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FlashInformatique.epfl.ch
p/a EPFL - Domaine IT - Station 8 - CH 1015 Lausanne - tl. +41
21 69 322 11
27.03.20123
tout public public averti expert
ActualitsDIT-info z Arrt du service Usenet/News
z Le DIT vous forme
z propos du mail 2
AnalyseMot-crois: MMOIRE M. Ouwehand,
E. Rosales & G. Coutaz 12
votre serviceDistrilog2 FAQ T. Charles 11
Cloud priv de lEPFL,F. Figueras 16
Un nouvel annuaire des personnes I. Cionca & M. Macowicz
20
Ras al-Khaimah Ecublens si loin et si proche A. El Fawal 22
Logiciel libreArduino, lautre circuit ! R. Timsit 1
Analyse dimage scientifique, le monde ImageJ D. Sage 3
AsciiDoc pour la production rapide de documents P. Fabbri 8
AgendaPrsentation des logiciels Maplesoft
N. Cottereau 19
Prochaines parutions
No Dlai de rdaction Parution
4 12.04.12 01.05.12
5 10.05.12 12.06.12
SP 21.06.12 24.07.12
page 22
RAK
Arduino, lautre circuit [email protected], EPFL - Domaine
IT, responsable des services rseau
Logiciel libre
Arduino, an open-source elec-tronic prototyping platform, is
enjoying a tremendous success. As surrounding objects are be-coming
software driven, free software has a beautiful future, being
potentially everywhere.
Arduino est une petite carte de dveloppement open source au
succs fabuleux. Elle nous donne loccasion de raliser quil ny a
presque plus de matriel sans logiciel et quainsi le logiciel libre
touche potentiellement lensemble des objets techniques qui nous
environnent.
Depuis quelques annes, nous sommes entou-rs dun nouveau type
dobjets techniques, dits intelligents, ils russissent plus souvent
nous abru-tir ou nous aliner qu nous faciliter la vie, mais
lvolution du systme de production industrielle a ses lois De
nombreux acteurs sociaux tentent danalyser ce systme pour faire des
proposi-tions visant transfor-
mer le poison en remde (ArsIndustrialis) [1]; dautres se sont
empars de toutes ces techniques numriques pour construire ce qui
ressemble plus un bazar qu une ca-thdrale [2], mais qui avec le
temps savre fabuleusement important.Le mot libre dans le titre de
cette rubrique venait qualier ce qui avait trait une activit
purement intellectuelle, celle de lcriture du logiciel. Cette
activit sest avre de moins en moins immatrielle jusqu sintroduire
dans tous les objets qui nous entourent et qui commencent envahir
nos corps en de nouvelles formes de prothses. Le choix dun objet
technique commence donc dpendre intimement de notre conception de
la libert.Cest dans ce contexte quest n ce tout autre circuit
g. 1 vue de face du circuit
arduino.cc/en/Main/ArduinoBoardUno
../.. Suite page 14
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27 MARS 2012 - N3flash informatique222
ImpressumRevue consacre aux technologies de linformation, dite
par le Domaine IT de lEPFL (DIT). Les articles nengagent que leurs
auteurs, sauf ceux qui concernent de faon vidente des prestations
ofcielles (sous la responsabilit du DIT ou dautres entits). Toute
reproduction, mme par-tielle, nest autorise quavec laccord de la
rdaction et des auteurs.
Rdacteur en chef:Jacqueline Dousson, @ep.chMise en page &
graphisme: Appoline Raposo de BarbosaComit de rdaction:Jean-Daniel
Bonjour, Patrice Fumasoli, Florence Hagen, Laurent Kling, Julia
Paolini, Franois Roulet, Christophe Salzmann, Richard Timsit &
Predrag Viceic
Impression: Atelier de Reprographie EPFLTirage: 4000
exemplairesAdresse Web: ashInformatique.ep.chAdresse: Domaine IT
EPFLStation 8, CH-1015 LausanneTlphone: +41 21 69 32246 &
32247Abonnement au FI par e-mail : [email protected]
DIT-info
Actualits
Le DIT vous forme
Dans notre site Web dit.ep.ch/formation vous trouverez, semaine
aprs semaine, notre calendrier complet pour le 1er semestre,
consultez le rgulirement. Plusieurs cours sont organiss la demande,
faites-nous part de vos dsirs et nous ferons notre pos-sible pour
vous donner la formation correspondant au mieux vos besoins. Voici
un aperu des formations proposes prochainement:Windowsz Windows
Server 2008, Cloud, identits et contrle daccs,
semaine 14z Windows Server 2008, 3 - IIS, SharePoint Server,
semaine 15z Windows Server 2008, 4 - Terminal Server - Remote
Desktop
Services, semaine 15z Windows scurit, protection daccs rseau,
semaine 18z Windows scurit, protection daccs rseau, semaine 18z
Windows, Administration des serveurs et des stations de
travail Windows pour dlgus, semaine 19z Windows 7, 1
-Installation et conguration, semaine 19LabVIEW ou lacquisition de
donnesz Core I, semaine 17z FPGA, semaine 18Programmationz PERL,
level 1 (Eng.), semaine 16z MPI, an Introduction to Parallel
Programming (Eng.), semaines
18 et 19z intro la programmation pour iPhone et iPad, semaine
19Linuxz Administration Linux: RHEL, Fedora, UBuntu (Eng.), semaine
17Bureautiquez EndNote, introduction et importation de rfrences
bibliogra-
phiques, semaine 14z PowerPoint 2010, 3-diaporama (rapido),
semaine 14z Word 2011, les longs documents, semaine 17z Excel 2010,
2-feuilles de calcul, semaine 17z Outlook 2010, calendrier, tches
et notes, semaine 17z Dreamweaver CS5, introduction, semaine 18z
FileMaker Pro 11, semaines 17, 18, 19.
[email protected]
Arrt dfinitif du service Usenet/News
Le Domaine IT a dcid dinterrompre le service News ds le 1er juin
2012 pour les raisons suivantes: z SWITCH a arrt son service et ne
fournit plus les News depuis
quelques mois;z la technologie est vieillissante et son
utilisation lEPFL rgu-
lirement dcroissante, principalement en ce qui concerne les
forums locaux (ep.*);
z de nouveaux outils de communication remplacent certaines
fonctionalits des News (blogs, forums Web );
z le matriel hbergeant ce service devait tre renouvel. Les
forums internationaux (tels que fr.* ou comp.*) restent libre-ment
accessibles depuis Google Groups: groups.google.com. En local, pour
les logements utilisez: logement.ep.ch et pour les jobs-tudiants
utilisez: myjob.ep.ch. tant donn quil ny aura aucune archive,
protez de ces quelques mois pour rcuprer ds maintenant les messages
qui vous int-ressent en utilisant le serveur actuel.
[email protected], Domaine IT
propos du mail
Dornavant, pourz activer vote compte [email protected] changer votre
adresse e-mailz rediriger vos mails vers une autre adressez vrier
lespace utilis de votre botez activer les gestionnaires dabsenceune
seule interface:
ewa.ep.ch/tools
Ds le 1er avril 2012, le quota des botes tudiants sera port 1GB
(500MB actuellement).
[email protected]
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327 MARS 2012 - N3
Analyse dimage scientifiquele monde [email protected],
EPFL-STI, Biomedical Imaging Group (BIG), responsable des
dveloppements logiciels
ImageJ is a Java-based image processing and image analysis
software for scientic images. ImageJ is in the public domain. It
has made an important impact in biomedical imaging, becoming the de
facto refer-ence. Its open architecture has enabled the creation of
hundreds of plugins, which have sometimes inte-grated the most
advanced image-processing tech-niques.
ImageJ est un logiciel Java de traitement dimages et danalyse
dimages scientiques qui est dans le domaine public. ImageJ a un
impact important en imagerie biomdicale, devenant de facto une
rf-rence. Son architecture logicielle ouverte a permis la
ralisation de centaines de plugins intgrant par-fois les techniques
de traitement dimages les plus avances.
Fiche descriptive
ImageJ /Fiji
Domaine Traitement dimages et analyse dimages
Licence ImageJ: do-
maine public Fiji: GPL v2 ImageJ2: pas
encore dni
langue anglais
version 1.46f
Autres alternatives libres CellProler BioImageXD ICY
Alternatives non libres Metamorph Imaris
Sites Web ImageJ: rsb.info.nih.gov/ij/ Fiji: ji.sc ImageJ2:
developer.imagej.net/
Plates-formes
Logiciel libre
ImageJ est un fascinant logiciel de traitement dimages et
dana-lyse dimage scientique [1], autant par ses fonctions
intrinsques que par le riche ensemble de fonctions dlivres sous
forme de plugins. Derrire une interface quelque peu dsute, ImageJ
cache des fonctions simples daccs, directes et puissantes pour
lanalyse dimage. Ce logiciel sutilise dans tous les domaines
scientiques, bien quun accent particulier soit mis sur limagerie
biomdicale. Dans un esprit totalement altruiste, ImageJ a t dpos
dans le domaine public. ImageJ possde un mcanisme simple pour la
cra-tion de plugins. Des centaines de traiteurs dimages, de
program-meurs, de chercheurs avertis et dutilisateurs un peu
dbrouillards ont ralis des plugins et ont mis leurs contributions
en ligne.
Que fait ImageJ
Passer en revue toutes les fonctionnalits dborderait largement
du cadre de cet article. En effet, ImageJ dispose dun catalogue
complet doprations standards de traitement des images. Si jamais
une opration venait manquer, alors on trouvera bien quelquun qui
laura programme et mise disposition. ImageJ est capable de lire un
grand nombre de formats dimages [2], soit par ses fonctions natives
(y compris le format mdical Dicom), soit en utilisant un plugin
spcialis comme la trs com-plte librairie BioFormats (licence GPL)
[3]. Il y a mme des reverse engineering plugins qui permettent de
dcoder certains formats de chiers propritaires, tenus secrets pour
des raisons mercan-tiles.
g. 1 illustration de la fonction Image Calculator. Limage
rsultat ( droite) est la soustraction des deux images ( gauche et
au centre) prises quelques secondes dintervalle. Cette soustraction
met clairement en vidence les objets en mouve-ment.
