KONSEP SPESIASI ALOPATRIK
Oleh :Nama: Achmad Akbar RifandaNIM: B1J013256Rombongan: VKelompok: 5Asisten: Dewi Saroh
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA HEWAN I
KEMENTERIAN PENDIDIKAN DAN KEBUDAYAANUNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMANFAKULTAS BIOLOGIPURWOKERTO2015I. PENDAHULUANA. Latar BelakangStudi kekerabatan merupakan salah satu aspek yang dipelajari dalam taksonomi hewan. Kekerabatan mencakup dua pengertian yaitu kekerabatan filogenetik dan kekerabatan fenetik. Kekerabatan filogenetik adalah kekerabatan yang didasarkan pada hubungan filogeni antara takson yang satu dan takson yang lain, sedangkan kekerabatan fenetik adalah kekerabatan yang didasarkan pada persamaan dan perbedaan ciri yang tampak pada takson (Clifford and Stephenson, 1975). Penentuan kekerabatan fenetik dapat dilakukan secara kualitatif dan kuantitaif. Kekerabatan fenetik secara kualitaif umumnya dilakukan dengan cara membandingkan persamaan dan perbedaan ciri-ciri taksonomik yang dimiliki oleh masing-masing takson. Oleh Mayr (1982), disebutkan bahwa ciri taksonomik meliputi ciri morfologi, antomi, fisiologi, ekologi, dan geografi. Ciri yang dibandingkan sebanyak mungkin paling tidak ada 50 ciri.Hubungan kekerabatan hewan merupakan suatu gambaran hubungan organisme yang satu dengan yang lain. Sistematika hubungan kekerabatan yaitu jauh dekatnya hubungan antar kesatuan taksonomi dapat ditinjau dari dua sudut, yaitu fenetik dan filogenetik. Kekerabatan fenetik ditentukan oleh banyaknya persamaan sifat-sifat yang tampak, sedangkan kekerabatan filogenetik ditentukan berdasarkan asal usul nenek moyang sesuai perkembangan atau proses evolusi (Davis dan Heywood, 1973). Ikan dapat dicirikan baik olehterjadinya kelompok kariotipe stabil atau divergen yang dengan keragaman kromosom yang luas, sementara beberapa taksa menunjukkan kromosomevolusiyang relatif berbeda tentang kariotipe macro structure (Ojo, 2011).Makin banyak jumlah ciri yang yang mirip antara dua takson yang di bandingkan, berarti makin dekat hubungan kekerabatanya dan sebaliknya semakin sedikit jumlah ciri yang mirip antara dua takson, berarti semakin jauh hubungan kekerabatanya. Hasil perbandingan antara ciri yang mirip dengan semua ciri yang digunakan berupa nilai rata-rata kemiripan ciri, sekaligus menunjukan tingkat hubungan kekerabatan antara taksa yang dibandingakan. Nilai rata-rata kemiripan ciri, selanjutnya dapat digunakan untuk membuat fenogram (Djuhanda, 1981).Hubungan kekerabatan merupakan aspek yang cukup penting dalam mempelajari proses spesiasi. Software MEGA 5.05 merupakan salah satu perangkat lunak aplikasi yang digunakan untuk menganalisis data statistik dari DNAdan data sekuens protein dari sudut pandang evolusi.MEGAdigunakan untuk mengurutkankeselarasan, rekonstruksi pohon filogenetik dan visualisasi,menguji berbagai hipotesis evolusioner, memperkirakan urutandivergensi, akuisisi web berbasis data urutan.MEGA juga digunakan untuk menghasilkan deskripsi bahasa alamimetode analisis dari data yang dipilih oleh pengguna (Tamura et al., 2011).
B. TujuanTujuan praktikum acara konsep terjadinya spesiasi alopatrik adalah:1. Mahasiswa dapat memahami konsep spesiasi.2. Mahasiswa dapat memahami konsep spesiasi pada ikan.3. Mahasiswa dapat menggunakan software aplikasi komputer yang mendukung penelitian tentang konsep terjadinya spesiasi.
