Page 1
ISOLASI DAN IDENTIFIKASI BAKTERI PROBIOTIK DARI
ORGAN PENCERNAAN IKAN PATIN (Pangasius
hypophthalmus)
SKRIPSI
Diajukan untuk Memenuhi Sebagian Syarat
Mencapai Derajat Sarjana (S-1)
Oleh :
PUTRI UTAMI
1201070030
PROGRAM STUDI PENDIDIKAN BIOLOGI
FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN
UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH PURWOKERTO
2017
Page 2
ii
ii
Isolasi Dan Identifikasi..., Putri Utami, FKIP UMP, 2017
Page 3
iii
iii
Isolasi Dan Identifikasi..., Putri Utami, FKIP UMP, 2017
Page 4
iv
iv
Isolasi Dan Identifikasi..., Putri Utami, FKIP UMP, 2017
Page 5
v
MOTTO
Artinya :
“Orang yang menuntut ilmu bearti menuntut rahmat ; orang yang menuntut ilmu
bearti menjalankan rukun Islam dan Pahala yang diberikan kepada sama dengan
para Nabi”.
( HR. Dailani dari Anas r.a )
Artinya:
“ Kesabaran itu dapat menolong sagala pekerjaan “
v
Isolasi Dan Identifikasi..., Putri Utami, FKIP UMP, 2017
Page 6
vi
HALAMAN PERSEMBAHAN
Karya kecil ini, penulis persembahkan untuk :
1. Bapak Prio Utomo, S.Pd.SD dan Ibu Santi Aprina tercinta terimakasih
atas segala kasih sayang, doa, dan pengorbanan yang tiada henti.
2. Keluarga besarku yang selalu memberikan dukungan dan doa yang tak
putus pula.
vi
Isolasi Dan Identifikasi..., Putri Utami, FKIP UMP, 2017
Page 7
vii
UCAPAN TERIMAKASIH
Assalamu’alaikum wr. wb.
Puji syukur kehadirat Allah SWT yang telah memberikan rahmat dan
karunia-nya kepada penulis sehingga dapat menyelesaikan skripsi yang berjudul
“Isolasi dan Identifikasi Bakteri Probiotik Dari Organ Pencernaan Ikan Patin
(Pangasius hypophthalmus)”. Penulis menyusun skripsi ini sebagai salah satu
persyaratan untuk memperoleh gelar kesarjanaan pada Program Studi Pendidikan
Biologi di Universitas Muhammadiyah Purwokerto.
Pada kesempatan ini, penulis mengucapkan terimakasih setulus – tulusnya
kepada Drs. Heri Maryanto, M.Si. selaku pembimbing I dan drh. Cahyono
Purbomartono, M.Sc. selaku pembimbing II yang telah berkenan membimbing
dan mengarahkan penulis dalam penyelesaiian skripsi ini.
Ucapan terimakasih dan penghargaan juga penulis sampaikan keada :
1. Drs. Pudiyono, M. Hum. Selaku Dekan Fakultas Keguruan dan Ilmu
Pendidikan Universitas Muhammadiyah Purwokerto.
2. Drs. Arief Husin, M.Si. selaku Ketua Program Studi Pendidikan Biologi.
3. Seluruh Dosen Program Studi Pendidikan Biologi Universitas
Muhammadiyah Purwokerto yang telah membimbing dan memberikan
ilmunya kepada penulis selama perkuliahan.
4. Kedua orang tua tercinta Ibu Santi Aprina dan Bapak Prio Utomo, S.Pd.SD.
yang telah memberikan dukungan moril maupun materil kepada penulis dalam
penyusunan skripsi ini.
5. Laboran Laboratorium Mikrobiologi dan Pangan Selvi Yenitasari, S.Pd. yang
telah melayani dengan sepenuh hati.
6. Teman – teman (Mufliah, Epriliana Dewi, Anna Miftakhul Jannah, Vika
Anggelika, Di’ayatul Choeriyah) yang selalu menyemangati, menemani,
menuntun serta menghibur dalam suka dan duka.
vii
Isolasi Dan Identifikasi..., Putri Utami, FKIP UMP, 2017
Page 8
viii
7. Teman – teman penelitian (Inditia Rara P., Darmuti, Novi Widayanti, Lina
Nur Afifah, Vika Lawnia, Berlian Bunya Rista, Akbar Arifurrohman, Yunita,
dan Suci Dwi R) yang telah membantu penulis selama penelitian.
8. Teman – teman Program Studi Pendidikan Biologi Universitas
Muhammadiyah Purwokerto terimakasih atas bantuan, semangat, dan
dukungannya selama ini.