-
4444 flash informatique44 27 MARS 2012 - N3flash
informatique
ImageJ possde une large panoplie doprations usuelles de
traitement dimages dites pointwise et de transformation
dhis-togramme. Dans ce cadre, une fonction Image Calculator qui au
premier abord semble banale savre en pratique trs utile et
intuitive. Elle permet de combiner des images pixel--pixel avec des
oprations, exactement comme on pourrait le faire avec des nombres
(g.1).Les oprations de ltres dans le domaine spatial font partie de
ImageJ, aussi bien les ltres linaires classiques que les ltres
mor-phologiques. Pour la segmentation dimages, la fonction prf-re
des utilisateurs est Analyze Particles qui, aprs binarisation, va
extraire tous les composants connexes (objet) dune image et
caractriser leurs formes et leurs dimensions.Un avantage de ImageJ
est la possibilit dappliquer certains trai-tements dans une
troisime dimension. Celle-ci peut indiffrem-ment reprsenter le
temps pour les squences dimages (lms), ou une dimension spatiale
supplmentaire (z-stack) pour les donnes volumtriques qui sont
courantes en imagerie biomdicale.
et ce que ImageJ ne fait pas
Dans le monde des logiciels dimagerie numrique, les genres sont
souvent confondus et il nest pas inutile de mentionner ce que ne
fait pas ImageJ.z Acqurir des images, except pour les camras
compatibles
TWAIN, FireWire.z Visualiser des images en 3D: bien que ImageJ
puisse tirer parti
de certains plugins de rendu 3D, ils demeurent nanmoins moins
efcaces et moins interactifs que les logiciels spcialiss.
z Retoucher une photo ou un montage. Photoshop ou GIMP sont
meilleurs pour cette tche.
z Produire une analyse statistique. Typiquement, dans une chane
complte danalyse dimages, les rsultats bruts sont extraits par
ImageJ et stocks sur chiers. Ils sont ensuite repris par un
logiciel danalyse de donnes comme MS Excel/Open Ofce Calc,
Matlab/Octave ou R.
z Rsoudre directement votre problme danalyse automatique
dimages. Il est plutt rare quune tche danalyse dimages entre
simplement dans une catgorie standard. Il faut alors recourir au
dveloppement dun programme spcialis par macro ou par plugin et cest
l quintervient la programmabi-lit de ImageJ.
Dveloppement atypique
Jusqu aujourdhui, le dveloppement de ImageJ a repos sur les
paules dun seul homme, Wayne Rasband du National Ins-titutes of
Health. En 1997, Wayne Rasband avait dj un logiciel danalyse
dimages trs populaire mais tournant uniquement sur Macintosh: NIH
Image. Il fait alors le pari risqu lpoque de le porter en Java.
Ceci deviendra ImageJ. Grce Java, ImageJ devient naturellement un
logiciel multi-plateforme, ce qui va en dcupler les usages.Ds sa
conception, ImageJ a t construit avec une architecture logicielle
capable de recevoir des plugins, un concept assez nova-teur lpoque.
Le succs ne sest pas fait attendre. De nombreux dveloppeurs se sont
attels la cration de plugins souvent
pour leur propre usage et habituellement, ils les mettent
dis-position gratuitement. Toutefois, en labsence de coordination
et de contrle de qualit, on trouve de tout dans le monde ImageJ:
des plugins au sommet de ltat de lart dans leur domaine aux plugins
de quelques lignes non documents souffrant parfois de bugs.
Dailleurs, le principal souci de lutilisateur est de se retrou-ver
dans la jungle des plugins. Tout de mme, il convient de sou-ligner
la courageuse tentative de documentation entreprise par le portail
ImageJ [4].Ce dveloppement communautaire non hirarchis, a tout de
mme permis des centaines de plugins de devenir trs populaires, tel
point que lon peut considrer ImageJ comme une coquille rceptacle de
plugins. Certains dentre eux sont si volus quils sont plus grands
que ImageJ lui-mme, linstar de TrakEM2 [5].
J comme Java
Vous laurez compris, ltrange J de ImageJ provient du langage de
programmation Java dans lequel ImageJ est crit. En traitement
dimages, un ternel dbat oppose les partisans de C/C++ ceux de Java.
En pratique, Java se prsente comme un excellent lan-gage pour
limagerie, rapide, rgulier dans sa structure, capable de
manipulations graphiques, mme sil prsente quelques dfauts dans sa
gestion de mmoire. Java est riche en librairies de tous genre; grce
sa facilit dapprentissage, il satisfait autant le pro-grammeur
chevronn quune personne qui ne serait pas un pur programmeur.Malgr
les volutions permanentes de Java, ImageJ est toujours compatible
avec les toutes premires versions du langage. Cette volont de
stabilit explique linterface dpouille dImageJ.Quelques passerelles
existent entre ImageJ/Java et dautres envi-ronnements: vers MySQL,
vers Javascript, vers Python, vers ITK, vers R avec Bio7 [6], vers
Matlab avec MIJ [7] et vers des pro-duits commerciaux comme le
logiciel de visualisation Imaris de Bitplane/Andor.
Programmation: macros ou plugins
g. 2 exemple dune macro ImageJ. Avec une dizaine de lignes de
code seule-ment, ce programme peut faire le tracking dune souris de
laboratoire et tracer ses dplacements, dans des conditions
particulirement favorables: une seule cible toujours visible et
bien contraste.
Dans ImageJ, les macros assurent le premier niveau de
program-mation en permettant dautomatiser une squence de tches de
traitement dimages. Les macros offrent la possibilit dappeler des
fonctions de ImageJ (g. 2). Lapprentissage du langage macro
Analyse dimage scientifique, le monde ImageJ
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5527 MARS 2012 - N3
est ais car les appels des fonctions sont enregistrables dans
des macros la faon Excel. Depuis quelques mois, ImageJ reconnat
aussi Javascript comme langage de macro.Mme sil existe des macros
trs avances, les limites de la pro-grammation par macro sont vite
atteintes dans le cadre dun tra-vail professionnel, pour des
raisons de faible performance, din-teraction homme-machine limite
et pour le gnie logiciel trs restreint des macros. Les plugins
constituent le niveau avanc de programmation [8, 9]. Ils sont crits
en Java et permettent daccder non seulement aux fonctions de ImageJ
mais galement tout le langage Java et lensemble de ses librairies.
En particulier, il permet de crer des interfaces utilisateurs (GUI)
qui peuvent interagir avec les don-nes image (g. 3). Il est
galement possible dacclrer certaines oprations en faisant appel au
multithreading de Java. Bien en-tendu, lcriture de plugins sadresse
des personnes qui ont une base de programmation sufsante en Java.
Laccs aux sources documentes de ImageJ facilite le dveloppement de
plugins.
g. 3 MosaicJ (Philippe Thvenaz) est un plugin pour lassemblage
semi-inte-ractif dune mosaque dimages. Lalignement prcis des images
est automatis en recourant au plugin TurboReg [18]
ImageJ et ses distributions
Larchitecture logicielle ouverte et la licence domaine public a
sti-mul la crativit des dveloppeurs et a permis lmergence de
diffrentes distributions qui rencontrent un grand succs dans leurs
domaines respectifs.
ImageJ, le classiqueLa version ImageJ du NIH est la plus lgre.
Pour un Mac, la ver-sion actuelle 1.46f ne pse que 5.5 Mo, autant
dire quil faut moins dune minute entre lintention dutiliser ImageJ
et louver-ture de la premire image sur ImageJ. Pas de librairie
exotique installer, pas de DLL ! Tout ImageJ est contenu dans un
seul rpertoire que lon peut dplacer. La version pour Windows vient
avec une machine virtuelle Java (JVM ou JRE); ainsi, tout marche
aprs quelques clics.
Manager, le pro pour lacquisitionManager est un logiciel open
source (licence BSD / Lesser GPL) pour le contrle et
lautomatisation des tches dun microscope [10]. Combin avec ImageJ,
il offre une large gamme de pilotes (drivers) pour les microscopes
les plus communs, pour les camras scientiques les plus courantes et
pour les actionneurs motoriss de platine de microscopes.
Fiji, Fiji is just ImageJ batteries includedFiji est un logiciel
open source sous licence GPL, entirement bas sur ImageJ. Il est
hberg sur un GIT version control par une pe-tite communaut de
dveloppeurs passionns [11]. On y retrouve tout ce qui fait ImageJ,
complt par un ensemble cohrent et document de plugins ddis aux
sciences du vivant et par de nombreux langages de scripting, tels
Javascript, Jython, Jruby, Fiji est certainement la distribution la
plus aboutie dImageJ en termes de fonctionnalits, de dveloppement
communautaire et de documentation (g. 4).
g. 4 montage illustrant la distribution Fiji de ImageJ. En haut,
une reconstruction dune image IRM avec le plugin 3D Viewer
(Benjamin Schmid). En bas, segmentation dune image de cerveau dun
drosophila avec le plugin TrakEM (Albert Cardona).
Autres projets avec un coeur ImageJBio7 est un logiciel open
source sous licence GPL/EPL ddi aux
sciences de la terre et de lenvironnement. Il dmontre que ImageJ
est sufsamment polyvalent pour tre utilis en de-hors de limagerie
biomdicale [6].
SalsaJ est une spin-off de ImageJ consacre lastronomie.ImageJ
for Microscopy est une distribution populaire dImageJ
avec des plugins spciques pour le microscope. Toutefois, la
maintenance de cette distribution a t interrompue.
ImageFlow est une tentative de construire un environnement de
dveloppement pour ImageJ bas sur la programmation visuelle.
ImageJ, lindispensable compagnon de bioimagerie
Depuis les rcentes dcouvertes des protines uorescentes et
lapparition de nouvelles gnrations de microscopes haute-rso-lution
3D nous sommes dans une nouvelle re, celle de limagerie de cellules
vivantes [12]. Cette capacit de diffrencier in vivo des composants
cellulaires et leurs interactions lchelle molculaire rvle la
complexit de la machinerie de la cellule. La bioimage-rie est la
source de donnes hyper-volumtrique souvent jusqu 5D, les trois
dimensions spatiales, la dimension multichannel et le temps.
