IDENTIFIKASI ALEL PEMBAWA BOVINE CITRULLINAEMIA … · CITRULLINAEMIA (BC) PADA SAPI PERAH DI KABUPATEN ... hidayah-Nya sehingga Tugas Akhir / Skripsi ini ... Kakanda dan Sahabat

i

IDENTIFIKASI ALEL PEMBAWA BOVINE

CITRULLINAEMIA (BC) PADA SAPI PERAH

DI KABUPATEN ENREKANG

SKRIPSI

Oleh

KURNIAH KAMARUDDIN

I11111026

FAKULTAS PETERNAKAN

UNIVERSITAS HASANUDDIN

MAKASSAR

2015

ii

IDENTIFIKASI ALEL PEMBAWA BOVINE

CITRULLINAEMIA (BC) PADA SAPI PERAH

DI KABUPATEN ENREKANG

SKRIPSI

Oleh

KURNIAH KAMARUDDIN

I11111026

Skripsi sebagai Salah Satu Syarat untuk Memperoleh

Gelar Sarjana Peternakan pada Fakultas Peternakan

Universitas Hasanuddin

FAKULTAS PETERNAKAN

UNIVERSITAS HASANUDDIN

MAKASSAR

2015

iii

PERNYATAAN KEASLIAN

1. Yang bertanda tangan di bawah ini :

Nama : KURNIAH KAMARUDDIN

NIM : I11111026

Menyatakan dengan sebenarnya bahwa:

a. Karya Skripsi yang saya tulis adalah asli.

b. Apabila sebagian atau seluruhnya dari karya skripsi ini, terutama dalam Bab

Hasil dan Pembahasan, tidak asli atau plagiasi maka bersedia dibatalkan dan

dikenakan sanksi akademik yang berlaku.

2. Demikian pernyataan keaslian ini dibuat untuk dapat digunakan seperlunya.

Makassar, Agustus 2015

Ttd

KURNIAH KAMARUDDIN

iv

v

KATA PENGANTAR

Bismillahirahmanirahim…..

Assalamualaikum warahmatullahi wabarakatuh

Puji syukur kita panjatkan kehadirat Allah SWT, karena rahmat dan

hidayah-Nya sehingga Tugas Akhir / Skripsi ini dapat diselesaikan dengan tepat

waktu. Skripsi dengan judul “Identifikasi Alel Pembawa Bovine Citrullinaemia

pada Sapi Perah di Kabupaten Enrekang” Sebagai Salah Satu Syarat untuk

memperoleh Gelar Sarjana pada Fakultas Peternakan Universitas Hasanuddin,

Makassar.

Ucapan terima kasih dan penghargaan setinggi-tingginya penulis

hanturkan dengan penuh rasa hormat kepada :

1. Dr. Muhammad Ihsan Andi Dagong, S.Pt., M.Si selaku Pembimbing

utama dan Pof. Dr. Ir. H. Herry Sonjaya, DEA. DESselaku pembimbing

Anggota, atassegala bantuan, saran, nasehat serta keikhlasannya untuk

memberikanbimbingan , dari awal penelitian sampai selesainya penulisan

skripsi ini.

2. Secara khusus penulis mengucapkan terima kasih yang sebesar-besarnya

dengan segenap cinta dan hormat kepada ayah tercinta Kamaruddin Ongi

dan ibu Hj. St. Rabiah Mudaing, A. Ma atas segala doa, motivasi, dan kasih

sayang serta materi yang diberikan kepada penulis dan saudara saya

Nasrullah, Patahuddin, Nasruddin, Sudarmin, Aulia dan Hamzah yang

senantiasa memberikan arahan dan ocehan ketika penulis mengalami

masalah.

vi

3. Prof. Dr. Ir. H. Sudirman Baco, M,Sc selaku Dekan Fakultas Peternakan

dan seluruh Staf Pegawai Fakultas Peternakan, terima kasih atas segala

bantuan kepada penulis selama menjadi mahasiswa.

4. Dr. Muhammad Yusuf, S. Pt, Ph. D selaku ketua Jurusan Produksi Ternak

beserta seluruh Dosen dan Staf jurusan Produksi Ternak atas segala bantuan

kepada penulis selama menjadi mahasiswi.

5. Bapak Prof. Dr. Ir. Abd Latief Tolleng, M. Sc selaku Penasehat Akademik.

6. Bapak Dosen Dr. Muhammad Yusuf, S. Pt, Ph. D sebagai Koordinator

Laboratorium Reproduki Ternak terima kasih atas bimbingan dan arahannya

selama 1 tahun.

7. Terima Kasih kepada Mohammad Khaedir Ali Said selaku teman setia yang

telah banyak memberikan dukungan baik berupa moril dan materi, semangat

dalam aktivitas perkuliahan sampai penyusunan skripsi.

8. Teman-teman setim penelitian Nurmulyaningsih, Mardhatllah Utami,

Mutmainnah, Magfirah Nur, Evi Harjuna Saad, Awal Rezky Awan dan

terkhusus kepada kanda Nurul Purnomo, S.Pt., M.Si, K’Tri, K’ Abdu dan

Ibu Ida atas segala bantuan sarana dan prasarana, ilmu dan doa dari awal

penelitian sampai akhir penelitian.

9. Kakanda dan Sahabat “Reproduksi Ternak dan Unggas” K’ Fandi, K’

Uci, K’ Lili, K’ Farid, K’ Ichak, K’ dian, K’Aidil, K’ Nawir, k’ Achal, k’

Adi,K’ Randi, K’ Urfi, K’ Ahmi, Cumma dan Ridho terima kasih atas

ilmu serta kebersamaan selama ini.

vii

10. Kepada sahabat dan Kakandaa terkasih dan tersayang “ Mey-mey, Dijah,

Naje, Encheng, Shira, K’ Mala, K’ Fire, Ikha, Wiwi dan K’Vivi atas

segala kebaikan dan kebersamaan yang kalian berikan, semoga dilain waktu

dan kesempatan kitadapat bertemu kembali.

11. Kepada teman seperjuangan Dhani, Armi, Imbung, Uchi, Fajar, Indri,

Muti, Yuyung, Shoa, Jhen, Ancha, Tawa, Yusri, Oyeng, Shirah dan

sahabat “ SOLANDEVEN” Terima kasih atas Kebersamaan dan kebaikan

yang kalian berikan selama penulis kuliah di Fakultas Peternakan.

12. Seluruh staf Dosen dan Pegawai di Fakultas Peternakan Universitas

Hasanuddin yang banyak memberikan ilmu, bantuan, moril dan materil

sehingga penulis bisa sampai pada hari ini.

