helix-turn-helix motif (Homeodomain protein) α-helix が major groove にはまりこみ、 2量体としてDNAに結合する α-helix (recognition helix) 赤色のα-helixがDNAの 溝にはまりこむ Essential 細胞生物学2 p272 及び 図8-5 tryptophan repressor lambda Cro lamda repressor catabolite activator protein (CAP) major groove minor groove
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helix-turn-helix motif (Homeodomain protein)muraka-h/class/2018/Molbio-42-49.pdfleucine zipper 部分で2量体を形成 leucine zipper protein α-helix Leu Leu Leu Leu Leu Leu Leu
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helix-turn-helix motif (Homeodomain protein)
α-helix が major groove にはまりこみ、2量体としてDNAに結合する
α-helix (recognition helix)
赤色のα-helixがDNAの溝にはまりこむ
Essential 細胞生物学2 p272 及び 図8-5
tryptophan repressor
lambda Cro
lamda repressor
catabolite activator protein (CAP)
major groove
minor groove
C2H2 type ----Cys---Cys-----His---His------
Zinc finger proteinCys と His が一定の間隔で並んでいる。
Zn2+ をキレートしている。
C4 type ----Cys---Cys-----Cys---Cys------
Zn finger モチーフが複数連続してならび、DNAのみぞにはまるように結合
H
H
C
C
ひとつのタンパク質にZnを結合する部分が数個所有り、それぞれがDNAに結合
leucine zipper 部分で2量体を形成
leucine zipper protein
α-helixLeu
Leu
Leu
Leu
Leu
Leu
Leu
Leu
α-helix
CH3 CH3
CH2
CH
CHNH
CO
Leu
Leu残基どおしが疎水結合を形成7 アミノ酸残基ごとにLeuが存在
Helix-Loop-Helix (HLH) motif
HLH タンパク質が2量体を形成しDNAを挟むようにして結合
DNA
cis-element(enhancer)
DNA 結合ドメイン
TATA-box
general transcription factors
TFIID
RNA polymerase II
mRNA 合成
活性化ドメイン
活性化
DNA 結合ドメインは、構造上の特徴から、クラスに分類されている。Homeo-domain proteins (Helix-turn-helix)Zinc-finger proteinsWinged-helix (forkhead) proteinsLeucine-Zipper proteinsHelix-Loop-Helix