Top Banner
1 1 INTRODUKSJON TIL PUBMED Medisinsk bibliotek September 2009 [email protected] 2 • Biomedisinsk forskning er i enorm vekst og det er ikke enkelt å holde seg orientert. • Det kreves både kunnskap og ferdigheter for å finne frem i informasjonsjungelen. • Det stilles også nå større krav til at det dokumenteres kvalitetssikret litteratursøking i forbindelse med vitenskaplig publisering. • Litteratursøkingen skal være dokumentert og etterprøvbar. Det er som regel ingen fasitsvar i forbindelse med litteratur- søking, og det er derfor viktig å kunne ettergå litteratursøkingen i et arbeide. Litteratursøk Referanseliste Kilder
36

INTRODUKSJON TIL PUBMED - folk.ntnu.nofolk.ntnu.no/janove/medbib/pdf_filer/pubmed_handsout_sept_09.pdf · 1 1 INTRODUKSJON TIL PUBMED Medisinsk bibliotek September 2009 [email protected]

Aug 31, 2019

Download

Documents

dariahiddleston
Welcome message from author
This document is posted to help you gain knowledge. Please leave a comment to let me know what you think about it! Share it to your friends and learn new things together.
Transcript
Page 1: INTRODUKSJON TIL PUBMED - folk.ntnu.nofolk.ntnu.no/janove/medbib/pdf_filer/pubmed_handsout_sept_09.pdf · 1 1 INTRODUKSJON TIL PUBMED Medisinsk bibliotek September 2009 medbib@ub.ntnu.no

1

1

INTRODUKSJON TIL PUBMED

Medisinsk bibliotekSeptember [email protected]

2

• Biomedisinsk forskning er i enorm vekst og det er ikkeenkelt å holde seg orientert.

• Det kreves både kunnskap og ferdigheter for å finne frem i informasjonsjungelen.

• Det stilles også nå større krav til at det dokumenteres kvalitetssikret litteratursøking iforbindelse med vitenskaplig publisering.

• Litteratursøkingen skal være dokumentert og etterprøvbar. Det er som regel ingen fasitsvari forbindelse med litteratur-søking, og det er derfor viktig åkunne ettergå litteratursøkingeni et arbeide.

Litteratursøk

ReferanselisteKilder

Page 2: INTRODUKSJON TIL PUBMED - folk.ntnu.nofolk.ntnu.no/janove/medbib/pdf_filer/pubmed_handsout_sept_09.pdf · 1 1 INTRODUKSJON TIL PUBMED Medisinsk bibliotek September 2009 medbib@ub.ntnu.no

2

3

SøkestrategiInformasjonssøking = Søkestrategi + Søketeknikk

• Still deg selv spørsmål for å definere problemstillingen og hva det er det ønskes informasjon om. Å stille presise spørsmål er et av de viktigste skrittene i søkeprosessen.

• Strukturer og fokuser problemstillingen før søking, men vær fleksibel underveis. Søkeprosessen skal være dynamisk.

• Bryt problemstillingen ned i nøkkelord. Vurder om det finnes synonymer for de ulike nøkkelordene (stol ikke kun på et nøkkelord). I de fleste baser må du bruke engelske søkeord.

• Pass på å ikke bruke for spesifikke nøkkelord i starten. Start bredt og heller bli mer spesifikk etter hvert.

• Bruk emneordliste (tesaurus) der dette er mulig for å finne relevante nøkkelord.

4 Figur lånt fra hjemmesiden til Durham University Library

Skriv operatorene med STORE bokstaver!

Bruk NOT med forsiktighet!

Page 3: INTRODUKSJON TIL PUBMED - folk.ntnu.nofolk.ntnu.no/janove/medbib/pdf_filer/pubmed_handsout_sept_09.pdf · 1 1 INTRODUKSJON TIL PUBMED Medisinsk bibliotek September 2009 medbib@ub.ntnu.no

3

5

Problemstilling:

Fører luftforurensning i urbane strøk til økt dødelighet blant befolkningen?

6

SøkestrategiPICO – et hjelpemiddel i søkeprosessenFører luftforurensning i urbane strøk til økt dødelighet blant befolkningen?

DeathDeath rate

Mortality Survival RateLife Expectancy

(MESH)

Rural Population(MESH)

Poor air qualityPolluted air

Air PollutionAir Pollutants

(MESH)

City populationInner-city population

Urban Poplation(MESH)

Økt dødelighetLandbefolkningLuftforurensningBefolkning i byer

Outcome

Resultat?

Comparison

Alternativet?

Intervensjon/Eksposisjon

Hva?

Pasienter/Populasjon/Problem

Hvem?

OR OR

AND

(Etter: Haraldstad & Christophersen, 2004)

Page 4: INTRODUKSJON TIL PUBMED - folk.ntnu.nofolk.ntnu.no/janove/medbib/pdf_filer/pubmed_handsout_sept_09.pdf · 1 1 INTRODUKSJON TIL PUBMED Medisinsk bibliotek September 2009 medbib@ub.ntnu.no

4

7

SøkestrategiPICO – et hjelpemiddel i søkeprosessen

Ikke alle søk lar seg gruppere i fire kategorier, men to eller tre av kategoriene bør kunne identifiseres.

