1 KFC/CHS (Chemick KFC/CHS (Chemick ý Software) ý Software) • vyučující: Vojtěch Mlýnský • mail: [email protected]• místnost: 3.004 • tel: 58563 4423 • garant předmětu: Prof. RNDr. Michal Otyepka, Ph.D. • zakončení: kolokvium • podmínky pro splnění: • 100% účast na cvičeních(předem omluvená absence samostatná práce) • zápočtová písemka (75%, zápočtový týden, možnost opravného termínu – 2x) Nápl plň př edm edmětu tu • kreslení chemických struktur, 3D zobrazení jednoduchých sloučenin (ChemSketch) • zobrazení a práce se strukturami makromolekul, biomakromolekul (PyMOL, VMD) • tvorba obrázků (videí) do publikací, prezentací .. • vyhledávání v databázích chemických struktur, sloučenin
24
Embed
KFC/CHS (Chemick ý Software) - fch.upol.cz · • 3D otáčení struktur, 3D optimalizace • reak ční schémata, popisky (+ tzv. ‘mapování’) reakcí O OH O OH O HO HO O
This document is posted to help you gain knowledge. Please leave a comment to let me know what you think about it! Share it to your friends and learn new things together.
3D - optimalizace• Option / Preferences / Structure (3D
Optimalization, × Add Hydrogens)
• Option / Preferences / Structure (Enable,
� Bond Intersections)
Tools: Bring Bond to Front (Ctrl+F)
Send Bond to Back (Ctrl+K).. nebo Change Position (+ Shift )
3D opt
3D opt
3D opt
d
e
f
gi h
a
j
b
c
CH3 CH3
CH3
CH3
CH3
3D opt
8
Chemsketch, ACD/3D Viewer• manipulování s 3D modely: 2D / 3D rotování, různé režimy zobrazení, barevné zvýraznění …
• měření a modifikace vazebných délek, úhlů a torzí ..• 250 atomů max .
• 3D Viewer � 3D Optimizationzměna zobrazení (reprezentace): Balls and Sticks / With Dotsoznačení atomu (Right Click + Label (Change) Atom ) [Options/Scale Labels], (Left Click �
číslování + souřadnice) [Options / Atom Information…]
přesunutí/p řiblížení/rotace (2D, 3D, fixovaná � Options / Fixed Angle Rotation Setup �Tools / Fixed Angle Rotation Mode � každé kliknutí na plochu otočí strukturou v danéose (x, y, z) o nastavený úhel)
centrování (Right Click + Center on Atom) � ‘vycentruje’ strukturu na daný atom / rotace molekuly kolem daného atomuTools / Auto Rotate (Auto Rotate and Change Style)
modifikování části struktury (Select Atoms + Left Click // Edit / Select All × ClearSelection , Edit / Manipulate Selected (� rotace, posunutí .. jen označeného fragmentu),Edit / Undo (Redo)
NN
CH2H
OH
9
ACD/3D Viewer
• změna barev atomů / pozadíOptions / Colors (pozadí pro tisk: černá � bílá), (výběr barev pro atomy , výběr barvy pro selekce ). Změna barvy pouze pro jeden určitý atom �záměna atomu … a následná změna Polom ěru (Options / Radii… / AtomicRadii)
• změna poloměrů všech atomů (Options / Increase [Decrease] Radii by 5%)
• Tools / mirror (invert center) � vytvoření zrcadlového obrazu (změna konfigurace na daném chirálním centru)
ACD/3D Viewer• vytvoření animovaného obrázku struktury
Options / Colors (pozadí pro tisk: černá � bílá), (výběr barev pro atomy …)
• New Frame Setotáčení struktury „dle libosti“ a přidávání snímků pomocí ‘AddFrame’ (příkaz Delete Frame smaže vždy poslední vytvořený snímek)
• Auto Add Framesnejsnadnější (nejrychlejší) cesta (z nabídky definujeme rotačníuhel a počet snímků). Osu, podle které začne molekula rotovat, je vybrána z nastavení (Options / Fixed angle RotationSetup…)
• Uložení ‘mini-videa’File / Save As / Animated .GIF Images (*.gif)
Options (hodnoty škálování a ohraničení definují poměr výsledné velikosti obrázku v porovnání s velikostí zobrazenémolekuly v 3D Viewer-u.