13. Terima kasih kepada kakanda Rumput 07, Bakteri 08, Merpati 09, Lion 10.

14. Terima kasih kepada Teman- teman KKN Gel. 87 Desa Mattirowalie Kecamatan

Bengo Kabupaten Bone, Mentari, K’ Sri, Ulfa K’ Cenne, K’ Indra dan

Arham. Terima Kasih telah mengajarkan arti kekeluargaan dan dukungannya

selama KKN.

15. Semua pihak yang tidak dapat penulis sebut satu persatu, Terimah Kasih atas

bantunnya.

Penulis menyadari bahwa penyusunan skripsi ini masih terdapatkekurangan

dan kesalahan. Penulis mengharapkan kritikan dan saran yangsifatnya

membangun demi kesempurnaan skripsi ini.

Makassar, 21 Agustus 2015

Penulis

viii

ABSTRAK

KURNIAH KAMARUDDIN (I 111 11 026) Identifikasi Alel Pembawa

Bovine Citrullinaemia (BC) pada Sapi Perah di Kabupaten Enrekang. Dibimbing

oleh Muh. Ihsan A. Dagong sebagai pembimbing Utama dan Herry Sonjaya

sebagai pembimbing anggota.

Bovine Citrullinaemia adalah penyakit kelainan genetik yang menyebabkan

peningkatan ammonia dalam peredaran darah. Agar penyakit ini tidak menyebar,

maka disarankan untuk menghindari penyebaran penyakit Bovine Citrullinaemia

(BC) dalam populasi sapi perah agar tidak mengurangi populasi. Tujuan penelitian

ini untuk mengidentifikasi sebaran alel heterozigot dari Bovine Citrullinaemia

(BC) pada Induk sapi perah di kabupaten Enrekang dengan metode PCR-RFLP.

Sebanyak 80 sampel koleksi DNA yang berasal dari Sentra Peternakan sapi perah

Enrekang (50 Kecamatan Cendana dan 30 Kecamatan Angeraja). Sampel DNA

diamplifikasi dengan teknik PCR, produk PCR kemudian di potong menggunakan

enzim retriksi Ava II. Identifikasi alel pembawa BC dihitung berdasarkan

frekuensi genotip dan alelnya. Ditemukan 0,6% frekuensi alel heterozigot Bovine

Citrullinaemia di Kabupaten Enrekang dan masih tergolong sangat rendah.

Kata Kunci: Sapi Perah, Kelainan Genetik , Citrullinaemia, Heterozigot Carrier.

ix

ABSTRACT

KURNIAH KAMARUDDIN (I 111 11 026) Identification of Bovine

Citrullinaemia (BC) disease-carrying alleles in Dairy Cattle from Enrekang

Regency. Supervised by Muhammad Ihsan Andi Dagong as Main Supervisor

and HerrySonjaya as co-supervisor.

Bovine Citrullinaemia (BC) disease is a genetic disorder that causes increased

ammonia in the blood circulation. In order not to spread the disease, it is advisable

to avoid the spread of Bovine Citrullinaemia (BC) disease-carrying alleles in the

dairy cow population. This study aims to identify the distribution of allele carriers

of Bovine Citrullinaemia (BC) in dairy cows in the Enrekang regency using PCR-

RFLP method. A total of 80 DNA samples originating from the dairy

development center in Enrekang (50 heads from Cendana and 30 heads from

Angeraja district). DNA samples were amplified by PCR, PCR products were

then cut using Ava II restriction enzymes. Identification of BC alleles carriers

were calculated based on genotype and allele frequencies. These research found

that about 0.6% of Bovine Citrullinaemia recessive allele frequencies in Enrekang

and still relatively very low.

Key Word : Dairy Cattle, Genetic Disorder, Bovine Citrullinaemia, Carriers

Heterozygot

x

DAFTAR ISI

Halaman

DAFTAR ISI ............................................................................................... x

DAFTAR TABEL ....................................................................................... xii

DAFTAR GAMBAR .................................................................................. xiii

DAFTAR LAMPIRAN ............................................................................... xiv

PENDAHULUAN....................................................................................... 1

TINJAUAN PUSTAKA.............................................................................. 3

Kelainan Genetik ................................................................................. 3

Bovine Citrullinaemia (BC)................................................................. 4

Keragaman Genetik………………………… ..................................... 5

Teknik PCR ......................................................................................... 6

Penciri DNA ........................................................................................ 7

METODE PENELITIAN ........................................................................... 9

Waktu dan Tempat .............................................................................. 9

Materi Penelitian ................................................................................. 9

Metode Penelitian ………………………… ....................................... 9

Analisa Data.. ....................................................................................... 12

HASIL DAN PEMBAHASAN ................................................................... 13

xi

Amplifikasi Gen Bovine Citrullinaemia .............................................. 13

Identifikasi GenBovine Citrullinaemia dengan metode PCR-RFLP ... 14

Frekuensi Genotipe dan Alel ………………………… ...................... 17

KESIMPULAN DAN SARAN ................................................................... 19

DAFTAR PUSTAKA ................................................................................. 20

LAMPIRAN ................................................................................................ 23

RIWAYAT HIDUP .................................................................................... 27

xii

DAFTAR TABEL

No. Halaman

Teks

1. Sequen primer beserta enzim retruksi endonuklease untuk PCR-RFLP… 12

2. Frekuensi genotipe dan alel … ............................................................. …. 17

xiii

DAFTAR GAMBAR

No. Halaman

Teks

1. Hasil amplifikasi gen Bovine Citrullinaemia… ................................. ...... 13

2. Visualisasi PCR-RFLP gen Bovine Citrullinaemia … ...................... ...... 15

xiv

DAFTAR LAMPIRAN

No. Halaman

Teks

1. Analisis Genetik Populasi Sapi Perah …................................................... 20

2. Dokumentasi Kegiatan Laboratorium........................................................ 24

1

PENDAHULUAN

Sapi merupakan hewan ternak dengan keanekaragaman jenis tinggi dan

ditemukan hampir di semua negara termasuk Indonesia. Setiap individu memiliki

banyak gen, bila terjadi perkawinan atau persilangan antar individu yang

karakternya berbeda akan menghasilkan keturunan yang semakin banyak

variasinya pada saat persilangan akan terjadi penggabungan gen - gen individu

melalui sel kelamin. Hal inilah yang menyebabkan keanekaragaman gen semakin

tinggi.

