Gene bank data base & documentation

Data Base & Documentation

Dr: Mohamed Helmy El Shal [email protected]

National Gene Bank and Genetic Resources

Utilization of Molecular Markers for PGRFA Characterization and Pre-Breeding for Climate Changes Aug. 31st- Sept. 4th, 2014

Introduction to documentation system

Data and information

The use of information for genebank management

The need for a documentation system

Stages in construction of a documentation system

Desirable features & guidelines for development a genebank documentation system

Data and information

Data: Quantitative or qualitative values derived from observations. Information: The meaning that emerges when data are recorded, classified, organized, or interpreted.

The use of information for genebank management

Much of the information acquired and generated by a genebank is of interest and of value to the scientific community.

Not all information produced in genebank activities is of interest to other scientists but it is of vital important in genebank management for:

o Setting priorities

o Planning activities

o Managing resources

The need for a documentation system

A genebank needs a constant supply of accurate, reliable and up to date information to function efficiently.

Where can it get this information?

In practice, the genebank will rely on a documentation system as a source of information to assist in the genebank activities.

Stages in construction of

a documentation system

Obtaining background information about the genebank

Define documentation objectives

Analysis of genebank procedures

Identify meaningful sets of descriptors

Develop data formats and manual forms and/or computer screen entry forms

Develop documentation procedures and implement the new system

Desirable features & guidelines for development a genebank documentation system

1. Ease of data input (registration).

2. Data validation during input operation.

3. Flexible data storage.

4. Availability of data for multiple analysis and use.

5. Exchange of information with other genebanks.

6. Basing the system and its terminology on genetic and biological principles.

7. Simple and user-friendly.

8. Economical and adoptable to the organisational

environment.

9. Fast information and procedures retrieval.

BASIC

Family.

Genus.

Species.

Sub-species.

Variety.

Crop.

:أوال

Family

.بيانات العائلة النباتية

:ثانيا

Genus

.بيانات الجنس النباتي

:ثالثا

Species

.بيانات النوع النباتي

:رابعا

Sub Species

.بيانات تحت النوع النباتي

:خامسا

Varieties

.بيانات الصنف النباتي

:سادسا

Crop

.بيانات الصنف الزراعي

(Cultivarالمحصول ، )

النباتي التصنيف بيانات بعد (Taxonomy) ،

للتربة الطبيعي الموقع بيانات إدخال يتم

(Site Data) خاللها من يتم حيث

:من كال بيانات إدراج

Soil Texture.

Soil Fertility.

Soil Drainage.

Soil Topography.

Soil Salinity.

Soil pH.

Water Source.

Land Slope.

:أوال

Soil Texture

.بيانات طبيعة التربة

:ثانيا

Soil Fertility

.بيانات خصوبة التربة

:ثالثا

Soil Drainage

.بيانات صرف التربة

:رابعا

Soil Topography

.بيانات طبوغرافية التربة

:خامسا

Soil Salinity

.بيانات ملوحة التربة

:سادسا

Soil pH

.بيانات رقم حموضة التربة

:سابعا

Water Source

.مصدر مياه الري

:ثامنا

Land Slope

.انحدار التربة

الطبيعي الموقع بيانات انتهاء بعد ، (Site Data) للتربة

الجغرافي الموقع بيانات بإدخال نبدأ

(Location Data) من يتم حيث

:من كال بيانات إدراج خاللها

Donors.

Collection Countries.

Governorate.

District.

Village.

:أوال

Donor

.بيانات معطي أو جالب العينة

:ثانيا

Collection Countries

.بيانات دول جمع العينات

:ثالثا

Governorate

.بيانات محافظات الدولة

:رابعا

District

.بيانات المراكز الخاصة بالمحافظة

:خامسا

Village

.بيانات القرى الخاصة بالمركز

الجغرافي الموقع بيانات انتهاء بعد (Location Data) ، بيانات إدخال يتم

Sample) المجمعة النباتية العينةInformation) خاللها من يتم حيث

:من كال بيانات إدراج

Collecting Source Category.

Sample Type.

Types of Plant Parts.

Restriction Type.

Mating Type.

Maturity.

