IDENTIFIKASI SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM (SNP) PADA GEN APICAL MEMBRANE ANTIGEN-1 (AMA-1) Plasmodium falciparum DI WILAYAH PUSKESMAS KABUPATEN PESAWARAN LAMPUNG Skripsi Oleh SRI JANAHTUL HAYATI FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS LAMPUNG BANDAR LAMPUNG 2019
64
Embed
IDENTIFIKASI SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM (SNP) …digilib.unila.ac.id/57739/3/SKRIPSI TANPA BAB PEMBAHASAN.pdf · 2019-07-11 · identifikasi single nucleotide polymorphism (snp)
This document is posted to help you gain knowledge. Please leave a comment to let me know what you think about it! Share it to your friends and learn new things together.
Transcript
IDENTIFIKASI SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM (SNP) PADA GEN APICAL MEMBRANE ANTIGEN-1 (AMA-1) Plasmodium falciparum DI WILAYAH PUSKESMAS KABUPATEN PESAWARAN LAMPUNG
Skripsi
Oleh
SRI JANAHTUL HAYATI
FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS LAMPUNG
BANDAR LAMPUNG 2019
IDENTIFIKASI SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM (SNP) PADA GEN APICAL MEMBRANE ANTIGEN-1 (AMA-1) Plasmodium falciparum DI WILAYAH PUSKESMAS KABUPATEN PESAWARAN LAMPUNG
Oleh
Sri Janahtul Hayati
Skripsi
Sebagai Salah Satu Syarat untuk Lulus Sarjana Kedokteran
Pada
Fakultas Kedokteran Universitas Lampung
FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS LAMPUNG
BANDAR LAMPUNG 2019
ABSTRACT
IDENTIFICATION OF SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM (SNP)
OF THE Plasmodium falciparum APICAL MEMBRANE ANTIGEN-1 (AMA-1) GENE AT PRIMARY HEALTH CARE OF PESAWARAN
REGION, LAMPUNG
By
Sri Janahtul Hayati Background: Malaria is an infectious disease in humans caused by protozoa of the genus plasmodium. The most common type of plasmodium which causes malaria is Plasmodium falciparum. The high number of malaria cases that occur can be caused by many factors, one of the factor is the Single Nucleotide Polymorphism (SNP) that presents in plasmodium. This kind of genetic diversity needs to be verified to found the right vaccine to eradicate malaria. Method: This research used a survey research design with descriptive method. Sample obtained from 18 stored Archived Biological Materials (ABM). The examination was carried out by using the PCR method and sequencing to identify the SNP in the AMA-1 gene. Result: There were 18 samples that had been carried out by PCR and sequencing. The result shows there are 6 SNP’s in some positions of AMA-1 gene. Conclusion: There are single nucleotide polymorphisms (SNP) in Plasmodium falciparum Apical Membrane Antigen-1 (AMA-1) gene at the primary health care of Pesawaran Region, Lampung. Keyword: Malaria, Plasmodium falciparum, Apical Membrane Antigen-1 (AMA-1), Single Nucleotide Polymorphism (SNP), Polymerase Chain Reaction (PCR)
ABSTRAK
IDENTIFIKASI SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM (SNP) PADA GEN APICAL MEMBRANE ANTIGEN-1 (AMA-1) Plasmodium falciparum DI WILAYAH PUSKESMAS KABUPATEN PESAWARAN LAMPUNG
Oleh
Sri Janahtul Hayati Latar Belakang: Malaria adalah suatu penyakit infeksi pada manusia yang disebabkan oleh protozoa dari genus plasmodium. Jenis plasmodium yang paling sering menyebabkan malaria adalah Plasmodium falciparum. Tingginya kasus malaria yang terjadi dapat disebabkan oleh banyak faktor, salah satunya adalah Single Nucleotide Polymorphism (SNP) yang ada pada plasmodium. Keragaman genetik berupa SNP ini perlu diidentifikasi untuk dapat mengetahui vaksin yang tepat dalam membasmi malaria. Metode: Jenis penelitian ini menggunakan rancangan penelitian survey dan bersifat deskriptif. Sampel penelitian diperoleh dari Bahan Biologi tersimpan (BBT) sebanyak 18 sampel. Penelitian ini dilakukan dengan menggunakan