II. TINJAUAN PUSTAKAKekerabatan dalam sistematik hewan dapat diartikan sebagai pola hubungan atau total kesamaan antara kelompok hewan berdasarkan sifat atau ciri tertentu dari masing-masing kelompok hewan tersebut. Berdasarkan jenis data yang digunakan untuk menentukan jauh dekatnya kekerabatan antara dua kelompok hewan, maka kekerabatan dapat dibedakan atas kekerabatan fenetik dan kekerabatan filogenetik (filetik). Kekerabatan fenetik didasarkan pada persamaan sifat-sifat yang dimiliki masing-masing kelompok tumbuhan tanpa memperhatikan sejarah keturunannya, sedangkan kekerabatan filogenetik didasarkan pada asumsi-asumsi evolusi sebagai acuan utama (Lartillot dan Philippe , 2008).Spesiasi merupakan proses divergensi spesies menjadi dua atau lebih spesies. Pada dasarnya proses ini dihasilkan oleh isolasi reproduksi yang diikuti dengan divergensi genealogis pada organisme yang berkembang biak secara seksual. Mayr (1963), Mekanisme spesiasi menurut White (1978) yaitu:1. Spesiasi AlopatrikSpesiasi alopatrik adalah spesiasi suatu populasi yang menyebabkan gen pool terisolasi menghasilkan sifat-sifat yang tidak biasa sehingga muncul spesies yang berbeda dalam suatu populasi. Cotoh dari spesiasi alopaatrik yakni fragmentasi habitat akibat perubahan geografis seperti dengan adanya gunung atau perubahan sosial seperti emigrasi. Populasi yang terisolasi kemudian mengalami perbedaan genotipik dan fenotipik, mereka mengalami tekanan selektif yang berbeda atau secara independen mereka mengalami pergeseran genetik. Ketika populasi kembali kedalam kontak, mereka telah berkembang dan tidak lagi mampu bertukar gen. Spesiasi alopatrik merupakan mekanisme isolasi yang terjadi gradual. Salah satu contohnya adalahburung Acaulhiza pusilla tersebar luas di benua Australia dan mempunyai suatu populasi yang sedikit berbeda yaitu Acaulhiza Ewingi.2. Spesiasi PeripatrikSpesiasi peripatrik adalah spesiasi yang terjadi ketika sebagian kecil populasi organisme terisolasi dalam sebuah lingkungan yang kecil dari populasi tetua. Spesiasi peripatrik dapat mengurangi variasi genetik karena tidak kawin secara acak dan akhirnya dapat mengakibatkan hilangnya variasi genetic. Populasi baru dapat berubah, baik secara genotipe maupun fenotipe dari populasi asalnya. Populasi baru berpisah dari populasi induk akan tetapi masih berada di area mengarah ke terbentuknya evolusi.3. Spesiasi parapatrik/ Semi geografikSpesiasi parapatrik oleh isolasi dan dapat membentuk populasi kecil yang dapat dicegah dari pertukaran gen dengan penduduk asli. Hal ini terkait dengan konsep efek pendiri karena populasi kecil sering mengalami kemacetan.Spesiasi parapatrik adalah dua zona populasi divergen yang terpisah tetapi saling tumpang tindih.Hanya ada pemisahan parsial yang terjadi oleh geografi, sehingga individu-individu dari setiap spesies bisa masuk dalam kontak atau saling terhalang dari waktu ke waktu, tetapi keutuhan dapat mengurangi heterozigot yang mengarah ke seleksi alam untuk perilaku atau mekanisme yang mencegah perkembangbiakan antara kedua spesies.4. Spesiasi SimpatrikSpesiasi simpatrik adalah spesiesi yang terjadi karena mendiami suatu tempat yang sama. Spesiasi simpatriksering ditemukan pada hewan serangga yang memiliki ketergantungan pada tanaman inang host yang berbeda di daerah sama. Model spesiasi simpatrik meliputi spesiasi gradual dan spontan. Jika bastar antara dua spesies diploid membentuk tetraploid, maka akan memperbesar isolasi reproduktif dari tetua yang diploid. Keturunan triploid akibat backcross mempunyai proporsi aneuploidi yang tinggi, karena gamet membawa cacat bawaan. Pembatasan interbreeding diantara bentuk diploid dan tetraploid dapat muncul, tetapi tidak pada poliploidi. Mutasi tunggal