Use of Plant.

Plant Life Cycle.

Plant Population Density.

:أوال

Collecting Source Category

.بيانات مصدر تجميع العينة

:ثانيا

Sample Type

.بيانات طراز العينة النباتية

بري، حشيشة، ساللة محلية، صنف

...... منزرع، ساللة مربي ،

:ثالثا

Types of Plant Part

.بيان الجزء النباتي الخاص بالعينة

:رابعا

Restriction Type

(.متاح أم ال)مدى التحفظ على العينة

:خامسا

Mating Type

.نوع التلقيح الخاص بالعينة

:سادسا

Maturity Degree (Period)

.فترة نمو العينة النباتية

:سابعا

Use of Plant

.استخدامات النبات

:ثامنا

Plant Life Cycle

.دورة حياة النبات

:تاسعا

Plant Population Density

.كثافة وانتشار العينة النباتية

النبات توصيف قوائم إلى اآلن ننتقل

(Plant Characterization).

(Plant Characterization) النبات توصيف قوائم صفحة

المطلوبة النبات توصيف صفات جميع إدخال يتم خاللها من والتي

.قياسها ووحدات ، النبات أجزاء من نباتي جزء لكل

الحقلي التقييم قوائم إلى واآلن

(Field Evaluation).

.(Field Evaluation) الحقلي التقييم قوائم صفحة

المطلوبة الحقلي التقييم صفات جميع إدخال يتم خاللها من والتي

.قياسها ووحدات ، النبات أجزاء من نباتي جزء لكل

الكرومومسومي التوصيف قائمة إلى واآلن

(Chromosome Characters).

الكرومومسومي التوصيف قائمة صفحة

(Chromosome Characters).

الكيميائية التحاليل قائمة إلى واآلن

(Chemical Characters.)

الكيميائية التحاليل قائمة صفحة(Chemical Characters).

السيتولوجي الوراثي التوصيف قائمة إلى واآلن

(Cytogenetics Characters.)

السيتولوجي التوصيف قائمة صفحة(Cytogenetics Characters).

قوائم من قائمة آخر إلى واآلن (BASIC)

وهي األجزاء النباتية الخاصة بالتحاليل الكيميائية

(Chemical Parts.)

بالتحاليل الخاصة النباتية األجزاء صفحة .(Chemical Parts) الكيميائية

العمليات قائمة (OPERATION) القائمة هي

ببنوك تتم التي المختلفة العمليات تضم التي

.النباتية الوراثية المصادر على الجينات

OPERATION

تسجيل بعملية العمليات قائمة تبدأ

(Registration) لذلك مالزمان وباركود رقم

بياناته جميع لتوثيق تمهيدا الوراثي المدخل

.البيانات بقاعدة

التسجيل لعملية بالدخول (Registration)

الوراثي للمدخل مالزمان وباركود لرقم

:اختيارانيتاح لك

جديدة وباركود أرقام وإنتاج إعداد : األول االختيار (New Bar Codes Generate) الوراثية للمدخالت .

موجود وباركود أرقام استعراض : الثاني االختيار (Show already existing Bar Codes) بالفعل والبرطمانات األكياس على لصقها ثم طباعتها إلمكان

.الوراثي بالمدخل الخاصة

التسجيل عملية انتهاء بعد (Registration)،

الوراثي المدخل تعريف عملية نبدأ

(Accession Information) والتي

: هي تبويبات أربعة من تتكون

Taxonomy

Site

Sample

Traditional Knowledge

Taxonomy

النباتي التقسيم

Site

الموقع الجغرافي

Sample

العينة

Traditional Knowledge

المعارف التقليدية

الوراثي المدخل تعريف عملية انتهاء بعد (accession information) بتبويباتها

وتنظيف غربلة عملية توثيق نبدأ ، األربعة

. (Seed Cleaning) البذور

. (Seed Cleaning) البذور وتنظيف غربلة عملية توثيق

البذور وتنظيف غربلة عملية انتهاء بعد (Seed Cleaning) ، عملية توثيق نبدأ

. (Seed Drying) البذور تجفيف

. (Seed Drying) البذور تجفيف عملية توثيق

بعد انتهاء عملية تجفيف البذور(Seed Drying)،

نبدأ توثيق اختبارات حيوية البذور

(Seed Viability.)

