Il metabolismo dell’azoto - Università degli Studi di ... · peso molecolare noto come proteasoma 26S (2000 kDa, 26S). I prodotti sono peptidi di circa 8 aminoacidi . ... Gli aminoacidi

Il metabolismo dell’azoto

La fissazione dell’azoto

Richiede N, una fonte di elettroni e ATP che

vengono utilizzati dal complesso della nitrogenasi

Microrganismi azotofissatori : ad

es. batteri appartenenti ai generi

Clostridium e Azotobacter.

Specie del genere Rhizobium,

attinomiceti del genere Frankia e

diversi cianobatteri sono

organismi azotofissatori

simbionti. Radici di una leguminosa e il simbionte Rhizobium leguminosarum.

La nitrogenasi è un complesso enzimatico, appartenente alla

classe delle ossidoreduttasi, che catalizza il processo di

riduzione dell'azoto atmosferico, favorendo la sua fissazione

da parte di specifici microrganismi (azotofissatori).

L'azoto viene trasformato in ammoniaca sfruttando l'idrogeno

derivante dall'ossidazione dei carboidrati.

Questa ammoniaca costituisce la materia prima principale per

la biosintesi di acido glutammico e di glutammina.

La nitrogenasi è costituita da due proteine: la dinitrogenasi

(una Fe-proteina) e la dinitrogenasi reduttasi (una MoFe-

proteina).

Complesso della nitrogenasi

N2 + 10 H++ 8e- + 16ATP

2NH4+ + 16ADP + 16P + H2

Centri Fe-S

Dinitrogenasi

reduttasi (una

MoFe-proteina).

Dinitrogenasi

reduttasi (una

MoFe-proteina).

Il metabolismo dell’azoto

L’ammoniaca viene conservata

in glutammina, che è anche

donatore di gruppi amminici di

molti altri prodotti biosintetici

Metabolismo degli aminoacidi

Aminoacidi

Essenziali Non essenziali

(nell’uomo) Arg Ala

His Asp

Ile Asn

Leu Cys

Lys Glu

Met Gln

Phe Gly

Thr Pro

Trp Ser

Val Tyr

Degradazione delle proteine

• Le cellule sintetizzano continuamente

proteine partendo da aminoacidi e le

degradano ottenendo aminoacidi.

• Risparmio energetico

• Rimozione delle proteine danneggiate

• Regolazione del metabolismo cellulare

Degradazione delle proteine

provenienti dall’alimentazione

Gli zimogeni

Degradazione intracellulare delle proteine

• Degradazione lisosomale – 50 enzimi idrolitici,

pH acido.

• È attiva sulle proteine assunte per endocitosi e,

in generale, su tutti i costituenti cellulari racchiusi

in vacuoli.

• La degradazione lisosomiale è non selettiva, ma

in condizioni di digiuno prolungato vengono

importate solo le proteine citosoliche contenenti

il peptide KFERQ

Degradazione intracellulare delle proteine ubiquitina-dipendente

La degradazione può avvenire tramite un processo

che richiede ATP ed è indipendente dai lisosomi

Le proteine sono marcate per essere degradate

tramite un legame covalente

con l’ubiquitina (76 residui)

Tutti gli eucarioti possiedono

ubiquitina

E1 = ubiquitin-activating enzyme

E2 = ubiquitin-conjugating enzyme

E3 = ubiquitin-protein ligase

Più molecole di ubiquitina si legano formando delle

lunghe catene (fino a 50 molecole), con legami tra

la catena laterale del residuo Lys 48 e il C-terminale

dell’ubiquitina successiva

• Le proteine sono caratterizzate da una diversa emivita

• Quelle che svolgono importanti funzioni regolative del metabolismo sono degradate più velocemente rispetto a quelle caratterizzate da un’attività catalitica costante in tutte le condizioni fisiologiche

Emivita delle proteine citoplasmatiche

1. Regola dell’ N-terminale :

Se è Asp, Arg, Leu, Lys, Phe 2-3 min

Se è Ala, Gly, Met, Ser, Val >10-20 ore

2. Altri segnali :

Sequenza PEST (Pro-Glu-Ser-Thr) degradazione rapida

Il proteasoma

Le proteine ubiquitinate vengono degradate tramite un

processo ATP-dipendente da un complesso proteico ad alto

peso molecolare noto come proteasoma 26S (2000 kDa,

26S).