Analyse dimage scientifique, le monde ImageJ
-
6666 flash informatique66 27 MARS 2012 - N3flash
informatique
Dans ce nouveau secteur en permanente volution, les logiciels
commerciaux ont surtout brill par leur absence. ImageJ sest im-pos
naturellement comme le logiciel ouvert et il demeure loutil
privilgi pour lanalyse dimages en sciences du vivant. titre
dexemple, on peut citer quelques applications o ImageJ/Fiji se
dmarque:Colocatisation: observation des recoupements dans
diffrents
canaux uorescents (plugins: JACoP, Colocazation);Cytomtrie:
extraction des cellules ou des composants nuclaires
en 2D ou 3D (plugins: TrakEM2, Image-based Tool for Coun-ting
Nuclei);
Segmentation couleur: segmentation base sur la couleur
(plu-gins: Threshold Colour, Color Segmentation, Color Inspector
3D);
Trac de neurone: reconstitution de la morphologie neuronale (g.
5) (plugins: NeuronJ, NeuriteTracer);
Super-resolution by photoactivated localization: localisation de
molcules uorescences photo-actives (PALM) permet-tant de gagner un
ordre de grandeur dans la rsolution spa-tiale (plugins: Octane,
QuickPALM).
g. 5 - NeuronJ (Erik Meijering) est un plugin pour le trac
interactif de larbre dendritique dun rseau de neurones
ImageJ lEPFL
Des dizaines de laboratoires de lEPFL utilisent quotidiennement
ImageJ, comme dautres instituts ou dautres entreprises. ImageJ est
trs rpandu dans les plates-formes de microscopie, comme celle de la
Facult SV, la plate-forme technologique de bio-ima-gerie et
imagerie optique (PTBIOP). Dans le laboratoire dimagerie biomdicale
(BIG, Biomedical Ima-ging Group) du Prof. M. Unser, nous avons pris
le virage ImageJ en lan 2000, en premier lieu pour rpondre aux
besoins de lenseigne-ment. Nous avons mis en place une structure
simple et didactique pour enseigner le codage des algorithmes
usuels de traitement dimages en nous appuyant sur une classe
ImageAccess que nous avons dveloppe [13]. Dans le cadre des cours
de Master, Image Processing I et II, nous organisons des sances de
laboratoire qui se droulent sur trois heures et en temps limit.
Chaque anne, ce sont presque cent-cinquante tudiants au premier
semestre
et cinquante tudiants au second semestre qui suivent ces cours.
Tous ces tudiants sont amens implmenter individuellement des
algorithmes en Java et les tester sur des images. En observant les
performances, la stabilit et la convivialit dImageJ, nous avons
compris que ImageJ offrait galement un excellent environnement de
travail pour dvelopper de nou-veaux algorithmes de traitement
dimages et quil pouvait servir de plate-forme dchange pour nos
collaborations avec les cher-cheurs en sciences du vivant.Au BIG,
nous avons port plusieurs nouveaux algorithmes sous forme de
plugins (g. 6) sous licence citationware. Certains ont t dvelopps
par des doctorants, dautres par des tudiants [14].
g. 6 montage illustrant lanalyse directionnelle dimages. En
haut, un outil mesure lorientation locale des bres. Au centre, le
plugin OrientationJ donne la distribution des orientations des bres
de collagne. En bas, le plugin MonogenicJ reprsente linformation
dorientation dans diffrentes chelles obtenues par une dcomposition
en ondelettes orientable (steerable wavelets). Images provenant du
laboratoire LHTC de lEPFL
PureDenoising: dbruitage multi-canaux bas sur des transfor-mes
en ondelettes (wavelets).
DeconvolutionLab: outil pour la dconvolution 3D en microsco-pie
qui rivalise avec les produits commerciaux.
Analyse dimage scientifique, le monde ImageJ
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7727 MARS 2012 - N3
PSFGenerator: cration de Point-Spread Function 3D pour la
microscopie.
EDF: extension de profondeur de champ pour microscopie champ
large.
TurboReg, StackReg, MosaicJ: alignement (registration) dimages
et de squences dimages.
SteerableJ, OrientationJ, MonogenicJ: analyse directionnelle par
des ondelettes orientables.
Snakuscule, Ovuscule: famille de contours actifs (snakes) pour
la segmentation.
SpotTracker: suivi (tracking) de particules individuelles dans
des images bruites.
2012, lanne du renouveau pour ImageJ
Wayne Rasband est dsormais la retraite. Avec sa gnrosit
habituelle, il continue maintenir ImageJ et faire voluer ImageJ en
y intgrant les contributions de dveloppeurs. Main-tenant, tous les
regards se tournent vers lquipe de ImageJDev [15] qui sest
constitue en 2010 autour dun projet fdrateur de dveloppement de la
nouvelle gnration dImageJ, nomm ImageJ2. Lambition est de
reconstruire toute larchitecture logi-cielle ImageJ, y compris le
modle des donnes, tout en garan-tissant une presque parfaite
rtro-compatibilit (backward com-patibility) avec les plugins
dImageJ. Cest un d de taille, car la reprsentation des images aux
multiples facettes (3D, 4D, 5D, multi-canaux, virtualisation) doit
satisfaire autant lutilisateur par sa rapidit que le dveloppeur par
sa simplicit.2012 voit merger un tout nouveau logiciel Java
danalyse dimages, ICY, spcialis en bioimagerie [16]. ICY a dni un
mo-dle homogne des donnes pour la bioimagerie. Il sappuie sur la
librairie VTK pour offrir un rendu efcace dimages 2D et 3D. Des
tentatives de communication avec les plugins ImageJ sont en cours
de dveloppement.Enn, laspect logiciel danalyse est dsormais reconnu
comme une infrastructure part entire dans le domaine de limagerie
biomdicale; en consquence, il fait lobjet dun workpackage du projet
europen Euro-BioImaging . Notre laboratoire organisera le 30 avril
et le 1er mai 2012 un workshop [17] consacr aux logi-ciels Java
danalyse dimages biologiques pour tenter de dessiner les contours
de laprs ImageJ. Si vous avez ralis un plugin, cest une belle
occasion de venir Barcelone pour le prsenter !
Rfrences
[1] RASBAND, W. ImageJ, National Institutes of Health, Bethes-da
MD, USA. imagej.nih.gov/ij/
[2] ABRAMOFF, M. D. et al. Image Processing with ImageJ,
Bio-photonics International 11, pp. 36-42, 2004.
[3] LINKERT, M. et al. Metadata Matters: Access to Image Data in
the Real World, Journal of Cell Biology 189, pp. 777-782, 2010.
loci.wisc.edu/software/bio-formats/
[4] JAHNEN, A. ImageJ Information and Documentation Portal, CRP
Henri Tudor, Luxembourg. imagejdocu.tudor.lu/
[5] CARDONA, A. TrakEM2. ji.sc/wiki/index.php/TrakEM2/[6]
AUSTENFELD, M. Bio7. bio7.org/[7] SAGE, D. et al., MIJ.
ji.sc/wiki/index.php/Miji/[8] BURGER, W. and BURGE, M. J. Digital
Image Processing,
Springer Verlag, 2008. www.imagingbook.com/[9] BAILER, W.
Writing ImageJ Plugins A Tutorial. www.
gm.fh-koeln.de/~konen/WPF-BV/tutorial-ImageJ_V1.71.pdf[10]
EDELSTEIN, A. et al., Computer Control of Microscopes
Using Manager, Current Protocols in Molecular Biology 14, 2010.
valelab.ucsf.edu/~MM/MMwiki/
[11] SCHINDELIN, J. Fiji Is Just ImageJ (Batteries Included).
ji.sc[12] VONESCH, C. et al., The Colored Revolution of
Bioimaging,
IEEE Signal Processing Magazine 23, pp. 20-31, 2006.
bi-gwww.ep.ch/publications/vonesch0601.html
[13] SAGE, D. and UNSER, M. Teaching Image-Processing
Pro-gramming in Java, IEEE Signal Processing Magazine 20, pp.
43-52, 2003. bigwww.ep.ch/teaching/iplab/
[14] EPFL-BIG members, Available Algorithms for ImageJ and Fiji.
bigwww.ep.ch/algorithms.html
[15] RUEDEN, C. and ImageJdev team, ImageJ2.
developer.imagej.net/
[16] Institut Pasteur, Icy: The Open Source Community Software
for Bio-Imaging. icy.bioimageanalysis.org/
[17] Euro-Bioimaging Workshop, Bioimage Analysis Software: Is
there a Future Beyond ImageJ? bigwww.ep.ch/eurobioima-ging/
[18] THVENAZ, P. et al., A Pyramid Approach to Subpixel
Re-gistration Based on Intensity, IEEE Transactions on Image
Processing 7, pp. 27-41, January 1998.
bigwww.ep.ch/the-venaz/turboreg/
Article du FI-EPFL 2012 sous licence CC BY-SA 3.0 / D.Sage
Analyse dimage scientifique, le monde ImageJ
Licne de dmarrage dImageJ est la reproduction dune photogra-phie
du microscope de Hartnack, qui date des annes 1870. Cest un
contraste assez saisissant que de double-cliquer sur cette icne dun
autre ge pour analyser des images provenant dappareils la pointe du
progrs, comme des microscopes 3D confocaux uorescence capables de
percevoir des protines.
-
flash informatique888 27 MARS 2012 - N3
AsciiDoc is a software for writing documents from text-format
les. AsciiDoc les can be translated into HTML, PDF or EPUB. Made
for everyone even newbies.
AsciiDoc est un logiciel qui aide la rdaction de documents
partir de chiers au format texte. Les documents source AsciiDoc
peuvent tre transcrits vers des formats comme HTML, PDF ou EPUB.
Acces-sible chacun, sans connaissances particulires.