metode PCR dan sekuensing untuk melihat adanya SNP pada gen AMA-1. Hasil: Terdapat 18 sampel yang telah dilakukan PCR, dan 2 sampel dilanjutkan dengan metode sekuensing. Dari hasil sekuensing didapatkan 6 buah SNP dibeberapa posisi pada gen AMA-1 Kesimpulan: Ditemukan Single Nucleotide Polymorphism pada gen Apical Membrane Antigen-1 (AMA-1) Plasmodium falciparum di wilayah puskesmas Kabupaten Pesawaran Lampung. Kata Kunci: Malaria, Plasmodium falciparum, Apical Membrane Antigen-1 (AMA-1), Single Nucleotide Polymorphism (SNP), Polymerase Chain Reaction (PCR)
Judul Skripsi : IDENTIFIKASI SINGLE NUCLEOTIDE
POLYMORPHISM (SNP) PADA GEN APICAL MEMBRANE ANTIGEN-1 (AMA-1) Plasmodium falciparum DI WILAYAH PUSKESMAS KABUPATEN PESAWARAN LAMPUNG
Nama Mahasiswa : Sri Janahtul Hayati No. Pokok Mahasiswa : 1518011146 Program Studi : Pendidikan Dokter Fakultas : Kedokteran
Dr. Dyah Wulan Sumekar RW, SKM., M.Kes NIP 19720628199702200
Tanggal Lulus Ujian Skripsi: 13 Mei 2019
LEMBAR PERNYATAAN
Dengan ini saya menyatakan dengan sebenarnya, bahwa: 1. Skripsi dengan judul “IDENTIFIKASI SINGLE NUCLEOTIDE
POLYMORPHISM (SNP) PADA GEN APICAL MEMBRANE ANTIGEN-
1 (AMA-1) Plasmodium falciparum DI WILAYAH PUSKESMAS
KABUPATEN PESAWARAN LAMPUNG” adalah hasil karya sendiri dan
tidak melakukan penjiplakan atau pengutipan atas karya penulis lain dengan
cara tidak sesuai tata etika ilmiah yang berlaku dalam masyarakat akademik
atau yang disebut plagiarism.
2. Hak intelektual atas karya ilmiah ini diserahkan sepenuhnya kepada
Universitas Lampung.
Atas pernyataan ini, apabila di kemudian hari ternyata ditemukan adanya
ketidakbenaran, saya bersedia menanggung akibat dan sanksi yang diberikan
kepada saya.
Bandar Lampung, 10 April 2019
Pembuat pernyataan
Sri Janahtul Hayati
NPM 1518011146
RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan di Balikpapan, Kalimantan Timur pada 3 Juni 1997, sebagai anak
pertama dari dua bersaudara, dari Bapak Sobri Atmaja dan Ibu Siti Feranika.
Penulis menyelesaikan pendidikan di Taman Kanak-kanak (TK) Pembina pada
tahun 2003, Sekolah Dasar (SD) diselesaikan di SD Negeri 100/II Muara Bungo
pada tahun 2010, Sekolah Menengah Pertama (SMP) di SMP Negeri 1 Muara
Bungo diselesaikan pada tahun 2012, dan Sekolah Menengah Atas (SMA) di SMA
Negeri 2 Muara Bungo diselesaikan pada tahun 2015.
Pada tahun 2015, penulis terdaftar sebagai mahasiswa pada Fakultas Kedokteran
Universitas Lampung (FK Unila). Pada masa perkuliahan penulis mengikuti
lembaga kemahasiswaan yaitu PMPATD Pakis Rescue Team dan Forum Studi
Islam Ibnu Sina (FSIIS) Fakultas Kedokteran Universitas Lampung, serta
menyelesaikan Kuliah Kerja Nyata (KKN) di Desa Taman Bogo, Kabupaten
Lampung Timur pada tahun 2018.
PERSEMBAHAN
“Karena sesungguhnya sesudah kesulitan itu ada kemudahan. Sesungguhnya sesudah kesulitan itu ada kemudahan”
(Q.S Al-Insyirah: 5-6)
Dengan mengucap syukur kupersembahkan karya sederhana ini untuk
“Orangtua dan Adikku yang tercinta”
Atas doa, kasih sayang, dukungan dan motivasi yang tiada henti
SANWACANA
Puji dan syukur Penulis ucapkan atas kehadirat Allah SWT, karena atas rahmat dan
hidayah-Nya skripsi ini dapat diselesaikan. Shalawat serta salam semoga selalu
tercurahkan kepada Nabi Muhammad S.A.W.
Skripsi dengan judul “Identifikasi Single Nucleootide Polymorphism (SNP) Pada
Gen Apical Membrane Antigen-1 (AMA-1) Plasmodium falciparum di Wilayah
Puskesmas Kabupaten Pesawaran Lampung ” adalah salah satu syarat untuk
memperoleh gelar sarjana Kedokteran di Universitas Lampung.
Dalam kesempatan ini penulis mengucapkan terimakasih kepada:
1. Bapak Prof. Dr. Ir. Hasriadi Mat Akin, M.P., selaku Rektor Universitas
Lampung.
2. Dr. Dyah Wulan Sumekar RW, SKM., M.Kes., selaku Dekan Fakultas
Kedokteran Universitas Lampung.