9. Bapak dan Ibu pemilik Kost Begonia dan teman – teman Kost Begonia
yang senantiasa memberikan kasih sayang, pengertian, dan perhatiannya
selama ini.
10. Semua pihak yang membantu terselesaikannya penulisan skripsi.
Penulis menyadari bahwa dalam penyusunan skripsi ini masih terdapat
banyak kekurangan bahkan jauh dari sempurna. Oleh karena itu, penulis
mengharapkan adanya kritik dan saran yang bersifat membangun demi
kesempurnaan skripsi ini. Demikian, semoga dengan terselesaikannya skripsini
berguna bagi para pembaca pada umumnya dan khususnya bagi penulis serta
Program Studi Pendidikan Biologi.
Wassalamu’alaikum wr. wb.
Purwokerto, 21 Januari 2017
Penulis,
viii
Isolasi Dan Identifikasi..., Putri Utami, FKIP UMP, 2017
Page 9
ix
ISOLASI DAN IDENTIFIKASI BAKTERI BERPOTENSI PROBIOTIK
DARI ORGAN PENCERNAAN IKAN PATIN (Pangasius hypophthalmus)
ABSTRAK
Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi dan mengidentifikasi bakteri
probiotik pada organ pencernaan (lambung dan unsus) ikan Patin (Pangasius
hypophthalmus). Penelitian telah dilaksanakan pada bulan Agustus – November
2016. Isolasi dilakukan dengan mengambil bagian organ lambung dan usus ikan
Patin. Seleksi bakteri probiotik dilakukan dengan memasukkan organ lambung
dan usus ikan Patin kedalam larutan NaCl 0,9% pH 2 kemudian diencerkan pada
pengenceran 10-1
dilanjutkan menanam secara pour plate pada medium Tryptone
Soya Agar. Isolat murni yang diperoleh sebanyak 7 isolat, kemudian
diidentifikasi berdasarkan pengamatan makroskopis sel, mikroskopis sel, dan uji
biokimia aktivitas sel bakteri.Isolat bakteri diidenfikasi menggunakan buku
Bergey’s Manual Determinative of Bacteriologgy (Holt et al., 1994). Hasil
identifikasi terdapat 5 genus bakteri diantaranya Enterobacter, Bacillus,
Pseudomonas, Neisseria, dan Azomonas. Kelima genus tersebut ketika di uji
antagonistik terhadap bakteri patogen (Aeromonas hydrophylla) genus Azomonas
tidak dapat menghambat bakteri A. hydrophylla. Berdasarkan hasil penelitian, 7
isolat bakteri memiliki potensi sebagai bakteri probiotik.
Kata Kunci : Bakteri Probiotik , Identifikasi, Ikan Patin, Isolasi.
ix
Isolasi Dan Identifikasi..., Putri Utami, FKIP UMP, 2017
Page 10
x
ISOLATION AND IDENTIFICATION OF PROBIOTIC BACTERIA
FROM CATFISH’ DIGESTIVE ORGAN (Pangasius hypophthalmus)
ABSTRACT
The research aims to isolate and identify probiotic bacteria in digestive
organ (stomach and intestine) of cathfish (Pangasius hypophthalmus). This
research was conducted from July to November 2016. The isolation was done by
taking the parts of stomach and catfish’ intestine. Probiotic bacteria selection was
done by entering the stomach and intestine of catfish into liquid of NaCl 0,9% pH
2 then it was diluted 10-1
dilution, after that planted using pour plate in Tryptone
Soya Agar medium. In order to obtain 7 isolats, it was identified based on the
observation of cell macroscopic, cell microscopic, and biochemical test on
bacteria cell activity. Bacterium isolat was identified using Bergey’s Manual
Determinative of Bacteriology book (Holt et al., 1994). The result showed that
there were 5 genus of bacterianamely Enterobacter, Bacillus, Pseudomonas,
Neiseria, and Azomonas. When those five genus were tested antagonistic to
patogen bacterium (Aeromonas hydrophylla), Azomonas genus could not impede
A. hydrophylla bacterium. Based on the research, seven isolate bacteria had the
potential as the probiotic bacterium.
