i LAPORAN KEMAJUAN PENELITIAN DOKTOR BARU DANA ITS 2020 (Sintesis dan Uji Antimikrobial Senyawa Bioaktif Berkerangka Oksindola Dalam Rangka Ketahanan dan Kemandirian Obat) Tim Peneliti : Arif Fadlan, S.Si., M.Si., D.Sc. (Kimia/FSAD) Prof. Dr. Mardi Santoso (Kimia/FSAD) Sri Fatmawati, S.Si., M.Sc., Ph.D. (Kimia/FSAD) DIREKTORAT RISET DAN PENGABDIAN KEPADA MASYARAKAT INSTITUT TEKNOLOGI SEPULUH NOPEMBER SURABAYA 2020 Sesuai Surat Perjanjian Pelaksanaan Penelitian No: 852/PKS/ITS/2020
23
Embed
LAPORAN KEMAJUAN PENELITIAN DOKTOR BARU DANA ITS …
This document is posted to help you gain knowledge. Please leave a comment to let me know what you think about it! Share it to your friends and learn new things together.
Transcript
i
LAPORAN KEMAJUAN
PENELITIAN DOKTOR BARU
DANA ITS 2020
(Sintesis dan Uji Antimikrobial Senyawa Bioaktif Berkerangka Oksindola
Dalam Rangka Ketahanan dan Kemandirian Obat)
Tim Peneliti :
Arif Fadlan, S.Si., M.Si., D.Sc. (Kimia/FSAD)
Prof. Dr. Mardi Santoso (Kimia/FSAD)
Sri Fatmawati, S.Si., M.Sc., Ph.D. (Kimia/FSAD)
DIREKTORAT RISET DAN PENGABDIAN KEPADA MASYARAKAT
INSTITUT TEKNOLOGI SEPULUH NOPEMBER
SURABAYA
2020
Sesuai Surat Perjanjian Pelaksanaan Penelitian No: 852/PKS/ITS/2020
i
Daftar Isi
Daftar Isi .......................................................................................................................................................... i
Daftar Tabel .................................................................................................................................................... ii
Daftar Gambar ............................................................................................................................................... iii
Daftar Lampiran ............................................................................................................................................. iv
BAB I RINGKASAN ..................................................................................................................................... 1
BAB II HASIL PENELITIAN ........................................................................................................................ 2
BAB III STATUS LUARAN ........................................................................................................................ 11
BAB IV PERAN MITRA ............................................................................................................................. 12
BAB V KENDALA PELAKSANAAN PENELITIAN ............................................................................... 13
BAB VI RENCANA TAHAPAN SELANJUTNYA ................................................................................... 14
BAB VII DAFTAR PUSTAKA ................................................................................................................... 15
BAB VIII LAMPIRAN ................................................................................................................................. 16
LAMPIRAN 1 Tabel Daftar Luaran ............................................................................................................. 17
ii
Daftar Tabel
Tabel 2.1 Hasil penambatan ulang ligan ko-kristal PIM pada makromolekul 2D0T 7
Tabel 2.2 Hasil perhitungan RMSD ligan ko-kristal PIM hasil penambatan terhadap
referensi 8
Tabel 2.3 Data hasil penambatan silang senyawa 1-4 pada makromolekul 2D0T 8
Tabel 2.4 Data interaksi-interaksi senyawa 1, 2, 3 terhadap makromolekul 2D0T 10
iii
Daftar Gambar
Gambar 2.1 Struktur senyawa 1-6 2