Sistem yang digunakan untuk memperbanyak populasi sapi perah di

Indonesia dilakukan dengan inseminasi buatan. Inseminasi buatan secara luas

digunakan dalam pemuliaan sapi perah yang memungkinkan membawabeberapa

kelainan genetik yang bersifat letal di dalam populasi pembibitan pejantan sapi

perah.Salah satu kelainan genetik yang ditemukan pada sapi perah adalah penyakit

Bovine Citrullineamia.

Bovine Citrullineamia adalah penyakit kelainan genetik yang

menyebabkan peningkatan ammonia dalam peredaran darah. Penyakit ini bersifat

letal pada anak sapi perah FH dan hanya mampu bertahan kurang lebih 3 minggu.

Agar penyakit ini tidak menyebar, maka disarankan untuk menghindari

penyebaran penyakit Bovine Citrullinaemia (BC) dalam populasi sapi perah agar

tidak mengurangi populasi. Salah satu upaya untuk menghindari penyebaran

adalah mengidentifikasi alel pembawa Bovine Citrullinaemia (BC) pada sapi

perah di Kabupaten Enrekang.

2

Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi sebaran alel heterozigot

dari Bovine Citrullinaemia (BC) pada induk sapi perah di kabupaten Enrekang

yang menurunkan sifat kelainan genetik pada keturunannya dapat dilakukan

seleksi alel untuk dapat mengurangi proporsi alel yang memiliki dampak buruk

terhadap penurunan produktivitas sapi perah.

Kegunaan penelitian ini agar dapat menambah informasi mengenai alel

pembawa Bovine Citrullinaemia (BC) pada sapi perah yang terdapat di kabupaten

Enrekang dan dengan diketahuinya ternak yang membawa alel ini dapat diculling

dari populasi.

3

TINJAUAN PUSTAKA

Kelainan Genetik

Penyakit genetik adalah penyakit yang disebabkan oleh kelainan bawaan

pada gen atau kromosom, yang jarang berpengaruh pada seekor ternak pada setiap

ribuan bahkan jutaan ternak. Penyakit genetik akan diturunkan dari gen induk,

tetapi sebagian besar disebabkan oleh mutasi baru atau perubahan DNA.

Kebanyakan dari penyakit kelainan genetik jarang diatasi sejak dini, namun

beberapa peningkatan frekuensi ini disebabkan oleh faktor ekonomi sehingga

membutuhkan beberapa solusi lain. Penyakit genetik terjadi pada semua breed

ternak namun beberapa kelainan yang berkaitan erat dengan beberapa breed

Weaver Syndrome di Brown Swiss sekitar 200 cacat genetik yang berbeda telah

teridentifikasi pada sapi. Kelainan genetik berkontribusi terhadap performa hewan

yang buruk, struktur organ yang tidak sesuai, penyakit semi-letal, dan penyakit

letal dan sebagainya (Glolap et al., 2014).

Pola yang paling sering pada penyakit genetik adalah sifat resesif

sederhana. Gen resesif anak sapi dapat diterima dari pejantan dan induk. Beberapa

penyakit umum yang diketahui dapat menjadi penyebab gen dominan yang tidak

sempurna dan beberapa disebabkan dari dua atau lebih gen (Gholap et al., 2014).

Kelainan genetik pada ternak adalah penyakit yang disebabkan oleh mutasi

pada gen penyandi sifat-sifat fisik dan fisiologi ternak. Pada umumnya kelainan

ini bersifat letal dalam kondisi homozigot resesif. Teknik identifikasi mutan

4

penyebab kelainan genetik telah berkembang sangat pesat dengan memanfaatkan

DNA-relatid techniques (Perwitasaridkk, 2009).

Beberapa kelainan genetik pada sapi perah yang diidentifikasi adalah

Bovine Citrullinaemia, Compex Vertebral Malformation (CVM), Deficiency of

Uridine Monophosphate Synthase (DUMP), dan Factor X1 Deficiency (F11D)

(Perwitasari dkk, 2009)

Bovine Citrullinaemia (BC)

Bovine citrullinaemia adalah kelainan genetik pada FH spesifik pada

metabolisme ternak di seluruh dunia mirip dengan leukosit defisiensi adhesi dan

deficiency of uridine monophosphate synthase, penyakit turunan autosomal resesif

dan breed tertentu. Penyakit ini hasil dari kekurangan argininosuksinat sintase,

menyebab kangangguan enzimatik siklus urea. Mutasi melibatkan substitusi basa

tunggal (C-T) diekson 5 dari argininosuccinate synthetase (ASS), yang mengubah

CGA kodon yang mengkode arginin-86 keTGA, sebuah translasi kodon terminasi.

Hal ini menghasilkan produk peptida singkat (85 asam amino bukan 412) yang

berfungsi menekan aktifitas (Gholapet al., 2014).

Secara klinis, citrullinemia menyebabkan ammonemia (peningkatan

amonia dalam peredaran darah) dan tanda-tanda yang berhubungan dengan

neurologis. Anak sapi yang terkena penyakit citrulllinemia menyebabkan ataksia,

kebutaan, kejang dan kematian. Berbagai berhasil menemukan berbagai

frekuensi pada citrullinemia seperti di AS ditemukan 0,3% kejadian. Sekuensing

DNA menunjukkan bahwa sapi jantan heterozigot untuk mutasi translasi terminasi

sebagai penyebab citrullinaemia sapi diamati bahwa frekuensi pembawa

5

citrullinemia adalah 0,16% teruji pada sapi Holstein Cina (Gholapet al., 2014).

Kelainan genetik bovine citrullinaemia juga ditemukan dibeberapa negara seperti

Australia (Healy at al., 1991), Taiwan (Lin at al., 2001), China (Mei et al., 2009;

Li et al., 2011), Hungary (Fesus et al., 1999) dan India (Kotikalapudi, 2014).

Keragaman Genetik

Keanekaragaman hayati melingkupi berbagai perbedaan atau variasi

bentuk, penampilan, jumlah, dan sifat - sifat yang terlihat pada berbagai tingkatan,

baik tingkatan gen, tingkatan spesies maupun tingkatan ekosistem. Berdasarkan

hal tersebut, para pakar membedakan keanekaragaman hayati menjadi tiga

tingkatan, yaitu keanekaragaman gen, keanekaragaman jenis dan keanekaragaman

ekosistem (Anonim, 2011).

Gen adalah substansi kimia yang menentukan sifat keturunan yang

terdapat di dalam lokus kromosom. Setiap individu makhluk hidup mempunyai

kromosom yang tersusun atas benang -benang pembawa sifat keturunan yang

terdapat di dalam inti sel sehingga seluruh organisme yang ada di permukaan

bumi ini mempunyai kerangka dasar komponen sifat menurun yang sama.