Keyword: Probiotic Bacterium, Catfish, Isolation, Identification.
x
Isolasi Dan Identifikasi..., Putri Utami, FKIP UMP, 2017
Page 11
xi
DAFTAR ISI
Halaman
UCAPAN TERIMAKASIH ................................................................................ vii
DAFTAR ISI ........................................................................................................ xi
DAFTAR TABEL ................................................................................................ xiv
DAFTAR GAMBAR ............................................................................................. xv
DAFTAR LAMPIRAN ....................................................................................... xvii
BAB I PENDAHULUAN
1.1 Latarbelakang Permasalah .............................................................................. 1
1.2 Perumusan Masalah ........................................................................................ 4
1.3 Tujuan Penelitian ............................................................................................ 4
1.4 Manfaat Penelitian .......................................................................................... 4
BAB II TINJAUAN PUSTAKA
2.1 Isolasi Bakteri.................................................................................................. 5
2.2 Identifikasi Bakteri .......................................................................................... 6
2.2.1 Ukuran Bakteri .................................................................................... 8
2.2.2 Bentuk Bakteri .................................................................................... 8
2.2.3 Pewarnaan Bakteri ............................................................................ 10
2.3 Probiotik ........................................................................................................ 10
2.3.1 Karakteristik Probiotik ...................................................................... 12
2.3.2 Mekanisme Kerja Bakteri Probiotik.................................................. 13
2.4 Ikan Patin (Pangasius hypophthalmus) ......................................................... 14
2.4.1 Klasifikasi Ikan Patin ........................................................................ 14
2.4.2 Morfologi Ikan Patin ......................................................................... 14
xi
Isolasi Dan Identifikasi..., Putri Utami, FKIP UMP, 2017
Page 12
xii
2.4.3 Sifat Biologis Ikan Patin ................................................................... 15
2.5 Bakteri Aeromonas hydrophylla ................................................................... 16
2.5.1 Klasifikasi Bakteri Aeromonas hydrophylla ..................................... 16
2.5.2 Morfologi Bakteri Aeromonas hydrophylla ...................................... 16
2.5.3 Habitat Bakteri Aeromonas hydrophylla ........................................... 16
2.5.4 Patogenitas Bakteri Aeromonas hydrophylla .................................... 17
BAB III METODE PENELITIAN
3.1 Tempat dan Waktu ........................................................................................ 19
3.2 Alat dan Bahan .............................................................................................. 19
3.2.1 Alat .................................................................................................... 19
3.2.2 Bahan................................................................................................. 19
3.3 Metode Penelitian.................................................................................... 20
3.4 Cara Kerja ..................................................................................................... 20
3.4.1 Sterilisasi Alat dan Bahan ................................................................. 20
3.4.2 Pengambilan Sampel ......................................................................... 20
3.4.3 Pembuatan Medium .......................................................................... 21
3.4.4 Isolasi Bakteri Probiotik .................................................................... 23
3.4.5 Tahap Pemurnian Kultur Bakteri ...................................................... 24
3.4.6 Pemeliharaan ..................................................................................... 24
3.4.7 Pengamatan Karakteristik Bakteri..................................................... 24
3.4.8 Uji Biokimia Terhadap Isolat ............................................................ 26
3.4.9 Seleksi Bakteri Probiotik................................................................... 29
3.4.10 Identifikasi Bakteri ............................................................................ 30
xii
Isolasi Dan Identifikasi..., Putri Utami, FKIP UMP, 2017
Page 13
xiii
3.4.11 Analisis Data ..................................................................................... 30
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
4.1 Hasil .............................................................................................................. 31
4.1.1 Isolasi dan Identifikasi Bakteri.......................................................... 31
4.1.2 Hasil pengamatan Karakteristik Makroskopis
Koloni Bakteri ................................................................................... 32
4.1.3 Hasil pengamatan Karakteristik
Mikroskopis Sel Bakteri .................................................................... 34
4.1.4 Hasil Uji Biokimia ............................................................................ 34
