Licence Biologie-Biochimie - Troisième année Parcours Biologie des Organismes, des Populations et des Ecosystèmes (BOPE) Livret de l’étudiant 2013-2014
Licence Biologie-Biochimie -Troisième année
Parcours Biologie des Organismes, desPopulations et des Ecosystèmes (BOPE)
Livret de l’étudiant
2013-2014
Licence Biologie-Biochimie
Informations générales
OlivierRichard
(Secrétariat)+33238417099
Directeur des étudesDans le cadre de l'harmonisation européenne des cur-
sus universitaires (réforme LMD Licence-Master-Doctorat), les
mentions de Licence sont constituées de 6 semestres.
Parcours et objectifs
La licence mention � Biologie � Biochimie � a pour
objectifs de :
- former un public étudiant à toutes les disciplines de la
biologie : biologie générale animale et végétale, biologie cellulaire et moléculaire, génétique formelle
et des populations, physiologie animale et physiologie végétale, biotechnologies, écologie, biologie
des organismes et des populations.
- lui permettre ainsi d'acquérir des connaissances fondamentales et pratiques de niveau Bac+3
dans tous les secteurs techniques et scienti�ques des Sciences de la Vie, ces connaissances étant
indispensables à une poursuite d'études vers les Masters Recherches et Professionnels ou à l'inté-
gration dans le monde professionnel dans ce domaine.
- préparer au concours du CAPES Sciences de la Vie et de la Terre, via une insertion dans un
Master de préparation au concours du CAPES (exemple le Master MED-SVT d'Orléans)
- préparer au concours pour le Professorat des écoles, via une insertion dans un Master
de préparation au concours (exemple le Master MEEFA ESPE d'Orléans) mettre à disposition
les savoirs et les connaissances existants à l'Université d'Orléans dans le domaine des Sciences
biologiques.
La licence mention � Biologie � Biochimie � est organisée en 5 parcours :
� Le parcours � Biologie des Organismes, des Populations et des Ecosystèmes � (BOPE)
s'intègre dans le contexte actuel de l'essor des disciplines de l'écologie de la biodiversité et
de l'étude de l'environnement. Ce parcours permet aux étudiants d'approfondir leurs con-
naissances sur les inter-relations des êtres vivants, animaux ou végétaux, ainsi que les liens
avec leur environnement. Les mécanismes adaptatifs, évolutifs, physiologiques et génétiques
seront abordés au niveau des organismes et des populations. Pour ce faire, au-delà des con-
naissances théoriques, des études sur le terrain et en laboratoire, intégrant les outils modernes
de la biologie moléculaire sont proposées.
� Le parcours � Biologie Moléculaire et Cellulaire � (BMC) est destiné aux étudiants voulant
1
aborder le monde vivant, par ses aspects physiologiques, cellulaires et moléculaires. Ce
parcours permettra aux étudiants d'acquérir des connaissances en biologie moléculaire, en
biochimie structurale, en génétique, en biochimie, en biophysique en physiologie humaine et
animale et en immunologie. Les aspects pratiques permettront aux étudiants d'acquérir une
initiation au travail en laboratoire dans ces di�érents domaines. Un choix d'option de chimie
en semestre 6 peut aussi permettre à l'étudiant d'acquérir des connaissances spéci�ques à la
chimie bioorganique.
� Le parcours � Biologie et Biochimie du Végétal � (BBV) est spécialement conçu pour les
étudiants intéressés par le monde végétal et souhaitant se former de façon large aux disciplines
de la physiologie végétale, de la biologie moléculaire et des biotechnologies végétales, ainsi
qu'à l'écologie. Il recouvre ainsi partiellement les parcours BOPE et BMC. Ce parcours qui a
été ouvert aux étudiants durant le contrat précédent a montré qu'il correspondait parfaitement
aux attentes des étudiants � végétalistes �. Il permet par le jeu de la mutualisation des unités
de biologie végétale et de biochimie d'o�rir une formation originale dans ce domaine.
� Le parcours � Biologie Générale et Sciences de la Terre � (BGST) permet aux étudiants
d'approfondir leurs connaissances dans les domaines de la biologie et de la géologie pour être
en adéquation avec les programmes du concours CAPES-SVT. Le programme du CAPES
étant très vaste, ce parcours apportera une partie des connaissances nécessaires à l'étudiant,
le complément étant traité durant la première année du Master � enseignement � proposé à
Orléans.
� Le parcours � Pluridisciplinaire � (PLURI) s'adresse aux étudiants souhaitant obtenir un
niveau Bac+3 a�n de postuler aux concours de la fonction publique d'une part, mais surtout
intégrer les Master préparant au concours de professorat des écoles (comme celui proposé
par l'ESPE d'Orléans-Tours). Pour ce faire, des enseignements scienti�ques seront complétés
par des unités de mathématiques, de français et d'anglais et des enseignements proposés par
l'ESPE.
Conditions d'admission
Semestre 5 : Pour les étudiants inscrits dans le cursus, avoir obtenu au moins un des semestres
de première année de licence.
Pour les étudiants provenant d'autres cursus (Prépa, classes BTS, IUT. . . .) : Après examen des
dossiers par la commission d'équivalence.
Orientation et réorientation
L e choix du parcours en L3 se fera lors de la réunion de pré rentrée ou dans les jours qui
suivent cette réunion. L'étudiant pourra être aidé dans son choix par les directeurs des études.
Un changement de parcours reste possible entre les semestres 5 et 6. Toutefois la dénomination
d'un parcours ne pourra être inscrite sur le supplément au diplôme si les semestres 5 et 6 obtenus
par l'étudiant n'appartiennent pas au dit parcours. L'étudiant obtiendra donc la Licence mention
Biologie-Biochimie (sans spécialité ou parcours précisé)
Glossaire
Unités d'enseignement :
Ensemble d'enseignements comprenant des cours, TD, TP ou autres travaux personnels. Chaque
unité est a�ectée d'ECTS et fait l'objet d'un contrôle de connaissances.
