INSTITUT BIOSTATISTIKY A ANALÝZ Lékařská fakulta & Přírodovědecká fakulta Masarykova univerzita, Brno www.iba.muni.cz Aplikovan Aplikovan á á analýza dat v oboru analýza dat v oboru matematick matematick á á biologie biologie Kamenice 126/3, 625 00 Brno, Kamenice 126/3, 625 00 Brno, Czech Czech Republic Republic INVESTICE DO ROZVOJE VZDĚLÁVÁNÍ
31
Embed
Lékařská fakulta & Přírodovědecká fakulta Masarykova ... · PDF fileAnalýza experimentálních dat . Analýza klinických a....
This document is posted to help you gain knowledge. Please leave a comment to let me know what you think about it! Share it to your friends and learn new things together.
Transcript
INSTITUT BIOSTATISTIKY A ANALÝZLékařská fakulta & Přírodovědecká fakulta
Masarykova univerzita, Brno www.iba.muni.cz
AplikovanAplikovanáá analýza dat v oboru analýza dat v oboru matematickmatematickáá biologie biologie
There is redundant offer of measures, however There is redundant offer of measures, however without focus on small communitieswithout focus on small communities
Analýza dat o biodiverzitAnalýza dat o biodiverzitěě
Stochastic
modelsNiche
oriented
models
> 20 species
> 4 –
5 species
TokeshiTokeshi, J. , J. AnnualAnnual EcolEcol., ., 1990 1990 –– 19941994
Pi
= f(N,S,k)
Analýza dat o biodiverzitAnalýza dat o biodiverzitěě
--
modelovmodelováánníí
MatBiolMatBiol
a aplikovana aplikovanáá
analýza dat analýza dat
Biostatistika
Základy stochastického modelování
Vícerozměrné
metody zpracování
dat
Hodnocení
ekologických rizikEnvironmentální
aplikace
Analýza biodiverzity
Experimentální
vědyGenomika, proteomika
Klinické
studieKlinická
a populační
data
Ana
lýza
dat
na
PC
P
lánováníexperim
entů
Faculty of Science, Masaryk University, Brno
Faculty of Medicine, Masaryk University, Brno
Současný trend stochastické
analýzy dat
Od zobecněník individualizaci
Od zobecnOd zobecněěnníí
k individualizacik individualizaciPo
dílp
řeží
vajíc
ích
paci
entů
Čas
(měsíce)
0.0
0.2
0.4
0.6
0.8
1.0
0 20 40 60 80 100 120
p = 0,032 0.0
0.3
0.5
0.8
1.0
0 10 20 30 40 50 60
p = 0,001
Posun v mediánu přežití
múže být klinicky i statisticky
významný -
ALE nikdy se nebude týkat všech pacientů
Od zobecnOd zobecněěnníí
k individualizacik individualizaci
Člověk -
pacient
Léčba
Nádor
+ molekulárně biologická
data
Od zobecnOd zobecněěnníí
k individualizacik individualizaci
I. Vícerozměrná investigativní
analýza
III. Pravděpodiobnostní
predikce na individuální
bázi
II. Definice diskriminačních indexů/skóre
M / (A + 0.5)
(M + 0.3*KI-67) / (A + 8.5)
Di = 0.096.[PCNA] -
0.108.[KI] + 1.802.[M] -
1.688.[A] -
1.042
-1
1
-1 10
PC1 (60.47 %)
PC2 (
28.0
5 %
)
KI-67
bcl2
Apoptosis
Mitosis
Estim
ated
pro
babi
lity
of e
arly
rela
pse
Ratio M / (A + 0.5)
Regression95% confid.0.0
0.2
0.4
0.6
0.8
1.0
0.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5
M/(A+0.5) =1.0
P =0.50
Regression95% confid.0.0
0.2
0.4
0.6
0.8
1.0
0.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5
M/(A+0.5) =1.5
P =0.50Grade = 2Grade = 1
Index Mitosis / (Apoptosis + 0.5)
Typ
II. (36.4%)
Mitóza
(M)
Diploidní
nádor
Aneuploidní
nádor
0
0
Apoptóza
(A)
[0.69;0.45]
Typ
I. (13.1%) Typ
III. (35.6%)
Typ
IV. (14.8%)
Neregulovaný intenzivní
růst
Degenerovaný fenotyp
N =
565
nád
orov
ých
vzor
kůod
5 d
iagn
ostic
kých
skup
in
Definice čtyř
typů
tumorů
na základě
apoptoticko
–
mitotické charakteristiky I –
IV, s korelacemi k ploiditě
a dalším markerům
Plně
regulovaný
Regulovaný / regresivní
typ
Od zobecnOd zobecněěnníí
k individualizacik individualizaci
N =
565
nád
orov
ých
vzor
kůod
5 d
iagn
ostic
kých
skup
in
DFS
0.0
0.2
0.4
0.6
0.8
1.0
0 20 40 60 80 100 120 1400.0
0.2
0.4
0.6
0.8
1.0
0 20 40 60 80 100 120 140
OS
Typ II
Typ I
Typ IVTyp III
Čas (měsíce)
Od zobecnOd zobecněěnníí
k individualizacik individualizaci
Gene expression profiles
Discrimination
power
?
Association
with
clinical
data ?
Information
redundancy
?
S. Ramaswamy
et
al., Nature Genetics, January
2003
?
Analýza Analýza genomickýchgenomických
a a proteomickýchproteomických
datdat
Faculty of Science, Masaryk University, Brno
Faculty of Medicine, Masaryk University, Brno
Analytik dat jako vývojář software ?
Comprehensive presentations with comments and access to appropriate analytic tools
Comprehensive presentations with comments and access to appropriate analytic tools
Data browser -
analysis of individual parameters
Data browser -
analysis of individual parameters
Predefined user controlled analytic tools
Predefined user controlled analytic tools
SW SW solutionsolution
UkUkáázka produktu zka produktu
UkUkáázka produktu zka produktu
About project
News
Epidemiological Epidemiological analysesanalyses
Publications, reports
Software SVODAnalytic tools
tutorialIncidence and mortalityIncidence and mortality
Time trendsTime trends
Regional overviewRegional overview
Age analysesAge analyses
Clinical stagesClinical stages
International dataInternational data
Comparative standardsComparative standards
Comprehensive overviewComprehensive overview
Epidemiological Epidemiological analysesanalyses
http://www.svod.cz
PortalPortal
solutionsolution
Rozvoj studijního oboru „Matematická biologie“ PřF MU Brno je finančně
podporován prostředky projektu
ESF č. CZ.1.07/2.2.00/07.0318 „Víceoborová inovace studia matematická biologie“a státním rozpočtem České republiky