Nastavíme i interval animace � zpoždění jednotlivých snímkůa zaškrtnutí ‘Loop Animation’ vytvoří ‘cyklus’)
10
Chemsketch, Reak ční schéma + Mapování reakcí
• Tools: Show / Hide Aromaticity
• Option / Preferences / Reaction (ManualMapping Color )
+25 °C
benzene
14
15
20
17
19
18
13
12
16
11
7
8
10
9
1
2
3
6
4
5 162
15
11
131
14
12 7
8
10 9
3
46
5
20
19
17
18
+25 °C
benzene
Mapování viditelné pouze pokud je zobrazen panel Map Tools .
(iii) a) režim Select/Move/Resize a přesunout jednotlivé položky do buněk tabulkyb) výběr struktury i buňky tabulky zároveň (click + Shift ) a na liště tlačítko Group
� buňka tabulky se po přesunutí textu / vzorce automaticky přizpůsobí velikosti obsahu
TTvorbavorba tabulektabulek :
� pokud není nějaký objekt úplně viditelný (oříznutý), zvětšete celé tabulkové pole(čárkovaný obdélník kolem tabulky = původní zvolené velikost)
� úprava pomocí Select/Move/Resize (Rotate )� opatření kresby popisky (Tools / Font Panel (Paragraph Panel ))
ThermometerSign out from
instructor
Vigreux column
200 ml round-bottom flask.
Immerse in heat bath.
Water OutVacuum adapter
Water InReceiving flask.
Immerse in ice bath.
1 11
16
Samostatná práce: ChemSketch
Samostatná práce: ChemSketch
17
Online dOnline databatabáázeze struktur molekulstruktur molekul
•• odbornodborn éé ččlláánky v nky v žžurnurn áálechlech (KFC/CHL)
Web of Science / Web of Knowledge (http://apps.webofknowledge.com)NCBI PubMed (www.pubmed.gov)ACS (http://pubs.acs.org/, www.acs.org � Journals)
•• velikost molekuly / metoda pro stanovenvelikost molekuly / metoda pro stanoven íí informacinformac íí o strukturo struktur ááchch(i) malé molekuly (fyz.-chem. vlastnosti) × (ii) velké systémy (geometrie!!)
shromažduje a třídí informace z různých databázíTopics/Subject Areas – Chemistry - Product/Servises – Databases -(Keyword/Property/Substance Name )
Příklad: Substance Name � ImidazoleNIST Data Gateway � 3 databases found for Imidazole1) SRD 69 NIST Chemistry WebBook – Search Options – Name
• (ii) PDB – Protein Data Bank (www.pdb.org)
18
Online databáze struktur molekul
•• odbornodborn éé ččlláánky v nky v žžurnurn áálechlech (KFC/CHL)
Web of Science / Web of Knowledge (http://apps.webofknowledge.com)NCBI PubMed (www.pubmed.gov)ACS (http://pubs.acs.org/, www.acs.org � Journals)
•• velikost molekuly / metoda pro stanovenvelikost molekuly / metoda pro stanoven íí informacinformac íí o strukturo struktur ááchch(i) malé molekuly (fyz.-chem. vlastnosti) × (ii) velké systémy (geometrie!!)
shromažduje a třídí informace z různých databázíTopics/Subject Areas – Chemistry - Product/Servises – Databases -(Keyword/Property/Substance Name )
Příklad: Substance Name � ImidazoleNIST Data Gateway � 3 databases found for Imidazole1) SRD 69 NIST Chemistry WebBook – Search Options – Name
• (ii) PDB – Protein Data Bank (www.pdb.org)
19
Online databáze struktur molekul
•• odbornodborn éé ččlláánky v nky v žžurnurn áálechlech (KFC/CHL)
Web of Science / Web of Knowledge (http://apps.webofknowledge.com)NCBI PubMed (www.pubmed.gov)ACS (http://pubs.acs.org/, www.acs.org � Journals)
•• velikost molekuly / metoda pro stanovenvelikost molekuly / metoda pro stanoven íí informacinformac íí o strukturo struktur ááchch(i) malé molekuly (fyz.-chem. vlastnosti) × (ii) velké systémy (geometrie!!)