Unités d'ossature : unités d'enseignement obligatoires correspondant à la formation de l'étudi-
ant dans la licence pour le parcours choisi.
Unités optionnelles : unités à choisir dans une sélection d'unités proposées pour personnaliser
son parcours.
Unités libres : UE permettant à l'étudiant de compléter sa formation (culture générale,
méthodologie universitaire, éléments de professionnalisation, stages, compléments de langue,
utilisation des ressources documentaires. . . ). Unités à choisir dans le livret des UE libres de
l'ensemble des composantes de l'Université.
Crédits ECTS (European Credits Transfer System = Système Européen de
Crédits de Transfert)
� A chaque unité d'enseignement (UE) est a�ectée une valeur en crédits qui correspond au
volume du horaire de l'unité. Les crédits sont attribués quand l'unité est validée (note > ou
= à 10/20).
� Chaque semestre validé correspond à 30 crédits. Une licence correspond donc à 180 crédits
(6 semestres).
� Ces crédits représentent une monnaie d'échange et sont :
� Transférables dans toute autre université européenne ;
� Capitalisables c'est-à-dire dé�nitivement acquis quelle que soit la durée du parcours de
l'étudiant.
Grade :
Les grades universitaires sanctionnent les divers niveaux de l'enseignement supérieur. Depuis le
décret du 8 avril 2002 ce sont : le baccalauréat, la licence, le master et le doctorat.
Diplôme :
A chaque grade correspond un titre ou un diplôme. Sont conservées les possibilités de délivrer
deux diplômes intermédiaires, ne correspondant pas à un des grades précédents :
� celui de maîtrise (correspondant aux 60 crédits ECTS des semestres 1 et 2 de master) �
(article 9 de l'arrêté du 25 avril 2002 relatif au diplôme de master),
� celui de DEUG (correspondant aux 120 crédits ECTS des semestres 1, 2, 3 et 4 de licence)
� (article 2 de l'arrêté du 23 avril 2002 relatif aux études universitaires conduisant au grade
de licence).
Ces deux derniers diplômes sont délivrés dans la mention retenue sans indication de
parcours ou de spécialité, mais accompagnés d'un � supplément au diplôme �.
Supplément au diplôme
(décret du 8 avril 2002 portant application au système français d'enseignement supérieur de la
construction de l'Espace européen de l'enseignement supérieur. Art. 2). C'est une annexe descriptive
au diplôme, destinée à assurer la lisibilité des connaissances et aptitudes acquises dans le cadre de
la mobilité internationale.
Equipe de formation :
Chaque mention de licence ou master est pilotée par une équipe de formation qui veille à
l'adéquation de l'organisation des études avec les objectifs �xés, organise l'évaluation générale des
formations et élabore un bilan annuel de la formation.
Conseil de Perfectionnement :
Equipe de formation élargie à des représentants étudiants élus et des personnalités du monde de
la recherche académique, du monde de l'entreprise et des enseignants en lycée (classes du secondaire
et de BTS). Réuni une fois par an, ce conseil, à la lecture des évaluations de la formation, fait évoluer
la licence pour l'adapter au monde socio-économique, de la recherche et aux formations antérieures.
Directeur des études :
En contact direct avec les étudiants et la scolarité de l'UFR, il anime l'équipe pédagogique.
Jury :
Constitué pour chaque semestre et présidé par le Directeur des études, il a en charge le recueil
des notes, l'établissement des moyennes et la validation du semestre. Un jury d'année réuni après
chaque session a en charge la délivrance de l'année et pour la L3 la délivrance �nale du diplôme.
Compensations :
� Pour chaque semestre, si la note globale moyenne est supérieure ou égale à 10/20, le semestre
est validé et lui sont associés 30 ECTS.
� La compensation annuelle s'organise dès la première session entre les deux semestres consé-
cutifs d'une même année universitaire : soit le semestre 5 avec le semestre 6.
Notes éliminatoires :
Pas de note éliminatoire en licence
Le semestre 5
Maquette des enseignements
Parcours Biologie des Organismes, des Populations et des Ecosystèmes
Intitulé ECTS CM TD CTD TP
Ossature
23ECTS
Biodiversité 5 4 4 40
Ecologie Fonctionelle 4 14 8 14
Evolution et adaptation
des angiospermes4 16 10 10
Lois de probabilités et estimation de
paramètres usuels3 24
Insertion professionelle 1 10 9
Bases anatomiques des grandes
fonctions animales3 14 10
Anglais 5 3 24
Di�erenciation
7ECTS
Croissance et développement des
végétaux4 24 12
Entomologie générale 4 14 10 12
Télédetection et cartographie végé-
tale3 2 10 12
Génétique quantitative 3 12 12 24
Maths prépa concours 1 3 24
UEL 3 20
SOL5BO01 BiodiversitéDurée�i1 48 h
Cours à 4 hTD à 4 hTP à 40 h
Semestre 5Objectifs+ Permettre à
l’étudiant dedécouvrir desmilieux naturels denotre région,participer àl’inventaire de lafaune et de la florepar la réalisationd’un herbierpersonnel et d’uneboite de référenced’insectes.
Langue(s)
Français
Parcours BOPE / BBV / BGST
Responsables Christiane Depierreux å [email protected]éraldine Roux å [email protected]
Pré-requis Bases en systématique des arthropodes, en écologie des peuplements et enmorphologie et reproduction des plantes.
Contenu
– Inventaire et diversité taxonomique des principaux groupes d’animaux. Floristique etsystématique du monde végétal. Clefs pour la détermination des taxons rencontrés.Mesure des indices de diversité.