Kerangka dasar tersebut tersusun atas ribuan sampai jutaan faktor menurun yang

mengatur tata cara penurunan sifat organisme. Walaupun kerangka dasar gen

seluruh organisme sama, namun komposisi atau susunan, dan jumlah faktor dalam

kerangka biasa berbeda - beda. Perbedaan jumlah dan susunan faktor tersebut

akan menyebabkan terjadinya keanekaragaman gen. Hal ini terjadi melalui proses

pertukaran gen, dan dinamika genom yang terjadi pada tingkat DNA yang

menghasilkan evolusi pada suatu spesies tertentu sebagai akibat dari reproduksi

6

seksual, dimana perbedaan genetik antara individu digabungkan dalam keturunan

mereka untuk menghasilkan kombinasi gen baru atau dari mutasi yang

menyebabkan perubahan DNA, hampir tidak ada dua anggota dari spesies yang

sama yang secara genetik identik (Anonim,2014).

Teknik PCR

Polymerase chain reaction (PCR) adalah suatu reaksi in vitro untuk

menggandakan molekul DNA pada target tertentu dengan cara mensintesis

molekul DNA baru yang berkomplemen dengan molekul DNA tersebut dengan

enzim polymerase dan oligonukleotida pendek sebagai primer dalam mesin

termocycler. Primer merupakan oligonukleotida spesifik yang menempel pada

bagian sampel DNA yang akan diperbanyak. Enzim polymerase merupakan enzim

yang dapat mencetak urutan DNA baru (Williams, 2005).

Salah satu teknik PCR yang dapat digunakan yaitu Restriction Fragment

Length Polymorphism (RFLP). Metode RFLP dapat digunakan untuk menganalisa

secara molekuler keragaman genetik diantara individu dalam suatu populasi.

Selain itu teknik ini mempunyai spesifitas sampai tingkat inter spesies dimana

adanya mutasi pada daerah non coding DNA menyebabkan perbedaan tempat

pemotongan oleh enzim tersebut dapat dipisahkan melalui elektroforesis gel

agarosa. Perbedaan pola potongan DNA atau polimorfisme tersebut akan

diwariskan kepada generasi berikutnya. Metode analisa ini juga dapat digunakan

untuk menentukan kesamaan dan perbedaan kedua gen (Primarck et al.,1998).

Kelebihan dari penggunaan metode ini yaitu bersifat kodominan, sehingga

sangat baik untuk komparatif pemetaan genom. Polymorphisme akan

7

menghasilkan perbedaan ukuran fragmen yang terpotong, sehingga setiap siklus

restriksi dapat dipetakan, dapat diturunkan dari nuclear genom, kloroplas genom,

dan mitokondria genom (Adams et al., 1992).

Penciri DNA (Marker Assited Selection)

Salah satu tahapan penting dalam pemuliaan ternak adalah seleksi terhadap

keturunan yang membawa sifat-sifat tertentu yang diinginnkan. Pemanfaatan

penanda molekuler DNA dalam proses seleksi ternak terbukti telah memberikan

hasil yang lebih baik dibandingkan cara-cara konvensional. Penanda molekuler

DNA (marker genetik) yang sudah teridentifikasi berassosiasi dengan

Quantitative Trait Loci(QTL) yang bernilai ekonomis dapat digunakan untuk

meningkatkan akurasi, kecepatan dan intensitas seleksi (Van der Warf, 2000).

Pada pemuliaan ternak secara konvensional, seleksi terhadap keturunan

yang membawa gen tertentu dilakukan pada level fenotipik pada tiap-tiap

generasi. Dari segi pengaruh ekonomi dan waktu, seleksi terhadap ternak yang

memiliki keunggulan genetik berdasarkan sifat fisik yang dapat diamati secara

langsung adalah sangat tidak efektif dan efisien. Walaupun demikian, metode ini

telah banyak digunakan terutama dalam kasus-kasus tertentu seperti diagnose

untuk pembawa penyakit-penyakit genetik tertentu. Kebutuhan untuk pemuliaan

ternak telah mendorong perkembangan penanda genetik (Marker Assited

Selection/MAS) (Nicholas, 1996).

Penggunaan Marker Assited Selection (MAS) didasarkan pada gagasan

bahwa terdapat gen yang memegang peranan utama dan menjadi sasaran atau

target spesifik dalam seleksi (Van der Warf, 2000). Beberapa sifat yang

8

dikendalikan oleh gen tunggal seperti warna bulu merupakan pola pewarisan sifat

yang sederhana, namun beberapa sifat utamanya sifat produksi yang kompleks

(kuantitatif) dikontrol oleh banyak gen (polygenes) (Nicholas, 1996; Noor, 2008).

Gen-gen disebut sebagai utama (major gene) yang terletak pada lokus sifat

kuantitatif (QTL). Marker gen telah banyak digunakan untuk mengidentifikasi

ternak sapi yang memiliki performa lebih bagus (Barendeset al., 2008).

Implementasi MAS yang dikombinasikan dengan teknologi reproduksi

dalam industri peternakan telah menguasai pasaran genetik dalam bisnis global.

Hal ini telah memungkinkan plasma nutfah dari suatu individu menghasilkan

keturunan dalam jumlah besar untuk kemudian dievaluasi secara genetik dalam

berbagai manajemen dan lingkungan. Kombinasi seleksi menggunakan Marker

DNA Terciri (Marker Assited Selection/MAS) dengan teknologi reproduksi dapat

memperpendek interval generasi sekitar 45-69 bulan pada sapi (Bishop et al.,

1995) dan mempercepat genetik yang diinginkan pada ternak.

9

METODE PENELITIAN

Waktu dan Tempat

Penelitian dilaksanakan pada bulan April - Juni 2015 di Kabupaten

Enrekang (pengambilan sampel) dan di Laboratorium Bioteknologi Terpadu,

Fakultas Peternakan Universitas Hasanuddin, Makassar (ekstraksi DNA).

Materi Penelitian

Materi utama penelitian ini adalah sampel DNA dari koleksi sampel DNA

Laboratorium Terpadu yang berjumlah 80 sampel yang berasal dari Sentra

Peternakan sapi perah Enrekang yang diambil dari dua kecamatan yaitu

Kecamatan Cendana 50 sampel induk dan Kecamatan Angeraja 30 sampel induk.

Bahan pendukung antara lain Primer (Primer gen BC, Enzim AvaII), bahan PCR

(dNTP mix, Enzim Taq DNA polymerase), bahan elektroforesis (Tris Base, asam

borat, Agarose, gel, Na2 EDTA, Ethidium bromide, Marker DNA, DNA Loading

dye), tissue, alkohol 70% dan plastik mika.