3. Dr. dr. Betta Kurniawan, S.Ked., M.Kes., selaku Pembimbing Utama yang
telah membimbing, mengarahkan, memberi saran dan nasihat dengan penuh
kesabaran selama proses penyelesaian skripsi ini.
4. Dr. dr. Jhons Fatriyadi Suwandi, S.Ked., M.Kes., selaku Pembimbing Kedua
yang telah membimbing, mengarahkan, memberi saran dan nasihat dengan
penuh kesabaran selama proses penyelesaian skripsi ini.
5. dr. Syazili Mustofa, S.Ked., M.Biomed., selaku Penguji Utama untuk saran dan
nasihat yang telah diberikan dalam proses penyelesaian skripsi ini.
6. Terima kasih kepada relawan yang telah bersedia berpartisipasi dalam
penelitian ini dengan memberikan darahnya untuk dijadikan sebagai sampel
dalam penelitian ini.
7. Terima kasih kepada para laboran Laboratorium Biomolekular dan Fisiologi
FK Unila, Ibu Nuriyah dan Mbak Yani, atas ilmu, bantuan, bimbingan dan
kesabaran yang telah diberikan kepada kami dalam proses penelitian skripsi
ini.
8. Seluruh staf dosen dan civitas akademika Fakultas Kedokteran Universitas
Lampung atas ilmu dan waktu yang telah diberikan dalam membantu
mendukung proses perkuliahan
9. Terima kasih yang sebesar-besarnya kepada Ayahanda (Pelda CPM. Sobri
Atmaja) dan Ibunda (Siti Feranika), serta Adikku (Muhammad Nasrullah)
yang selama ini yang telah memberikan dukungan, motivasi, semangat, kasih
sayang dan doa yang tak putus dipanjatkan untukku. Terima kasih atas
perjuangan terbaik yang selalu diberikan kepadaku. Semoga menjadi amalan
baik yang terus mengalir dan selalu di berikan kesehatan, kebahagiaan serta
lindungan oleh Allah SWT.
10. Seluruh Keluarga Besar H. Solihin HB dan opa Karel Alfonsius Tauran
(Alm.) yang telah memberikan dukungan dan doa selama ini.
11. Terima kasih kepada teman seperjuangan, Balqis Ikfi Hidayati, Muhammad
Irfan Adhi Shulhan, Syfa Dinia Putri, Puji Indah Permata Sari dan Fitria
Putridewi untuk kerjasama, doa, waktu, tenaga, dan semangat yang telah
diberikan dalam penyelesaian skripsi ini.
12. Terima kasih kepada teman dan sahabatku, Lia, Rachma, Sari, Angie, Citra,
Dila, Retno, Ayu, Rima, Zihan, Astrid dan Otie atas doa , dukungan dan
motivasi yang telah diberikan.
13. Sahabat kecilku hingga saat ini, Riana Widya Lestari yang selalu memberi
dukungan, doa dan semangatnya dari jauh.
14. Sahabat masa SMA hingga saat ini, Tia, Ceska, Anita, Ayu, Nana, Silvi, Opi,
dan Winny yang selalu memberi dukungan, doa dan semangatnya dari jauh.
15. Keluarga Besar FK Unila 2015 (Endom15ium) yang tidak bisa disebutkan
satu persatu atas kebersamaan, pengalaman, ilmu, kasih sayang, perhatian dan
kepedulian selama ini dan yang akan datang. Semoga Allah selalu meridhoi
setiap langkah kita menuju kesuksesan dan cita-cita mulia kita.
16. Keluarga Besar PMPATD Pakis Rescue Team, Aldi, Reandy, Luthfi, Cut,
Nikom, Alfia, Sukma, Yudha, Thare dan teman-teman SC10 yang telah
memberikan pelajaran, kebersamaan, perhatian dan pengalaman-pengalaman
berharga selama ini.
17. Keluarga Besar FSI Ibnu Sina yang telah memberikan pelajaran dan
pengalaman-pengalaman berharga selama ini.
18. Kakak-kakak dan adik-adik tingkat (angkatan 2002-2018) yang sudah
memberikan semangat kebersamaan dalam satu kedokteran.
Penulis menyadari skripsi ini masih memiliki banyak kekurangan dan jauh dari
kesempurnaan. Namun, penulis berharap skripsi ini dapat memberikan manfaat dan
pengetahuan baru kepada setiap orang yang membacanya. Semoga segala
perhatian, kebaikan dan keikhlasan yang diberikan selama ini mendapat balasan
dari Allah SWT. Aamiin.