atau perubahan kromosom menimbulkan isolasi reproduktif lengkap didalam satu tahap tidak akan sukses bereproduksi, kecuali jika ada perkawinan inbreeding (perkawinan dalam keluarga yang membawa mutasi baru). Model-model spesiasi simpatrik didasarkan pada seleksi terpecah (distruptive selection), seperti ketika dua homozigot pada satu atau lebih lokus teradaptasi dengan sumber yang berbeda dan hal itu merupakan suatu multiple-niche polymorphism. Spesiasi poliploid adalah salah satu model spesiasi simpatrik.Poliploidi terjadi karena penggandaan perangkat kromosom secara keseluruhan.Menurut Mayr (1969), keadaan yang mendorong terjadinya spesiasi alopatrik isolasi geografis suatu populasi yang umumnya terjadi pada daerah pinggiran tempat hidup populasi tetua atau disebut isolasi periferal, sehingga menjadi suatu calon yang baik untuk terjadinya spesiasi karena tiga alasan, yaitu:a. Kumpulan gen isolate mungkin berbeda dari kumpulan gen permulaan populasi tetua.b. Hanyutan genetik akan terus mengubah kumpulan gennya secara acak, sehinggamenyebabkan perbedaan genotip dan fenotipe dari populasi tetua sampai isolate peripheral menjadi populasi yang besar.c. Evolusi yang disebabkan karena seleksi alam bisa mengambil arah yang berbeda dalam isolate peripheral dibandingkan dengan didalam populasi tetua.Penyebaran (radiasi) adaptif di daerah kepulauan merupakan faktor lain yang mendorong terjadinya spesiasi alopatrik. Evolusi banyak spesies yang beradaptasi secara meluas dari tetua yang sama disebut radiasi adaptif. Satu peristiwa penyebaran suatu jenis spesies yang menyebabkan satu pulau menjadi tempat hidup populasi kecil spesies tetua tersebut, dan isolate peripheral akan membentuk spesies baru, kemudian beberapa individu dari spesies pulau itu mungkin bisa mencapai pulau-pulau tetangganya, dimana isolasi geografis memungkinkan terjadinya spesies sekali lagi. Setelah itu spesies baru tersebut dapat kembali ke tempat asal populasi awalnya dan hidup bersama dengan spesies tetuanya membentuk spesies lain yang baru (Mayr, 1969).Hemibagrus nemurus memiliki nama lokal ikan Baung dan bentuk tubuhnya kombinasi dengan letak mulut subterminal. Ikan ini memiliki empat pasang sungut, panjang sungut rahang atas mencapai belakang sirip perut, sedangkan panjang sungut hidung mencapai mata, garis rusuk lurus, sirip lemak berukuran sama panjang dengan sirip dubur dan ujung sirip lemak berwarna hitam, jari-jari terakhir pada sirip punggung dan sirip dada bergerigi dan pada bagian atas kepala kasar, bentuk sirip ekor bercagak. Karakter morfologi H. nemurus adalah sirip punggung berjari-jari keras dan tajam, sirip dubur pendek, sirip ekor bercagak, mempunyai sirip lemak yang sama panjangnya dengan sirip dubur yang terpisah dari sirip punggung, memiliki 12-13 jari-jari sirip dubur dan panjang total dapat mencapai 57cm (Bhagawati et al., 2013).Perbedaan karakter morfologi spesies Hemibagrus adalah panjang sirip lemak, perbandingan panjang sirip lemak dan sirip dubur, bentuk dan ukuran panjang sungut serta bentuk ujung sirip ekor.Keanekaragaman dan kelimpahan ikan ditentukan oleh karakteristik habitat perairan.Karakteristik habitat di sungai sangat dipengaruhi oleh kecepatan aliran sungai. Kecepatan aliran tersebut ditentukan oleh perbedaan kemiringan sungai, keberadaan hutan atau tumbuhan di sepanjang daerah aliran sungai yang akan berasosiasi dengan keberadaan hewan-hewan penghuninya (Bhagawati et al., 2013).
III. MATERI DAN METODEA. MateriAlat yang digunakan dalam praktikum acara variasi intra populasi adalah bak preparat, pinset, alat tulis, software MEGA 5.05 serta komputer.Bahan yang digunakan adalah ikan Baceman (Hemibagrus nemurus) dari sungai Serayu, sungai Klawing dan sungai Banjaran.