– Observations sur le terrain (un groupe TP terrain encadré par deux enseignants) etanalyses en laboratoire (TP)
Évaluation5Coefficient 5ECTS
Méthode d’évaluation :Ecrit/Oral/TP
Modalités de contrôle des connaissances :à Première session : RNE et RSE : CC(Animal/Végétal) + CT (oral végétal/écrit
1h + oral Animal)à Session de rattrapage : RNE et RSE : CT Oral
Calcul de la note finale :à Première session : 50% CC + 50% CTà Session de rattrapage : 50% Animal + 50% Végétal
SOL5BO02 Ecologie fonctionnelleDurée�i1 36 h
Cours à 14 hTD à 8 hTP à 14 h
Semestre 5Objectifs+ Appréhension
théorique etpratique dufonctionnement desécosystèmes et del’impact desactivitésanthropiques sur lecycle du carbone etl’effet de serre.
Langue(s)
Français
Responsable Aurélien Sallé å [email protected]
Pré-requis Notions d’écologie générale.
Contenu
– Le fonctionnement des écosystèmes ; modalités des transferts de matières et d’énergie(puits, sources, zones de stockage), au travers des réseaux trophiques ; quelques dys-fonctionnements et leurs remèdes ; analyse d’un milieu en liaison avec une perturbation ;notion de pédologie.
– Un groupe de TP terrain encadré par deux enseignants
Évaluation4Coefficient 4ECTS
Méthode d’évaluation :Ecrit/Oral
Modalités de contrôle des connaissances :à Première session : RNE et RSE : CM(CT) + TP/TD (CT oral) 2h+20 minà Session de rattrapage : RNE et RSE : CM(CT) + TP/TD (CT oral) 2h+20 min
Calcul de la note finale :à Première session : 60% CM + 40% TD+TPà Session de rattrapage : 60% CM + 40% TD+TP
1
SOL5BO03 Evolution et adaptation des angiospermesDurée�i1 36 h
Cours à 16 hTD à 10 hTP à 10 h
Semestre 5Objectifs+ Acquérir les
connaissances surl’évolution etl’adaptation desplantes aux milieux.
Langue(s)
Français
Parcours BOPE / BBV / BGST
Responsable Christiane Depierreux å [email protected]
Pré-requis Notions d’organisation, d’anatomie et de reproduction des embryophytes.
ContenuEvolution et adaptation des végétaux au milieu : Compléments sur la reproduction et l’évo-lution de l’appareil reproducteur des angiospermes. Notions de classification. Adaptationsmorphologiques et anatomiques des végétaux aux différentes contraintes environnemen-tales. Perception des signaux de contrainte : lumière, température, gravité...Évaluation
4Coefficient 4ECTS
Méthode d’évaluation :Ecrit/TP
Modalités de contrôle des connaissances :à Première session : RNE et RSE : Ecrit (CT) 2h + TP (CC+CT) 1h30à Session de rattrapage : RNE et RSE : Ecrit (CT) 1h30 + TP (CT) 1h30
Calcul de la note finale :à Première session : 66% Ecrit + 33% TPà Session de rattrapage : 66% Ecrit + 33% TP
SOL5BO04 Lois de probabilités et estimations de paramètres usuelsDurée�i1 24 h
CTD à 24 hSemestre 5
Objectifs+ Acquisition de
connaissances debases en statistique.
Langue(s)
Français
Parcours BOPE / BMC / BBV
Responsable Franck Brignolas å [email protected]
ContenuNotion de variable aléatoire (VA) ; VA qualitatives, VA quantitatives discrètes et contin-ues ; principales lois de probabilité et leur utilisation en biologie ; estimation de paramètreset intervalles de confiance.Évaluation
3Coefficient 3ECTS
Méthode d’évaluation :Ecrit/Oral
Modalités de contrôle des connaissances :à Première session : RNE et RSE : CT (Ecrit) 1h30à Session de rattrapage : RNE et RSE : CT (Oral) 15 min
Calcul de la note finale :à Première session : 100% CTà Session de rattrapage : 100% CT
2
SOL5BO05 Bases anatomiques des grandes fonctions animalesDurée�i1 24 h
Cours à 14 hTP à 10 h
Semestre 5Objectifs+ Acquisition de
l’anatomie et del’histologie desgrandes fonctionsavantd’appréhender laphysiologie.
Langue(s)
Français
Parcours BOPE/ BMC / BGST
Responsable Valérie Altemayer å [email protected]
Pré-requis Avoir de bonnes bases en biologie cellulaire.
Contenu
– Cours : Organisation des tissus : tissus épithéliaux – conjonctifs – musculaires. De-scription anatomique et histologique des appareils : circulatoire – respiratoire – digestifexcréteur.
– TP illustration du cours à partir de préparations et de coupes histologiques – Etude del’organisation de tous les appareils présentés en cours chez une souris. Les TP pourrontêtre enseignés en anglais.
Évaluation3Coefficient 3ECTS
Méthode d’évaluation :Ecrit/Oral
Modalités de contrôle des connaissances :à Première session : RNE et RSE : CT (Ecrit) 1h30à Session de rattrapage : RNE et RSE : CT (Oral) 15 min
Calcul de la note finale :à Première session : 100%à Session de rattrapage : 100%
3
SOL5IP01 Insertion professionnelleDurée�i1 19 h
Cours à 10 hTD à 9 h
Semestre 5Objectifs+ Rendre actif la
démarche étudiantepour une insertionaprès la Licence(emploi, formationcomplémentaire,Master).Connaissance dutissu économiquedans le domaine desSciences de la Vie.Réflexion del’étudiant sur sonprojet personnel.Elaboration d’unCV niveau L, d’unedemande de stageniveau L.