I prodotti sono peptidi di circa 8 aminoacidi

Il proteasoma di lievito

Il proteasoma ha una struttura di base di forma cilindrica, cava,

denominata proteasoma 20S. Questo è costituito da sette tipi

di tipi di subunità α e da sette tipi di subunità β, dotate di attività

proteolitica.

Degradazione degli aminoacidi

Gli aminoacidi vanno incontro a degradazione : 1) per normale turnover delle proteine 2) quando il loro apporto con la dieta sia particolarmente abbondante 3) quando non siano disponibili carboidrati. Vengono degradati a composti che possono essere metabolizzati a CO2 e H2O oppure utilizzati nella gluconeogenesi. Gli aminoacidi introdotti in eccesso con la dieta vengono convertiti in composti precursori del glucosio (a.a. glucogenici) oppure degli acidi grassi e dei corpi chetonici (a.a. chetogenici).

La via degradativa di tutti gli aminoacidi richiede

l'allontanamento del gruppo aminico. Lo scheletro carbonioso

viene utilizzato nel ciclo di Krebs o nella gluconeogenesi

Parte dell'azoto aminico viene riutilizzato in

processi biosintetici; parte è escreto come tale

a livello renale e parte sotto forma di urea.

Reazioni di transaminazione

Conservano il gruppo aminico, ma lo mobilitano (spesso in Glu)

Il piridossal fosfato

E’ la forma attiva della Vitamina B6 ed è un cofattore di enzimi

transferasi come le transaminasi.

Es. reazioni di transaminazione

Meccanismo della transaminazione

• Transimminazione

• Tautomerizzazione

• Idrolisi

Deamminazione ossidativa

Queste reazioni rimuovono il gruppo amminico (tossico)

La glutammina

trasporta ammoniaca

attraverso il flusso

sanguigno

L’alanina trasporta l’ammoniaca dal

muscolo al fegato

Escrezione dell’azoto

Il ciclo dell’urea

• L’urea viene sintetizzata nel fegato, secreta nel circolo sanguigno, sequestrata dai reni e poi escreta.

• Questo è stato il primo ciclo metabolico ad essere compreso (1932).

• E’ composto da 5 reazioni (2 mitocondriali e 3 citoplasmatiche)

• NH3 + HCO3- + aspartato + 3 ATP

Urea + fumarato + 2 ADP + 1 AMP + 2Pi + PPi

I due atomi di azoto provengono dall’ammoniaca e dall’aspartato, il carbonio dal bicarbonato

aminoacido NH3

urea

1. Carbamil fosfato sintetasi

• Questo enzima è il principale sito di regolazione del ciclo (è stimolato da N-acetilglutammato)

2. Ornitina transcarbamilasi

3. Arginino-succinato sintetasi

citrullina citrullil-AMP

aspartato

arginisuccinato

4. Argininosuccinasi

fumarato

5. Arginasi

L’arginina è

il precursore

diretto dell’urea

arginina

Qual’è il costo energetico del ciclo dell’urea?

Apparentemente:

NH3 + HCO3

- + aspartato + 3 ATP

Urea + fumarato + 2 ADP + 1 AMP + 2Pi + PPi

MA : il fumarato…

Inoltre: nella deaminazione ossidativa si forma NAD(P)H

Degradazione degli aminoacidi

Glucogenici

Chetogenici

Ala Cys Gly Ser Thr

Arg, Glu,

Gln, His,Pro

Met

Catena

ramificata

Lys e Leu

Trp

Phe

Phenylketonuria

X

Scarsa disponibilità di zuccheri