Alat yang digunakan yaitu: mesin PCR (Eppendorf Germany), centrifuge,

alat pendingin, tabung eppendorf besar kecil, gel documention, mikropipet, tip,

rak tabung, elektroforesis, autoclave, timbangan, sarung tangan.

Metode Penelitian

Ekstraksi DNA

DNA diisolasi dan dimurnikan dengan menggunakan Kit DNA ekstraksi

Genjet Genomic DNA Extraction (Thermo Scientific) dengan mengikuti protocol

ekstraksi yang disediakan. Sebanyak 200 µl sampel darah dilisiskan dengan

10

menambahkan 400 µl larutan lysis buffer dan 20 µl proitenase K (10 mg/ml),

campurkan kemudian inkubasi pada suhu 56o C selama 60 menit di dalam

waterbath shaker. Setelah inkubasi larutan kemudian ditambahkan 200 µl Ethanol

absolute 96% dan disentrifugasi 6.000 x g selama 1 menit.

Pemurnian DNA kemudian dilakukan dengan metode spin column dengan

penambahan 500 µl larutan pencuci wash buffer 1 yang kemudian dilanjutkan

dengan sentrifugasi pada 8.000 x g selama 1 menit. Setelah supernatanya

dibuang, DNA kemudian dicuci lagi dengan 500 µl wash buffer II dan

disentrifugasi pada 12.000 x g selama 3 menit. Setelah supernatanya dibuang,

DNA kemudian dilarutkan dalam 200 µl elution buffer dan disentrifugasi pada

8.000 x g selama 1 menit untuk selanjutnya DNA hasil ekstraksi ditampung dan

disimpan pada suhu -20o C.

Teknik PCR-RFLP

Komposisi reaksi PCR dikondisikan pada volume reaksi 25 yang terdiri

atas 2 DNA 100 ng, 0.3 mM primer BC, 150 uM dNTP , 1 mM MgCl2, 0.1 l

Taq DNA polymerase dan 1x buffer. Kondisi mesin PCR dimulai dengan

denaturasi awal pada suhu 94 x 3 menit, diikuti dengan 35siklus berikutnya

masing-masing denaturasi 94 x 30 detik, dengan suhu anneling yang berbeda-

beda diantara gen target yaitu :57 x 45 detik untuk ukuran primer BC, yang

dilanjutkan dengan satu siklus ekstensi akhir pada suhu 72 selama 30 detik

dengan menggunakan mesin PCR (Eppendorf, Germany). Produk PCR kemudian

di elektroforesis pada gel agarose 0,6 g dengan buffer 1x TBE (89 mM Tris, 89

mM asam borat, 2 mM Na2EDTA) yang mengandung 100 ng/ml ethidium

11

bromide. Kemudian divisualisasi pada UV transiluminaror (gel documentation

system).

Produk PCR yang diperoleh dari masing-masing gen target kemudian

dianalisis menggunakan RFLP melalui pemotongan menggunakan enzim Ava II

yang memiliki situs pemotongan pada gen BC. Sebanyak 4 l DNA produk PCR

ditambahkan 0,5 l, selanjutnya dilakukan inkubasi selama 17 jam pada suhu

37 .Analisis produk RFLP dilakukan dengan elektroforesis pada gel

polyacrylamide dan pewarnaan dengan perak mengikuti metode Tegelstrom

(1992).

Elektroforesis pada Gel Poliakrilamid

Komponen gel polyacrylamide terdiri atas campuran 30% acrylamida dan

bisacrylamid sebanyak 6 ml, 10 x TBE sebanyak 6 ml, H2O sampai mencapai

volume 30 ml, temed sbanyak 20 μl, 10% APS 200 μl. Sampel DNA tersebut

kemudian dimasukkan ke dalam sumur gel setelah gel diletakkan pada tangki

elektroforesis yang telah berisi larutan penyangga 1 x TBE. Elektroforesis

dilakukan pada voltase konstan 250 V selama 120 menit pada suhu ruang.

Silver stainning (Pewarnaan Perak) Pewarnaan dengan perak dilakukan

melalui serangkaian proses yaitu pewaraan gel dengan larutan stainning dengan

merendam gel dalam larutan yang terdiri atas 0,2 g AgNO3 ; 80 μl NaOH 10 N ;

0,8 ml NH4OH ; 200 ml akuades selama selama 15 menit. Gel kemudian dicuci

kembali dengan aquades selama 20 menit sambil digoyang untuk menghilangkan

perak yang tidak berikatan dengan DNA. Fragmen DNA yang berikatan dengan

perak dapat dideteksi dengan merendam gel dalam larutan NaOH 0,03 g/ml dan

12

formalin yang dipanaskan pada suhu 45 oC sampai fragmen pita DNA tampak.

Setelah fragmen DNA tampak, reaksi kemudian dihentikan dengan menggunakan

asam asetat glasial (200 μl / 200 ml aquades). Penentuan alel dilakukan dengan

cara menginterpretasi pita (band) yang terbentuk paling jauh migrasinya ke kutub

anoda sebagai alel "a", berikutnya alel "b" dan seterusnya.

Tabel 1. Sequen primer beserta enzim retruksi endonuklease untuk PCR-RFLP

Jenis

Primer Sekuen DNA

Enzim

Restruksi

Panjang

PCR Sumber

BC F:

5’GGCCAGGGACCGTGTTCATTG

AGGACATC - 3’

R: 3’-

TTCCTGGGACCCCGTGACACAT

ACTTG -3’

Ava II 198 bp Grupe, et

al.,1996

F = Forward, R = Reverse

Analisa Data

Keragaman genotipe tiap-tiap individu dapat ditentukan dari pita-pita DNA

gen yang ditemukan. Masing-masing sampel dibandingkan berdasarkan ukuran

(marker) yang sama dan dihitung frekuensi alelnya. Frekuensi alel bisa dihitung

dengan menggunakan rumus Nei dan Kumar (2000):

∑

Keterangan :

Xi = Frekuensi alel ke –i

nii =jumlah sampel yang bergenotif ii (homozigot)

nij = jumlah sampel yang bergenotif ij (heterozigot)

n = jumlah sampel

13

HASIL DAN PEMBAHASAN

Amplifikasi Gen Bovine Cittrullinaemia

Berdasarkan penelitian yang telah dilakukan pada sampel sapi perah di

Kabupten Enrekang bahwa Gen Bovine Cittrullinaemia exon 5 berhasil

diamplifikasi dengan menggunakan mesin Eppendorf Germany, dengan suhu

annealing 57oC. Hasil amplifikasi gen dapat divisualisasikan pada gel agarose

1,5% yang dapat lihat pada Gambar 1. Panjang produk hasil amplifikasi gen

Bovine Cittrullinaemia exon 5 adalah 198 bp.