Bandar Lampung, 10 April 2019
Penulis,
Sri Janahtul Hayati 1518011146
DAFTAR ISI
Halaman
DAFTAR ISI ....................................................................................................... i
DAFTAR TABEL ............................................................................................. iii
DAFTAR GAMBAR ......................................................................................... iv
BAB I PENDAHULUAN ................................................................................... 1 1.1. Latar Belakang .......................................................................................... 1 1.2. Rumusan Masalah ..................................................................................... 5 1.3. Tujuan Penelitian ...................................................................................... 5 1.4. Manfaat ..................................................................................................... 5
BAB II TINJAUAN PUSTAKA ........................................................................ 7 2.1. Malaria ...................................................................................................... 7
2.2. Variasi Genetik P. falciparum ................................................................. 19 2.3. Kerangka Teori ....................................................................................... 25 2.4. Kerangka Konsep .................................................................................... 26 2.5. Hipotesis ................................................................................................. 26
BAB III METODE PENELITIAN .................................................................. 27 3.1. Jenis Penelitian........................................................................................ 27 3.2. Tempat dan Waktu .................................................................................. 27 3.3. Sampel Penelitian .................................................................................... 27 3.4. Populasi Penelitian .................................................................................. 28
3.10. Teknik Analisa Data .............................................................................. 38 3.11. Alur Penelitian ...................................................................................... 39 3.12. Etika Penelitian ..................................................................................... 40
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN .......................................................... 41 4.1. Hasil Penelitian ....................................................................................... 41 4.2. Pembahasan Hasil Penelitian ................................................................... 47 4.3. Keterbatasan Penelitian .......................................................................... 52
BAB V SIMPULAN DAN SARAN.................................................................. 53 5.1. Kesimpulan ............................................................................................. 53 5.2. Saran ....................................................................................................... 53
DAFTAR PUSTAKA ....................................................................................... 54
iii
DAFTAR TABEL Tabel Halaman
Tabel 1. Klasifikasi protozoa manusia dari genus Plasmodium ............................ 9
Terkadang PCR masih memungkinkan untuk terjadinya kontaminasi.
Nested PCR adalah teknik PCR dengan sensitivitas dan spesifisitas
yang lebih tinggi. Nested PCR menggunakan dua pasang primer,
dimana salah satunya terletak di bagian dalam. Primer luar digunakan
untuk mengamplifikasi sekuens target. Produk PCR kemudian di
amplifikasi menggunakan primer set, dan menghasilkan produk PCR
akhir yang lebih pendek dari produk PCR sebelumnya. Nested PCR
33
sangat spesifik karena pasangan primer yang kedua melengkapi
sekuens dalam amplikon yang dihasilkan dari reaksi pertama (Crisan,
2010).
Penelitian ini dilakukan dengan metode PCR. Primer yang digunakan
diadaptasi dari penelitian sebelumnya yang dilakukan oleh Kang et al
pada tahun 2018. Adapun sekuens dan perlakuan pada PCR yang
dilakukan tertera pada Tabel 3.
3.8.3. Elektroforesis
Elektroforesis adalah suatu teknik pemisahan molekul seluler
berdasarkan ukurannya, dengan menggunakan medan listrik yang
dialirkan pada suatu medium yang mengandung sampel yang akan
dipisahkan. Teknik elektroforesis dapat digunakan untuk analisis
DNA, RNA dan protein. Fragmen molekul DNA dapat ditentukan
ukurannya dengan cara membuat gel agarose, yaitu suatu bahan semi-
padat berupa polisakarida yang di ekstraksi dari rumput laut.
3.9. Prosedur Penelitian
Pada penelitian ini, prosedur yang dilakukan terdiri dari beberapa tahapan.
Adapun tahapan yang dilakukan adalah sebagi berikut.
3.9.1 Isolasi DNA
a. Menambahkan 300µl sampel ke microcentrifuge tube
b. Menambahkan 900µl lysis buffer (3 x jumlah RBC)
c. Menginkubasi dalam suhu ruang selama 10 menit.
34
d. Melakukan sentrifuge dengan kecepatan 7700 rpm selama 5
menit. Kemudian memisahkan hasil sentrifuge dengan
supernatant.
e. Menambahkan 100µl buffer AL ke dalam sampel, kemudian di
vortex selama 15 detik.
f. Menambahkan GB buffer 200µl kedalam sampel
g. Menambahkan 30µl Proteinase K, kemudian melakukan inkubasi
dalam waterbath dengan suhu 60o. Sampel diperiksa setiap 3
menit dan dikocok dengan cara dibolak balikkan secara perlahan.
h. Mengganti tube dengan GD column, kemudian menambahakan
200µl etanol absolut kedalam sampel
i. Melakukan sentrifuge dengan kecepatan 14-16.000G selama 5
menit
j. Menambahkan 400µl Wash Buffer, kemudian melakukan
sentrifuge dengan kecepatan 14-16.000G selama 1 menit
k. Menambahkan 600µl wash buffer, kemudian melakukan
sentrifuge dengan kecepatan 14-16.000G selama 1 menit.
l. Mengganti GD column kemudian menambahkan 100µl Elution
buffer pre-heated
m. Melakukan inkubasi pada suhu ruang selama 3 menit
n. Melakukan sentrifuge dengan kecepatan 14-16.000G selama 1
menit
35
o. Membuang QIAamp Spin Column dan menutup 1,5 ml
microsentrifuge tube, hasil ekstraksi dapat disimpan pada lemari
pendingin.