B. MetodeMetode yang dilakukan dalam praktikum antara lain:1. Ikan Baceman diletakkan diatas kertas milimeter blok.2. Preparat diukur morfologi tubuhnya berdasarkan titik-titik patokan dan hasilnya dicatat.3. Preparat dihitung jumlah perbedaan morfologinya dan dibandingkan dengan preparat lain.4. Pohon filogeni dibuat dari jumlah perbedaan ukuran morfologi preparat.5. Hubungan kekerabatan antar preparat dianalisi lebih lanjut menggunakan software MEGA 5.05.6. Hasil yang diperoleh dimasukkan kedalam laporan praktikum.
IV. HASIL DAN PEMBAHASANA. HasilB. Tabel 4.1 Pengukuran Morfometri ikan Baceman (Hemibagrus nemurus) di Sungai Serayu dan Sungai BanjaranC. Bidang TrussJarak TitikKodeDeskripsi JarakPanjang Ukuran Ikan BacemanKonversi Ikan Baceman
A1(mm)C1(mm)A1(mm)C1(mm)
PTA1Panjang Total (PT)262240TA
PSA2Panjang Standar (PT)201195TA
Bagian Kepala1-2B1Panjang Moncong / PK (Panjang Kepala)0,360,33TA
1-14B2Panjang Kepala/ PS0,270,35CG
1-3B3Panjang Rahang/ PK0,740,61GC
2-3B4Jarak Operkulum Depan dan Belakang/ PK0,410,26GC
2-14B5Lebar Kepala/ PK1,060,69GC
3-14B6Tinggi Kepala/ PK0,780,06GC
Bagian Badan Depan3-4C1Panjang Garis Badan Truss 1/ PS0,060,33CG
4-13C2Tinggi Badan Truss 1/ PS0,250,28AT
13-14C3Jarak Antara Pangkal Belakang Kepala dengan Pangkal Depan Sirip Dorsal/ PK0,140,12TA
3-13C5Lebar Badan 1 Truss 1/ PS0,310,25CT
4-14C6Lebar Badan 1 Truss 2/ PS0,160,34CG
Bagian Badan Tengah
4-5D1Panjang Sirip Abdominal/ PS0,090,02CT
5-12D2Tinggi Badan Truss 2/ PS0,310,33AT
12-13D3Panjang Sirip Dorsal/ PS0,150,1CT
4-12D5Lebar Badan 2 Truss 1/ PS0,370,22GC
5-13D6Lebar Badan 2 Truss 2/ PS0,30,27CG
5-6E1Jarak Antara Pangkal Belakang Sirip Abdominal dengan Pangkal Depan Sirip Anal/ PK0,440,04GC
6-11E2Tinggi Badan Truss 3/ PS0,150,14TA
11-12E3Jarak Antara Pangkal Depan Sirip Adiposa dengan Pangkla Belakang Sirip Dorsal/ PS0,180,3GG
5-11E5Lebar Badan 3 Truss 1/ PS0,460,22GC
6-12E6Lebar Badan 3 Truss 2/ PS0,250,32CG
Bagian Badang Belakang6-7F1Panjang Sirip Anal/ PS0,110,1TA
7-10F2Tinggi Badan Truss 4/ PS0,110,11AA
10-11F3Panjang Sirip Adiposa/ PS0,110,06CT
6-10F5Lebar Badan 4 Truss 1/PS0,170,04GC
7-11F6Lebar Badan 4 Truss 2/PS0,20,15CT
Bagian Pangkal Ekor7-8G1Jarak Antara Pangkal Belakang Sirip Anal dengan Pelipatan Ekor Bagian Ventral/ PS0,160,1CT
8-9G2Jarak Antara Pelipatan Ekor Bagian Dorsal dengan Pelipatan Ekor Bagian Dorsal/ PS0,140,13TA
9-10G3Jarak Antara Pelipatan Ekor Bagian Dorsal dengan Pangkal Belakang Sirip Adiposa/ PS0,170,14TA
7-9G5Lebar Ekor Truss 1/ PS0,210,17CT
8-10G6Lebar Ekor Truss 2/ PS0,20,17TA
