LAPORAN AKHIR TAHUNAN KEGIATAN PENELITIAN TAHUN ANGGARAN 2017-2019 (Periode Maret-November 2019) DR. IRMA SHITA ARLYZA PUSAT PENELITIAN OSEANOGRAFI LEMBAGA ILMU PENGETAHUAN INDONESIA 2017 DNA BARCODING ORGANISME ASSOSIASI KARANG DAN IMPLIKASINYA TERHADAP TAKSONOMI DAN MOLEKULER EKOLOGI
27
Embed
LAPORAN AKHIR TAHUNAN KEGIATAN PENELITIAN TAHUN … BARCODING.pdf · No. Sub Kel. penelitian Famili/Group Koordinator Luaran/Dua Tahun Kegiatan Vertebrata Koleksi spesimen Koleksi
This document is posted to help you gain knowledge. Please leave a comment to let me know what you think about it! Share it to your friends and learn new things together.
Transcript
LAPORAN AKHIR TAHUNAN KEGIATAN PENELITIAN TAHUN ANGGARAN 2017-2019
(Periode Maret-November 2019)
DR. IRMA SHITA ARLYZA
PUSAT PENELITIAN OSEANOGRAFI LEMBAGA ILMU PENGETAHUAN INDONESIA
2017
DNA BARCODING ORGANISME ASSOSIASI KARANG DAN IMPLIKASINYA TERHADAP TAKSONOMI DAN
MOLEKULER EKOLOGI
LEMBAR PENGESAHAN
1. Judul Kegiatan/Penelitian : DNA barcoding organisme assosiasi karang dan
implikasinya terhadap taksonomi dan molekuler ekologi
2. Sub Kegiatan : DIPA Tematik P2O LIPI
3. Peneliti Kepala :
Dr. Irma Shita Arlyza
Perempuan
4. Lama Penelitian :
2017
2019
5. Tahun ke- : I (Pertama)
6. Total Biaya Keseluruhan : Rp. 900,000,000,-
Tahun I (2017) : Rp.300,000,000,-
Tahun II (2018) : Rp.300,000,000,-
Tahun III (2019) : Rp.300,000,000,-
Jakarta, 30 November 2017
Kepala Kelompok Penelitian Peneliti Kepala/Koordinator
Dr. Nurul Dhewani M.S. Dr. Irma Shita Arlyza
NIP. 196106241988032002 NIP. 197407302005022005
Kepala Pusat Penelitian Oseanografi LIPI Ketua PME Satker
Dr. Irma Shita Arlyza memback up Ana Setyastuti, M.Si
10-30
15-30 1/1 1/-
Catatan: Luaran publikasi akan dihasilkan pada tahun kedua (ditahun pertama akhir diharapkan naskah publikasi minimal dalam status inprep)
Waktu dan Tempat Pelaksanaan
Kegiatan penelitian ini akan dilakukan di beberapa lokasi di kawasan Barat, Tengah
dan Timur Indonesia, seperti terlihat pada Tabel 2.
Tabel 2. Lokasi dan waktu pengambilan sampel
No. Lokasi Perkiraan waktu Titik sampling/pendekatan sampling 1. Kep. Selayar-Takabonerate Mei 2017 Pulau Jampea dan Bonerate; selam,
pendaratan ikan tradisional 2. Kep. Wakatobi Mei 2017 Wangi-wangi; selam, pendaratan ikan
tradisional dan pasar ikan; untuk wilayah Wakatobi lainnya dilakukan dengan pemesanan sampel
3. Kep. Supermonde Mei 2017 Pulau Bara Lompo; selam, pendaratan ikan tradisional
4. Pulau Sembilan Juni 2017 Pulau Sembilan; selam, pendaratan ikan tradisional, TPI
5. Kep. Derawan Juni 2017 Pulau Kakaban, pemesanan sampel ke nelayan
6. Teluk Tomini Juni 2017 Poso, Pasar ikan 7. Merauke April 2018 Sampling dipusatkan di Merauke, Supiori,
Misool, Jayapura; target pasar ikan dan pendaratan ikan tradisional untuk sampling wilayah lainnya dilakukan dengan pemesanan sampel
8. Pulau Misool April 2018 9. Pulau Supiori Mei 2018 10. Jayapura Mei 2018 11. Sorong Juni 2018 12. Pulau Yapen Juni 2018 13. Labuhan Bajo Maret 2019 Labuhan Bajo, Alor, Sumba, Rote, pasar
ikan dan pendaratan ikan tradisional untuk sampling wilayah lainnya dilakukan dengan pemesanan sampel
14. Pulau Lembata-Alor Maret 2019 15. Pulau Sumba-Rote Maret 2019 16. Pulau Kisar-Tanimbar April 2019 17. Pulau Jamdena April 2019 18. Pulau Shangihe-Talau Mei 2019 Shangihe, TPI 19. Pulau Ternate-Bacan Mei 2019 Bacan, TPI Catatan: Waktu dan target titik sampling akan disesuaikan dengan cuaca, rute
penyeberangan kapal dan rute penerbangan, lokasi sudah disampling.