Gambar 1. Hasil Amplifikasi Gen Bovine Cittrullinaemia yang divisualisasi

padaGel Agarose 1,5%, M : Marker (100 bp) ; 1-5 : sampel sapi Perah

dari Kabupaten Enrekang; bp : base pair

Panjang fragmen gen Bovine Cittrullinaemia exon 5 pada penelitian yang

dihasilkan yaitu 198 bp. Hal ini sesuai dengan penelitian yang dihasilkan oleh

Grupe et al., (1996) dan Meydan et al., (2010) bahwa panjang produk PCR untuk

gen Bovine Cittrullinaemia adalah 198 bp. Sedangkan yang dihasilkan

Kotikalapudi et al., (2014); Oner et al., (2010) dan Perwitasari dkk., (2008)

adalah 185 bp, Vatasescu et al., (2006) 200 bp dan Li et al., (2011) 177 bp. Hasil

14

amplifikasi gen pada tahap PCR berfungsi untuk mengetahui panjang fragmen gen

yang ingin diteliti namun belum diketahui normal, heterozigot atau resesif,

sehingga dilanjutkan ketahap RFLP.

Perbedaan panjang fragmen gen Bovine Cittrullinaemiadisebabkan panjang

primer yang digunakan dalam teknik PCR berbeda. Perbedaan panjang primer

akan berpengaruh terhadap panjang fragmen hasil amplifikasi, umumnya panjang

primer tersusun oleh 18-30 basa. Haryono dan Rudiretna,(2000) Primer dengan

panjang <18 basa akan menjadikan spesifisitas primer rendah. Untuk ukuran

primer yang pendek kemungkinan terjadinya mispriming (penempelan primer di

tempat lain yang tidak diinginkan) tinggi, ini akan menyebabkan berkurangnya

spesifitas dari primer tersebut yang nantinya akan berpengaruh pada efektifitas

dan efisiensi proses PCR. Sedangkan untuk panjang primer >30 basa tidak akan

meningkatkan spesifitas primer secara bermakna dan ini akan menyebabkan lebih

mahal.

Keberhasilan dalam mengamplifikasi DNA dengan PCR dipengaruhi

beberapa faktor, yaitu : kualitas dan kuantitas DNA, temperatur annealing primer,

kualitas dan konsentrasi primer, konsentrasi MgCl2, dNTP, enzim DNA polymerase,

dan jumlah siklus PCR yang digunakan (Aryani, 2007).

Identifikasi Gen Bovine Citrullinaemia dengan metode PCR-RFLP

Penentuan genotip gen Bovine Citrullinaemia exon5 pada sapi Perah pada

penelitian ini menggunakan PCR-RFLP yang dideteksi berdasarkan banyaknya

pita yang muncul dengan Enzim Ava II . Enzim Ava II mengenali situs

pemotongan (TGA).

15

Hasil visualisasi menggunakan gel Polyacrylamide 8% dengan melihat

panjang fragmen gen Bovine Citrullinaemia dan enzim Ava II sebagai enzim

pemotong menunjukkan bahwa fragmen yang didapatkan adalah 198 bp, 109 bp,

89 bp. Genotip yang ditemukan dapat dilihat pada Gambar 2.

Gambar 2. Visualisasi PCR-RFLP gen Bovine Citrulinaemia, M: marker 100 bp,

1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 9, 10, 11, 12, 13 genotip homozigot (Normal) +/+, dan baris 8

genotip heterozigot (BC carier) +/-.

Genotip yang diperoleh dibedakan berdasarkan jumlah pita yang muncul

dalam gel Polyacrylamide 8% yaitu genotip homozigot +/+ yang dihasilkan oleh

dua fragmen (89 bp dan 109 bp) dan genotip heterozigot +/- dihasilkan tiga

fragmen (89 bp, 109 bp dan 198 bp). Hal ini sesuai dengan penelitian Grupe et

al.(1996) dan Meydan et al., (2010) bahwa hasil produk PCR gen BC yang telah

di potong menggunakan enzim Ava II menghasilkan dua fragmen yaitu 89 bp dan

109 bp untuk alel normal dan yang karier menghasilkan tiga fragmen yaitu 89 bp,

109 bp dan 198 bp.

16

Alel normal pada gen BC yang dipotong degan enzimAva II dan

divisualisasi menggunakan gel Polyacrylamide atau gel Agarose menghasilkan

dua fragmen, hal ini menandakan bahwa pada sekuen DNA pada alelnya

normalkarena tidak ditemukan titik mutasi. Genotipe heterozigot yang membawa

alel normal dan alel resesifbovine citrullinaemiaakan menghasilkan tiga fragmen,

sedangkan genotipe homozigot resesif hanya menghasilkan satu fragmen karena

ditemukan titik mutasi yang mengubah susunan DNA sehingga tidak dikenali oleh

enzim Ava II.Grupeet al., (1996); Patel et al., (2006)titik mutasi BC merupakan

perubahan dari C (sitosin) menjadi T (timin) sehingga susunan kodon CGA yang

menyandi arginin berubah menjadi stop kodon (TGA) di kodon 86 yang

mengkode gen argininosuccinate synthetase(ASS) menyebabkan gangguan siklus

urea.

Salah satu reaksi dalam siklus urea adalah sintesis arginosuksinat

(argininosuccinate synthetase)dalam reaksi ini, aspartat dan sitrulin diikat

bersamaan melalui gugus amino aspartat. Reaksi membutuhkan ATP, dan

cenderung kuat ke sintesis arginosuccinate. Tahap selanjutnya pembelahan

arginosuccinate menjadi arginin dan fumarat. Penyakit bovine citrullinaemia

terjadi karena yang menyandi arginin berubah menjadi stop kodon sehingga asam

amino hanya 85 yang seharusnya 412 asam amino, sehingga sintesis

arginosuccinate tidak sempurna (Anonim, 2013).

17

Frekuensi Genotipe dan Alel

Hasil analisis frekuensi genotip dan alel pada fragmen gen BC pada sapi

perah dapat dilihat pada tabel 2.

Tabel 2. Frekuensi Genotip dan Alel Gen BC

Lokasi Genotip (%) Alel (%)

+/+ +/- + -

Kec. Cendana 100 0 100 0

Kec. Anggeraja 96,7 3,3 98,3 1,7

Total 98,75 1,25 99,4 0,6

Berdasarkan data pada Tabel 2 dapat dilihat bahwa frekuensi alel

homozigot +/+ di kecamatan Cendana 100% dan tidak ditemukan alel heterozigot.