Fiche descriptive
AsciiDoc
Domaine bureautique, langage de balisage lger
Licence GNU GPLv2 ou
suivante
languemultilingue
version 8.6.6
Autres alternatives libres Txt2tags Docutils Stx2any
Markdown
Sites Web www.methods.co.nz/asciidoc
Plates-formes Unix POSIX-based ( , , ),
AsciiDoc est un langage de balisage agile, capable de transcrire
un document accompagn dune syntaxe simple et naturelle vers un
document destin aux pages Web ou limpression, en saffran-chissant
des contraintes lourdes quimpose souvent ce type dou-til. AsciiDoc
se lit avec nimporte quel diteur de texte, de sorte que tout un
chacun, sans connaissance aucune du format de la prsentation peut
rdiger un document AsciiDoc qui fournira une prsentation lisible et
de bonne facture.Cet article ne traite pas exhaustivement tous les
aspects du lan-gage et les formats quil est capable de fournir,
mais donne ce-pendant tous les lments ncessaires la rdaction dun
article complet.
AsciiDoc pour la production rapide de documents
[email protected], EPFL, responsable Unix au Domaine IT A s c i i
D o c
Introduction
AsciiDoc est trs puissant, open source, riche en fonctionnalits,
multi-plateforme, implment laide de linterprteur python natif sur
bon nombre de systmes dexploitation, et destin tous ceux qui ont
besoin de publier rapidement de la documentation technique ou plus
gnraliste tout en simpliant la vie du rdac-teur autant que celle du
mainteneur. Encore peu connu, mais disponible depuis plusieurs
annes, son dveloppement demeure rgulier et soutenu tout en gardant
le souci de proposer un outil stable. la lecture de sa
documentation, on constate demble un outil bien conceptualis,
solide et abouti. Capable de produire na-tivement du XHTML ou du
HTML, il est, de plus, en mesure dajou-ter une grande varit de
formats de prsentation trs rpandue incluant par exemple PDF, EPUB,
prsentation (diapositive HTML, HTML slideshows) ou encore le format
page de manuel Unix, et tout ceci en partant dun mme chier de texte
(.txt).
Installation
Dans la mesure o AsciiDoc est disponible sous forme de
paque-tage pour la plupart des distributions GNU/Linux et dans
larbre des ports pour BSD, il sinstallera sans coup frir.En prenant
AsciiDoc directement son dpt, on a lavantage dobtenir la dernire
version en date, sans attendre la mise jour des paquetages proposs
par les distributions, et de linstaller localement sur le dossier
de dpart ou globalement au niveau du systme (pour tous les
utilisateurs). Comme AsciiDoc occupe peu despace (moins de 3 Mo
tout compris) on peut envisager de linclure dans un dpt Git au mme
titre que la production docu-mentaire produite, on aura ainsi
prennis lensemble documen-taire en ayant de ce fait loutil au mme
endroit que la matire.Mme si linstallation AsciiDoc sous Windows
ncessite linstalla-tion pralable de Python, cette tape ne devrait
pas dcourager un rdacteur press.Tout le reste est dj disponible sur
tous les systmes, savoir un diteur de texte, un navigateur Web et
une ligne de commande.
Premier document
Un document source AsciiDoc ressemble nimporte quel texte
accompagn de balises ne gnant que trs peu la lecture lors de la
rdaction, dont voici un exemple bref, mais dj complet:
Logiciel libre
-
9927 MARS 2012 - N3
Sans entrer trop dans les dtails, un document source se
structure dune srie de blocs dlments en commenant par un en-tte,
suivi dun prambule et de sections. Les lments en ligne agissent
dans llment bloc de type contenu textuel en accomplissant des tches
de formatage et de substitution.
En-tte et prambuleIl contient le titre du document, les
informations relatives lau-teur, ainsi que le suivi de lvolution du
document par le numro et la date de la version. Si lon choisit de
regrouper la documen-tation avec un logiciel de gestion de
versions, celui-ci marquera la version, laide dun trigger, chaque
action de check-in du document. Len-tte permet en outre de qualier
la langue place dans le document de prsentation produit. Le
prambule sert prsenter la matire tout en tant facultatif.
SectionsUn document source est fractionn en sections et jusqu
quatre niveaux de sous-sections. chaque section son titre form dune
ou deux lignes selon la syntaxe, se retrouve sans surprise dans la
table des matires.
ContenuLe contenu textuel permet de dvelopper la matire dans son
ensemble. Il est constitu dune suite de paragraphes et de blocs
contenant le texte. Les paragraphes sont simplement spars par des
lignes vides, et les blocs sont envelopps en dbut et en n par un
dlimiteur, habituellement une suite de quatre caractres. Les formes
les plus courantes de bloc sont celles-ci:z Les paragraphes qui
sont des blocs de texte qui commencent
et nissent par une ligne vide.z Le texte littral o chaque ligne
commence par une indentation
avec au moins un ou plusieurs espaces. Ce type de bloc pr-sente
le texte sans modication avec une police chasse xe.
z Dans les listes et numrations, chaque lment commence par une
puce, un nombre ou une lettre. Le bloc liste par un tiret simple ou
un cinq astrisques suivis dun espace et du texte pouvant stendre
sur plus dune ligne.
Un titre peut tre ajout chaque bloc ou paragraphe avec au-dessus
du bloc une ligne commenant par un point suivi du texte joindre. Le
formatage du texte nest pas trs riche, mais sufsant pour augmenter
le relief de la prsentation avec les attributs de polices
ordinaires: italique, gras, chasse xe, exposant ou indice.
// article_2012-03.txt:lang: fr= AsciiDoc vite fait pour crer
des documents XHTMLFictif Lefous version 1.0, fvrier 2012:
Commentaire de version avec ou sans marqueur Git.
Ac dolor ac adipiscing amet bibendum nullam, massa lacus
molestie utlibero nec, diam et, pharetra sodales eget.
== SectionMaecenas aliquam maecenas ligula nostra, accumsan
taciti.
=== Sous-sectionNisl rhoncus turpis est, vel elit, congue _wisi_
enim nuncultricies sit, magna tincidunt.
* Quam etiam erat* Suspendisse morbi
TIP: Tortor vitae tortor eros wisi facilisis.
=== Ligula suspendisse nulla pretiumConsectetuer arcu ipsum
ornare *pellentesque* vehicula, in vehiculadiam, ornare magna erat
felis wisi a risus.
.Liste des trenza uf
efed[options="header",width="60%",align="center",cols="^,^,^"]|====================================|Loren
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Justo fermentum id. Malesuada eleifend, tortor molestie, a fusce
avel et. Mauris at suspendisse, neque aliquam +faucibus+
adipiscing,vivamus in.
.Titre lacus vestibulum====Voici lexemple enim eros in
vel====
.Illustration du logo de
lPFLimage:images/logoEPFL.png[height=100]
// fin du document
AsciiDoc pour la production rapide de documents
-
10101010 flash informatique1010 27 MARS 2012 - N3flash
informatique
ProductionUne fois la rdaction termine du document source
AsciiDoc contenu dans un chier dont le nom se termine par .txt
(res-pectant le jeu de caractres UTF-8 par dfaut), la transcription
se lance en ligne de commande. Auparavant, on aura pris soin de
crer un dossier contenant le document source, un sous-dossier
images regroupant les images rfrences et un dernier sous-dos-sier
images/icones qui est une copie de celui que lon trouve dans
larborescence AsciiDoc.
% asciidoc -a data-uri -a icons -a toc -n .txt
La commande produit un chier de prsentation XHTML dans le mme
dossier que le document source et portant le mme nom, mais avec
lextension .html. La prsentation safche directe-ment avec un
navigateur Web en prenant lURL & le:////.html.Le mme document
source se transcrit au format PDF en passant par loutil de gestion
de transcription a2x de la suite logiciel Ascii-Doc. Il en rsulte
un document de type DocBook au format PDF.
% a2x --verbose --format=pdf .txt
Cependant, au moins les logiciels DocBook et dblatex devront tre
prsents sur le systme. Ils sinstallent rapidement avec la com-mande
en ligne sudo yum install asciidoc dblatex sous Fedora et sudo
apt-get install asciidoc sous Ubuntu.
PublicationUne fois le chier de prsentation disponible, il peut
tre employ tel quel dans un Wiki ou un site Web. An de maintenir le
style propre au site Web auquel la prsentation est destine, on peut
lui retirer sa feuille de style lors de la transcription en
ajoutant les paramtres -s et --unsafe. De plus le chier de
prsentation de-vra contenir les marqueurs en premire ligne et son
correspondant en dernire ligne. Maintenant le chier XHTML est n prt
pour tre publi.
Avantages
z Prise en main trs rapide sans connaissance pralable du for-mat
de prsentation.
z Le rdacteur dite le document source avec lditeur de son choix.
Pour certains diteurs la colorisation syntaxique est dis-ponible
(en particulier vim &).
z La publication dun site Web entirement en AsciiDoc est
envi-sageable.
z Plusieurs thmes sont dj fournis et peuvent servir en crer
dautres donnant une empreinte propre lorganisation sex-posant sur
le Web.
z Se marie aisment un logiciel de gestion de version dcen-tralis
an de travailler plusieurs et ainsi viter les conits ddition
concurrente.
z Lintgration dillustration ne pose pas de problme et utilise
les formats standards.
z Lorganisation du document source permet de clairement sparer
le style de prsentation et le contenu de la matire prsenter.
GLOSSAIRE &CSS (Cascading Style Sheets): langage
informatique qui sert
dcrire la prsentation des documents HTML et XML W
URL (Uniform Ressource Locator): adresse Web dsignant lendroit o
sont stockes les informations sur Internet
vim: diteur de texte (Vi IMproved) W
W = tir de Wikipdia
z Chane de publication trs courte et automatisable (scripts ou
MakeFile).
z Feuille de style (CSS &) prvue pour contourner les
incom-patibilits de lexplorateur IE6.
Conclusion
Cet article est encore loin de prsenter lensemble des
fonction-nalits dAsciiDoc, mais en prenant un peu le temps dy
goter, on aura rapidement lenvie dadopter loutil et de produire des
prsentations vers dautres formats que XHTML, comme EPUB.