Hvem – Virkemiddel – Utfall

Søkeresultat fra PubMed

8

SøkestrategiPICO – Noen eksempler

Spørsmål om effekt: Er trening et effektivt tiltak for å redusere overvekt?Hvem: Overvektige barnHva (tiltak): TreningUtfall: Vektutvikling

Spørsmål om diagnose: Er CT med kontrast best for å vurdere mulig nyrestein?Hvem: Pasienter med mistenkt nyresteinHva: CTUtfall: Testens presisjon

Spørsmål om årsak: Er risikoen for å utvikle lærevansker økt blantbarn som er født for tidlig?

Hvem: SkolebarnHva: Født for tidligUtfall: Lærevansker

Page 5: INTRODUKSJON TIL PUBMED - folk.ntnu.nofolk.ntnu.no/janove/medbib/pdf_filer/pubmed_handsout_sept_09.pdf · 1 1 INTRODUKSJON TIL PUBMED Medisinsk bibliotek September 2009 medbib@ub.ntnu.no

5

9

SøkestrategiNoen råd for søkeprosessen

• Vær oppmerksom på emneordenes/tesaurusenes hierarkiske oppbygging (sjekk overordnede/underordnede emneord).

• Sjekk scope (definisjon) og når emneord ble tatt i bruk.

• Husk at bruken av faguttrykk og emneord kan ha endret seg overtid.

• Husk at nye artikler ofte ikke har fått påsatt emneord.

• Bruk din fagkunnskap til å finne eventuelle synonymord.

• Husk ulik skrivemåte for engelsk/amerikansk (behaviour/behavior)

• For et optimalt resultat, bør både emneordssøk og fritekstsøkutføres.

• Bruk forfattersøk på spesielt relevante forfattere som supplement.

10

SøkestrategiNoen råd for søkeprosessen

• Ønskes spesielle publikasjonstyper, bruk mulighetene som ligger under avgrensning, og ikke søk på disse som emneord

- Søk på RCT som emneord gir artikler om anvendelsen avdenne forskningsmetoden.

- Søk der RCT brukes som avgrensning vil gi artikler som erRCT.

• Når det gjelder legemidler, søk både på salgsnavn og generisk navn(mange legemidler har også egne emneord).

Viagra OR sildenafil

• En viktig del av søkeprosessen er å vurdere hvilken type publikasjon (oversiktsartikkel, case report, RCT etc.) som vil gi svar på dine spørsmål, samt hvilket fokus artiklene skal ha (diagnose, etiologi, prognose, behandling etc.).

Page 6: INTRODUKSJON TIL PUBMED - folk.ntnu.nofolk.ntnu.no/janove/medbib/pdf_filer/pubmed_handsout_sept_09.pdf · 1 1 INTRODUKSJON TIL PUBMED Medisinsk bibliotek September 2009 medbib@ub.ntnu.no

6

11

• Pubmed (Medline) er den største fagdatabasen for biomedisin, ogdekker både biomedisinsk grunnforskning og mer klinisk, sykdoms-orientert materiale.

• Inneholder over 19 millioner ref. fra 5363 (Nov 2008) tidsskrifter fra USA og 80 andre land. Dekker 1948 og fremover.

• Gir gode muligheter til presise søk takket være det gode emneordssystemet (MESH).

• Best dekning på amerikanske og engelskspråklige titler (men 56 andre språk er representert).

• Medline er også tilgjengelig for NTNU og St. Olav via Ovid-grensesnittet fra Helsebiblioteket.no

• PubMed er fritt tilgjengelig for alle.

• Husk at du alltid bør søke i minst en database til, i tillegg til PubMed (for eksempel EMBASE, Cochrane eller ISI)!

12

Medline(1966 ->)

OldMedline(1948 - 1966)

PubMed –In process

PubMed –as supplied by publisher

Hva er PubMed?

Page 7: INTRODUKSJON TIL PUBMED - folk.ntnu.nofolk.ntnu.no/janove/medbib/pdf_filer/pubmed_handsout_sept_09.pdf · 1 1 INTRODUKSJON TIL PUBMED Medisinsk bibliotek September 2009 medbib@ub.ntnu.no

7

13

Hvordan artikler kommer inn i PubMed:

PubMed -Indexed

for MedlinePubMed – as supplied by publisher

Pub Med – in processIndividuelletidsskrift

KvalitetssjekkMESH ord

Noen uker

Pubmed oppdateres daglig

14 http://www.ntnu.no/ub/fagside/medisin

Bruk lenka til PubMed fra fagsiden for å få tilgang til fulltekst og kopibestilling via .

Hvordan skaffe artikler?

Page 8: INTRODUKSJON TIL PUBMED - folk.ntnu.nofolk.ntnu.no/janove/medbib/pdf_filer/pubmed_handsout_sept_09.pdf · 1 1 INTRODUKSJON TIL PUBMED Medisinsk bibliotek September 2009 medbib@ub.ntnu.no

8

15

PubMed - Oversikt

Søkefelt

Pålogging til personlig område

Avgrensninger Søkehistorikk

Hjelpefunksjoner

Spesialfunksjoner:- Tidsskriftsøk- Emneordsøk (MESH)- Siteringssøk- Hjelpemiddel for klinisk søking

og spesialsøk

SøkedetaljerAvansert søk:- Søk v.h.a. menyer- Avgrensninger- Feltsøk/indekser- Søkehistorikk

16

MESH-søkingHva er en tesaurus/et tesaurusord?