D. Tabel 4.2 Pengukuran Morfometri ikan Baceman (Hemibagrus nemurus) di Sungai Serayu dan Sungai BanjaranE. Bidang TrussJarak TitikKodeDeskripsi JarakPanjang Ukuran Ikan BacemanKonversi Ikan Baceman
A2(mm)C2(mm)A2(mm)C2(mm)
PTA1Panjang Total (PT)315270CT
PSA2Panjang Standar (PT)250225TA
Bagian Kepala1-2B1Panjang Moncong / PK (Panjang Kepala)0,290,3AT
1-14B2Panjang Kepala/ PS0,280,28AA
1-3B3Panjang Rahang/ PK0,610,99AT
2-3B4Jarak Operkulum Depan dan Belakang/ PK0,360,73TC
2-14B5Lebar Kepala/ PK0,880,79GC
3-14B6Tinggi Kepala/ PK0,680,65TA
Bagian Badan Depan3-4C1Panjang Garis Badan Truss 1/ PS0,370,25TC
4-13C2Tinggi Badan Truss 1/ PS0,270,28AT
13-14C3Jarak Antara Pangkal Belakang Kepala dengan Pangkal Depan Sirip Dorsal/ PK0,130,115GC
3-13C5Lebar Badan 1 Truss 1/ PS0,190,189TA
4-14C6Lebar Badan 1 Truss 2/ PS0,50,289GC
Bagian Badan Tengah
4-5D1Panjang Sirip Abdominal/ PS0,030,01TA
5-12D2Tinggi Badan Truss 2/ PS0,200,16CT
12-13D3Panjang Sirip Dorsal/ PS0,160,07GC
4-12D5Lebar Badan 2 Truss 1/ PS0,180,14CT
5-13D6Lebar Badan 2 Truss 2/ PS0,280,26TA
5-6E1Jarak Antara Pangkal Belakang Sirip Abdominal dengan Pangkal Depan Sirip Anal/ PK0,150,14TA
6-11E2Tinggi Badan Truss 3/ PS0,150,11CT
11-12E3Jarak Antara Pangkal Depan Sirip Adiposa dengan Pangkla Belakang Sirip Dorsal/ PS0,140,24AT
5-11E5Lebar Badan 3 Truss 1/ PS0,210,19TA
6-12E6Lebar Badan 3 Truss 2/ PS0,10,26CG
Bagian Badang Belakang6-7F1Panjang Sirip Anal/ PS0,120,08TC
7-10F2Tinggi Badan Truss 4/ PS0,170,12CT
10-11F3Panjang Sirip Adiposa/ PS0,140,04CT
6-10F5Lebar Badan 4 Truss 1/PS0,170,13CT
7-11F6Lebar Badan 4 Truss 2/PS0,180,12CT
Bagian Pangkal Ekor7-8G1Jarak Antara Pangkal Belakang Sirip Anal dengan Pelipatan Ekor Bagian Ventral/ PS0,150,13TA
8-9G2Jarak Antara Pelipatan Ekor Bagian Dorsal dengan Pelipatan Ekor Bagian Dorsal/ PS0,150,13TA
9-10G3Jarak Antara Pelipatan Ekor Bagian Dorsal dengan Pangkal Belakang Sirip Adiposa/ PS0,130,15AT
7-9G5Lebar Ekor Truss 1/ PS0,180,18AA
8-10G6Lebar Ekor Truss 2/ PS0,180,18AA
Tabel 4.3 Matriks Konsep Spesiasi AlopatrikF. No.A1C1A1C2A2C1A2C2A1A2C1C2
1-+--+-
2-----+
3-++---
4---+--
5------
6-----+
7----++
8------
9------
10-----+
11------
12--+---
13-+----
14--+---
15-----+
16-+----
17--+---
18------
19------
20-+----
21+-----
22------
23----++
24----+-
25+-----
26----++
27--+---
28----++
29--+---
30----++
31-++---
32---+--
33+-++-+
JML3683710
Tabel 4.4Nilai Matriks Konsep Spesiasi AlopatrikG. A1A2C1CA
A1.
A20,21.
C10,090,24.
C20,180,090,30.
H. I. C2J. K. C1 L. A2M. N. A1O. P. Q. R. S. Grafik 4.1 Fenogram Konsep Spesiasi Alopatrik Secara Manual
T.