Di kecamatan Angeraja frekuensi alel homozigot +/+ adalah 98,3% dan

ditemukan alel heterozigot +/- 1,7% karena ditemukan 1 sampel heterozigot pada

populasi yang terdeteksi melalui hasil visualisasi PCR RFLP pada gel

poliagrilamide. Total frekuensi alel normal +/+ adalah 99,4% dan frekuensi

heterozigot +/- adalah 0,6%. Nilai ini sangat kecil dikarenakan jumlah sampel

yang diteliti sedikit.

Jumlah alel pada penelitian ini berbeda dengan penelitian sebelumnya oleh

Perwitasari dkk., (2008) yang menemukan 0,14% frekuensi alel heterozigot

(karier) di peternakan rakyat. Mei et al.,(2009) menemukan frekuensi alel

heterozigot 1,55% di provinsi Shandong Cina. Li et al.,(2011) 0,16% Cina. Gaur

et al., (2012) 1,67% di India. Frekuensi alel tetinggi ditemukan di Australia

sebanyak 50% sapi FH Australia dan 30% dari pejantan di pusat IB merupakan

jantan turunan dari Linmack Kriss King (LMKK) Healy et al., (1991). Telah

18

dilaporkan oleh Robinson et al., (1993); Grupe et al.,(1996) bahwa di USA dan

Jerman, frekuensi citrullinaemia masih sangat rendah, sedangkan di Turki dan

Iran tidak ditemukan alel heterozigot dalam populasi (Meydan et al., 2011;

Eydivandi et al., 2011).

Frekuensi alel heterozigot dalam populasi kelihatan sangat rendah, namun

jika tidak ada tindak lanjut untuk menghilangkan sifat karier ini maka alel mutan

akan menyebar pada keturunannya. Seperti yang diungkapkan Eydivandi et al.,

(2011) Sapi normal yang dikawinkan dengan sapi heterozigot akan menghasilkan

keturunan 50% homozigot dan 50% heterozigot, ketika sapi heterozigot

dikawinkan dengan heterozigot maka potesi keturunannya 25 % normal, 50%

heterozigot dan 25% letal.

19

KESIMPULAN DAN SARAN

Kesimpulan

Ditemukan 0,6%frekuensi alel heterozigot Bovine Citrullinaemia di

Kabupaten Enrekang dan masih tergolong sangat rendah.

Saran

Perlu dilakukan identifikasi tentang sapi-sapi lokal di Sulawesi Selatan

untuk mencegah penyebaran kelainan genetik BC dalam populasi sehingga

mengurangi kerugian bagi peternak.

20

DAFTAR PUSTAKA

Adams, R.L.P., J.T. Knowle dan D.P. Leader. 1992. The Biochemistry of the

Nucleid Acids (11th

ed). Chapman dan Hall Publishing, London.p 117-120.

Anonim. 2011. Keanekaragaman Hayati(Biodiversitas).https://muntul.files.

wordpress.com/2011/12/keanekaragaman-hayati1.pdf [21 Februari 2015].

. 2013.Pengertian Tahapandan Proses Siklus Urea pada Manusiadan

Hewan.https://perpustakaancyber.blogspot.com/2013/pengertian-tahapan-

dan-proses-siklus-urea-pada-manusia-dan-hewan.html?m=1. [21 Februari

2015].

. 2014. Keanekaragaman Genetik (Genetic Diversity) .https://yamewa. wordpress

.com/2014/01/14/56/. [21. 2. 2015].

Aryani, Any dan D. Kusumawaty. 2007. Prinsip-prinsip Polimerase Chain

Reaction (PCR) dan Aplikasinya. Program Studi Biologi Jurusan Pendidikan Biologi UPT.

Barendse, W., B.E. Harrison, R.J. Bunch, and M.B. Thomas. 2008. Variation at

the calpain 3 gene is associated with meat tenderness in Zebu and

composite breeds of cattle. Biomed Central Genetics.9(41): 1-8.

Bishop, M.D., G.A. Hawkins and C.L. Keener. 1995. Use of DNA markers in

animal selection. Theriogenology. 43:61-70.

Eydivandi, C., C.Amirinia, N.E.J. Khanzan, Chamani, J. Fayazi and H.R.

Seyedabadi. 2011. Study of citrullinaemia disorder in khuzestanholstein

cattle population of Iran. African Journal of Biotechnology. 11(10): 2587-

2590.

Fesus, L., I. Anton, A. Zsolna. 1999. Marker assisted selection in livestock.

DUMPS, Weaver-diseases andCitrullinaemia in cattle population. Allatt-

es-Takarm.48: 193-203.

Gaur, U., T.G. Sathe, A. Roy, P.S.S. Sunkara, R.K. Patel, P.S.Venkatesh. 2012.

Polymorphism in arginosuccinatesynthase gene in IndianHolstein.

Internayional Journalof Veterinari Science. 1: 115-117.

Gholap, P.N, D.S. Kale., and A.R. Sirothia. 2014. Genetic diseases in cattle.

Research Journal of Animal Veterinary and Fishery SciencesUniversity,

Nagpur, MS, INDIA . 2(2): 24-33.

21

Grupe, S., G. Dietle , and M. Schwerin. 1996. Population survey of citrullinemia on

German Holsteins. Livestock Production Science. 45: 35-38.

Healy, P.J., J.A. Dennis, L.M. Camilleri, J.L. Robinson, A.L. Stell,and R.D.

Shanks 1991. Bovine citrullinaemia traced tothe sire of linmack kriss

King. Australian Veterinary Journal. 68 (4): 155.

Kotikalapudi, R., R.K. Patel, R.S. Kushwah, and P.S.S. Sunkara.

2014.Identification of citrullinaemia carrier and detection of a newsilent

mutation at 240bp position in ass1 gene of normal holstein cattle.Genetika.

46 (2) :515 -520.

Lee B., J.A. Dennis, P.J. Healy, B. Mull, L. Pastore, H. Yu, E.A. Cordova, W.

O’Brien, P. Reeds, and L. Beaudet. 1999. Hepatocyte gene therapy in a

large animal: a neonatal bovine model of citrullinemia. Proceeding of the

National Academy Science.96(7):3981-3986.

Li, J., H. Wang, Y. Zhang, M., Hou, J. Zhong, and Y.Zhang. 2011. Identification

of BLAD and citrullinemia carriers inChinese Holstein cattle. Animal

Science Papers and Reports. 29: 37-42.

Lin, D., Y. Huang, J. Chen, T. Yang, T. Shiao, and H.Chang. 2001. Investigation

of Citrullinaemia of dairy cattle in Taiwan.J Taiwan Livestock Res. 34:

279-284.