Mad Cow Disease ?Crazy Cow Syndrome ?Bovine Spongiform Encephalopathy ?BSE ?Bovine Encephalopathy?

I MESH brukes

Encephalopathy, Bovine Spongiform

konsekvent som tesaurusord (emneord) for alle artikler som handler om dette temaet.

En tesaurus er et kontrollert vokabular med emneord som brukes i databasene.

Page 9: INTRODUKSJON TIL PUBMED - folk.ntnu.nofolk.ntnu.no/janove/medbib/pdf_filer/pubmed_handsout_sept_09.pdf · 1 1 INTRODUKSJON TIL PUBMED Medisinsk bibliotek September 2009 medbib@ub.ntnu.no

9

17

Emnesøk og bruk av Boolske operatorerHar vitamin C eller tran (fiskeoljer) noen hensikt i forebygging og behandling av forkjølelse?

Her søkes det etter artikler som inneholder ordene commoncold OG vitamin C ELLER fish oil i tittel eller sammendrag.

Det skjer imidlertid også en mapping mot MESH (den medisinske tesaurusen).

PubMed settter automatisk AND hvis du skriver flere ord!

18

Hvordan tolker PUBMED ditt søk?Klikk på Details knappen

Vi ser her at Common Cold og Fish Oils er MESH ord, men at vitamin C er mappet mot MESH ordet Ascorbic Acid. PubMedoverprøver ikke ditt søk, og søker i tillegg på søkeordene dine i alle felter [All Fields].

Page 10: INTRODUKSJON TIL PUBMED - folk.ntnu.nofolk.ntnu.no/janove/medbib/pdf_filer/pubmed_handsout_sept_09.pdf · 1 1 INTRODUKSJON TIL PUBMED Medisinsk bibliotek September 2009 medbib@ub.ntnu.no

10

19

Emnesøk og bruk av Boolske operatorer

Bruk parenteser når du bruker flere søkeord og forskjellige Boolske operatører. Pubmed behandler søkeord fra venstre mot høyre.

common cold AND vitamin C OR fish oil

Gir ikke samme resultat som

Common cold AND (vitamin C OR fish oil)

20

PubMed - Indekssøking?

Denne funksjonen kan brukes til å finne ut hvilke termer/ord som finnes i ulike felter, og hvor ofte de forekommer.

Det er mulig å velge flere ord v.h.a. Ctrl tasten og kombinere dem med AND, OR og NOT knappene.

Skriv inn ord/uttrykk

Velg bestemte felter (tittel, forfatter, o.s.v.)

Page 11: INTRODUKSJON TIL PUBMED - folk.ntnu.nofolk.ntnu.no/janove/medbib/pdf_filer/pubmed_handsout_sept_09.pdf · 1 1 INTRODUKSJON TIL PUBMED Medisinsk bibliotek September 2009 medbib@ub.ntnu.no

11

21

TrunkeringSøking på ordstamme:

Child* gir søk på child, children, childhood o. s. v.

* brukes av bl.a. Bibsys Pubmed, ISI og Spirsbasene(Biological abstracts).

$ brukes av bl.a. Ovid basene (EMBASE)

I noen baser brukes $ og ? I tillegg til * som wildcards. Sjekk brukerveiledningen for basene for mer informasjon.

22

Bruk trunkering med forsiktighet, da denne funksjonen kan gi mange treff og mye støy, samt at den i noen baser vil slåav mappingen mot emneord (for eksempel i Pubmed).

Søk heller på synonymer med OR:

Child OR Children OR Childhood

Trunkering

Page 12: INTRODUKSJON TIL PUBMED - folk.ntnu.nofolk.ntnu.no/janove/medbib/pdf_filer/pubmed_handsout_sept_09.pdf · 1 1 INTRODUKSJON TIL PUBMED Medisinsk bibliotek September 2009 medbib@ub.ntnu.no

12

23

Frasesøking i PubmedFrasesøk: ”vitamin c” ”brain cancer”

Dette er et viktig hjelpemiddel når man søker på nettet (for eksempel via Google), og er også mulig i PubMed for å indikere at to ord skal stå ved siden av hverandre.

Bruk av frasesøk i Pubmed frarådes imidlertid fordi dette vil slåav PubMeds mapping mot MESH ord.

Søk på vitamin c:

("ascorbic acid"[TIAB] NOT Medline[SB]) OR "ascorbic acid"[MeSH Terms] OR vitamin C[Text Word]Søk på “vitamin c”:

"vitamin C"[All Fields]Du kan imidlertid bruke frasesøking når du på forhånd har sjekket at det ikke finnes noe MESH-ord knyttet til temaet/søkeordene du leter etter.

24

MESH-søkingSøking med vanlige ord (fritekst) kan ofte gi mange irrelevante treff.

For en høyere presisjon i søkene kan søk direkte på emneord brukes.

