC

2A65.pdb: Lipidin Merkeze Taşınması

Page 11: Membran Sistemi Kurulumu - magum.hacettepe.edu.tr · Membran Sistemi Kurulumu ... topology top all 27 prot lipid. rtf #aliases x mcavus@mcavus: 0949 -"WORKSHOP/ magum/VMD/system-kurulum/sys

MAGUM 20-22.02.2013 MC

2A65.pdb: Protein ve Lipidin Birleştirilmesi

Page 12: Membran Sistemi Kurulumu - magum.hacettepe.edu.tr · Membran Sistemi Kurulumu ... topology top all 27 prot lipid. rtf #aliases x mcavus@mcavus: 0949 -"WORKSHOP/ magum/VMD/system-kurulum/sys

MAGUM 20-22.02.2013 MC

2A65.pdb: Çakışan Lipidlerin Silinmesi

Page 13: Membran Sistemi Kurulumu - magum.hacettepe.edu.tr · Membran Sistemi Kurulumu ... topology top all 27 prot lipid. rtf #aliases x mcavus@mcavus: 0949 -"WORKSHOP/ magum/VMD/system-kurulum/sys

MAGUM 20-22.02.2013 MC

2A65.pdb: Su Tabakası Eklenmesi

Page 14: Membran Sistemi Kurulumu - magum.hacettepe.edu.tr · Membran Sistemi Kurulumu ... topology top all 27 prot lipid. rtf #aliases x mcavus@mcavus: 0949 -"WORKSHOP/ magum/VMD/system-kurulum/sys

MAGUM 20-22.02.2013 MC

2A65.pdb: Su Tabakası Eklenmesi

Page 15: Membran Sistemi Kurulumu - magum.hacettepe.edu.tr · Membran Sistemi Kurulumu ... topology top all 27 prot lipid. rtf #aliases x mcavus@mcavus: 0949 -"WORKSHOP/ magum/VMD/system-kurulum/sys

MAGUM 20-22.02.2013 MC

2A65.pdb: Su Tabakasının Sisteme Eklenmesi

Page 16: Membran Sistemi Kurulumu - magum.hacettepe.edu.tr · Membran Sistemi Kurulumu ... topology top all 27 prot lipid. rtf #aliases x mcavus@mcavus: 0949 -"WORKSHOP/ magum/VMD/system-kurulum/sys

MAGUM 20-22.02.2013 MC

2A65.pdb: İyon Eklenmesi

Page 17: Membran Sistemi Kurulumu - magum.hacettepe.edu.tr · Membran Sistemi Kurulumu ... topology top all 27 prot lipid. rtf #aliases x mcavus@mcavus: 0949 -"WORKSHOP/ magum/VMD/system-kurulum/sys

MAGUM 20-22.02.2013 MC

2A65.pdb: Sistemin Son Görüntüsü

Page 18: Membran Sistemi Kurulumu - magum.hacettepe.edu.tr · Membran Sistemi Kurulumu ... topology top all 27 prot lipid. rtf #aliases x mcavus@mcavus: 0949 -"WORKSHOP/ magum/VMD/system-kurulum/sys

MAGUM 20-22.02.2013 MC

2A65.pdb: İyonların Bağlanma Alanındaki Görüntüsü

Page 19: Membran Sistemi Kurulumu - magum.hacettepe.edu.tr · Membran Sistemi Kurulumu ... topology top all 27 prot lipid. rtf #aliases x mcavus@mcavus: 0949 -"WORKSHOP/ magum/VMD/system-kurulum/sys

MAGUM 20-22.02.2013 MC

2A65.pdb: Ligandın Bağlanma Alanındaki Görüntüsü