Gambar 4. Peta lokasi sampling DNA barcoding organisme laut Indonesia didasarkan pada Kochzius et al. (2009) dan Voris (2000)
C. HASIL PENELITIAN DAN PEMBAHASAN
Hasil yang diharapkan dari penelitian DNA barcoding organisme laut Indonesia ini
adalah temuan baru dan catatan baru spesies yang berasal dari beberapa target taksa. Target
taksa dari penelitian ini akan dibagi menjadi dua yaitu vertebrata dan invertebrata. Taksa
vertebrata terdiri dari berbagai jenis ikan karang, sedangkan invertebrata akan fokus pada
teripang. Capaian target taksa menghasilkan minimal 4 temuan spesies baru dan 1-2 catatan
baru spesies sedang dalam proses analisis (Tabel 3).
1. Capaian 2017
Tabel 3. Target taksa dan output 2017 dari DNA barcoding organisme laut assosiasi karang Indonesia
No. Taksa Famili/Group Koordinator Luaran/Dua Tahun Kegiatan
Cover buku (tampak depan) Cover buku (tampak belakang)
Isi buku
Gambar 5. Ilustrasi buku DNA barcoding ikan Indonesia
Target Spesies Ikan yang telah dikoleksi sebelumnya belum selesai semua
diidentifikasi dengan teknik nucleotide BLAST di website blast.ncbi.nlm.nih.gov. Sampel
ikan dari survey tahun ini telah diproses sampai tahap koleksi tissue untuk analisis DNA
tahap awal. Dikarenakan ada kegiatan training regional MARBest, laboratorium genetik perlu
direnovasi dan penambahan alat sehingga aktivitas analisis di laboratorium untuk sementara
terhenti dan dilanjutkan November 2017 s/d 2018.
Begitu juga tambahan Target Spesies Lobster dari beberapa wilayah antara lain
Makassar, Ujung Genteng, Batam, Sabang, dan Wakatobi belum selesai dianalisis DNAnya.
D. KESIMPULAN DAN SARAN
Kesimpulan dari kegiatan penelitian ini adalah :
1. Seefektif mungkin untuk menghasilkan karya untuk 2 publikasi internasional dengan
minimnya waktu untuk pengerjaan di laboratorium.
2. Target spesies ikan yang telah dikoleksi sebelumnya, berpeluang mendapatkan spesies
baru dari taksa Dasyatidae dan catatan baru spesies dari taksa ikan karang.
Saran dari kegiatan penelitian ini adalah :
1. Menghasilkan publikasi yang bagus bertarap internasional membutuhkan kualitas dan
kuantitas data yang memadai, itu semua akan terpenuhi bila sumber daya manusia juga
memadai dan mumpuni. Kegiatan penelitian ini membutuhkan tambahan pembantu
peneliti ditahapan analisis laboratorium.