Langue(s)
Français
Parcours BOPE / BMC / BBV
Responsable Olivier Richard å [email protected]
Contenu
– (4h par des intervenants du domaine) Découverte de l’entreprise privée (dans le do-maine des Sciences de la Vie) : rôle économique, organisation, fonctionnement, typesde métiers, modes de recrutement, droit du travail (4h par des intervenants du do-maine) Découverte de l’entreprise publique (dans le domaine des Sciences de la vie :CNRS/INRA/Université etc ...) : statuts, buts, organisation hiérarchiques et carrières,modes de financement, modes de recrutement.
– Travail en groupe (TD groupe de 20) Initiation à la rédaction d’un CV, d’une lettre demotivation dans le cadre d’une demande de stage ou d’inscription en Master. Premièreapproche de la situation de l’entretien de recrutement (niveau L, objectif le stage oul’insertion en M1). Sensibilisation aux moyens pour rechercher l’information sur lesstages et les emplois (secteur privé). Utilisation des ressources en ligne sur les métiersde la fonction publique.
Évaluation1Coefficient 1ECTS
Méthode d’évaluation :Ecrit / Oral
Modalités de contrôle des connaissances :à Première session : RNE et RSE : CT(Ecrit) 1h30à Session de rattrapage : RNE et RSE : CT(Ecrit) 1h / CT (Oral) 15 min
Calcul de la note finale :à Première session : 100% CTà Session de rattrapage : 50% Ecrit + 50% Oral
4
SOL5AG35 Anglais 5Durée�i1 24 h
TD à 24 hSemestre 5
Objectifs+ Comprendre
l’informationexprimée dans desmessages complexessur le domaine desSciences etTechnologies ets’exprimer sur cemême domaine àl’écrit dans unregistre de langueapproprié.
Langue(s)
FrançaisAnglais
Parcours BOPE / BMC/ BBV / BGST / PLURI
Responsable Hervé Perreau å [email protected]
Pré-requis Avoir suivi Anglais 3 + 4 ou environ 500 heures de formation équivalente.
ContenuTravail de compréhension et d’expression à partir de documents authentiques longs et/oucomplexes, portant sur des innovations technologiques, des découvertes ou avancées sci-entifiques.Évaluation
3Coefficient 3ECTS
Méthode d’évaluation :Ecrit
Modalités de contrôle des connaissances :à Première session : RNE : CC 3h ; RSE : CT 1h30à Session de rattrapage : RNE et RSE : CT 1h30
Calcul de la note finale :à Première session : 100%à Session de rattrapage : 100%
SOL5BO06 Croissance et développement des végétauxDurée�i1 36 h
Cours à 24 hTP à 12 h
Semestre 5Objectifs+ Acquisition des
connaissances debase de laphysiologie dudéveloppement desplantes.
Langue(s)
Français
Parcours BOPE / BBV / BGST
Responsable Daniel Hagège å [email protected]
ContenuLes phytohormones (les principales familles, biosynthèse et dégradation, transport, rôlesphysiologiques, utilisations pratiques) - La graine : de la mise en réserve à la mobilisation -La germination - La floraison (vernalisation, photopériodisme, thermopériodisme, théoriesde la floraison, morphogenèse florale)Évaluation
4Coefficient 4ECTS
Méthode d’évaluation :Ecrit/TP
Modalités de contrôle des connaissances :à Première session : RNE : Ecrit CT 2h / TP CC ; RSE : Ecrit CT 2h / TP CT 1hà Session de rattrapage : RNE et RSE : Ecrit/TP CT 2h/1h
Calcul de la note finale :à Première session : Ecrit 66% + TP 33%à Session de rattrapage : Ecrit 66% + TP 33%
Références
Heller et al.-T1 et 2 (Dunod) ; Mazliak et al. (Hermann) ; Laval-Martin et Mazliak (Her-mann) ; Guignard- Biochimie végétale (Dunod 2000) ; Luttge, Kluge et Bauer, Botanique(Tec et Doc 1996) ; Anderson-Beardall : Molecular activities of plant cells. (Blackwell Sci-entific Pub.) ; Campbell : Biologie (De Boeck Université) ; Nultsch : Botanique générale(De Boeck Université) ; Taiz and Zeiger : Plant physiology (Sinauer) ; Buchanan, Gruissemand Jones, Biochemistry and molecular biology (Amer. Soc. Plant Physiol.)
5
SOL5BO07 Entomologie généraleDurée�i1 36 h
Cours à 14 hTD à 10 hTP à 12 h
Semestre 5Objectifs+ Connaître la
systématique desInsectes jusqu’àl’Ordre etsous-Ordre, lescaractèresmorphologiques etles grandesfonctions, et laplace des insectesdans le mondeanimal.
Langue(s)
Français
Responsable StéphanieBankhead-Dronnet
Pré-requis Caractères généraux des Euarthropodes.
ContenuMorphologie, anatomie et physiologie de l’insecte : appareil digestif et digestion, tissuadipeux, appareil excréteur et osmorégulation, appareil circulatoire, système trachéen etrespiration, systèmes sensoriels et nerveux, appareils reproducteurs. Développement post-embryonnaire, mue et métamorphoses. Physiologie du développement : diapause, contrôleendocrine. Systématique générale ; Eusocialité des insectes ; Insectes parasites.Évaluation
4Coefficient 4ECTS
Méthode d’évaluation :Ecrit/Oral
Modalités de contrôle des connaissances :à Première session : RNE : Ecrit CT 2h / TP CC ; RSE : Ecrit CT 2h / TP CT 1hà Session de rattrapage : RNE et RSE : CT(Ecrit+Oral) 2h+15min
Calcul de la note finale :à Première session : 75% Ecrit + 25% TPà Session de rattrapage : 60% Ecrit + 40% TP
SOL5BO08 Télédétection et cartographie végétaleDurée�i1 24 h
Cours à 2 hTD à 10 hTP à 12 h
Semestre 5Objectifs+ Utiliser les outils
de télédétectionpour leprétraitement,traitement d’imageset extraction del’information àpartir de donnéesde télédétection.