Pour plus dinformations
z Installation dtaille pour tous les systmes dexploitation:
www.methods.co.nz/asciidoc/INSTALL.html
z Git, un logiciel de gestion de version dcentralise, FI 6/2011:
ashinformatique.ep.ch/spip.php?article2316
z Diapositive (slideshow) en HTML:
csrp.iut-blagnac.fr/jmiweb-site/
z Gnration de documents formats partir de texte clair:
andrewk.webfactional.com/asciidoc.php?language_code=fr
z Aide-mmoire: powerman.name/doc/asciidocz Lensemble de larticle
AsciiDoc: documents.ep.ch/users/f/fa/
fabbri/www/AsciiDoc-FI-2012-03/
Article du FI-EPFL 2012 sous licence CC BY-SA 3.0 / P.
Fabbri
AsciiDoc pour la production rapide de documents
-
1127 MARS 2012 - N3
Distrilog2Foire Aux [email protected] EPFL -
Domaine IT, dveloppeur de Distrilog2
Frequently asked questions and answers about the new release of
Distrilog2.
Une nouvelle version du serveur de logiciels Distri-log2 a t
mise en place le 1er fvrier dernier, do des interrogations de la
part des utilisateurs. Voici les rponses aux questions les plus
frquentes.
Dois-je entrer une machine prive dans linventaire pour pouvoir
commander sur Distrilog ?
Oui, non seulement la che dinventaire est indispensable, mais
une tiquette jaune doit tre colle sur la machine et le numro de
cette tiquette associe ladite che din-ventaire.
Jai une machine prive qui avait t entre dans linventaire, mais
qui na pas dtiquette jaune, que dois-je faire ?
Vous devez contacter le responsable de linventaire de votre unit
et lui demander de modier la che dinven-taire pour y rajouter le
code dune tiquette jaune.
Je suis accrdit auprs de plusieurs units. Lors du login Tequila,
celui-ci me propose la liste de ces units, mais, selon le choix que
je fais, Distrilog mafche une page Accs refus. Que se passe-t-il
?
Cela signie simplement que vous ntes pas accrdit avec le
droit-distrilog pour cette unit. Actuellement Tequila proposera
toujours la liste de toutes les units auprs desquelles vous tes
accrdit, malgr le fait quon lui exige le droit-distrilog au
login.
Je dois rinstaller un logiciel sur une machine, mais je dois le
re-commander sur Distrilog2 alors que je lavais dj command sur
Distrilog1. Le logiciel sera-t-il dcompt deux fois ?
Non. Dans un dlai raisonnable tous les logiciels com-mands sur
Distrilog1 devront tre rapports sur Distri-log2 et seul celui-ci
fait foi pour les dcomptes de logiciel. Astuce: vous pouvez encore
consulter les logiciels com-mands sur la version prcdente de
Distrilog via lURL d1.ep.ch.
Je dois valider une commande pour un logiciel coteux. Je vois le
cot de celui-ci en CrD (Crdits Distrilog). Quel est son cot rel en
francs suisses ?
Il nest contractuellement pas possible de donner les prix des
logiciels sur Distrilog pour des raisons de condentialit. Dautre
part, la dcision dautoriser un lo-
giciel ne doit pas tre fonction de son cot, mais fonction de son
utilit relle dans le contexte dans lequel il doit tre utilis. Le
but de la validation nest donc pas que le responsable contrle le
prix, mais quil conrme par son accord que ce collaborateur est bien
un expert dans le domaine et quil fera une utilisation justie de ce
celui-ci.
Dune manire gnrale, pour linstant ce nest pas le laboratoire qui
paiera la facture. Tant que nous arrivons supporter le cot des
logiciels, nous continuerons les proposer sans contrepartie. Si
notre budget logiciel venait diminuer drastiquement ou sil y avait
une explosion des demandes pour les logiciels coteux nous nous
verrions dans lobligation, aprs vous en avoir averti bien lavance,
de rpercuter tout ou une partie de ces cots aux units. Cela se fera
alors au prorata des Crd consomms.
Jai le droit dutiliser Microsoft Ofce la maison, comment je fais
pour le commander sur Distrilog ?
En fait, vous avez un droit dutilisation non concurrentiel de
Microsoft Ofce pour autant que vous lutilisiez sur votre machine de
lEPFL. Comme vous avez donc command sur Distrilog une version pour
votre ordinateur professionnel, vous navez pas le commander nouveau
et vous pouvez utiliser les informations dinstallation fournies
prcdem-ment par Distrilog pour votre ordinateur personnel.
Lors dune commande, je rentre le numro de ltiquette jaune de
lordinateur correctement, mais Distrilog me dit que cet quipe-ment
ne peut recevoir de logiciels, que faire ?
Tout dabord, vriez bien quil sagit de ltiquette de lordinateur
lui-mme et pas celui de lcran ou dun p-riphrique raccord votre
machine. Si le numro vous semble correct cela signie que ltiquette
nest pas lie une che dinventaire pour un ordinateur, dans ce cas
demandez au responsable de linventaire de votre unit de vrier
ladite che en consquence. Pour quun qui-pement soit accept par
Distrilog, il faut quil fasse par-tie de lune des classes
suivantes: Serveurs, Ordinateur de bureau, Ordinateur portable,
Composant calcul, Composant stockage, Cluster de calcul.
Lors dune commande, je rentre le numro de ltiquette jaune de
lordinateur correctement, mais Distrilog me dit quaucune che
dinventaire ne correspond ce numro, que faire ?
Cela signie quaucune che dinventaire nest lie ce numro
dinventaire. Contactez le responsable de linven-taire de votre unit
pour quil remplisse au plus vite ladite che.
votre service
-
12121212 flash informatique1212 27 MARS 2012 - N3flash
informatique
Analyse
Un mot: mmoire quelques regards: archiviste, informaticien et
illustrateur.
Mmoire, valeur talon GC
Nous vivons plusieurs paradoxes avec la gnralisation des
tech-nologies informatiques dans les changes et la globalisation de
linformation. Si nous navons jamais dispos dautant dinforma-tions
la fois ni aussi rapidement, celles-ci nont jamais t aussi fragiles
et volatiles en raison de lobsolescence des technologies et de
linconstance des standards et des environnements. Pour la premire
fois dans lHistoire, les donnes ne sont plus solidaires dun support
physique, la dmatrialisation rend complexe et pr-coce tout
dispositif de capture et de maintenance des donnes. Linformatique
constitue ce jour un outil rtrograde dans la conservation et la
prennisation de linformation, dans la mesure o elle impose des
calendriers rapprochs et rguliers de migra-tion et des cots xes.
Elle ne reproduit pas dans le long terme les russites des modes
opratoires antrieures. Elle pourrait tre tout simplement le
fossoyeur de la Mmoire, quand on lui oppose les exigences
dauthenticit, dintgrit et de lisibilit des donnes. Pire, elle
pourrait nous rendre amnsiques. Le diagnostic a mis du temps tre
tabli, les promoteurs et les utilisateurs de linformatique ayant
constamment fait valoir les facilits dans les changes, les capacits
croissantes du stoc-kage et laccs en temps rel et chaque instant,
dun point de connexion, linformation. leldorado informatique,
dautres voix dont en particulier celle des archivistes oppose le
chaos docu-mentaire. Des solutions matures commencent surgir et tre
pratiques. Elles font appel l ha rmon i sa t ion des pratiques et
la mutualisation des ressources. Le d relever est global; il exige
des stratgies gnrales et
[email protected], directeur des Archives cantonales
vaudoises [email protected], gologue et
[email protected], EPFL, informaticien au Domaine
IT
Je recherche dans lactuel Distrilog un logiciel qui existait
dans la version prcdente, mais je le trouve pas, que faire ?
Certains logiciels distribus par Distrilog1 nont pas t reports
vers Distrilog2 car le volume de commande de ces logiciels tait
trop faible, voire inexistant ou que le logiciel ait t abandonn par
son diteur ou mme que lditeur du logiciel ait disparu. Nous gardons
cependant tous les binaires et toutes les licences prcdentes (si
elles sont encore utilisables). Si vous avez donc besoin de lun de
ces logiciels, faites simplement une demande au help desk du
DIT.
En cas de problme, nhsitez pas appeler le help desk du DIT:
tlphone 1234 ou email [email protected] n
Distrilog2, FAQ
-
1327 MARS 2012 - N3
[email protected], directeur des Archives cantonales
vaudoises [email protected], gologue et
[email protected], EPFL, informaticien au Domaine
IT
linformatique nont pas encore t tous mesurs leur juste titre. La
Mmoire simposera, de notre point de vue, comme valeur ta-lon dans
lapprciation des consquences de lre technologique dans laquelle
nous sommes entrs de manire dnitive.