E. REKAPITULASI PENGGUNAAN DANA
PERIODE 1 FEBRUARI S/D 30 NOVEMBER 2017 No. Jenis Belanja Pagu
Anggaran Daya Serap Sisa
Jumlah % Jumlah % 1. Honorarium penunjang
peneliti/perekayasa 0 0 0 0 0
2. Honorarium kegiatan seminar/rakor/sosialisasi/diseminasi/FGD/ kegiatan sejenis
0 0 0 0 0
3. Belanja Bahan (habis pakai) 168,724,000 100 0 0 4. Belanja Barang Non Operasional 9,106,000 100 0 0 5. Belanja Perjalanan lainnya 122,170,000 100 0 0 6. Kegiatan rapat/pertemuan di luar kantor
(dalam/luar kota) 0 0 0 0 0
7. Peralatan dan Mesin (rancang bangun) 0 0 0 0 0 Jumlah Seluruhnya 300,000,000
F. DAFTAR PUSTAKA
Allen G.R., White W.T., Erdmann M.V., 2013a. Two new species of snappers (Pisces: Lutjanidae: Lutjanus) from the Indo-West Pacific. Journal of the Ocean Science Foundation. 6:33-51.
Allen, G.R., Mark V. Erdmann and Ni Luh Astria Yusmalinda, 2013. Paracheilinus rennyae, a new species of flasherwrasse (Perciformes: Labridae) from southern Indonesia, aqua 19(4) pp. 193-206.
Allen, G.R., 2007. Conservation hotspots of biodiversity and endemism for Indo-Pacific coral reef fishes. Aquatic conservation: Marine and Freshwater Ecosystems 17:1-6.
Allen, G.R., 2000. Indo-Pacific coral-reef fishes as indicators of conservation hotspots. In Moosa, M.K., S. Soemodihardjo, A. Soegiarto, K. Romimohtarto, A. Nontji, Soekarno and Suharsono (ed.). Proceedings of the Ninth International Coral Reef Symposium, Bali. 23-27 Oct. 2000. Vol. 2:921-926.
Biodiversity Theme Report, 2001. The Meaning, Significance and Implications of Biodiversity (continued).
Briggs, J. C., 2005. The marine East Indies: diversity and speciation. Journal of Biogeography 32 (9), 1517-1522.
Carpenter K.E., Springer VG. 2005. The center of the center of marine shore fish biodiversity:
the Philippine Islands. Environ Biol Fish. 72:467–480. http://dx.doi.org/10.1007/s10641-004-3154-4.
Carpenter K.E., Barber P.H., Crandall E.D., Ablan-Lagman M.C.A., Ambariyanto, Mahardika G.N., Manjanji-Matsumoto B.M., Juinio-Menez M.A., Santos M.D., Starger C.J., Toha A.H.A., 2011. Comparative phylogeography of the Coral Triangle and implication for marine management. Journal of Marine Biology, article ID 396982, pp14.
Crandall, E.D., Treml, E.A., Liggins, L., Gleeson, L., Yasuda, N., Barber, P.H., Wörheide, G., Riginos, C., 2014. Return of the ghosts of dispersal past: historical spread and contemporary gene flow in the blue sea star Linckia laevigata. Bull Mar Sci. 90(1):000–000. http://dx.doi.org/10.5343/bms.2013.1052
DeBoer T.S., Naguit M.R.A., Erdmann M.V., A Ablan-Lagman M.C., Ambariyanto, Carpenter K.E., Toha A.H.A., Barber P.H., 2014. Concordant phylogenetic patterns inferred from mitochondrial and microsatellite DNA in the giant clam Tridacna crocea. Bull Mar Sci. 90(1):000–000. http://dx.doi.org/10.5343/bms.2013.1002
Emerson BC, Cicconardi F, Fanciulli PP, Shaw PJA. 2011. Phylogeny, phylogeography, phylobetadiversity and the molecular analysis of biological communities. Phil. Trans. R. Soc. B. 366 (1576): 2391-2402.
Froese, R. and D. Pauly. 2013. Fish Stocks. Vol. 3, p. 477-487 In: S. Levin (ed.) Encyclopedia of Biodiversity - Second Edition, Academic Press/Elsevier, Waltham M.A. [Updated version of Pauly and Froese’s 2001 entry in the 1st edition]
Hoeksema, B.W., 2007. Delineation of the Indo-Malayan Centre of Maximum Marine Biodiversity: The Coral Triangle Biogeography, Time, and Place: Distributions, Barriers, and Islands. Volume 29. 117-178.