Langue(s)
Français
Responsable Cécile Vincent å [email protected]
Pré-requis Notions écologie, télédétection, botanique.
ContenuAcquérir des connaissances de base sur le mode d’organisation, la création, la gestionet l’analyse d’une base de données à références spatiales (Systèmes d’Informations Géo-graphiques). Comprendre les principes de base de la télédétection et les potentialitésoffertes par cette technique pour des applications environnementales. Application à uneétude de cas sur le terrain avec relevé floristique et mesures des variables environnemen-tales.Évaluation
3Coefficient 3ECTS
Méthode d’évaluation :Oral
Modalités de contrôle des connaissances :à Première session : RNE et RSE : CT Oral (E+TP) 15min+20minà Session de rattrapage : RNE et RSE : CT Oral 20min
Calcul de la note finale :à Première session : 50% + 50%à Session de rattrapage : 100%
6
SOL5BO09 Génétique quantitativeDurée�i1 24 h
Cours à 12 hTD à 12 h
Semestre 5Objectifs+ Montrer comment
l’analyse formellechez un organismene se limite pas auxcaractèresqualitatifs.
Langue(s)
Français
Responsable Arnaud Menuet å [email protected]
Pré-requis Génétique formelle de première année de Licence.
ContenuEtude de la transmission des caractères quantitatifs. Notions d’héritabilité. Illustration del’analyse des caractères quantitatifs chez l’homme. La sélection artificielle et les nouveauxoutils moléculaires. De la sélection naturelle à la dérive génétique.Évaluation
3Coefficient 3ECTS
Méthode d’évaluation :Ecrit/Oral
Modalités de contrôle des connaissances :à Première session : RNE : CC(TD) / CT(Ecrit+Oral) 1h+15min ; RSE :
CT(Ecrit+Oral) 1h+15minà Session de rattrapage : RNE et RSE : CT(Ecrit+Oral) 1h+15min
Calcul de la note finale :à Première session : RNE : 33% + 33% + 33% (TD+Ecrit+Oral) ; RSE : 50% +
50% (Ecrit+Oral)à Session de rattrapage : 50% + 50% (Ecrit+Oral)
SOL5MT16 Maths prépa concours 1Durée�i1 24 h
TD à 24 hSemestre 5
Objectifs+ Permettre à des
étudiants d’acquérirdes connaissancesutiles pour passerles concours d’accèsaux écolesnationalesvétérinaires(concours ENV-voie B), lesconcoursd’ingénieurs agro(concours ENSAvoie B) maiségalement certainsconcoursadministratifs.
Langue(s)
Français
Parcours BOPE / BMC / BBV - UE pouvant être prise au semestre 3.
Responsable Athanassios Batakis å [email protected]
Pré-requis Maths niveau BAC S, forte motivation.
ContenuAnalyse : étude des suites et fonctions. Intégration et fonctions différentielles.Évaluation
3Coefficient 3ECTS
Modalités de contrôle des connaissances :à Première session : CT 2hà Session de rattrapage : CT 2h
7
Le semestre 6
Maquette des enseignements
Parcours Biologie des Organismes, des Populations et des Ecosystèmes
Intitulé ECTS CM TD CTD TPOssature
19ECTS
Biologie des populations 5 24 12 12
Biologie évolutive et moléculaire 5 28 12 8
Anglais 6 3 24
Tranduction du signal chez les
plantes3 12 4 8
Tests statistiques 3 24
Di�erenciation
11ECTS(1
seulstageterrain
possible)
Fixation de l'azote et agroéconomie
végétale5 24 4 20
Physiologie humaine et comparée 5 34 14
Culture végétale in vitro 3 4 20
Microbiologiée appliquée 3 16 20
Neurosciences et physiologie expéri-
mentale3 6 6 24
Maths prépa concours 2 3 20
Stage Labo 3
Stage terrain : Diversité des algues
marines3 24
Stage terrain : Ecologie du terrain et
faune marine3 24
Détail des enseignements
SOL6BO01 Biologie des populationsDurée�i1 48 h
Cours à 24 hTD à 12 hTP à 12 h
Semestre 6Objectifs+ Appréhender les
modèles de base endynamique etgénétique despopulations.Comprendre lesproblèmes inhérentsà la conservation etaux invasionsd’espèces animaleset végétales.Compétencesvisées : capacité àlire et à comprendreles publications desrevuesinternationales,consacrées auxaspectsfondamentaux etappliqués de labiologie despopulations.
Langue(s)
Français
Parcours BOPE / BBV
Responsable Géraldine Roux å [email protected]
Pré-requis Ecologie générale ; Bases de la génétique formelle.
ContenuDynamique, génétique et évolution de populations d’animaux et de plantes. Applicationsaux domaines de l’exploitation (espèces non domestiques), du contrôle (espèces jugéesnuisibles, invasions) et de la conservation (espèces menacées d’extinction).Évaluation
4Coefficient 4ECTS
Méthode d’évaluation :Ecrit/Oral
Modalités de contrôle des connaissances :à Première session : RNE et RSE : CT : Ecrit 2h + Ecrit TP 1hà Session de rattrapage : RNE et RSE : CT : Ecrit 2h + Ecrit TP 1h
Calcul de la note finale :à Première session : E 66% + TP 33%à Session de rattrapage : E 66% + TP 33%
1
SOL6BO02 Biologie évolutive et moléculaireDurée�i1 48 h
Cours à 28 hTD à 12 hTP à 8 h
Semestre 6Objectifs+ Appréhender les
contraintesphylogénétiquesdans laclassificationévolutive desespèces. Maîtriserles principalesméthodes dereconstructionutilisées enphylogéniemoléculaire.