shromažduje a třídí informace z různých databázíTopics/Subject Areas – Chemistry - Product/Servises – Databases -(Keyword/Property/Substance Name )
Příklad: Substance Name � ImidazoleNIST Data Gateway � 3 databases found for Imidazole1) SRD 69 NIST Chemistry WebBook – Search Options – Name
• (ii) PDB – Protein Data Bank (www.pdb.org)
20
Online databáze struktur molekul
•• odbornodborn éé ččlláánky v nky v žžurnurn áálechlech (KFC/CHL)
Web of Science / Web of Knowledge (http://apps.webofknowledge.com)NCBI PubMed (www.pubmed.gov)ACS (http://pubs.acs.org/, www.acs.org � Journals)
•• velikost molekuly / metoda pro stanovenvelikost molekuly / metoda pro stanoven íí informacinformac íí o strukturo struktur ááchch(i) malé molekuly (fyz.-chem. vlastnosti) × (ii) velké systémy (geometrie!!)
shromažduje a třídí informace z různých databázíTopics/Subject Areas – Chemistry - Product/Servises – Databases -(Keyword/Property/Substance Name )
Příklad: Substance Name � ImidazoleNIST Data Gateway � 3 databases found for Imidazole1) SRD 69 NIST Chemistry WebBook – Search Options – Name
• (ii) PDB – Protein Data Bank (www.pdb.org)
21
Online databáze struktur molekul
•• odbornodborn éé ččlláánky v nky v žžurnurn áálechlech (KFC/CHL)
Web of Science / Web of Knowledge (http://apps.webofknowledge.com)NCBI PubMed (www.pubmed.gov)ACS (http://pubs.acs.org/, www.acs.org � Journals)
•• velikost molekuly / metoda pro stanovenvelikost molekuly / metoda pro stanoven íí informacinformac íí o strukturo struktur ááchch(i) malé molekuly (fyz.-chem. vlastnosti) × (ii) velké systémy (geometrie!!)
shromažduje a třídí informace z různých databázíTopics/Subject Areas – Chemistry - Product/Servises – Databases -(Keyword/Property/Substance Name )
Příklad: Substance Name � ImidazoleNIST Data Gateway � 3 databases found for Imidazole1) SRD 69 NIST Chemistry WebBook – Search Options – Name
• (ii) PDB – Protein Data Bank (www.pdb.org)
22
Online databáze struktur molekul
•• odbornodborn éé ččlláánky v nky v žžurnurn áálechlech (KFC/CHL)
Web of Science / Web of Knowledge (http://apps.webofknowledge.com)NCBI PubMed (www.pubmed.gov)ACS (http://pubs.acs.org/, www.acs.org � Journals)
•• velikost molekuly / metoda pro stanovenvelikost molekuly / metoda pro stanoven íí informacinformac íí o strukturo struktur ááchch(i) malé molekuly (fyz.-chem. vlastnosti) × (ii) velké systémy (geometrie!!)
shromažduje a třídí informace z různých databázíTopics/Subject Areas – Chemistry - Product/Servises – Databases -(Keyword/Property/Substance Name )
Příklad: Substance Name � ImidazoleNIST Data Gateway � 3 databases found for Imidazole1) SRD 69 NIST Chemistry WebBook – Search Options – Name
• (ii) PDB – Protein Data Bank (www.pdb.org)
23
Online databáze struktur molekul
•• odbornodborn éé ččlláánky v nky v žžurnurn áálechlech (KFC/CHL)
Web of Science / Web of Knowledge (http://apps.webofknowledge.com)NCBI PubMed (www.pubmed.gov)ACS (http://pubs.acs.org/, www.acs.org � Journals)
•• velikost molekuly / metoda pro stanovenvelikost molekuly / metoda pro stanoven íí informacinformac íí o strukturo struktur ááchch(i) malé molekuly (fyz.-chem. vlastnosti) × (ii) velké systémy (geometrie!!)