.(Seed Viability) البذور حيوية اختبارات توثيق

واختبارات البذور وتجفيف تنظيف عمليات انتهاء بعد

(Seed Storage) البذور تخزين عملية تبدأ ، حيويتها

: للحفظ بأسلوبين ذلك ويتم ،

للبذور النشط الحفظ : أوال Active Seed Storage .

. (5 -) األمد متوسط الحفظ ويسمى

للبذور األساسي الحفظ :ثانيا Base Seed Storage .

. (20 -) األمد طويل الحفظ ويسمى

. (5 +) األمد قصير الحفظ بجانب وذلك

للبذور النشط الحفظ : أوال Active Seed Storage .

. (5 -) األمد متوسط الحفظ أو

قواعد ببرنامج (5 -) األمد متوسط الحفظ لغرفة كروكي رسم

4 رقم (rack) بالركن العينة موقع يوضح بالبنك البيانات

E (shelf) بالرف 2 رقم (position) دوالب بموضع

1

5

4

3

2

للبذور األساسي الحفظ :ثانيا Base Seed Storage .

. (20 -) األمد طويل الحفظ أو

قواعد ببرنامج (20 -) األمد طويل الحفظ لغرفة كروكي رسم

3 رقم (rack) بالركن العينة موقع يوضح بالبنك البيانات

C (shelf) بالرف 5 رقم (position) دوالب بموضع

1

5

4

3

2

البذور تخزين عمليات توثيق انتهاء بعد (Seed Storage) ،

نبدأ توثيق عمليات التوصيف

(Characterization)

Characterization

التوصيف

التوصيف عمليات انتهاء بعد (Characterization)،

الوراثية لمدخالتل التقييم عمليات توثيق بدأن

(Evaluation)

: هي أجزاء ثالثة إلى تنقسم والتي

Field Evaluation

Chemical Evaluation

Cytogenetics Evaluation

Field Evaluation

التقـيـيم الحقلي

Chemical Evaluation

التقـيـيم الكيميائي

Cytogenetics Evaluation

السيتولوجيالتقـيـيم

طلب تسجيل عمليات (Request) الستالم

شاشتين في وتظهر الوراثية المدخالت من عينة

: هما

Internal Request.

External Request.

:أوال

Internal Request.

.الوراثية المدخالت من عينة الستالم داخلي طلب تسجيل

:ثانيا

External Request.

.الوراثية المدخالت من عينة الستالم خارجي طلب تسجيل

طلب تسجيل عملية توثيق انتهاء بعد (Request) المدخالت من عينة الستالم

، الوراثية

من الطلب لهذا صرف عملية توثيق يتم

(Distribution) التوزيع شاشة خالل

:هما شاشتين إلى تنقسم بدورها والتي

Seed Distribution.

Tissue Distribution.

:أوال

Seed Distribution.

.الوراثية المدخالت بذور توزيع

:ثانيا

Tissue Distribution.

.الوراثية المدخالت أنسجة توزيع

التوزيع شاشة توثيق من االنتهاء بعد (Distribution) ،

األنسجة زراعة حفظ شاشة إلى ننتقل

(Tissue Culture Conservation) ،

: هي تبويبات ثالثة من تتكون والتي

Micro-propagation. In-vitro preservation. Cryo-preservation.

شاشة حفظ زراعة األنسجة

(Tissue Culture Conservation)

األنسجة زراعة حفظ شاشة (Tissue Culture Conservation)

التالي اإلجراء تبين خطوة Micro-propagation عملية بعد ويظهر

(Next Procedure) إما وهو :

In-vitro preservation.

Cryo-preservation.

Green house

قائمة في عملية آخر توثيق إلى اآلن ننتقل : وهي (Operation) العمليات

الحفظ فى الموقع

(On-Farm Conservation )

:هما شاشتين إلى تنقسم بدورها والتي

Farm Information.

Plant Information.

:أوال

Farm Information

.بيانات المزرعة

:ثانيا

Plant Information

.بيانات النباتات