Gambar 2.2 Struktur makromolekul IDO1 dengan identitas 2D0T berserta perbesaran
area situs ikat ligan 3
Gambar 2.3 Rantai A makromolekul 2D0T setelah melalui proses preparasi 4
Gambar 2.4 Rantai A makromolekul 2D0T setelah ligan ko-kristal PIM diekstrak 4
Gambar 2.5 Struktur 2D senyawa 1-4 dan ligan ko-kristal PIM 5
Gambar 2.6 Struktur 3D senyawa 1-4 dan ligan ko-kristal PIM 5
Gambar 2.7 Area penambatan (grid box) molekular pada situs ikat ligan
ko-kristal PIM 6
Gambar 2.8 Penyejajaran atom-atom antara enam konformasi hasil
penambatan ulang dengan konformasi ligan ko-kristal PIM sebenarnya 7
Gambar 2.9 Visualisasi interaksi ligan-reseptor senyawa 1, 2, dan 3
dalam tampilan 3D 9
Gambar 2.1 Visualisasi interaksi ligan-reseptor senyawa 1, 2, dan 3
dalam tampilan 2D 9
iv
Daftar Lampiran
Lampiran 1 Tabel Daftar Luaran 17
1
BAB I RINGKASAN
Latar belakang: Penyakit infeksi masih menjadi masalah kesehatan utama di dunia. Kasus
penyakit infeksi yang akhir-akhir ini terjadi dan menjadi perhatian dunia adalah kasus penyebaran
novel coronavirus. Di Indonesia, penyakit infeksi berkisar antara 0,4-18,5% dengan diare, ISPA,
malaria, pneumonia, dan TBC merupakan penyakit infeksi dengan angka kejadian terbanyak.
Antibiotika umumnya digunakan untuk penanggulangan penyakit infeksi. Akan tetapi, penggunaan
antibiotika seringkali tidak tepat dan mengakibatkan terjadinya resistensi dan multipel resistensi
mikroba terhadap antibiotik. Pengembangan agen-agen baru untuk penanganan penyakit infeksi
merupakan salah satu fokus utama dalam hal ini. Oksindola yang memiliki berbagai aktivitas
biologis seperti antifungi, antibakteri, antiproliferatif, antikanker, antiinflamatori, antihipertensif,
antikonvulsan, antioksidan, antiHIV, dan antidiabetes telah banyak digunakan dalam bidang
kesehatan, dan beberapa diantaranya telah dijual bebas (Sunitinib, obat antikanker).
Tujuan: Penelitian bertujuan untuk sintesis senyawa-senyawa berkerangka oksindola dengan
substituen golongan halogen (fluorin, klorin, dan bromin), metil, dan nitro yang dilanjutkan dengan
karakterisasi struktur senyawa-senyawa tersebut, uji aktivitas antimikrobial, dan studi penambatan
molekular.
Tahapan metode penelitian: Senyawa-senyawa berkerangka oksindola dengan substituen
golongan halogen (fluorin, klorin, dan bromin), metil, dan nitro disintesis melalui reaksi berbagai
isatin dengan aseton menggunakan metoda refluks. Reaksi kemudian dilanjutkan dengan eliminasi
air menggunakan campuran asam klorida pekat dan asam asetat glasial dengan refluks.
Karakterisasi senyawa-senyawa yang terbentuk dilakukan dengan metoda spektroskopi yang
meliputi analisis IR, NMR, dan MS. Selanjutnya, uji aktivitas antimikrobial dilakukan terhadap
berbagai bakteri dengan metoda disc-diffusion yang dilanjutkan dengan penentuan MIC dan MBC.
Lebih lanjut, penambatan molekular dipelajari dengan Autodock Vina dalam PyRx dan visualisasi
menggunakan PyMOL.
Luaran yang ditargetkan: Penelitian ini menargetkan sebuah artikel ilmiah yang dipublikasikan
pada jurnal internasional terindeks (Q2) dan diseminasi hasil penelitian pada forum ilmiah
internasional.
Kata kunci: antimikrobial, oksindola, sintesis
2
Ringkasan penelitian berisi latar belakang penelitian,tujuan dan tahapan metode
penelitian, luaran yang ditargetkan, kata kunci
BAB II HASIL PENELITIAN
2.1 Penambatan Molekular
Studi penambatan molekular dilakukan untuk mengetahui potensial suatu senyawa sebagai
inhibitor enzim IDO1 berdasarkan bentuk strukturnya. Senyawa turunan oksindola 5-kloro-3-