Grafik 4. 2 Fenogram Konsep Spesiasi Alopatrik Hasil Software MEGA 5.05
B. PembahasanBerdasarkan hasil pengamatan pada saat praktikum, hubungan kekerabatan yang paling dekat adalah pada C1 dan C2 yang dapat dilihat dari nilai matriks sebesar 0,30, sedangkan hubungan kekerabatan yang paling jauh adalah A1 dengan C1 dan A2 dengan C2 dengan nilai matriks yang sama yakni 0,09. Semakin besar nilai matriks yang dihasilkan maka semakin dekat hubungan kekerabatannya, sedangkan semakin kecil nilai matriks maka semakin jauh hubungan kekerabatannya. Hasil analisis dengan menggunakan software MEGA 5.05 menunjukkan hasil yang sama yakni kerabat terdekat adalah C1 dan C2 dengan nilai berturut turut 3,7035 dan 3,3921.Spesiasi yang terjadi pada ikan adalah spesiasi alopatrik.Spesiasi tersebut terjadi pada populasi yang awalnya terisolasi secara geografis, misalnya melalui fragmentasi habitat atau migrasi.Aliran sungai yang berpindah akan memisahkanpopulasi ikan. Individu-individu mengkoloni wilayah terisolir, sehingga keturunannya menjadi terisolasi secarageografis dari populasi induknya.Seleksi di bawah kondisi demikian menyebabkan perubahan yang sangat cepat pada morfologi dan perilaku organisme karena seleksi dan hanyutan bekerja secara bebas pada populasi yang terisolasi, pemisahan pada akhirnya akan menghasilkan organisme yang tidak akan dapat saling kawin.MEGA atau Molecular Evolutionary Genetics Analysis adalah perangkat lunak yang tersedia secara bebas digunakan untuk melakukan analisis statistik evolusi molekuler dan untuk membangun pohon filogenetik. Cara kerja yang dilakukan pada saat analisis dengan menggunakan MEGA 5.05, yaitu pertama buka sequence di Ms.Word (hasil pengamataan praktikum yang telah dikonversi dalam bentuk ATGC), kemudian copy paste di notepad. Masing-masing diberi spasi 1, lalu simpan dan beri nama. Langkah selanjutnya adalah buka software MEGA 5.05, kemudian klik file dan pilih convert file format to MEGA, maka akan muncul jendela M5: Select file and format,pada data format pilih .fasta (fasta format), klik OK dan beri nama kemudian simpan. Klik phylogeny pada toolbar, pilih construct/ test phylogeny neighbor-joining tree dan cari file dengan format .meg, muncul jendela M5: input data, klik nukleotida sequence dan klik OK kemudian yes. Muncul jendela genetics of code, pilih standart lalu OK. Setelah itu akan muncul jendela M5: analysis preference, pada pilihan test of phylogeny pilih bootstrap method, sedangkan No. of bootstrap replication diisi nilai 100 dan klik compute, sehingga muncul pohon filogeni. Copy paste pohon filogeni tersebut pada Ms.Word awal.Terdapat lima jenis test yang disediakan toolbar filogeni pada MEGA 5.05, yaitu:1. Construct/ Test Maximum Likehood Tree: opsi ini disediakan untuk melihat pasangan lama dan tiap basa sangat diperhatikan.Metode ini menggunakan perhitungan probabilitas kombinasi seluruh character state ancestral yang dapat memberikan bentukan character state, seperti pada sequence alignment yang dimiliki saat ini untuk seluruh situs pada setiap OTU. Metode MP dalam hal ini dapat dipandang sebagai pendekatan heuristik terhadap metode ML karena hanya menggunakan kombinasi character state yang memberikan jumlah substitusi minimum untuk menghasilkan character state sequence yang ada pada saat ini. Keuntungan menggunakan menu ini adalah memberikan perbedaan antar spesies dan menjelaskan perbedaannya berdasarkan evolusioner dan probabilitasnya. 