I PubMed leses alle indekserte artikler av fagpersoner som setter på10-12 MESH ord, som da skal i stor grad skal reflektere innholdet iartikkelen.

Ulempen med MESH søking er at helt nye artikler kan mangle MESH ord, og blir dermed ikke funnet.

Sjekk alltid definisjon og event. årstall for det MESH ordet du vil bruke.

MESH tesaurusen er tilgjengelig fra menyen til venstre på hovedsiden.

Page 13: INTRODUKSJON TIL PUBMED - folk.ntnu.nofolk.ntnu.no/janove/medbib/pdf_filer/pubmed_handsout_sept_09.pdf · 1 1 INTRODUKSJON TIL PUBMED Medisinsk bibliotek September 2009 medbib@ub.ntnu.no

13

25

MESH-søking

Skriv inn søkeord/ emneord.

Du får da forslag til MESH ord.

Klikk på aktuelt MESH for mer informasjon.

Legg merke til MESH!

26

MESH-søking

Definisjon

Aspektorer

Synonymer dekket av denne MESH termen.

MESH tre/hierarki

MESH tesaurusen vil ofte gi forslag til relaterte MESH ord som kan være relevante sammen med det valgte ordet.

Page 14: INTRODUKSJON TIL PUBMED - folk.ntnu.nofolk.ntnu.no/janove/medbib/pdf_filer/pubmed_handsout_sept_09.pdf · 1 1 INTRODUKSJON TIL PUBMED Medisinsk bibliotek September 2009 medbib@ub.ntnu.no

14

27

MESH-søking - Aspektorer

Aspektorene (subheadings) gir oss muligheten til å avgrense påspesielle aspekter ved emneordene (ved å hake av en eller flere av aspektorene).

Behandling av forkjølelse: Common Cold/therapy

Vær oppmerksom på at bruk av aspektorer kan føre til at man mister enkelte relevante artikler. Bruk derfor disse med forsiktighet!

Bruk aspektoren ”adverse effects” for å sjekke bivirkninger pålegemidler og behandling fremfor å søke direkte i fritekst.

Ønskes søk på aspektorer, må kun en eller flere av disse hakes av. Ikke hak av foran selve MESH ordet i tillegg!

28

MESH-søking - Emnetre

PubMed søker automatisk påunderemnord (”exploding”), og denne funksjonen må slås manuelt av.

Søker du på Angina Pectoris, søker du i tillegg på:- Angina, Unstable- Angina Pectoris, Variant- Microvascular Angina

Mange MESH ord finnes i flere emnetrær.

Page 15: INTRODUKSJON TIL PUBMED - folk.ntnu.nofolk.ntnu.no/janove/medbib/pdf_filer/pubmed_handsout_sept_09.pdf · 1 1 INTRODUKSJON TIL PUBMED Medisinsk bibliotek September 2009 medbib@ub.ntnu.no

15

29

MESH-søking

Kryss av for ønsket MESH ord (eller eventuelle aspektorer) og velg ”Send to Search box with and” fra ”Send to” menyen.

Alternativt, klikk på ”Links” (1) og velg Pubmed for å overført søket direkte til Pubmed (fungerer ikke ved bruk av aspektorer).

Trykk deretter på ”SearchPubMed” for å gjøre et søk på MESH ordet i PubMed

1

30

MESH-søking

MESH søk på vårt eksempel:

1. Common Cold [MESH]

2. Ascorbic Acid [MESH]

3. Fish Oils [MESH]

4. 1 AND (2 OR 3)

Dette kan også uttrykkes direkte som:

Common Cold [MESH] AND (Ascorbic Acid [MESH] OR FishOils [MESH])Men det er bedre gjøre individuelle søk på de enkelte MESH ord først og kombinere til slutt.

Dette for å unngå feil i forbindelse med omfattende søk (som vil gi lange søkestrenger) og for at det skal bli lettere åinkludere nye MESH ord senere i søket.

Page 16: INTRODUKSJON TIL PUBMED - folk.ntnu.nofolk.ntnu.no/janove/medbib/pdf_filer/pubmed_handsout_sept_09.pdf · 1 1 INTRODUKSJON TIL PUBMED Medisinsk bibliotek September 2009 medbib@ub.ntnu.no

16

31

MESH-søking

Hvordan unngå å miste de nyeste artiklene ved MESH-søking?

1. Gjør først MESH-søket ditt (Søk1).2. Søk deretter på søkeordene/MESH-ordene som fritekstsøk, men

avgrens på artikler publisert de siste seks måneder (Søk2).3. Hvis du ønsker det, kan du slå sammen de to søkene til en

treffliste ved å kombinere dem: Søk1 OR Søk2

Husk at det vil variere fra tema til tema hvor mange nye artikler som ligger i PubMed uten emneord.

32

Hvordan finne alternative MESH ord

Velg ”Citation” i Display nedtrekksmenyen.

Page 17: INTRODUKSJON TIL PUBMED - folk.ntnu.nofolk.ntnu.no/janove/medbib/pdf_filer/pubmed_handsout_sept_09.pdf · 1 1 INTRODUKSJON TIL PUBMED Medisinsk bibliotek September 2009 medbib@ub.ntnu.no

17

33

Hvordan finne alternative MESH ord

Her kan du sjekke om det finnes alternative MESH ord som du ikke har tenkt på selv.