4.2 Pembahasan ................................................................................................... 44
4.2.1 Uji Biokimia Positif .......................................................................... 44
4.2.2 Karakteristik Bakteri Probiotik ......................................................... 50
4.2.3 Uji Sensitifitas Bakteri
Probiotik dengan Bakteri Patogen ..................................................... 55
BAB V KESIMPULAN DAN SARAN
5.1 Kesimpulan ................................................................................................... 57
5.2 Saran .............................................................................................................. 57
DAFTAR PUSTAKA ......................................................................................... 58
LAMPIRAN – LAMPIRAN ............................................................................... 61
xiii
Isolasi Dan Identifikasi..., Putri Utami, FKIP UMP, 2017
Page 14
xiv
DAFTAR TABEL
Halaman
Tabel 4.1. Kode Isolat. ...................................................................................... 31
Tabel 4.2. Morfologi koloni bakteri probiotik
pada cawan petri. ................................................................................ 32
Tabel 4.3. Pengamatan mikroskopis bentuk sel bakteri. .................................... 34
Tabel 4.4. Karakteristik isolat LUP-01............................................................... 39
Tabel 4.5. Karakteristik isolat LUP-02 dan LUP-07. ......................................... 40
Tabel 4.6. Karakteristik isolat LUP-03 dan LUP-04. ......................................... 41
Tabel 4.7. Karakteristik isolat LUP-05............................................................... 42
Tabel 4.8. Karakteristik isolat LUP-06............................................................... 43
Tabel 4.9. Isolat bakteri hasil identifikasi. ......................................................... 51
Tabel 4.10 Diameter zona hambat bakteri probiotik
Terhadap bakteri Aeromonas hydrophylla. ...................................... 56
xiv
Isolasi Dan Identifikasi..., Putri Utami, FKIP UMP, 2017
Page 15
xv
DAFTAR GAMBAR
Halaman
Gambar 4.1. Hasil pengamatan motilitas bakteri probiotik menujukkan
semua bakteri motil. (Bakteri A = LUP-01; B = LUP-02; C =
LUP-03; D = LUP-04; E = LUP-05; F = LUP-06; G = LUP-
07). ................................................................................................. 33
Gambar 4.2. Hasil uji fermentasi karbohidrat dilakukan pada 7 isolat calon
bakteri probiotik menunjukkan bahwa bakteri A,B,C,D,F,G,
dapat memfermentasi laktosa dan sukrosa, tidakmenghasilkan
gas, sedangkan bakteri E tidak dapat memfermentasikan
karbohidrat dan tidak menghasilkan gas.(Bakteri A = LUP-
01; B = LUP-02; C = LUP-03; D = LUP-04; E = LUP-05; F
= LUP-06; G = LUP-07).............................................................. 35
Gambar 4.3. Hasil uji MR dilakukan pada 7 isolat probiotik adalah (MR +)
dengan warna merah pada permukaan medium. (Bakteri A =
LUP-01; B = LUP-02; C = LUP-03; D = LUP-04; E = LUP-
05; F = LUP-06; G = LUP-07). ................................................... 36
Gambar 4.4. Hasil uji VP dilakukan pada 7 isolat bakteri calon probiotik
adalah (VP +) dengan warna merah pada medium sedangkan
(VP -) dengan warna kuning pada medium. (Bakteri A =
LUP-01; B = LUP-02; C = LUP-03; D = LUP-04; E = LUP-
05; F = LUP-06; G = LUP-07). ................................................... 37
Gambar 4.5. Hasil uji indol dilakukan pada 8 isolat bakteri calon probiotik
adalah (indol +) dengan warna merah pada permukaan
medium. (Bakteri A = LUP-01; B = LUP-02; C = LUP-03;
D = LUP-04; E = LUP-05; F = LUP-06; G = LUP-07). .......... 37
Gambar 4.6. Zona hambat isolate bakteri calon probiotik (isolate A, B, C,
D, E, F, G,) terhadap bakteri A. hidrophylla. (Bakteri A =
LUP-01;B = LUP-02; C = LUP-03; D = LUP-04; E = LUP-05; F = LUP-06; G = LUP-07). ................................................... 38
Gambar 4.7.Persamaan reaksi penguraian H2O2 oleh enzim Katalase
(Cappucino & Sherman, 1987). ................................................... 45
Gambar 4.8. Persamaan reaksi perubahan warna pada medium uji VP
(Capucino & Sherman, 1987). ..................................................... 48
xv
Isolasi Dan Identifikasi..., Putri Utami, FKIP UMP, 2017
Page 16
xvi
Gambar 4.9. Persamaan reaksi fermentasi karbohidrat (Cappuccino &
Sherman, 1987). ....................................................................... 49
Gambar 4.10. Persamaan reaksi perubahan warna pada medium VP
(Cappuccino & Sherman, 1987). ............................................... 49
Gambar 4.11. Reaksi penguraian Tryptophan oleh enzim Tryptophanase
(Cappuccino & Sherman, 1987). ............................................... 50
xvi
Isolasi Dan Identifikasi..., Putri Utami, FKIP UMP, 2017
Page 17
xvii
DAFTAR LAMPIRAN
Halaman
Lampiran 1 ......................................................................................... 61
Lampiran 2 ......................................................................................... 62
Lampiran 3 ......................................................................................... 64
Lampiran 4 ......................................................................................... 68
Lampiran 5 ......................................................................................... 69
xviii
Isolasi Dan Identifikasi..., Putri Utami, FKIP UMP, 2017