3.9.2 Uji Kuantitas DNA
a. Menghidupkan nanofotometer sesuai dengan protokolnya
(IMPLEN NanoPhotometer P-Class; Germany)
b. Memilih program yang sesuai dengan sampel DNA (dsDNA =
Double Stranded DNA) dan memilih satuan yang akan
digunakan, yaitu µg/ml.
c. Meneteskan permukaan cell holder dengan buffer, kemudian
membersihkannya dengan tissue
d. Meneteskan 1µl sampel DNA yang telah di ekstraksi pada cell
holder kemudian meletakkan lid 10 pada permukaan cell holder.
Hasil purifikasi (l = A260/A280) dan konsentrasi DNA akan
secara otomatis tertera pada layar.
e. Mencatat nilai konsentrasi dan purifikasi DNA.
3.9.3 Amplifikasi dengan Polymerase Chain Reaction (PCR)
a. Amplifikasi PCR
1. Membuat campuran reaksi dengan perhitungan: 25 µL per
reaksi × (total nomor reaksi + 1)
2. Menghitung jumlah setiap bahan yang dibutuhkan pada setiap
reaksi, volume setiap bahan dikalikan dengan reaksi (total
36
nomor reaksi + 1). Volume yang dibutuhkan pada setiap kit,
berikut rincian volume pada ki yang akan digunakant:
a) MyFi™ DNA Polymerase (Bioline)
5X MyFi Reaction Buffer : 5 µL
20 µM Forward Primer : 0,5 µL
20 µM Reverse Primer : 0,5 µL
DNA Template : 1 µL
MyFi DNA Polymerase : 1 µL
Aqua for Injection : 17 µL
3. Mencampurkan setiap bahan dengan volume sesuai dengan
perhitungan total reaksi ke dalam microsentrifuge tube,
kecuali DNA tamplate. Selama pengerjaan, seluruh bahan
diletakkan pada nampan dan rak dingin, untuk menjaga suhu
4. Melakukan aliquot campuran reaksi tersebut sebanyak 24 µL
pada setiap 0,2 ml microsentrifuge tube
5. Menambahkan DNA tamplate sebanyak 1 µL pada setiap
tube
6. Menempatkan tube ke dalam rotor, kemudian memasukkan
rotor ke dalam Rotor-Gene® Q (Qiagen)
7. Menjalankan reaksi PCR sesuai dengan kondisi PCR yang
telah ditentukan.
37
b. Cycling Parameters
Pada tahap ini, terjadi tiga proses utama yaitu denaturasi,
annealing dan extension dari materi genetik sampel. Setiap
tahapan pada PCR ini membutuhkan suhu tertentu yang berbeda-
beda.
3.9.4 Elektroforesis
Tahap elektroforesis ini dibagi menjadi dua tahap, yaitu tahap
pembuatan gel agarose dan melakukan deteksi dengan Elektroforesis.
a. Pembuatan Gel Agarose
1. Gel agarose dibuat dengan konsentrasi 0,8%
2. Menambahkan 10ml TBE 0,5 x dalam 190ml aquades
3. Menambahkan 1,6gr bubuk gel agarose kedalam larutan,
kemudian tutup baker glass dengan parafilm. Kemudian
dipanaskan pada suhu 100oC hingga larutan terlihat jernih (+
15 menit)
4. Diamkan dalam suhu ruang hingga sedikit mendingin
5. Menambahkan 5µl Gel Red, kemudian aduk dengan gerakan
memutar secara perlahan hingga Gel Red tercampur
6. Menyiapkan tray elektroforesis dengan mengelilingi tray
menggunakan selotip kertas untuk mencegah gel tumpah.