I Citation-grensesnittet får du informasjon om publikasjonstype, emneord m.m. nedenfor sammendraget

Viser event. Legemidler/kjemiske substanser omtalt i artikkelen

Viser referansens publikasjonstype

34

Det optimale søk

Det finnes ingen fasit for hvordan det perfekte søk skal utføres. Dette vil variere fra søk til søk.

Skal du gjøre grundige søk, vil det lønne seg både med tesaurussøk og fritekstsøk påalle mulige synonymer.

Start alltid med å søke bredt, og avgrens etter hvert etter behov.

Page 18: INTRODUKSJON TIL PUBMED - folk.ntnu.nofolk.ntnu.no/janove/medbib/pdf_filer/pubmed_handsout_sept_09.pdf · 1 1 INTRODUKSJON TIL PUBMED Medisinsk bibliotek September 2009 medbib@ub.ntnu.no

18

35

Historikk og Kombinasjonssøking

Går du deg vill i søkingen eller ønsker å kombinere søk, er det bare å klikke på ”History” knappen.

Kombinasjon av søk

Klikk på ”Result” for å gåtilbake til tidligere søk.

36

Historikk og Kombinasjonssøking

PubMed tester for tiden ut en del nye funksjoner i forbindelse med trefflista (disse vises til høyre for trefflista).

En av disse funksjonene er en oversikt over søkene som er utført (1).Klikk på søkeordene for å få opp søket på nytt. Det er ikke mulig å kombinere søkeord her (dette må gjøres i ”History”). Aktivitets-oversikten kan nullstilles (”Clear”) eller slås av (”Turn Off”).

Denne historikken (”Recent Activity”) blir lagret i 6 mnd. hvis du er pålogget MyNCBI.

1

Page 19: INTRODUKSJON TIL PUBMED - folk.ntnu.nofolk.ntnu.no/janove/medbib/pdf_filer/pubmed_handsout_sept_09.pdf · 1 1 INTRODUKSJON TIL PUBMED Medisinsk bibliotek September 2009 medbib@ub.ntnu.no

19

37

Avgrensning av søk

Avgrensning på dato

Avgrensning på språk

Avgrensning på kjønn og dyr/menneske

Avgrensning på alder

Avgrensning på publikasjonstype (for eksempel Review, RCT etc.

Avgrensning på forfatter

Avgrensning på tidsskrift

Avgrensning på felt

Avgrensning på tema

38

Avgrensning av søk - tidsavgrensning

”Published in the last” (= Publikasjonstidspunkt)Klikk på nedtrekksmenyen for å velge tidsavgrensning. Velg ”Choose date range” for å legge inn fra-til dato/år. Valget ”Anydate” gir søk i alle år som ligger inne.

”Added to PubMed in the last” gir mulighet til å avgrense påartikler lagt inn i PubMed siden et bestemt tidspunkt.

Trykk ”Clear” for å annullere valgte ”limits”.

Husk at søk også kan avgrenses ved å bruke flere søkeord og AND.

Page 20: INTRODUKSJON TIL PUBMED - folk.ntnu.nofolk.ntnu.no/janove/medbib/pdf_filer/pubmed_handsout_sept_09.pdf · 1 1 INTRODUKSJON TIL PUBMED Medisinsk bibliotek September 2009 medbib@ub.ntnu.no

20

39

Avgrensning av søk

Valgte avgrensninger

V viser at en eller flere avgrensninger er valgt.

NB!Denne må fjernes når du skal søke på nytt, da den har en tendens til å henge igjen (også hvis du går ut av PubMed og inn igjen senere).Tenk igjennom bruken av avgrensninger, da disse kan fjerne relevante artikler. Gjør testsøk med og uten avgrensninger for åvære sikker.

Husk at enkelte avgrensninger vil eliminere nye artikler som ikke er fullt indeksert i PubMed (eks: ”PubMed - in process” artikler).

40

Håndtering av trefflista

Interessante artikler kan merkes ved å hake dem av.

Velg:

Printer for utskrift

File for lagring eller import til Referanse-håndteringsprogram.

E-mail for å sende søk på epost.

Text for rent tekstformat.

RSS for nyhetsfeed.

Clipboard/Collectionsfor lagring av referanser i PubMed

Merker du noen artikler, vil kun disse bli overført til lagring eller utskrift. Du kan også lagre søkestrategien din på PubMedmed ”My NCBI” (”Save Search”).

Page 21: INTRODUKSJON TIL PUBMED - folk.ntnu.nofolk.ntnu.no/janove/medbib/pdf_filer/pubmed_handsout_sept_09.pdf · 1 1 INTRODUKSJON TIL PUBMED Medisinsk bibliotek September 2009 medbib@ub.ntnu.no

21

41

Utskrifttavla/Clipboard

Ønsker du å samle flere søk i en fil eller i ei utskrift, kan du lagre disse midlertidig på utklippstavla. Dette gjøres ved å velge ”Clipboard” (1) fra ”Send to” menyen.

Innholdet i utklipstavla hentes opp ved å trykke på Clipboard-fanen(2), og kan eksporteres på ulike måter som vanlig.