Hughes, T.P., D.R. Bellwood and S.R. Connolly, 2002. Biodiversity hotspots, centres of endemicity, and the conservation of coral reefs. Ecology Letters 5:775-784.
Jackson, A.M., Ambariyanto, Erdmann, M.V., Toha, A. H. A., Stevens, L. A., Barber, P.H., 2014. Phylogeography of commercial tuna and mackerel in the Indonesian Archipelago. Bull Mar Sci. 90(1):000–000.
http://dx.doi.org/10.5343/bms.2012.1097
Knowlton N. 1993. Sibling Species in the Sea. Annual Review of Ecology and Systematics 24:189-216.
Knowlton N. 2000. Molecular genetic analyses of species boundaries in the sea. Hydrobiologia 420:73–90.
Kochzius M, Seidel C, Hauschild J, Kirchhoff S, Mester P, Meyer-Wachsmuth I, Nuryanto A, Timm J (2009) Genetic population structures of the blue starfish Linckia laevigata and its gastropod ectoparasite Thyca crystallina. Marine Ecology Progress Series 396:211-219. doi:10.3354/meps08281
Plaisance L., J. Caley, R. Brainard, C. Meyer, N. Knowlton. 2009. Standardized Sampling and DNA Barcoding for Assessing Coral Reefs Biodiversity. www.dnabarcodes2009.org/.
Roberts CM, McClean CJ, Veron JEN, Hawkins JP, Allen GR, McAllister DE, Mittermeier CG, Schueler FW, Spalding M, Wells F, et al. 2002. Marine biodiversity hotspots and conservation priorities for tropical reefs. Science. 295:1280–1284. PMid:11847338. http://dx.doi.org/10.1126/science.1067728.
Satheesh, S., S. G. Weesley. 2012. Diversity and distribution of seaweeds in the Kudankulam coastal waters, South-Eastern coast of India. Biodiversity Journal, 3 (1): 79-84.
Thorne-Miller Boyce, 1999. The living ocean: understanding and protecting marine biodiversity. United States of America. p213.
Tittensor DP, Mora C, Jetz W, Lotze HK, Ricard D, Vanden Berghe E, Worm B. 2010. Global patterns and predictors of marine biodiversity across taxa. Nature. 466(7310):1098–1101. http://dx.doi.org/10.1038/nature09329.
Veron, J.E.N., L. M. DeVantier, and E. Turak, 2007. Compiled from global distribution data of all coral species. Production by Stuart Kininmonth. A product of Coral Geographic. http://ctatlas.reefbase.org/coraltriangle.aspx.
Veron, J.E.N., L. M. DeVantier, E. Turak, A.L. Green, S. Kininmonth, M. Stafford-Smith and N. Peterson., 2009. Delineating the Coral Triangle. Galaxea, Journal of Coral Reef Studies 11: 91-100.
Voris HK (2000) Maps of Pleistocene sea levels in Southeast Asia: shorelines, river systems and time durations. Journal of Biogeography 27 (5):1153-1167. doi:10.1046/j.1365-2699.2000.00489.x
Wallace, C.C., & Z. Richards & Suharsono, 2001. Regional Distribution Patterns of Acropora And Their Use In The Conservation Of Coral Reefs In Indonesia. Proyek Pesisir, Volume 4, No.1.
Ward RD, Zemlak TS, Innes BH, Last PR, Hebert PDN. 2005. DNA barcoding Australia's fish spesies. Phil. Trans. R. Soc. B 360:1847-1857.
Ward RD, Holmes BH, White WT, Last PR. 2008. DNA barcoding Australasian chondrichthyans: results and potential uses in conservation. Journal Marine and Freshwater Research, CSIRO PUBLISHING 59:57–71.