7. Menuangkan larutan gel agarose kedalam tray secara
perlahan untuk menghindari terbentuknya gelembung udara
8. Meletakkan comb pada tray, kemudian gel didiamkan pada
suhu ruang hingga mengeras
38
9. Setelah mengeras, lepaskan selotip pembatas dan letakkan
tray kedalam mesin electrophoresis apparatus
10. Lepaskan comb dari gel secara perlahan untuk menghindari
gel patah atau rusak
11. Merendam tray dengan larutan buffer
12. Sumuran pada gel siap diisi dengan sampel
b. Elektroforesis
1. Menyiapkan kertas parafilm atau solatip pada wadah;
2. Meletakkan 2 µL loading dye pada parafilm atau solatip;
3. Mengambil 3 µL hasil amplifikasi PCR, kemudian
mencampurkannya dengan loading dye;
4. Mengambil 5 µL hasil campuran tersebut, kemudian
memasukkannya ke dalam sumur pada gel agarose;
5. Menyambungkan alat elektroforesis dengan sumber listrik
dengan pengaturan pada alat elektroforesis, yaitu 100 V, 50
Watt dan 250 mA selama 55 menit;
6. Setelah selesai, didiamkan beberapa saat dan mengangkat
agarose dari bilik elektroforesis dan meletakkannya pada alat
UV untuk divisualisasikan.
3.10. Teknik Analisa Data
Dari penelitian ini akan didapatkan sejumlah data mengenai susunan alel
gen AMA-1 dari sampel yang diujikan. Hasil pembacaan elektroforesis
39
kemudian dilanjutkan ke tahapan sekuensing. Urutan basa nukleotida hasil
sekuensing sampel dibaca dengan bantuan software MEGA X.
3.11. Alur Penelitian
Alur penelitian dijelaskan pada gambar 6.
Gambar 6. Alur Penelitian
Izin penggunaan Laboratorium
Mempersiapkan alat dan bahan penelitian
Isolasi DNA pada sampel berupa BBT
Melakukan Amplifikasi dengan PCR
Pembacaan hasil amplifikasi dengan Elektroforesis
Pengolahan dan Analisis data
Hasil penelitian
Pengirimian hasil amplifikasi untuk dilakukan sekuensing
40
3.12. Etika Penelitian
Etik penelitian ini telah disetujui oleh komisi etik Fakultas kedokteran
Universitas Lampung dengan nomor surat 587/UN26.18/PP.05.02.00/2019.
Bukti persetujuan etik terlampir pada lampiran.
BAB V SIMPULAN DAN SARAN
5.1. Kesimpulan
Kesimpulan dari hasil penelitian ini adalah ditemukan single nucleotide
polymorphism (SNP) pada gen Apical Membrane Antigen-1 (AMA-1) P.
falciparum yang menginfeksi penderita malaria di wilayah Puskesmas
Pesawaran Provinsi Lampung.
5.2. Saran
Adapun saran yang dapat diberikan dari penelitian ini adalah sebagai
berikut.
1. Sampel yang digunakan sebaiknya diukur dengan nanofotometer
terlebih dahulu agar setiap sampel memiliki konsentrasi DNA yang
sama.
2. Sekuensing dilakukan pada seluruh sampel untuk melihat perubahan
basa yang mungkin lebih beragam.
3. Penelitian yang sama dilakukan dengan jumlah sampel yang lebih
banyak untuk memastikan ada tidaknya variasi genetik yang terjadi di
daerah Kabupaten Pesawaran.
DAFTAR PUSTAKA
Adam AAM, Amine AAA, Hassan DA, Omer WH, Nour BY, Jebakumar AZ, et
al. 2013. Distribution of erythrocyte binding antigen 175 (eba-175) gene dimorphic alleles in Plasmodium falciparum field isolates from Sudan. BMC Infectious Disease. 469(13); 1-6.
Afridi SG, Irfan M, Ahmad H, Aslam M, Nawaz M, Ilyas M, et al. 2018. Population genetic structure of domain I of apical membrane antigen-1 in Plasmodium falciparum isolates from Hazara division of Pakistan. Malaria Journal. 389(17); 1-11.
Antinori S, galimberti L, Milazzo L, Corbellino M. 2014. Biology of human malaria plasmodia including Plasmodium knowlesi. Mediterranean Journal of Hematology and Infectious Diseases [Online Journal] [diunduh 26 Agustus 2018]. Tersedia dari: http://www.ncbi.nlm.nih.gov
Arnott A, Wapling J, Mueller I, Paul AR, Siba PM, Reeder JC, et al. 2014. Distinct patterns of diversity , population structure and evolution in the AMA1 genes of sympatric Pasmodium falciparum and Plasmodium vivax populations of Papua New Guinea from an area of similarly high transmission. Malaria Journal.13(1): 1–16.
Bartoloni A, Zammarchi L. 2012. Clinical aspect of uncomplicated and sever malaria. Mediterranean journal of Hematology and Infectious Diseases. 4(1): 1-10.
Boyle MJ, langer C, Chan JA, Hodder AN, Coppel RL, Anders RF, et al. 2014. Sequential processing of merozoite surface proteins during and after erythrocyte invasion by Plasmodium falciparum. Infectin and Immunity. 82(3): 924–936.
Caminade A, Kovats S, Rocklov J, Tompkins AM, Morse AP, Gonzales FJC, et al.