* , samt Clipboard (3) viser at det er innhold i utklippstavla.

Utklippstavla har plass til maks. 500 referanser.

1

2 3

42

Hvordan skaffe artikler?

Etter at du har gjort søket ditt i PubMed, kan du finne informasjon om muligheten til å få ut interessante artikler i fulltekst på flere måter fra trefflista.

Treffliste i PubMed

Page 22: INTRODUKSJON TIL PUBMED - folk.ntnu.nofolk.ntnu.no/janove/medbib/pdf_filer/pubmed_handsout_sept_09.pdf · 1 1 INTRODUKSJON TIL PUBMED Medisinsk bibliotek September 2009 medbib@ub.ntnu.no

22

43

Hvordan skaffe artikler?Pubmed & artikler som er fritt tilgjengelige på nettet:

Informasjon om artikler som er fritt tilgjengelig på nettet står nå nederst i referansen (klikk på lenka).

Lenke til gratis fulltekst kommer nå enten nedenfor sammendraget eller oppe til høyre sammen med e-UBiT knappen (se også neste lysbilde for plassering).

44

Hvordan skaffe artikler?Pubmed & e-UBIT: Klikk på hyperlenken for å

komme til sammendrag og event. fulltekst.

Lenke til fulltekst fra utgiver finnes for en del referanser, men virker bare når vi har abonnement eller artikkelen er gratis.

e-UBiT gir korrekt informasjon om fulltekst, samt mulighet til kopibestilling

Page 23: INTRODUKSJON TIL PUBMED - folk.ntnu.nofolk.ntnu.no/janove/medbib/pdf_filer/pubmed_handsout_sept_09.pdf · 1 1 INTRODUKSJON TIL PUBMED Medisinsk bibliotek September 2009 medbib@ub.ntnu.no

23

45

Opplysninger om referansen

Her får du beskjed om fulltekst kun når du har tilgang, og lenkene fører nesten alltid direkte til artikkelen (Merk informasjon om event. begrensninger i tilgang!).

Her kan du bestille kopi via Bibsys (hvis fulltekst mangler).

Her kan du gjøre et videresøk på forfatteren i ISI Web ofScience (Dette valget dukker ikke alltid opp).

Her kan du eksportere referansen til et referansehåndteringsverktøy (NB! Fungerer ikke alltid optimalt, og anbefales ikke!).

Her kan du gjøre et Internettsøk på ord i artikkelens tittel (for eksempel via Google Scholar). Kan også brukes til å finne fulltekst hvis vi ikke har tilgang på ordinær måte.

Her kan du sjekke beholdning av trykt utgave (hvis artikkelen ikke er tilgjengelig på nettet).

Her kan du sjekke det aktuelle tidsskrifts Impact Factor.

46

Hvordan skaffe artikler?Pubmed & e-UBIT:

Bruk alltid PDF versjon for utskrift.

Her kommer du først inn på nettversjon (html) av artikkelen. Utskrift av denne vil ofte bli feil og mangle bilder og figurer.

Eksempel på en fulltekstartikkel:

Det er ikke alle e-tidsskrifter som har artikler i begge formater. Noen har kun en pdf-versjon. Andre (spesielt eldre hefter) kan kun ha en nettversjon.

Page 24: INTRODUKSJON TIL PUBMED - folk.ntnu.nofolk.ntnu.no/janove/medbib/pdf_filer/pubmed_handsout_sept_09.pdf · 1 1 INTRODUKSJON TIL PUBMED Medisinsk bibliotek September 2009 medbib@ub.ntnu.no

24

47

Informasjon om event. trykt utgave ved

Universitetsbiblioteket

Legg inn lånenummer og etternavn.

Legg inn event. beskjed til biblioteket

Legg inn betalingsnummer som fås fra instituttet/ klinikken. Oppgis ikke dette, får du regning personlig

Nødvendige data om referansen er overført automatisk

Klikk en gang for å sende bestilling

48

PubMed – Avansert søk

Ordinært søkefelt

Søkehistorikk

Søk i bestemte felter v.h.a. meny Også tilgang til indeks.

Det er mulig å kombinere flere felter med AND eller OR.

Legg til flere søkefelt

Page 25: INTRODUKSJON TIL PUBMED - folk.ntnu.nofolk.ntnu.no/janove/medbib/pdf_filer/pubmed_handsout_sept_09.pdf · 1 1 INTRODUKSJON TIL PUBMED Medisinsk bibliotek September 2009 medbib@ub.ntnu.no

25

49

PubMed – Avansert søk

Avgrensninger.

Det er mulig å velge flere avgrensninger samtidig.

Valgte avgrensninger er aktive inntil de velges vekk (fjern avkryssing eller klikk på tilhørende ”Clear”knapp.

Søk i indeksen for de ulike feltene i PubMed

Snarveier til ulike spesialsøk

50

PubMed - Forfattersøk

Etternavn og initialer (uten komma) tolkes som forfatternavn. PubMed trunkerer fornavn slik at event. mellomnavnsinitialer blir inkludert.