Langue(s)
Français
Parcours BOPE / BGST
Responsables Géraldine Roux å [email protected] Legrand å [email protected]
Pré-requis connaissance des plans d’organisations des animaux et végétaux.
ContenuLa réalité de l’évolution. Caractéristiques et mécanismes biologiques de l’évolution deslignées. Classification et phylogénèse : méthodes (cladistique, phénétique) et principes dela reconstruction phylogénétique (utilisation des logiciels PAUP, Mega). Notions d’évo-lution des génomes, d’horloge moléculaire, de duplication et pertes de gènes, élémentsmobiles (transposons), transferts horizontaux de gènes. Techniques de biologie molécu-laire liées à l’étude des génomes.Évaluation
5Coefficient 5ECTS
Méthode d’évaluation :Ecrit
Modalités de contrôle des connaissances :à Première session : RNE et RSE : CT : Ecrit 2h + Ecrit TP 1hà Session de rattrapage : RNE et RSE : CT : Ecrit 2h + Ecrit TP 1h
Calcul de la note finale :à Première session : E 75% + TP 25%à Session de rattrapage : E 75% + TP 25%
SOL6AG36 Anglais 6Durée�i1 24 h
TD à 24 hSemestre 6
Objectifs+ Comprendre
l’informationexprimée dans desmessages complexessur le domaine desSciences etTechnologies ets’exprimer sur cemême domaine àl’oral avec un degréde spontanéité etde fluidité (niveaueuropéen B2).
Langue(s)
Français
Parcours BMC / BOPE / BGST / BBV / PLURI
Responsable Hervé Perreau å [email protected]
Pré-requis Avoir suivi Anglais 5 ou environ 500 heures de formation équivalente.
ContenuTravail de compréhension et d’expression à partir de documents authentiques longs et/oucomplexes, portant sur des innovations technologiques, des découvertes ou avancées sci-entifiques.Évaluation
3Coefficient 3ECTS
Méthode d’évaluation :Ecrit/Oral
Modalités de contrôle des connaissances :à Première session : RNE : CC 2h (écrit/oral) / RSE : CT (écrit) 1hà Session de rattrapage : RNE et RSE : CT (écrit) 1h
Calcul de la note finale :à Première session : 100%à Session de rattrapage : 100%
2
SOL6BO03 Transduction des signaux chez les plantesDurée�i1 24 h
Cours à 12 hTD à 4 hTP à 8 h
Semestre 6Objectifs+ Connaissances
générales enagronomie.
Langue(s)
Français
Parcours BOPE / BBV
Responsable Daniel Hagège å [email protected]
ContenuPerception de l’environnement par les plantes (généralités)- Les récepteurs impliqués dansla perception ; Rôle des régulateurs à phosphorelais : les récepteurs à l’éthylène, les ré-cepteurs aux cytokinines, Rôle des LeucineRichRepeat Récepteur Kinases. Acteurs de latransduction et messagers secondaires : les protéines G hétérotrimériques, les petites pro-téines G, les protéines kinases, les phosphatases, les phospholipases, le calcium, l’AMPc,l’adénosine-diphosphate-ribose cyclique. Le système ubiquitine/protéasome.Évaluation
3Coefficient 3ECTS
Méthode d’évaluation :Ecrit/TP
Modalités de contrôle des connaissances :à Première session : RNE et RSE : CT : Ecrit 1h + TP 1hà Session de rattrapage : RNE et RSE : CT : Ecrit 1h + TP 1h
Calcul de la note finale :à Première session : E 66% + TP 33%à Session de rattrapage : E 66% + TP 33%
SOL6BO04 Tests statistiquesDurée�i1 24 h
CTD à 24 hSemestre 6
Objectifs+ Autonomie dans
l’analyse desdonnées.
Langue(s)
Français
Parcours BOPE / BMC
Responsable Franck Brignolas å [email protected]
Pré-requis UE Lois de probabilités et estimation de paramètres usuels (semestre 5).
ContenuUtilisation des outils statistiques classiques pour l’interprétation des résultats expérimen-taux et la conception d’expériences dans le domaine des sciences de la vie (écologie,physiologie, génétique, agronomie, médecine, etc.). Décisions statistiques relatives auxproportions, aux espérances et aux variances ; tests d’indépendance, d’homogénéité et d’a-justement ; tests non paramétriques ; plans d’expérience ; corrélation et régression linéairesimple.Évaluation
3Coefficient 3ECTS
Méthode d’évaluation :Ecrit/Oral
Modalités de contrôle des connaissances :à Première session : RNE et RSE : CT : Ecrit 1h30à Session de rattrapage : RNE et RSE : CT : Oral 15 min
Calcul de la note finale :à Première session : 100%à Session de rattrapage : 100%
3
SOL6BO05 Fixation de l’azote et agroéconomie végétaleDurée�i1 48 h
Cours à 24 hTD à 4 hTP à 20 h
Semestre 6Objectifs+ Acquisition des
connaissances debase de laphysiologievégétales.
Langue(s)
Français
Parcours BGST / BBV
Responsable Daniel Hagège å [email protected]
ContenuMétabolisme azoté et fixation symbiotique. Du blé au pain- De la vigne au vin. Sor-ties : utilisation des farines boulangères ; laboratoire de recherche sur la qualité des blés ;entreprise vinicole.Évaluation
5Coefficient 5ECTS
Méthode d’évaluation :Ecrit/TP
Modalités de contrôle des connaissances :à Première session : RNE : CT (Ecrit) 2h + CC (TP) ; RSE : CT (Ecrit 2h + TP
1h)à Session de rattrapage : RNE et RSE : CT (Ecrit 2h + TP 1h)
Calcul de la note finale :à Première session : E 66% + TP 33%à Session de rattrapage : E 66% + TP 33%
SOL6BO06 Physiologie humaine et comparéeDurée�i1 48 h
Cours à 34 hTP à 14 h
Semestre 6Objectifs+ Ce module
présente les notionsde base enphysiologie animaleet humainenécessaires pourune compréhensiondes mécanismesphysiologiques chezl’humain.