Mmoire et antmmoire MO
Les informaticiens appellent mmoire tout moyen de stocker de
linformation (digitale bien sr: elle a t transforme dune manire ou
dune autre en suite de zros et de un) pour plus tard pouvoir y
accder, la traiter, la transformer avant de la stocker de nouveau,
peut-tre dans une mmoire dun type diffrent.Il y a en effet toutes
sortes de mmoires, qui se distinguent par la technologie utilise
(lectronique, magntique, optique et plus rcemment spintronique),
leur capacit, la taille de lunit trai-te (octet, mot, bloc), leur
rapidit (le temps ncessaire accder une quantit donne dinformation),
par leur permanence ou leur volatilit (cas o linformation disparat
quand lalimentation lectrique est coupe), la possibilit dcritures
multiples ou non, le type daccs (direct ou squentiel, ce qui nest
gure le cas que pour les bandes magntiques).Pour illustrer
quelques-unes de ces possibilits, prenons cet amas froid et inerte
de ferraille, de circuiterie et dlectronique quest un PC teint et
allumons-le. Le processeur va dabord lire et ex-cuter la partie de
la mmoire morte du BIOS qui contient les ins-tructions ncessaires
pour lire son tour sur la mmoire de masse (disque, CD-ROM) le
contenu du noyau du systme dexploitation et le charger en mmoire
vive. Le noyau sexcute alors et met en place la mmoire virtuelle et
la mmoire tampon (qui acc-lre laccs aux donnes stockes sur le
disque). Le PC est alors vigoureusement prt et lutilisateur pourra
lancer les programmes de son choix. Leur excution est acclre par
lutilisation de la mmoire cache (ce que lAcadmie franaise appelle
parat-il antmmoire) place entre le processeur et la mmoire vive, et
qui sert attnuer les effets de la diffrence entre leurs vitesses de
raction.Le PC est sans doute dot dune connexion Internet et
lutilisa-teur peut alors accder notre mmoire commune, au sens
tra-ditionnel de ce mot, cest--dire le souvenir dvnements,
dopi-nions et dmotions du pass (il semble parfois que cest devenu
le seul moyen de le faire, mais noublions pas les discussions au
bistrot et latmosphre feutre des bibliothques, qui gardent tout
leur charme). Il pourra encore y publier un article scientique ou
une page de blog tellement bien tourns que nos descendants les
trouveront mmorables n
nationales, si ce nest internationales. Il est heureux de
relever que les administrations publiques, en particulier la
Confdration suisse et celle de plusieurs cantons, ont rcemment
introduit des politiques darchivage prenne: leur organisation a d
tre repen-se, les procdures et les processus ont t harmoniss et
sont contraignants, le personnel bncie de formations continues. La
prise de conscience passe lvidence par des dcisions politiques. Le
dbat ne se rsume pas, comme on la trop souvent invoqu, des aspects
techniques et nanciers; il ressort de la perception que lon se fait
de la Mmoire dun tat ou dune collectivit. Il ne sagit pas seulement
de constituer une Mmoire qui puisse rpondre immdiatement aux
demandes daujourdhui, mais dor-ganiser et de structurer une Mmoire
qui pourra tmoigner dans 20, 50 ans et bien plus, lorsque les
interrogations (il faut encore savoir lesquelles) seront formules.
Le temps informatique nest pas ce jour le temps historique,
sauvegarde et archivage ne sont pas des termes synonymes. Le
vritable indicateur de la Mmoire sera sa capacit porter de manire
durable et perptuelle, donc intelligible et visible, les
informations et des donnes, et surmonter la contradiction entre
approche consumriste et exigences conservatoires. Les risques de
rupture sont considrables dans ce contexte: au-del de la volont
politique, il faudra assumer la continuit des investis-sements
nanciers et sadapter aux bouleversements technolo-
giques. Si jusqu prsent, la Mmoire avait un cot plus ou moins
bien support (on pouvait intervenir mme tar-
divement dans la conservation), dsormais, elle est entre dans
des surcots rcurrents
que seuls les plus riches et les plus puissants pourront
satisfaire (il
est impratif dtre prsent la conception et lla-boration des
donnes). La vritable fracture num-rique sera entre la M-moire du
nanti et celle du pauvre. lvidence,
les effets col-latraux de
-
14141414 flash informatique1414 27 MARS 2012 - N3flash
informatique
La prolongation du logiciel vers le monde physique paraissait
laf-faire de spcialistes et lapanage dune industrie lourde. Massimo
Banzi [3] avec quelques amis a voulu montrer le contraire. On peut,
on veut, on doit pouvoir faire ce que lon veut avec du logi-ciel
libre ou open source, il ny a pas de raison de ne pas commen-cer le
faire aussi avec du matriel. Lide de mettre disposition une carte
dinterface facilement programmable avec du logiciel libre et
facilement ralisable par une petite industrie voire par un
lectronicien seul, tait ne. La carte toute faite ne devait pas
coter plus cher quune place de cinma et ne devait rien avoir envier
tout ce qui se fait de mieux dans le domaine. Le langage de
prototypage rapide mis au point par le MIT des-tin des
non-informaticiens (lves des beaux arts, graphistes ou designers)
Processing [4], logiciel libre mentionn dans larticle du FI SR/11
Les logiciels libres pour vos tudes et la recherche [5] allait
devenir loutil idal pour programmer la carte et lui faire faire des
choses
Des choses: interroger des capteurs, agir sur des actionneurs,
asservir des systmes, comprendre comment marchent les auto-mates,
dmystier les robots et mettre la porte de tous la ma-tire mme de ce
qui nous environne. Apprendre pratiquer les objets techniques comme
des instruments pour refuser un destin de consommateur de
marchandises jetables, tel est le sens que prend ce projet pour
tous ceux qui, de plus en plus nombreux, empruntent ce circuit.Grce
un cble USB la carte se connecte un ordinateur (Linux, Windows,
Mac) sur lequel il suft dinstaller le logiciel de dve-loppement
disponible sur le site dArduino [6] pour immdia-tement pouvoir lui
faire faire ces choses dont nous parlions. La carte possde une
quantit de ports sur lesquels on branchera les capteurs et
actionneurs dont on aura besoin pour raliser son projet. Mesurer
une temprature, une pression, lhumidit ou la radioactivit ambiante
? Faire tourner des moteurs, programmer des LED RGB comme celles
proposes par ThingM [7] ? Tout cela devient facilement ralisable si
lon nest ni lectronicien ni infor-maticien. Le cble USB fait
fonction de cordon ombilical pendant la programmation. Cest lui qui
alimente la carte. Ensuite, si le but du projet nest pas de fournir
des informations lordinateur, le circuit devra tre aliment pour
raliser de faon autonome son programme. Les artistes qui ont os
suivre ces pistes ont russi raliser leurs dsirs les plus simples,
et ont trouv laide ncessaire ou les partenaires adquats quand les
projets devenaient plus ambitieux. Comme on pouvait sy attendre les
hackers sont venus aider lquipe initiale dmontrer lutilit de la
carte dans mille et une situations, en traduisant de la
documentation, en produisant des tutoriaux dans toutes les langues
pour tous les ges, en organisant des sances pratiques dinitiation
au circuit, des enseignants et pas des moindres [8] sont dailleurs
venus leur porter main forte. Des revues comme Make [9] ne sortent
plus un numro sans quun article ne soit consacr cette carte
magique. De multiples petites socits rivalisent daudace et de
crativit pour proposer des composants utilisables avec un Arduino
ou des cartes plus performantes avec la mme licence ouverte
(Snootlab [10]). Les
fabricants de composants lectroniques se font un plaisir de
four-nir les schmas dinterfaage de leurs produits avec un Arduino
pour en dmontrer les qualits et la facilit demploi.
g. 2 le dos du circuit arduino.cc/en/Main/ArduinoBoardUno
Il nest pas dans mon intention de donner un mode demploi ou des
exemples dutilisation de la carte dans cet article, les moteurs de
recherche ramnent des rfrences dune trop grande richesse par
rapport ce que je peux donner ici. Le contenu du site du pro-jet
[11] est exemplaire de ce quun travail collaboratif peut offrir. Je
voudrais cependant vous inviter oser vous lancer sans vous ruiner,
car Massimo a tenu son pari.Lclairage est en pleine rvolution, les
LED offrent de nombreux avantages qui surpasseront bientt les
inconvnients quun ensei-gnant de lEPFL, descendant direct des
lumires a su mettre en vidence dans un beau petit livre [12]. Le
schma donn par la
Arduino, lautre circuit
../.. Suite de la premire page
BlinkM BlinkM MinM
SCLSDA
GNDPWR
BlinkM
SCLSDA
GNDPWR
MinM
SCL SCLSCL SCL
g. 3 montage dun BlinkM sur Arduino
BlinkM MaxM
-
151527 MARS 2012 - N3
socit ThingM pour programmer les composants de la famille
BlinkM, dont jai donn les rfrences un peu plus haut, avec un
Arduino montre bien la simplicit laquelle on peut arriver.Moyennant
quelques petites astuces de conception et de pro-grammation, il est
possible de placer les platines de LED directe-ment sur un bornier
de lArduino pour les programmer. Utiliser un ou plusieurs BlinkM
(MinM) pour se fabriquer un clairage original dont la lumire
variera dans le temps selon un certain programme avec des couleurs
bien dnies devient extrmement simple, il suft dinsrer ce qui
deviendra la source lumineuse sur lArduino comme indiqu dans les
schmas et de les programmer sur son ordinateur On peut aussi
utiliser lArduino pour programmer un MaxM (tou-jours de ThingM) et
en faire un gradateur de bande LED RGB anode commune. On insre la
platine master dun MaxM pour la programmer an quelle remplisse la
fonction dsire. Une fois celle-ci spare de lArduino, alimente et
pourvue de ses trois po-tentiomtres on a fabriqu un nouvel objet
technique recyclable pour une tout autre application si besoin.
g. 4 master de MaxM mont comme un MinM
g. 5 gradateur termin et autonome
Les modules de la socit ThingM sont des ensembles de trois LED
montes sur un petit circuit autour dun microcontrleur dont la
qualit du logiciel fait la richesse du composant. Ce circuit nest
pas du open hardware mais il na pas fallu attendre bien long-temps
pour quun projet se constitue et propose une alternative open
source au logiciel embarqu sur le composant et open hard-ware pour
raliser soi-mme un dispositif de ce genre Quand Massimo Banzi a
obtenu le prix Ars Electronica en 2006, il devait tre certain
davoir conu un instrument pdagogique prometteur meilleur que toutes
les cartes de dveloppement exis-
tantes. Le choix douvrir la description de la carte et de mettre
celle-ci sous une licence Creative Commons a permis de donner une
vie au projet. Aujourdhui force est de constater que cette dmarche
inaugure un tout autre circuit en ouvrant de nouvelles voies. Les
articles open hardware [13] et matriel libre [14] de Wikipdia
montrent parfaitement que nous sommes dsormais de plain-pied dans
un nouveau paradigme.Cette toute petite histoire dbute dans un bar
dune petite ville du nord de lItalie dmontre le fabuleux instrument
dmancipa-tion que reprsente la conjugaison de louverture du
logiciel (et du hardware ) avec le dveloppement dInternet. Du
Fablab de Lucerne [15], au futur Fablab de Neuchtel [16], en
passant par les Hackerspaces de Lausanne ou de Genve, vous aurez
toujours les moyens de donner jour vos ides. Lre numrique dans
laquelle nous sommes a ses maux terriants, elle a aussi ses remdes
miraculeux.
lArduino luvre
Rfrences
Larticle comporte de nombreuses rfrences qui vous conduiront en
trouver bien dautres[1] arsindustrialis.org[2]
fr.wikipedia.org/wiki/La_Cathdrale_et_le_Bazar[3]
massimobanzi.com[4] processing.org[5]
asinformatique.ep.ch/spip.php?article2483[6]
arduino.cc/en/Main/Software[7] thingm.com/products/blinkm[8]
fr.wikipedia.org/wiki/Jean-Daniel_Nicoud[9] makezine.com/[10]
shop.snootlab.com/[11] arduino.cc/[12]
www.ppur.org/livres/978-2-88074-942-2.html[13]
en.wikipedia.org/wiki/Open_hardware[14]
fr.wikipedia.otg/wiki/Matriel_libre[15] luzern.fablab.ch/[16]
www.fablab-neuch.ch/
Jen ajoute encore deux concernant un sujet dont je nai pas parl,
la liaison entre un circuit Arduino et un smartphone Android z
wiki.processing.org/w/Androidz www.amarino-toolkit.net/
Article du FI-EPFL 2012 sous licence CC BY-SA 3.0 / R.