Mei, W.H., L.J. Bin, H.M. Hai, Z.X, Hong, L.W. Hao, and N.J. Feng. 2009.

Development and application of PCR-RFLP fordetecting bovine

citrullinaemia and deficiency of uridine monophosphate synthase. Chinese

J Vet Sci. 29: 661-664.

Meydan H.a M. Uğurlu, M.A. Yildiz. 2011. Monitoring of BLAD, DUMPS,

CVM, BC and FXID in Turkish Native cattle breeds.Agricultural

Sciences18: 239-245

Meydan, H., M. A. Yildiz, J.S. Agerholm. 2010. Screening for bovine leukocyte

adhesion deficiency, deficiency of uridine monophosphate synthase,

complex vertebral malformation, bovine citrullinaemia, and factor XI

deficiency in Holstein cows reared in Turkey. Acta Veterinaria

Scandinavica. 52-56.

Nei, M., and S. Kumar. 2000. Moleccular Evolutian and Phylogenetics. Oxford

University Press.New York.

Nicholas, F.W. 1996. Introduction to Veterinary Genetics. New York. Oxford

University Press.

22

Noor R. R. 2008. Genetika Ternak. Ed Ke-2 Jakarta. Penebar Swadaya.

Oner, Y.A., C. Keskin, Elmasi. 2010. Identification of BLAD, DUMPS,

Citrullinaemia and FXI deficiency in holsteincattle in turkey. Asian J

Anim Vet Advan., 5: 60-65.

Patel, R.K., K.M. Singh, K.J. Soni, J.B. Chauhan, Sambasiva, K.R.S. Rao. 2006.

Lack of carriers of Citrullinaemia andDUMPS in Indian Holstein cattle. J

Applied Genet., 47: 239-242.

Perwitasari, D., A. Anggraeni, B. Tiesnamurti, N. Khabibah, dan K.

Mahfud.2009. Identifikasi molecular beberapa kelainan genetik pada sapi

perah. Hasil Penelitian. Pengajar Institut Pertanian Bogor. Bogor.

Primack, R. B, J. Supriatna, M. Indrawan dan Kramadibrata. 1998. Biologi

Konservasi. Yayasan Obor Indonesia. Jakarta.

Robinson, J.L., J.L. Burns, C.E. Magura, R.D. Shanks. 1993. Low incidence of

Citrullinaemia carriers among dairycattle of the United States. J Dairy Sci.,

76: 853-858.

Tegelstrom, H. 1992. Mithocondrial DNA in natural population: An improved

routine for screening of genetic bariation breed on sensitive silver staining.

Electrophoresis. 7:226-22.

Van der Warf, J. 2000. An overview of animal breeding programs. Di

dalam:Kinghorn B, Van der Werf J, editor. QTL course:Identifiying

andIncorporating Genetic Markers and Major Genes in Animal Breeding

Programs. Armidale, Australia. University of New England.

Vătăşescu R., S.E.Georgescu, K. Steliana, M.M. Adina, R. Mariana, D. Anca,

C.D. Tesio, C. Marieta. 2006. Citrullinemia diagnostication on cattle

breed.Zootehnie şi Biotehnologii. 39 (1): 127-130.

Williams, J. L. 2005. The use of marker assited selection in animal breeding and

biotechnology. Rev Sci Tech Oie. 24: 379-391.

23

Lampiran 1. Frekuensi Genotipe dan Alel

*****************************************************

* *

* POPULATION GENETIC ANALYSIS *

* *

*****************************************************

Date : 2015/9/2

Time : 9:1:9

Data Description : Test Data Set II: Diploid Data

************************************************************************

** **

** Single-Population Descriptive Statistics **

** **

************************************************************************

population ID : 1

population name : none

* Population : 1 @ Locus : 11 *

Monomorphic locus: No further analysis !!!

~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

Allele Frequency of population 1 :

==============================

Allele \ Locus 11

==============================

Allele 1 1.0000

Allele 2

==============================

Summary Statistics of population 1 :

population ID : 2

population name : none

* Population : 2 @ Locus : 11 *

============================================================

Genotypes Obs. (O) Exp. (E) (O-E)²/E 2*O*Ln(O/E)

============================================================

(1, 1) 29 29.0000 0.0000 0.0000

(2, 1) 1 1.0000 0.0000 0.0000

(2, 2) 0 0.0000 0.0000 0.0000

============================================================

~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

24

Allele Frequency of population 2 :

==============================

Allele \ Locus 11

==============================

Allele 1 0.9833

Allele 2 0.0167

==============================

Summary Statistics of population 2 :

************************************************************************

** **

** Multi-populations Descriptive Statistics **

** **

************************************************************************

* Overall @ Locus : 11 *

============================================================

Genotypes Obs. (O) Exp. (E) (O-E)²/E 2*O*Ln(O/E)

============================================================

(1, 1) 79 79.0000 0.0000 0.0000

(2, 1) 1 1.0000 0.0000 0.0000

(2, 2) 0 0.0000 0.0000 0.0000

============================================================

~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

Overall Allele Frequency :

==============================

Allele \ Locus 11

==============================

Allele 1 0.9937

Allele 2 0.0063

==============================

Overall Summary Statistics:

25

Lampiran 2. Dokumentasi Kegiatan

Sampel Darah Persiapan Ekstraksi DNA

Mesin PCR Elektroforesis Agarose

Portex

Elektroforesis Polyagrilamide Autoclave

26

Gel Dokumentasi Oven

Timbangan

Eksraksi DNA

Agarose

Polyagrilamide

27

RIWAYAT HIDUP

KURNIAH KAMARUDDIN (I 111 11 026 ), lahir di

Barru, pada tanggal 10 September 1992 dari pasangan

Kamaruddin Ongi dan Hj. St. Rabiah, A. Ma. Penulis

menyelesaikan Pendidikan Sekolah Dasar di SD. Inpres

Galung pada tahun 2005, kemudian melanjutkan ke

Madrasah Tsanawiah DDI Takkalasi selesai pada tahun 2008 dan melanjutkan ke

Sekolah Menengah Atas di SMA Negeri 1 Barru selesai pada tahun 2011. Penulis

kemudian diterima di Universitas Hasanuddin Makassar, Fakultas Peternakan,

melalui jalur SNMPTN Undangan pada tahun 2011. Selama kuliah penulis

pernah menjadi Asisten Reproduksi Ternak. Penulis juga merupakan anggota

Senat Mahasiswa Peternakan dan anggota Himpunan Produksi Ternak

(HIMAPROTEK).