Langue(s)
FrançaisAnglais
Parcours BOPE / BGST
Responsables Olivier Richard å [email protected] Gomez å [email protected]
Pré-requis Bases anatomiques des grandes fonctions animales (semestre 5)
ContenuCompartiments liquidiens de l’organisme. Hématologie, bases d’immunologie. Physiolo-gie du système respiratoire : aspects anatomo-fonctionnels et régulations. Fonction-nement du système digestif, cheminement de l’aliment de la bouche à l’absorption in-testinale. Physiologie du néphron. Physiologie osseuse et de l’ossification. Introductionaux neurosciences : organisation du cerveau, activités du système nerveux central et pé-riphérique, bases de physiologie sensorielle. Introduction à l’endocrinologie : organisationd’une glande, physiologie hormonale. Physiologie de la reproduction : de la productiondes gamètes à la naissance ; liens entre système hypothamo-hypophysaire et gonades.Les travaux pratiques illustreront le cours sous formes d’ateliers expérimentaux, cer-taines des activités proposées pourront être enseignées en anglais. L’organisation généraleanatomique de l’animal, nécessaire pour la compréhension des aspects physiologiques, seraillustrée à l’aide du modèle murin.Évaluation
5Coefficient 5ECTS
Méthode d’évaluation :Ecrit/Oral
Modalités de contrôle des connaissances :à Première session : RNE et RSE : CT : Ecrit 2h (CM+TP)+ Oral 15 minà Session de rattrapage : RNE et RSE : CT Ecrit 2h (CM+TP)
Calcul de la note finale :à Première session : E 66% + Oral 33%à Session de rattrapage : 100%
4
SOL6BO07 Stage terrain : écologie du littoral-faune marineDurée�i1 24 h
TP à 24 hSemestre 6
Objectifs+ Apprentissage de
la reconnaissanced’organismesanimaux en rapportavec la diversité etl’écologie des sitesrencontrés lors dustage. Formation etpréparation auxcarrières del’enseignement.Préparation auxmétiers del’environnement età la gestion desécosystèmes.
Langue(s)
Français
Parcours BOPE / BGST
Responsable Géraldine Roux å [email protected]
Pré-requis Connaissance des groupes taxonomiques du règne animal.
ContenuTrois journées en Normandie consacrées aux organismes animaux de la zone intertidale,suivies d’analyses et de démonstrations au laboratoire. Ces études se font sur la based’excursions sur différents biotopes représentatifs du milieu (observation des organismeset de l’environnement, prélèvements d’échantillons) et sont axées essentiellement surla faune marine, les insectes et les oiseaux. Elles permettent la mise en relation entrebiodiversité et conditions du milieu. Les séances en laboratoire sont des démonstrations(systématique, dissection, morphologie comparée, etc...) à partir des échantillons récoltés.D’autres études sont réalisées in situ afin de déterminer la diversité, la répartition etla quantification des organismes représentatifs des variations du milieu (salinité, duréed’immersion ou d’émersion, nature du substrat...).Évaluation
3Coefficient 3ECTS
Méthode d’évaluation :Oral
Modalités de contrôle des connaissances :à Première session : RNE et RSE : CT 30 min (sur site)à Session de rattrapage : RNE et RSE : CT Oral 15 min
Calcul de la note finale :à Première session : 100%à Session de rattrapage : 100%
SOL6BO08 Stage terrain : diversité des algues marinesDurée�i1 24 h
TP à 24 hSemestre 6
Objectifs+ Identifier les
principales alguesdes cotes françaises.Réaliser un alguier.
Langue(s)
Français
Parcours BOPE / BBV
Responsable Christiane Depierreux å [email protected]
Pré-requis Connaissance des cycles biologiques des algues.
ContenuEtude sur le terrain (3 jours) des macroalgues benthiques. Observation des algues dansleur milieu naturel, identification des échantillons récoltés par analyse en laboratoire.Évaluation
3Coefficient 3ECTS
Méthode d’évaluation :CC + rapport + oral
Modalités de contrôle des connaissances :à Première session : RNE et RSE : CC(2) + CT Oral 30 minà Session de rattrapage : RNE et RSE : Pas de session de rattrapage pour le terrain
Calcul de la note finale :à Première session : CC 50% + CT 50%
5
SOL6ST03 Stage laboratoireSemestre 6
Objectifs+ Initiation au travail
de recherche enlaboratoire.
Langue(s)
Français
Parcours BOPE / BMC / BBV
Responsables Géraldine Roux å [email protected] Brulé å [email protected]
ContenuStage en laboratoire académique ou industriel dans le domaine du parcours envisagé. Ladurée est de 4 à 6 semaines (détails de l’organisation fourni durant le semestre 5, avecsignature d‘une convention de stage.Évaluation
3Coefficient 3ECTS
Méthode d’évaluation :Oral/Poster
Modalités de contrôle des connaissances :à Première session : RNE et RSE : CT Oral 20 min / CC Poster Appréciation / CC
Maître de Stage (MS)à Session de rattrapage : RNE et RSE : Pas de session de rattrapage pour les stages
Calcul de la note finale :à Première session : Soutenance 50% + Poster 35% + MS 15%
SOL6MT11 Maths prépa-concours 2Durée�i1 24 h
TD à 24 hSemestre 6
Objectifs+ Permettre à des
étudiants d’acquérirdes connaissancesutiles pour passerles concours d’accèsaux écolesnationalesvétérinaires(concours ENV-voie B), lesconcoursd’ingénieurs agro(concours ENSAvoie B) maiségalement certainsconcoursadministratifs.