2014. Impact of climate change on global malaria distribution. PNAS. 111(9):
55
3286-3291.
Centers for Disease Control and Prevention. 2015. Anopheles Mosquitoes. Atlanta.
Centers for Disease Control and Prevention. 2015. Disease.
Centers for Disease Control and Prevention. 2018. Malaria. Atlanta.
Centers of disease Controls and Prevention. 2018. Malaria Parasites. Atlanta.
Coelho CH, Doritchamou JYA, Zaidi I, Duffy PE. 2017. Advances in malaria vaccine development: report from the 2017 malaria vaccine symposium. Nature Partner Journal. 2:34.
Conde M, Pareja PX, Orjuela LI, Ahumada ML, Duran S, Jara JA, et al. 2015. Larval habitat characteristics of the main malaria vectors in the most endemic regions of colombia: potential implications for larval control. Malaria Journal. 14(1): 476.
Assessment of copy number variation in genes related to drug resistence in Plasmodium vivax and Plasmodium falciparum isolates from the Brazilian Amazon and a systematic review of the literature. Malaria Journal. 152(16); 1-11.
Crisan D, Editor. 2010. Hematopathology : genomic mechanisms of neoplastic disease. USA : Humana Press.
Dinas Kesehatan Kabupaten Pesawaran. 2016. Profil Kesehatan Kabupaten Pesawaran 2015 : 22-23. (a)
Dinas Kesehatan Kabupaten Pesawaran. 2016. Profil Kesehatan Kabupaten Pesawaran 2015 : 51-52. (b)
Dinas Kesehatan Provinsi Lampung. 2015. Profil kesehatan provinsi Lampung tahun 2015 : 44.
56
Draper SJ, Sack BK, King CR, Nielsen CM, rayner JC, Higgins MK, et al. 2018. Malaria vaccines : recent advances and new horizons. Cell Host & Microbe. 43 - 56.
Drew DR, Hodder AN, Wilson DW, Foley M, Mueller I, Siba PM, et al. 2012. Defining the antigenic diversity of Plasmodium falciparum apical membrane antigen 1 and the requirements for a multi-allele vaccine against Malaria. PLoS ONE. 7(12): 1–11.
Duan J, Mu J, Thera MA, Joy D, Pond SLK, Diemert D, et al. 2008. Population
structure of the genes encoding the polymorphic Plasmodium falciparum apical membrane antigen 1 : implications for vaccine design. PNAS. 105(22); 7857-7862.
Duffy CW, Hampate BA, Assefa S, Ahouisi AD, Deh YB, Tandia A, et al. 2017.
Population genetic structure dan adaptation of malaria parasites on the edge of endemic distribution. Molecular Ecology. 26: 2880-2894.
Ebrahimzadeh A, gharaei A, Saryazdi K. 2014. Allelic diversity of polymorphic
ama-1 (apical membrane antigen 1) vaccine candidate antigen of Plasmodium falciparum in two population of imported and indigenous cases in South-East of Iran using nested-pcr. Journal Of Tropical Disease. 5(2); 1-4.
Farooq U, Malla N, Dubey, ML. 2009. Genetic polymorphism in MSP-2, AMA-1 and CSP genes in plasmodium falciparum field isolates from north and north-Western India. Genetic polymorphism in MSP-2, AMA-1 and CSP genes in Plasmodium falciparum field isolates from north and north-Western India. Department of Parasitology, Post Graduate Institute of Medical Education and Research, Chandigarh, India. 46(2): 109–116.
Gardner MJ, Hall N, Fung E, White O, Berriman M, Hyman RW, et al. 2013. Genome sequence of the human malaria parasite Plasmodium falciparum. Europe PMC Funders Group. 1-35.
Garg S, Alam MT, Das MK, Dec V, Kumar A, Dash AP, et al. 2007. Sequence
diversity and natural selection at domain I od the apical membrane antigen I among Indian Plasmodium falciparum populations. Malaria Journal. 154(6): 1-9.
analysis of Plasmodium falciparum apical membrane antigen-1 1 utilizing interspecies domains. Infection And Immunity. 73(4); 2444-2451.
Kamareddine L. 2012. The biological control of the malaria vector. Toxins. (4):
748–767. Kang JM, Lee J, Moe M, Jun H, Le HG, Kim TI, et al. 2018. Population genetic
structure and natural selection of Plasmodium falciparum apical membrane antigen-1 in Myanmar isolates. Malaria Journal. 71(17); 1-17.
Kementerian Kesehatan Republik Indonesia. 2017. Profil kesehatan Indonesia
tahun 2016. Jakarta: Pusat Data dan Informasi Kementrian Kesehatan Republik Indonesia.