Timsit
Arduino, lautre circuit
-
flash informatique161616 27 MARS 2012 - N3
The hosting of virtual machines at the EPFL, this is a private
cloud that goes largely unnoticed by the me-dia. Its 5th birthday
deserves a celebrating article.
Le service dhbergement de machines virtuelles de lEPFL, voil un
cloud priv qui ne fait pas de bruit mdiatique, son premier
quinquennat mritait bien un article pour fter cet anniversaire.
Introduction
Les avantages de la virtualisation sont nombreux, citons-en
seu-lement trois qui nous semblent les plus signicatifs: elle
permet damliorer lefcacit nergtique [1] en consolidant les
ins-tances de diffrents systmes dexploitation sur une mme ma-chine.
Elle permet de gagner en exibilit et en dynamique dans la gestion
des ressources IT en disposant rapidement de machines, les modiant
selon les besoins et les rendant lorsquelles ne sont plus
utilises.Dans cet article nous reviendrons sur lhistorique du
projet de mise en production de ce service et nous verrons quelles
volutions ont t apportes depuis son lancement. Ensuite nous
prsenterons quelques statistiques dutilisation. Enn nous
terminerons par quelques perspectives davenir.
Historique du projet (2006-2007)
Ds 2004, linitiative du directeur du DIT, un groupe de rexion a
t mis sur pied pour se pencher sur la question de la
virtualisa-tion lEPFL. Fin 2005, les conclusions de ltude mene avec
un consultant ont conduit au lancement dun projet de mise
dispo-sition dun service dhbergement de machines virtuelles.Une
tude approfondie a t ralise dans la deuxime moiti de 2006. Elle a
permis de dnir plus prcisment le nombre et le type de machines
virtuelles supporter, le choix technique de lhyperviseur (Xen,
VMWare ou Microsoft ) et nalement lanalyse des cots et la
rentabilit de la solution propose. Au printemps 2007 un pilote a t
ralis au DIT. la n de lt, tous les voyants tant au vert, le service
fut ouvert pour toute lcole [2].Le service tait compos dun site Web
(myvm.ep.ch) qui offrait aux utilisateurs la possibilit de demander
des machines virtuelles (Windows ou Linux), de les modier et de les
supprimer. La ma-chine virtuelle de base propose tait compose dun
CPU 64 bits, de 2 GB de RAM, de 36 GB de disque et dune carte
rseau, avec systme dexploitation install ou non selon la volont de
lutili-sateur.
Des objectifs annuels de abilit et disponibilit ont t xs: un
maximum de deux pannes et un total de cinq heures dinterrup-tion de
service, soit plus de 99.94% de disponibilit. Ces objectifs ont
toujours t dpasss ! Aujourdhui il est possible davoir jusqu 4 CPU,
32 GB de RAM et quelques centaines de GB de disque avec bien sr
toutes les combinaisons possibles des ressources.Les ressources
demandes sont garanties, contrairement au cloud public qui, pour
dvidentes raisons nancires, partage au maximum les ressources
physiques entre les machines virtuelles !Comme laugmentation des
ressources ne prend que quelques mi-nutes, il est bien sr recommand
de commencer avec la machine la plus petite possible et daugmenter
les ressources en fonction des besoins: des statistiques dtailles
des ressources consom-mes par les machines sont disponibles en
temps rel pour les utilisateurs. Lutilisateur a aussi accs une
console, bien utile en cas de plantage de lOS de la machine
virtuelle.
volutions techniques (2007-2012)
En 2007, les machines virtuelles fonctionnaient avec la version
3 de lhyperviseur de VMWare ESX. Les serveurs pour lhyperviseur
taient des Dell PE6950 quadri processeur bi-cores AMD 64 bits avec
32 GB de mmoire vive, 6 connexions pour rseau IP 1Gbps et deux
connexions bre & 2Gbps pour le rseau de stockage. Les disques
des machines virtuelles taient stocks sur une baie EMC.Depuis son
ouverture en 2007, tous les composants de linfrastruc-ture
sous-jacente ont volu librement et chacun leur propre rythme de
manire quasi-transparente pour les utilisateurs.Les quatre
gnrations de serveurs qui se sont succdes (PE6950, R805 et R805_2,
R715) ont permis de passer de onze machines virtuelles par serveur
trente-six aujourdhui !Les huit connexions IP et bre ont t
remplaces par deux connexions FCoE & 10GBps. La baie de
stockage utilise au-jourdhui des disques SSD & et des disques
SAS &.Ces volutions ont permis daugmenter les performances, de
r-duire le nombre de serveurs physiques et de faire rgulirement
baisser le cot de la machine virtuelle depuis 2007 un rythme
lgrement suprieur celui de la loi de Moore, loi qui divisant par
deux le prix tous les 18 mois sur 5 ans donnerait un ratio de 3.33
alors que nous sommes 3.81 ! Le service offert sest aussi enrichi
avec, entre autres, la possibilit de faire une image (snaps-hot) de
la machine virtuelle un instant prcis.Initialement uniquement
hberge dans la salle informatique du btiment MA, linfrastructure
sest tendue la salle informatique du btiment INJ. Ce qui permet aux
utilisateurs dont le service supporte un fonctionnement sur
plusieurs machines de les rpar-tir sur les deux sites et dobtenir
ainsi un haut niveau de rsistance aux sinistres.
Cloud priv de lEPFL, bilan et [email protected],
EPFL Domaine IT, chef du groupe Exploitation
votre service
-
171727 MARS 2012 - N3
Statistiques dutilisation du service (2007-2012)
Le service a connu pendant les quatre premires annes une
crois-sance trs forte, elle sest cependant considrablement inchie
en 2011. La virtualisation des machines physiques vieillissantes
doit tre presque termine et on rentre maintenant dans une
croissance organique normale, mais quand mme avec un taux de 17% en
2011 ! Sur lensemble des machines 6% ont 4 vCPU, 29% 2 vCPU et 65%
1 vCPU. La machine virtuelle moyenne dispose de 1631 MHz de
frquence processeur, 2748 GB de mmoire et 17 GB de disque.55% des
systmes dexploitation sont sous Linux et 45% sous Windows. 72% sont
en 64 bits et 28% en 32 bits. 51% des Win-dows sont encore en 32
bits alors que seulement 14% des Linux le sont. 56% de la puissance
CPU totale est alloue aux machines Windows et 44% aux machines
Linux. 49% de la mmoire totale est alloue aux machines Windows et
51% aux machines Linux.62% de lespace disque est allou aux machines
Windows et 38% aux machines Linux. 99 machines virtuelles (21% du
total) ont t sauvegardes par le service de sauvegarde centralis
Veritas Net-backup, dont 57% de Windows et 43% de Linux. En 2011,
108 TB ont t sauvegards et le temps de sauvegarde journalier est en
moyenne de 20 minutes par machine. Les machines Windows
re-prsentent 77% du volume sauvegard pour 87% du temps total contre
33% du volume et 13% du temps pour les machines Linux.
Ubuntu, 1%Solaris, 1 %
Suse, 6 %
Other, 1%Debian, 1%
Fedora, 6%
CentOS9%
RedHat
75%
Pourcentage dOS Linux par distribution
200847 %
200338%
XP, 7%
Vista, 2%
Seven, 4%2000, 2%
Pourcentage dOS Windows par distribution
500
400
300
200
100
02007 2008 2009 2010 2011
52
140
283
410
481
Nombre de machines virtuelles
La courbe ci-dessus ne donne malheureusement quune image ge en n
danne du nombre de machines virtuelles actives. Ainsi on pourrait
croire quen 2011 il ny a eu que 71 demandes de nouvelles machines
alors quen fait cest plus de 300 demandes qui ont t traites. Le
graphique ci-dessous montre la rpartition des diffrents pro-cessus
du service depuis 2007. Le processus de snapshot a t ajout en 2009
(il reprsente 10% des processus en 2011). En 2011 les trois
principaux processus sont les crations (39%), les modications (28%)
et les suppressions (16%).Nous garantissons que pour fournir une
machine virtuelle stan-dard avec ou sans OS, il ne scoulera en
moyenne pas plus de 3 jours, en 2011 la moyenne est de 1,92
jour.Pour les demandes spciques, aucune limite de temps nest
pr-vue, pour 2011 ces machines, qui ncessitent des changes entre
utilisateurs et administrateurs du service, ont t fournies en
moyenne en 2.27 jours.
Cloud priv de lEPFL, bilan et perspectives
0
50
100
150
200
250
300
350
400
2007 2008 2009 2010 2011
cration
modification
modlisation
snapshot
supression
clonage3
90
41003
10
134
4
33
0
41
6
221
6
71
3
83
11
144
13
59
13
86
5
122
14
87
32
51
supression snapshot modification modlisation cration clonage
cration
modification
modlisation
snapshot
supression
clonageclonage
cration
cration
cration
modification
modification
supression
supression
Rpartition des processus du service
-
18181818 flash informatique1818 27 MARS 2012 - N3flash
informatique
Les facults disposent dun quota annuel de machines virtuelles.