Forfattersøk er også tilgjengelig gjennom feltavgrensning i Limits. Trykk på ”Add Author”, og skriv inn etternavn. Forfatterindeksen vil sprette opp med forslag til navn. Velg ønsket navn og trykk ”GO”.

b

Page 26: INTRODUKSJON TIL PUBMED - folk.ntnu.nofolk.ntnu.no/janove/medbib/pdf_filer/pubmed_handsout_sept_09.pdf · 1 1 INTRODUKSJON TIL PUBMED Medisinsk bibliotek September 2009 medbib@ub.ntnu.no

26

51

Forfattersøk kan også angis ved bruk av kommandoen [AU].

PubMed - Forfattersøk

Muligheter:

Navn [1AU]Forfatter er førsteforfatter på en artikkel.

Navn [LASTAU] Forfatter er sisteforfatter på en artikkel.

Navn [1AU] AND Navn [LastAU]Forfatter er eneforfatter på en artikkel.

52

PubMed – Søk på ord i tittel/originaltittel

Det kan søkes etter ord i tittel ved bruk av kommandoen [TI].

Du kan også søke etter ord i originaltittel (påoriginalspråket) ved bruk av kommandoen:

[TT]

Page 27: INTRODUKSJON TIL PUBMED - folk.ntnu.nofolk.ntnu.no/janove/medbib/pdf_filer/pubmed_handsout_sept_09.pdf · 1 1 INTRODUKSJON TIL PUBMED Medisinsk bibliotek September 2009 medbib@ub.ntnu.no

27

53

Søk i et bestemt tidsskriftVelg ”Journals database” fra menyen til venstre.

Husk at du også kan avgrense til bestemte tidsskrift v.h.a. LIMITS.

Søk på full tittel eller forkortelser (J* Clin* Onc*)

Denne søkemuligheten kan brukes til å finne tidsskriftforkortelser.

Klikk på links og velg PubMed for å søke påartikler kun i dette tidsskriftet.

54

SiteringssøkSiteringssøk brukes for å finne en referanse som du vet finnes, men som du har kun noen fåopplysninger om. Velg ”Single Citation Matcher”fra menyen til venstre.

Legg inn de opplysningene du har. Du får hjelp fra indeksen når du begynner å skrive inn tidsskrift- og forfatternavn. Avslutt med ”Go”.

Page 28: INTRODUKSJON TIL PUBMED - folk.ntnu.nofolk.ntnu.no/janove/medbib/pdf_filer/pubmed_handsout_sept_09.pdf · 1 1 INTRODUKSJON TIL PUBMED Medisinsk bibliotek September 2009 medbib@ub.ntnu.no

28

55

Clinical Queries - SøkefiltreHjelpemiddel for å finne klinisk informasjon

Clinical Queries er tilgjengelig fra menyen til venstre på hovedsiden.

StudiekategoriVelg søkets nøyaktighet

Søkeord

56

Clinical Queries - SøkefiltreHjelpemiddel for å finne klinisk informasjon

Sensivitet: Stor sjanse for å finne alle relevante artikler, men også noen som ikke er så relevante.

Spesifisitet: Stor andel av treff på relevante artikler (mindre støy), men du risikerer å miste noen relevante artikler.

Egen søkemotor også for systematiske oversiktsartikler:

Page 29: INTRODUKSJON TIL PUBMED - folk.ntnu.nofolk.ntnu.no/janove/medbib/pdf_filer/pubmed_handsout_sept_09.pdf · 1 1 INTRODUKSJON TIL PUBMED Medisinsk bibliotek September 2009 medbib@ub.ntnu.no

29

57

Gjennom My NCBI gir PubMed deg mulighet til å personifisere PubMed og opprette et eget område tilgjengelig gjennom personlig passord.

Du kan bl.a.:

* Lagre søk til senere.* Opprette varsling på epost når nye artikler som matcher

dine søkekriterier dukker opp.* Lagre personlige filtre som vil gruppere søkeresultatene

dine slik du ønsker.* Endre utseende på hvordan referanser presenteres.* Få fargemerking av søkeordene dine.* Sjekke din PubMed aktivitet de siste seks måneder.

Du må registrere deg før du kan ta i bruk My NCBI, og logge deg inn med brukernavn og passord for å få tilgang til tjenesten (det er mulig å aktivere en automatisk pålogging).

58

Registrering

Velg navn og passord (som du

husker!)

Epost må legges inn hvis du skal bruke epostvarsling

Sikkerhetsspørsmål for at du skal kunne få tilsendt glemt passord

Skriv inn oppgitte bokstaver/tall

Page 30: INTRODUKSJON TIL PUBMED - folk.ntnu.nofolk.ntnu.no/janove/medbib/pdf_filer/pubmed_handsout_sept_09.pdf · 1 1 INTRODUKSJON TIL PUBMED Medisinsk bibliotek September 2009 medbib@ub.ntnu.no

30

59

Bruke MyNCBI

Velg ”My NCBI” fra inngangsporten øverst til

høyre på siden.

Er du ikke pålogget, blir du bedt om å logge på før du går videre.

60

Bruke MyNCBIReturner til Pubmed Logg ut

Velge funksjoner

Se på valgte preferanser og endre disse.

Dine lagrede søk, epostvarslinger etc.

Dine valgte filter

Historikk over din aktivitet siste 6 mnd.