No. Jenis/Kelompok Lokasi Keterangan 1 Kerapu1 Wangi-wangi 2 Ikan karang1 Wangi-wangi 3 Ikan karang2 Wangi-wangi
4 Ikan karang3 Wangi-wangi 5 Ikan karang4 Wangi-wangi 6 Ikan karang5 Wangi-wangi 7 Ikan karang6 Wangi-wangi 8 Ikan karang7 Wangi-wangi 9 Ikan karang8 Wangi-wangi 10 Ikan karang9 Wangi-wangi 11 Ikan karang10 Wangi-wangi 12 Ikan karang11 Wangi-wangi 13 Ikan karang12 Wangi-wangi 14 Kerapu2 Wangi-wangi 15 Kerapu3 Wangi-wangi 16 Kerapu4 Wangi-wangi 17 Kerapu5 Wangi-wangi 18 Ikan karang13 Wangi-wangi 19 Ikan karang14 Wangi-wangi
No. Jenis/Kelompok Lokasi Keterangan 1 Ikan karang1 Ternate 2 Ikan karang2 Ternate 3 Ikan karang3 Ternate 4 Lutjanus1 Ternate 5 Ikan karang4 Ternate 6 Lutjanus2 Ternate 7 Ikan karang5 Ternate 8 Ikan karang6 Ternate 9 Ikan karang7 Ternate 10 Gymnocranius1 Ternate 11 Kerapu1 Ternate 12 Kerapu2 Ternate 13 Kerapu3 Ternate 14 Kerapu4 Ternate 15 Kerapu5 Ternate 16 Kerapu6 Ternate 17 Kerapu7 Ternate 18 Kerapu8 Ternate 19 Kerapu9 Ternate 20 Kerapu10 Ternate
21 Kerapu11 Ternate 22 Kerapu12 Ternate 23 Kerapu13 Ternate 24 Kerapu14 Ternate 25 Kerapu15 Ternate 26 Kerapu16 Ternate 27 Kerapu17 Ternate 28 Kerapu18 Ternate 29 Kerapu19 Ternate 30 Kerapu20 Ternate 31 Kerapu21 Ternate 32 Ikan karang8 Ternate 33 Ikan karang9 Ternate 34 Ikan karang10 Ternate 35 Ikan karang11 Ternate 36 Ikan karang12 Ternate 37 Ikan karang13 Ternate 38 Ikan karang14 Ternate 39 Ikan karang15 Ternate 40 Ikan karang16 Ternate 41 Ikan karang17 Ternate 42 Ikan karang18 Ternate 43 Kerapu21 Ternate 44 Ikan karang19 Ternate 45 Siganus1 Ternate 46 Siganus2 Ternate 47 Gymnocranius2 Ternate 48 Gymnocranius3 Ternate 49 Gymnocranius4 Ternate 50 Gymnocranius5 Ternate 51 Gymnocranius6 Ternate 52 Kuda laut1 Ternate 53 Ikan karang20 Ternate 54 Ikan karang21 Ternate 55 Ikan karang22 Ternate 56 Ikan karang23 Ternate 57 Ikan karang24 Ternate 58 Ikan karang25 Ternate 59 Ikan karang26 Ternate 60 Ikan karang27 Ternate 61 Ikan karang28 Ternate 62 Ikan karang29 Ternate 63 Ikan karang30 Ternate 64 Ikan karang31 Ternate 65 Ikan karang32 Ternate 66 Ikan karang33 Ternate 67 Ikan karang34 Ternate 68 Ikan karang35 Ternate 69 Ikan karang36 Ternate 70 Kuda laut2 Ternate 71 Ikan karang37 Ternate
72 Ikan karang38 Ternate 73 Kuda laut3 Ternate 74 Ular belang putih-hitam Ternate 75 Bintang laut1 Ternate 76 Bintang laut2 Ternate 77 Bintang laut3 Ternate
Abstrak publikasi
Acceptance publikasi
Rencana Kerja Tahun Berikutnya (2018): 1. Melanjutkan analisis DNA barcoding untuk sampel 2017 yang belum selesai
dikerjakan. 2. Mengumpulkan sampel dari lokasi yang belum disampling.
3. Membuat data portal DNA barcoding ikan dan menyelesaikan buku “DNA Barcode of Indonesian Fish”.