Kenneth IEP. 2017. Incidence of malaria parasite in pregnant and non pregnant women in Ewohimi, Edo State, Nigeria. American Association for Science and Technology. 4(6) : 97-99.
Lumkul L, awaswong V, Simpalipan P, Kaewthamasom M, Harnyuttanakom P, Pattaradilokrat S. 2018. Unraveling haplotype diversity of the apical membrane antigen-1 in Plasmodium falciparum populations in Thailand. Korean Journal of Parasitology. 56(2): 153-165.
Maftuchah, Winaya A, Zainudin A. 2014. Teknik dasar analisis biologi molekuler. Yogyakarta : Deepublisher.
Mau F, Murhandarwati EEH. 2016. Keragaman genetik dari Msp 1, Msp 2, dan Glurp pada Plasmodium falciparum di kabupaten Sumba Tengah, Nusa Tenggara Timur. Buletin Penelitian Kesehatan. 44(2): 77–84.
Meyer CG, May J, Arez AP, Gil JP, Rosario Vd. 2002. Review : genetic diversity of Plasmodium falciparum : asexual stages. Tropical Medicine and International hHalth. 7(5): 395-408
Nair M, Hinds MG, Coley AM, Hodder AN, Foley M, Anders RF, Norton RS.
2002. Structure of domain III of the blood-stage malaria vaccine candidate, Plasmodium falciparum apical membrane antigen-1 (AMA-1). 322(4); 741-753.
58
Nicoll WS, Sacci JB, Rodolfo C, Giacomo GD, Piacentini M, Holland ZJ, et al. 2011. Plasmodium falciparum liver stage antigen-1 is cross-linked by tissue transglutaminase. Malaria Journal. 10:14.
Nugraheni D, Wijayanti M. 2011. Respon antibodi terhadap merozoite surface
protein-1 (msp-1) dan apical membrane antigen-1 (ama-1) Plasmodium falciparum pada penduduk daerah endemis rendah dan endemis sedang di Indonesia. Universitas Gadjah Mada.
Soulama I, Bigoga JD, Ndiaye M, Bougouma EC, Quagraine J, Casimiro PN, et al. 2011. Genetic diversity of polymorphic vaccine candidate antigens ( apical membrane antigen-1 , merozoite surface protein-3 , and erythrocyte binding
59
antigen-175 ) in Plasmodium falciparum isolates from Western and Central Africa. The American Society of Tropical and Hygiene. 84(2): 276–284.
Soulama I, Serme SS, Bougouma EC, Diarra A, Tiono AB, Ouedraogo A, et al.
2015. Clinical variation of Plasmodium falciparum eba-175, ama-1, and msp-3 genotypes in young children living in a seasonally high malaria transmission setting in Burkina Faso. Journal of Parasitology Research [Online Journal] [diunduh 31 Desember 2017]. Tersedia dari : http:/hindawi.com.
Sousa A, Barron LG, Vetter M, Morales J. 2014. The historical distribution of main malaria foci in Spain as related to water bodies. International Journal of Environmental Research and Public Health. (11) : 7896-7917.
Sugiarto, Hadi UK, Soviana S, Hakim L. 2016. Karakteristik habitat larva
Anopheles spp. di Desa Sungai Nyamuk, daerah endemik malaria di kabupaten Nunukan, Kalimantan Utara. BALABA. 12(1): 47-54.
Sulasmi S, Setyaningtyas DE, Rosanji A, Rahayu N. 2017. Pengaruh curah hujan,
kelembaban, dan temperatur terhadap prevalensi malria di Kabupaten Tanah Bumbu Kalimantan Selatan. JHECDs. 3(1): 22-27.
Theisen M, Soe S, Oeuvray C, Thomas AW, Vuust J, Danielsen S, et al. 1998. The
glutamate rich protein (glurp) of Plasmodium falciparum is a target for antibody dependent monocyte-mediated inhibition of parasite growth in vitro. Infection dan Immunity. 66(01); 11-17.
Tukwasibwe S, Tumwebaze P, Conrad M, Arinaitwe E, Kamya MR, Dorsey G, et
al. 2017. Drug resistance mediating Plasmodium falciparum polymorphisms and clinical presentations of parasitaemic children in Uganda. Malaria Journal. 125(16); 1-6.
Wolf LE, Bouley TA, McCulloch CE. 2010. Genetic research with stored biological
materials : ethics and practice. 32(2): 7–18.
World Health Organizations. 2017. World Malaria Report. Geneva : WHO Library Cataloguing Data.
Yap A, Azevedo MF, Gilson PR, Weiss GE, O'Neil MT, Wilson DW, et al. 2014. Conditional expression of apical membrane antigen 1 in Plasmodium
60
falciparum shows it is required for erythrocyte invasion by merozoites. Cellular Microbiology. 16(5): 642–656.