Langue(s)
Français
Parcours BOPE/ BBV / BMC - UE pouvant être prise au semestre 4.
Responsable Athanassios Batakis å [email protected]
Pré-requis Module maths prépa-concours 1, forte motivation
ContenuAlgèbre linéaire : applications linéaires, matrices, diagonalisation, probabilités.Évaluation
3Coefficient 3ECTS
Modalités de contrôle des connaissances :à Première session : CT 2hà Session de rattrapage : CT 2h
6
SOL6BO24 Culture végétale in vitroDurée�i1 24 h
TD à 4 hTP à 20 h
Semestre 6Objectifs+ Connaître les bases
de la culture invitro ; Savoirmanipuler enconditionsd’asepsie ; Maîtriserla technique ; Savoirl’utiliser comme unoutil d’étude desprocessus decroissance et dedéveloppement desvégétaux ; Etrecapable de l’adapterà des problèmesposés par lesprofessionnels de laproduction et del’amélioration.
Langue(s)
Français
Parcours BBV / BOPE
Responsable Stéphane Maury å [email protected]
ContenuDécouvrir cette technologie en s’appuyant sur des bases historiques et physiologiques(totipotence cellulaire ; aptitude à la dédifférenciation/redifférenciation ; propriétés desphytohormones) ; connaître les caractéristiques principales (de l’explant ; de la composi-tion du milieu de culture ; des effets de l’atmosphère gazeuse ; de l’asepsie). Pratiquer defaçon réfléchie la culture in vitro (élaborationd e milieu de culture, introduction de matérielvégétal in vitro ; régénération). Découvrir au travers d’applications pratiques l’utilisationde cette technologie aussi bien pour l’étude des processus développementaux chez lesplantes, que pour la production végétale ou l’amélioration (de la recherche à l’applicationindustrielle) et cela sur quelques exemples choisis parmi la micropropagation, l’embryo-genèse somatique, l’amélioration sanitaire et génétique, la variation soma-clonale ou laproduction de métabolites secondaires.Évaluation
3Coefficient 3ECTS
Méthode d’évaluation :Ecrit/TP
Modalités de contrôle des connaissances :à Première session : RNE : CT(E) 1h + CC(TP) ; RSE : CT(E+TP) 1h+30minà Session de rattrapage : RNE et RSE : CT(E+TP) 1h+30min
Calcul de la note finale :à Première session : E 66% + TP 33%à Session de rattrapage : E 66% + TP 33%
SOL6BH07 Microbiologie appliquéeDurée�i1 36 h
Cours à 16 hTP à 20 h
Semestre 6Objectifs+ Donner un aperçu
des différentesutilisationspotentielles desmicro-organismes,de connaître lesdémarches et desavoir effectuer descontrôlesbactériologiques del’eau et enagro-alimentaire
Langue(s)
Français
Parcours BMC / BBV / BOPE
Responsable Maryvonne Ardourel å [email protected]
ContenuInteractions entre micro-organismes : Associations synergiques et antagonistes, commen-salisme, mutualisme, parasitisme. Microbiologie du sol et de l’eau : Les grands cycles(Carbone, Azote, Soufre) ; auto-épuration et biodégradation (ex : xénobiotiques, lixiviats,résidus industriels). Techniques d’analyse des eaux et du sol. Microbiologie médicale :Virus et bactéries pathogènes (habitat, épidémiologie, pouvoir pathogène, diagnostic,traitement). Microbiologie industrielle : Fermentations d’intérêts économiques.Évaluation
3Coefficient 3ECTS
Méthode d’évaluation :Ecrit/TP
Modalités de contrôle des connaissances :à Première session : RNE : CT(E) 2h + CC(TP) ; RSE : CT (E 2h + TP 1h)à Session de rattrapage : RNE et RSE : CT : Ecrit 2h + Ecrit TP 1h
Calcul de la note finale :à Première session : E 50% + TP 50%à Session de rattrapage : E 50% + TP 50%
7
SOL6BO25 Neurosciences et physiologie expérimentalesDurée�i1 36 h
Cours à 6 hTD à 6 hTP à 24 h
Semestre 6Objectifs+ Techniques de
culture cellulaireanimale. Techniquesde chirurgie etd’expérimentationanimale.Pharmacologiecomportementaledu rongeur.Dosages demolécules naturelleschez l’animal.
Langue(s)
Français
Parcours BMC / BOPE
Responsable Stéphane Mortaud å [email protected]
Pré-requis Connaissances de physiologie animale (niveau L2)
ContenuCe module est destiné à apporter à l’étudiant des compétences dans les différentes tech-niques expérimentales appliquées à l’étude des fonctions physiologiques et cérébrales chezl’animal. Ce module principalement pratique abordera entre autres la culture de cellulesnerveuses et leur utilisation, la technique d’immunohistochimie cérébrale ainsi que lesméthodes d’exploration comportementale chez le rongeur. Une approche de l’écotoxicolo-gie illustrera les perturbations induites par l’environnement sur le système nerveux.Évaluation
3Coefficient 3ECTS
Méthode d’évaluation :Ecrit/TP
Modalités de contrôle des connaissances :à Première session : RNE : CT(CM/TP) 2h + CC(TP) ; RSE : CT 2hà Session de rattrapage : RNE et RSE : CT 2h
Calcul de la note finale :à Première session : RNE : E 50% + TP 50% ; RSE : E 100 %à Session de rattrapage : E 100%
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