2. Construct/ Test Neighbor-joining Tree(NJ), menu ini disediakan untuk melihat jauh dekatnya hubungan kekebaratan, tiap perbedaan diberi pembobotan.Menu ini menggunakan logika bahwa pohon terbaik adalah pohon yang meminimalisir nilai tree length yang merupakan penjumlahan dari total branch length.Kondisi ini dicapai dengan konstruksi kombinasi pasangan OTU yang memberikan nilai branch length terkecil (neighbor) diantara seluruh kombinasi yang ada.3. Construct/ Test Minimun Evolution Tree (ME), yaitu untuk membuat filogeni yang mengarah pada hasil evolusi, namun tidak secara keseluruhan.Menu ini memiliki logika yang sama dengan metode NJ. Perbedaannya terletak pada metode ME menggunakan optimality search criterion, sehingga proses penentuan tree length terkecil dilakukan dengan mengevaluasi seluruh kandidat pohon yang mungkin dibuat untuk sejumlah OT. Metode NJ dapat dipandang sebagai pendekatan heuristik (cepat namun tidak menjamin) untuk mendapatkan pohon ME.Kerugian dari metode ini adalah tidak melihat laju evolusi antara suatu organisme.4. Contruct/ Test UPGMA Tree, yaitu untuk membuat filogeni berdasarkan jarak kekerabatan, perbedaan sedikit tidak diberi bobot karena dianggap sama. Menu ini mengasumsikan kesamaan laju evolusi antar sequence/OUT, sehingga metode ini mengestimasi nilai rerata (menyamaratakan) nilai distance untuk menggabungkan pasangan OTU dan perhitungan branch length.Keuntungan menggunakan menu UPGMA ini adalah memberikan perbedaan dari antar spesies tanpa menjelaskan dari perbedaannya.5. Construct/ Test Maximum Persimony Tree(MP), yaitu untuk membuat filogeni yang dari data evolusi.Metode ini memiliki kesamaan konsep dengan metode ME, namun penentuan pohon dengan tree length terkecil tidak dilakukan berdasarkan matriks distance seperti pada ME. Perhitungan branch length dan tree length pada metode MP didapatkan dari jumlah substitusi minimum antar character state setiap situs pada sequence alignment.
V. KESIMPULAN DAN SARANA. KesimpulanBerdasarkan hasil dan pembahasan dapat disimpulkan bahwa:1. Konsep spesiasi terdiri dari empat, yaitu spesiasi alopatrik, parapatrik, peripatrik dan simpatrik.2. Spesiasi yang terjadi pada ikan adalah spesiasi alopatrik.3. MEGA 5.05 adalah perangkat lunak aplikasi komputeryang digunakan untuk menganalisis statistik dari DNAdan data sekuens protein suatu organisme dari sudut pandang evolusi.B. SaranDisaarankan kepada praktikan lebih teliiti dalam identifikasi dan input data mengingat jumalah data yang tidak sedikit sehingga memungkinkan resiko kesalahan dan hasil yang bias.
DAFTAR REFERENSIBhagawati, D., Abulias, M.N., & Amurwanto A. 2013.Fauna Ikan Siluriformes dari Sungai Serayu, Banjaran dan Tajum di Kabupaten Banyumas.Jurnal MIPA. 36 (2) pp. 112-122. Purwokerto: Fakultas Biologi Universitas Jenderal Soedirman.
Clifford dan Stephenson. 1975. An Introduction To Numerical Classification. New York, Academic Press.
Davis, P.H. and V.H. Heywood. 1973. Principles of Taxonomy. New York: Robert E.Kreiger Publisher Company.Djuhanda, T. 1981. Dunia Ikan. Armico, Bandung.
Lartillot N dan Philippe H. 2008. Improvement of molecular phylogenetic Inference and the phylogeny of Bilateria. Phil. Trans. R. Soc. B 363, pp. 1463-1472.
Mayr, E dan J. Ashlock. 1991. Principles Of Systematic Zoologi. Tata McGraw. Hill Publishing Company, New delhi
Mayr, E. 1963.Animal Species and Evolution.Cambridge: Harvard University Press.
Mayr, E. 1969.Principles of Systematic Zoology.New Delhi: Mc Graw Hill Publishing Company.
Tamura, K, D. Peterson, N. Peterson, G. Stecher, M. Nei, S. Kumar. 2011. MEGA5: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Using Maximum Likelihood, Evolutionary Distance, and Maximum Parsimony Methods. Journal of Mol. Biol. Evol. 28 (10) pp.27312739.
White, M. J. D. 1978. Modes of Speciation. San Francisco, California: W. H. Freeman and Company. .
