Bioinformatiq ue Laurent Bianchetti Plate-forme Bioinformatique de Strasbourg (BIPS) Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC) 1 rue Laurent Fries 67404 Illkirch France 5, 12, 20 et 21 Décembre 2012 Institut Universitaire de Technologie de Colmar Génie biologique 1
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Laurent Bianchetti Plate-forme Bioinformatique de Strasbourg (BIPS) Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC) 1 rue Laurent.
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Bioinformatique
Laurent Bianchetti
Plate-forme Bioinformatique de Strasbourg (BIPS)Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC)1 rue Laurent Fries67404 IllkirchFrance
5, 12, 20 et 21 Décembre 2012Institut Universitaire de Technologie de ColmarGénie biologique
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Madame Christine Le-JeuneLaboratoire Vigne Biotechnologies et Environnement, EA-3991Université de Haute-Alsace, UFR PEPS33, rue de Herrlisheim, 68008 Colmar cedex France
Dr Olivier PochLaboratoire de Bioinformatique et Génomique Intégrative (LBGI)Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC)1 rue Laurent Fries67404 IllkirchFrance
Les étudiants de l’IUT de Biotechnologie de Colmar
Remerciements
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Partie I (Mer. 5 Déc.) 1h30 cours + 2h30 TDBioinformatique appliquée à la biologie moléculaire
Structure du cours
Partie II ( Mer. 12 Déc.) 1h30 cours + 2h30 TDBanques de séquences biologiques et comparaison de séquences
Partie III ( Jeu. 20 Déc.) 1h30 cours + 2h30 TDBioinformatique à l’ère de la biologie globale ou « omics »
Partie IV ( Ven. 21 Déc.) 1h30 articles et discussionNouveautés et perspectives (« News and views »)
Examen ( Ven. 21 Déc.) 1h30
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Partie I
Bioinformatique appliquée à la biologie moléculaire
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Outils bioinformatiques de support à la biologie moléculaire (« wet
lab. »)
Disponibles sur PC/Mac en proximité de la paillasse
Avantages:- Gratuits ou très peu onéreux (contribution)- Usage illimité- Applications téléchargeables d’un site web ou bien
disponibles en interface web- Peuvent être mis en commun sur serveur de calcul
Outils académiques
Inconvénients:-Une batterie d’outils peut être nécessaire pour mener un traitement complet (!= intégration)-Le graphisme peut ne pas être une priorité(programmes en ligne de commande)-Le développement peut s’arrêter faute de moyen
Témoignage d’un utilisateur de vecteur NTI Bonjour,
Invitrogen a passé Vector NTI en version 11 et celle ci est devenu payante, sachant que toutes les licences gratuites de vector NTI 10 expirerons fin mars.... et vu les prix on ne peut pas se permettre de prendre une licence même avec la promotion actuel :
Vu que je possède avec mon équipe une base assez conséquente de vecteurs, j'aimerais trouver d'une part un logiciel équivalent à vector NTI mais gratuit et d'autre part que celui-ci soit compatible avec le format d'enregistrement de vector NTI c'est à dire les fichier .gb comme cela je n'aurai qu‘à exporter ma base de données et non à reprendre toutes les séquences.
J'ai entendu parler de ApE mais celui-ci ne me paraît pas terribleJe vais pour le moment tester Serial Cloner.
Donc si vous avez de bon logiciels gratuits, faites moi signe
Posté en nov 2008 sur Futura forum
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Il n’existe pas d’outil bioinformatique idéal pour assister la biologie moléculaire.
Les outils académiques ont l’avantage d’être gratuits mais leur usage peut être laborieux (ligne de commande, manuel incomplet, fonctionnalités qui manquent, etc …) et doivent être combinés.
Les outils commerciaux offrent du confort mais il faut y mettre le prix dans un contexte de réduction des fonds alloués à la recherche
Conclusion
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Adaptez-vous à l’outil utilisé dans votre laboratoire d’accueil. Ne réclamez pas l’outil que vous utilisiez dans le laboratoire précédent si une autre solution logicielle est disponible sur place.
Soyez ouvert à l’utilisation de plusieurs outils, ils se complètent.
S’il n’y a pas d’outil, soyez d’abord débrouillard, plutôt que dépensier. Vous n’en serez que plus appréciés.
Donnez la préférence aux outils académiquessi l’on vous donne du temps, sinon demandez un outil commercial si
vous êtes dans l’urgence ou en « production ».
Si vous utilisez des outils, n’oubliez pas à la fin d’une présentation, ou dans une publication de les citer (référence)
Conseils
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1) Tutorial de GCK sur version « demo » du logiciel- Manipulation de base (carte de restriction, ORF, …)- Clonage virtuel assisté- Gel d’électrophorèse virtuel- Importation d’un plasmide (Genbank) dans GCK
2) Traduction d’un cDNA et design de primers dans EMBOSS
4) Exploration de FinchTV 5) Démonstration d’assemblage de fragments et
visualisation de chromatogrammes de séquençage dans seqmerge