genetika

SEQUENCES 31

ATGGGTGTATTTGACTACAAGAACCTCGGCACCGAAGCCAGCAAAACCTTGTTCGCCGATGCCACCGCAATCACGTTGTATACCTATCACAACCTGGATAACGGCTTCGCAGTCGGCTACCAGCAACATGGCTTGGGGCTCGGCTGCCGGCACACTGGTCGGGGCGTTGCTCGGCAGCACAGACTCCCAGGGAGTGATCCCCCGGCATTCCCTGGAATCCTGACTCGGAAAAGGCCGCCCTGGACGCGGTGCACGCAGCCGGTTGGACGCCAATCAAGCGCCAGCGCACTGGGCTACGGCGGCAAGGTGGATGCGCGGGGCACTTTTTTTGGCGAGAAGGCCGGCTACACCACGGCCCAGGCCGAAGTGCTGGGCAAGTACGATGACGCCGGCAAACTGCTCGAGATCGGCATCGGTTTTCGTGGCACCTCGGGCCCTCGGGAAAGCCTGATTACGACTCCATGCCGATCTGGTCAGCGACCTGCTCGCCGCGCTGGGCCCCAAGGACTATGCGAAAAACTATGCCGGCGAACGTTTGGCGGCTTGCTCAAGACGGTGGCCGACTATGCCGGCGCCCATGGCCTGAGTGGCAAGGATGTGCTGGTCAGCGGCCACAGCCTGGGCGGCCTGGCGGTCAACAGCATGGCCGACCTGAGCACCAGCAAATGGGCGGGTTTCTACAAGGACGCCAACTACCTGGCCTACGCCTCGCCCACCCAGAGCGCCGGCGATAAGGTCCTGAATATCGGCTACGAAAACGACCCGGTATTCCGTGCGCTGGACGGCTCCACCTTCAACCTGTCGTCCCTCGGCGTGCATGACAAGGCCCACGAGTCGACCACCGACAACATCGTCAGCTTCAACGACCACTACGCCTCGACGTTGTGGAATGTGCTGCCGTTTTCCATCGCCAACCTGTCGACCTGGGTGTCGCATTTGCCCAGCGCTTACGGCGACGGCATGACGCGTGTGCTGGAATCGGGGTTCTACGAGCAAATGACCCGTGACTCGACGATTATCCTGTGCCCAACCTGGTCCGACCCGGCGCGCGCCAACACCTGGGTCCAGGACCTCAACCGCAATGCCGAGCCGCACACAGGCAATACCTTCATCATCGGCAGCGACGGCAATGACCTGATCCAGGGCGGCAAGGGCGCGGACTTCATCGAAGGCGGCAAGGGCAATGACACGATCCGCGACAACAGCGGGCACAACACCTTTTTGTTCAGCGGGCATTTTGGCCAGGATCGGATTATCGGCTACCAGCCGACAGGCTGGTGTTCCAGGGCGCCGACGGCAGCACCGACCTGCGCGACCACGCGAAGGCCGTGGGGGCCGATACGGTGCTGA

Gambar 1. Hasil Running Nucleotide BLAST

Gambar 2. Deskripsi hasil BLAST berupa nama spesies yang dianalisis

MGVFDYKNLGTEASKTLFADATAITLYTYHNLDNGFAVGYQQHGLGLGCRHTGRGVARQHRLPGSDPPAFPGILTRKRPPWTRCTQPVGRQSSASALGYGGKVDARGTFFGEKAGYTTAQAEVLGKYDDAGK LLEIGIGFRGTSGPRESLITTPCRSGQRPARRAGPQGLCEKLCRRTFGGLLKTVADYAGAHGLSGK DVLVSGHSLGGLAVNSMADLSTSKWAGFYKDANYLAYASPTQSAGDKVLNIGYENDPVFRALDGST FNLSSLGVHDKAHESTTDNIVSFNDHYASTLWNVLPFSIANLSTWVSHLPSAYGDGMTRVLESGFY EQMTRDSTIILCPTWSDPARANTWVQDLNRNAEPHTGNTFIIGSDGNDLIQGGKGADFIEGGKGNDTIR DNSGHNTFLFSGHFGQDRIIGYQPTGWCSRAPTAAPTCATTRRPWGPIRC

PEMBAHASAN

Bioinformatika adalah ilmu tentang penerapan teknologi informasi untuk menganalisis sejumlah

data biologi. Banyak website bioinformatika yang dapat digunakan untuk menganalisis data

biologi, yaitu National Center for Biotechnology Information (NCBI) merupakan software yang

digunakan untuk mendeteksi sekuens nukleotida. NCBI dalam situsnya (www.ncbi.nlm.nih.gov)

menyediakan beberapa fitur menu populer, yaitu BLAST, Pubmed, Pubmed Central, Pubmed

Health, Pubchem, Gene, Genome, Nucleotide Protein, SNP, Protein, dan Bookself. Untuk

mencari nama sekuens berupa asam amino atau nukleotida dapat menggunakan fitur BLAST.

