La modellizzazione L’ingrediente stocastico Reazioni chimiche Lezione 1 Introduzione alla Modellizzazione in Biologia Luca Bortolussi 1 1 Dipartimento di Matematica ed Informatica Università degli studi di Trieste Via Valerio 12/a, 34100 Trieste. [email protected]Udine, dicembre 2006/gennaio 2007
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La modellizzazione L’ingrediente stocastico Reazioni chimiche
Lezione 1Introduzione alla Modellizzazione in Biologia
Luca Bortolussi1
1Dipartimento di Matematica ed InformaticaUniversità degli studi di TriesteVia Valerio 12/a, 34100 Trieste.
La variazione istantanea diuna molecola è data dalbilanciamento tra flussoentrante ed uscente.
Processi StocasticiNumero di molecole
La variazione del numerodi molecole è un processogovernato da leggiprobabilistiche (rumore).
La modellizzazione L’ingrediente stocastico Reazioni chimiche
Un esempio: reazione catalizzata da enzima
S E→ P
La modellizzazione L’ingrediente stocastico Reazioni chimiche
Il dilemma: deterministico o stocastico?
Consideriamo una colonia di batteri, in cui ogni batterio generanuovi individui a rate λ (genera λ individui per unità di tempo), emuove a rate µ (la proporzione di batteri che muore per unità ditempo è µ).
La modellizzazione L’ingrediente stocastico Reazioni chimiche
Il dilemma: deterministico o stocastico?
Consideriamo una colonia di batteri, in cui ogni batterio generanuovi individui a rate λ (genera λ individui per unità di tempo), emuove a rate µ (la proporzione di batteri che muore per unità ditempo è µ).
Modello con equazioni differenziali
La modellizzazione L’ingrediente stocastico Reazioni chimiche
Il dilemma: deterministico o stocastico?
Consideriamo una colonia di batteri, in cui ogni batterio generanuovi individui a rate λ (genera λ individui per unità di tempo), emuove a rate µ (la proporzione di batteri che muore per unità ditempo è µ).
Modello con equazioni differenzialiModello stocastico
La modellizzazione L’ingrediente stocastico Reazioni chimiche
Il formalismo delle reazioni chimiche
Come possiamo descrivere i sistemi biologici che intendiamostudiare?Devono essere descritti in modo semplice ma preciso.Li rappresenteremo come