Page 31: INTRODUKSJON TIL PUBMED - folk.ntnu.nofolk.ntnu.no/janove/medbib/pdf_filer/pubmed_handsout_sept_09.pdf · 1 1 INTRODUKSJON TIL PUBMED Medisinsk bibliotek September 2009 medbib@ub.ntnu.no

31

61

Endre utseende

Velg ”Preferences” (1) og deretter ”Highlighting” (2).

Klikk på ønsket farge og deretter ”Save” (3).

Nå vil alle dine søketermer bli fargemerket sålenge du er pålogget MyNCBI.

1

2

3

62

Lagre søk på My NCBI

Søk lagres ved åklikke på lenken ”Save Search” til høyre for søkefeltet.

Velg navn på søket og trykk ”Save”.

Husk at det er søkestrategien som lagres her, ikke trefflista!

Page 32: INTRODUKSJON TIL PUBMED - folk.ntnu.nofolk.ntnu.no/janove/medbib/pdf_filer/pubmed_handsout_sept_09.pdf · 1 1 INTRODUKSJON TIL PUBMED Medisinsk bibliotek September 2009 medbib@ub.ntnu.no

32

63

Opprette varsling via epost

Velg ”Yes” hvis du vil ha epostvarsling, og hvor ofte vil du motta varsel

Velg om du vil ha en html formatert emaileller en email med vanlig tekst.

Maks. antall artikler det skal varsles om

Legg inn epost hvis dette ikke er gjort tidligere

Lagre epostvarslingen

64

Lagre søk

Når du logger deg inn i My NCBI kan du få tilgang til dine lagrede søk ved å klikke på ”Saved Searches” eller via ”MY Saved Data”. Klikk på ”Saved Searches (manage)” (1) for å kjøre søk på nytt, endre til epostvarsling, eller slette gamle søk.

1

Page 33: INTRODUKSJON TIL PUBMED - folk.ntnu.nofolk.ntnu.no/janove/medbib/pdf_filer/pubmed_handsout_sept_09.pdf · 1 1 INTRODUKSJON TIL PUBMED Medisinsk bibliotek September 2009 medbib@ub.ntnu.no

33

65

Lagre treff (MY Collection)

Du kan opprette en personlig utklippstavle på MyNCBI der du kan lagre referanser (max. 500).

Logg deg på MyNCBI.

Merk aktuelle referanser og velg ”Send To” Collections(1).

Velg deretter å legge referansene i en ny samling eller i en eksisterende samling (2).

Avslutt med ”Save”.

1

2

Du finner igjen lagrede referanser via ”My Saved Data”, og kan endre /slette disse via ”Manage My Collections”.

66

Bruk av filtre

Klikk på verktøyikonet for å få tilgang til filtervalg (eller ”Search Filters”når du er inne i MyNCBI).

Ofte brukte filtre kan velges direkte herifra

Let eller søk opp filter

Dine valgte filter

Page 34: INTRODUKSJON TIL PUBMED - folk.ntnu.nofolk.ntnu.no/janove/medbib/pdf_filer/pubmed_handsout_sept_09.pdf · 1 1 INTRODUKSJON TIL PUBMED Medisinsk bibliotek September 2009 medbib@ub.ntnu.no

34

67

Bruk av filtre

Under ”Frequently Requested Filters” finner du snarveier til populære filter. Hak av ønsket filter for å aktivisere dette. Du får i noen sekunder se en grønn boks med teksten ”Filter has been activated”. Valgte filter kan slettes ved å fjerne haken foran filteret i ”My Filters”

68

Bruk av filtre

I dette eksemplet er filter for Meta-analyser og Clinical Trial artikler.

De mest brukte filter finner du under ”Properties”.

Page 35: INTRODUKSJON TIL PUBMED - folk.ntnu.nofolk.ntnu.no/janove/medbib/pdf_filer/pubmed_handsout_sept_09.pdf · 1 1 INTRODUKSJON TIL PUBMED Medisinsk bibliotek September 2009 medbib@ub.ntnu.no

35

69

Bruk av filtre

I tillegg til den ordinære trefflista får vi faner med alternative lister med treff som er gruppert i forhold til våre valgte filter. Review filteret er standard for alle PubMed søk så fremt du ikke fjerner dette i MyNCBI.

70

Historikk

Klikk på ”MY Saved Data” (1) og ”Recent Activity” for å få en oversikt over din aktivitet på PubMed (kun når du har vært pålogget MyNCBI) de siste seks måneder.

Her kan du kjøre gamle søk på nytt eller åpne på nytt referanser som du har sjekket tidligere. Du har ulike muligheter til å organisere historikken og også gjøre søk internt i denne.

1

Page 36: INTRODUKSJON TIL PUBMED - folk.ntnu.nofolk.ntnu.no/janove/medbib/pdf_filer/pubmed_handsout_sept_09.pdf · 1 1 INTRODUKSJON TIL PUBMED Medisinsk bibliotek September 2009 medbib@ub.ntnu.no

36

71

Bruk basenes hjelpfunksjoner og tutorials hvis du står fast!

Ta kontakt med biblioteket hvis du trenger hjelp!

[email protected]

Lykke til!