Sekuens yang akan kami analisis yaitu berupa urutan basa nukleotida, oleh karena itu kami

menggunakan menu Nukleotida BLAST.

Langkah untuk melakukan running nukleotida BLAST diawali dengan mengcopy data

sekuens yang akan dianalisis ke kolom Query Sequences, lalu klik BLAST. Berdasarkan hasil

running nukleotida BLAST, diperoleh keseluruhan grafik berwarna merah yang berarti bahwa

sekuens yang kami analisis sudah ada atau sangat mirip dengan database pada Gene Bank.

Berdasarkan deskprisi sekuens spesies yang memiliki urutan nukleotida tersebut adalah

Pseudomonas fluorescens gene for triacylglycerol lipase, complete cds, dengan nomor akses

D11455.1. untuk membandingkan sekuens yang dianalisis dengan sekuens yang ada pada Gene

Bank, perlu memperhatikan P-value yang mencakup maksimum score, query cover, E-value, dan

identify. Maksimum score menunjukan bahwa sekuens yang dianalisis sangat dekat dengan

sekuens yang ada di database Gene Bank dengan hasil yakni 2494. Query cover digunakan untuk

membandingkan panjang sekuens yang dianalisis dengan sekuens yang ada di database Gene

Bank, nilai query cover yang diperoleh yaitu 100%, hal itu menunjukan bahwa panjang sekuens

sama persis dengan database Gene Bank. E Value yang didapatkan sebesar 0.0 hal itu

menunjukan bahwa sekuens tidak ada perbedaan dengan sekuens Gene Bank. Dan nilai identify

yang diperoleh yaitu 100%, berarti sekuens yang dianalisis merupaka n sekuens yang identic

(monomorfik). Agar lebih detail kemiripan antar sekuens dapat dilihat dari menu Alignment.

Berdasarkan hasil query menunjukan sekuens yang dikirimkan sedangkan subject menunjukan

sekuens yang ada pada database Gene Bank. Setiap basa dari kedua sekuens dihubungkan oleh

“gate”, adanya gate pada setiap urutan basa menunjukan bahwa kedua sekuens tersebut tidak

memiliki perbedaan urutan basa. Nilai identities tertulis 1350/1350 yang menunjukkan bahwa

semua basa pada sekuens yang dianalisis sama persis dengan urutan basa sekuens Gene Bank.

Tahap selanjutnya yaitu menentukan asam amino apa saja yang disandikan oleh sekuens

yang dianalisis beserta jumlahnya dengan menggunakan ExPASY-Translate tool dengan alamat

website http://web.expasy.org/tools/translate/. Berdasarkan analisis didapatkan hasil urutan asam

amino yang ditunjukan oleh highlight berwarna merah pada frame-1. Urutan asam amino

tersebut akan dianalisis lebih lanjut dengan menggunakan menu Protein Blast pada NCBI.

Berdasarkan hasil running diperoleh bahwa asam amino disandikan oleh sekuens berasal dari

superfamili Esterase_Lipase.

NEBcutter digunakan untuk mengetahui enzim apa saja yang dapat mengenali atau

memotong suatu sekuens nukleotida secara spesifik melalui peta restriksi. Berdasarkan hasil

pengolahan sekuens menggunakan NEBcutter diperoleh beberapa enzim restriksi komersial yang

dapat mengenali sekuens nukleotida pada Pseudomonas fluorescens yaitu FspEI, MspJI dan

SgeI. Dari ketiga enzim tersebut, enzim yang dapat memotong satu bagian dari sekuens tersebut

adalah SgeI. Sehingga enzim tersebutlah yang kami pilih. Ketika enzim tersebut diterapkan

untuk memotong sekuens (custom digest) diperoleh hasil seperti gambar diatas berupa daerah

pemotongan yang spesifik. Dari hasil visualisasi dengan menggunakan gel agarosa 0.7%

diperoleh dua pita DNA, pita pertama hasil pemotongan pada ujung kanan sekuens oleh SgeI

didapatkan hasil panjang pasangan basa yaitu 282 sedangkan hasil pemotongan pada ujung kiri

yaitu 167 pasangan basa.