Dans le cas o elles souhaiteraient plus de ressources, il est
pos-sible den acheter un tarif convenu en dbut danne.Le graphique
ci-dessous montre le nombre de machines virtuelles par facult dbut
2012.Depuis 2007, 199 machines virtuelles ont t cres puis
suppri-mes, la dure de vie moyenne de ces machines est de 212
jours. 50% des machines ont eu une dure de vie suprieure 385
jours.
50
40
30
20
10
03 6 9 12 15 18 21 24 27 30 33 36 39 42 45 48
26
44
18
9
57
14
3 4 3 3 3 46
22 1
Dure de vie en mois des machines virtuelles
ENAC IC SB STI SV CDM
25
20
15
10
5
0
23
19
26
14
11
0
Nombre de machines virtuelles par facult au 09 fv. 2012
La rpartition globale du nombre de machines est de 27 % pour les
facults et 73% pour les vice-prsidences et le support des services
destination de lcole (VP-SC). Le graphique ci-aprs en montre la
rpartition dbut 2012.
VP-SC73%
ENAC7%
IC5%
SB8%
STI, 7%
SV, 4%
CDM, 0%
Rpartition du nombre de machines virtuelles au 09 fv. 2012
Et pour la suite ?
Du ct de linfrastructure, le site Web utilisateur est en cours
de re-dveloppement. La nouvelle version protera du travail dj ralis
pour les sites mynas, sanas et backup. La nouvelle version devrait
tre en production au dbut de lt, une prsentation sera organise
avant le passage en production.La technologie FCoE dj prsente en MA
sera dploye au prin-temps dans le nouveau centre informatique en
INJ.Lhyperviseur sera mis jour au printemps pour la version la plus
rcente (vSphere 5). Cette version repousse les limites dune
ma-chine virtuelle 32 vCPU, 1 TB de RAM et presque 2TB par disque
virtuel ! Pour plus de dtail, voir [3].Nous avons, pendant lt 2011,
compar les caractristiques et le prix du cloud priv de lEPFL aux
offres du cloud public Amazon. Les rsultats ont montr qu
caractristiques identiques et pour une utilisation permanente
pendant un an, le prix dune machine virtuelle chez Amazon tait 30%
plus cher que celui dune ma-chine hberge dans notre cloud priv !
Pour le calcul scientique hautes performances, actuellement point
de salut dans le cloud public non plus [4].Cependant dans le cadre
de dploiements massifs, mais de courte dure, lutilisation de
ressources externes pourrait tre utile. Nous allons donc tudier la
faisabilit technique dun Hybrid-Cloud:
Cloud priv de lEPFL, bilan et perspectives
GLOSSAIRE &connexion fibre: au sens Fiber Channel
- Fibre Channel est un protocole dfini par la norme ANSI X3T1
permettant une connexion haut dbit (de lordre du gigabit,
fr.wikipedia.org/wiki/Gigabit, par seconde) entre un ordinateur et
son systme de stockage ou dautre type de priphrique. Il garantit
larrive des donnes, il permet de crer un rseau pouvant transporter
plusieurs protocoles de faon native comme lIP (Internet Protocol)
et il offre la possibilit dun mode canal utilis pour transporter le
protocole SCSI dans le cas des SAN. Il a t conu lorigine pour les
superordi-nateurs , mais il est maintenant devenu
le protocole standard des SAN. Pour plus de dtails:
/fr.wikipedia.org/wiki/Fibre_Channel.
connexion fibre: au sens mdia de transport une fibre optique est
un fil en verre ou en plastique trs fin qui a la proprit dtre un
conducteur de la lumire et sert dans la transmission de donnes.
Pour plus de dtails: fr.wikipedia.org/wiki/Fibre_optique.
FCoE (Fibre Channel over Ethernet): technique de rseau de
stockage SAN consistant faire passer les trames du protocole Fibre
Channel sur un rseau Ethernet. La norme FCoE a t publie en juin
2002. Pour plus de dtails: fr.wikipedia.org/wiki/FCoE.
SAS (Serial Attached SCSI): technique din-terface pour disques
durs, elle constitue une volution des bus SCSI en termes de
performances, et apporte le mode de transmission en srie de
linterface SATA. Pour plus de dtails:
fr.wikipedia.org/wiki/Serial_Attached_SCSI.
SSD (solid-state drive): matriel infor-matique permettant le
stockage de donnes, constitu de mmoire flash. Le terme anglais
solid-state signifie que ce matriel est constitu de mmoires
semi-conducteurs ltat solide par opposition aux disques durs (HDD).
Pour plus de dtails: fr.wikipedia.org/wiki/Solid-state_drive.
-
191927 MARS 2012 - N3
cest--dire la possibilit de dployer dans un cloud public de
nouvelles machines en plus de celles dj existantes dans notre cloud
priv et ce si possible de manire transparente pour
luti-lisateur.
Conclusion
Pour conclure cet article je souhaiterais simplement remercier
tous les collaborateurs du groupe exploitation du DIT qui ont
par-ticip la mise en place de ce service, le font vivre au jour le
jour et voluer, pour la plus grande satisfaction de ses
utilisateurs. En commenant par son responsable Jean-Claude De
Giorgi, puis par ordre alphabtique: Patrice Beaud, Lucien
Chaboudez, ric Krejci, Julia Paolini et Alexandre Van
Meteren.Jencourage aussi tous les utilisateurs de machines
virtuelles tmoigner auprs de leur collgues du temps quils ont gagn
en ne soccupant plus dinstaller, de maintenir et de remplacer des
machines physiques.
Cloud priv de lEPFL, bilan et perspectives
lundi 23 avril 2012 14h-17hsalle de confrences du DIT (MA A0
364)
accueil ds 13h45 Prsentation de Maple (30 min)
z Ecriture naturelle et intuitive dexpressions analytiquesz
Manipulations et rsolutions symboliques de problmes ma-
thmatiquesz Calcul numrique utilisant les nombreuses
bibliothques int-
gres Maplez Visualisation avancez Cration de documents
techniques interactifs et connectivit
avec des programmes externes. Les nouveauts de Maple 15/16 (30
min)
z Calcul interactifz Calcul parallle et performances amlioresz
Tracs graphiques intelligentsz Gestionnaire de variablesz Nouveaux
algorithmes de calcul pour les quations diffren-
tielles, loptimisation, la gomtrie diffrentielle, les matrices
creuses,
z Nouvelles applications mathmatiques interactivesz Nouveaux
outils de connectivitz iPad Player.
Et noubliez pas, si vous avez des questions sur le service de
vir-tualisation, vous pouvez contacter les administrateurs ladresse
[email protected], ils se feront un plaisir de vous renseigner.
Rfrences
[1] Prenne-IT, La virtualisation aide-t-elle la rduction du
r-chauffement climatique ?. FI SP/08.
ashinformatique.ep.ch/spip.php?article1516
[2] Virtualisation (2me partie). FI 6/07.
ashinformatique.ep.ch/spip.php?article1298
[3] Conguration maximums for VMWare vSphere 5.0,
www.vmware.com/pdf/vsphere5/r50/vsphere-50-conguration-maximums.pdf
[4] HPC dans le Cloud. FI 7/11. ashinformatique.ep.ch/spip.php?
article2464 n
Agenda
Prsentation des logiciels MaplesoftNicolas Cottereau,
[email protected]
Prsentation de MapleSim (1h00)
z Construction dun modle physique multi-domaine et
simula-tion
z Gnration automatique des quations du modle et exporta-tion
dans Maple
z Construction dun bloc utilisateur partir dun jeu dquations
sous Maple
z Analyse du systme sous Maple: temporelle, frquentielle,
sensibilit,
z Connecteurs permettant dexporter les modles vers dautres
environnements
Prsentation de MapleTA, outil densei-gnement et dexamen en ligne
(45 min)
z Structure de MapleTA et principe de fonctionnementz Cration de
questions utilisant le moteur de calcul Maplez Cration dexamens
avec notation automatique par Maplez Gestion des rsultats avec le
carnet de notes.
Pour vous inscrire, allez sur www.maplesoft.com/lausanne et
parti-cipez ainsi au tirage au sort pour gagner un cadeau
Maplesoft. n
-
flash informatique202020 27 MARS 2012 - N3
The new version of the EPFL directory recently up-dated offers a
unied vision of ofcial and personal (aka people pages)
information.Set up according to web2010 graphical chart your prole
management provides updated and new functions. Get a glimpse here
below or explore your personal proles on people.ep.ch.
La nouvelle version de lannuaire mise en produc-tion le 22
fvrier permet deffectuer des recherches sur des personnes et des
units de lEPFL. Offrant une prsentation conforme la charte
graphique Web2010, le nouvel annuaire intgre dsormais lapplication
people, utilise pour afcher les infor-mations sur une personne
particulire. Il offre une nouvelle prsentation des informations et
propose de nouvelles fonctionnalits.
Nouveauts pour la recherche dune per-sonne ou dune unit
Parmi les changements majeurs, par rapport la version prc-dente
mentionnons: Recherche plus pertinente: lannuaire utilise les
techniques de
recherche oue, bases sur la similarit phontique, et les
sug-gestions la Google, issues de pages Web les plus
populaires.
Suggestions de noms de famille lors de la recherche de
per-sonnes. partir de la troisime lettre saisie dans le champ de
recherche, lannuaire propose une liste droulante de suggestions
corres-pondant au terme de recherche. Cette fonctionnalit est pour
le moment prsente sur search.ep.ch, nous loffri-rons comme
composant du bandeau de lEPFL, utilisable donc dans les sites Web
de lcole.
Recherche disponible travers des webservices ouverts aux
applications tierces
Pagination de rsultats de recherche facilitant lutilisation de
lannuaire et amliorant la lisibilit.
Nouveauts pour le profil dune personne
La recherche dune personne dans lannuaire nouvelle mouture
aboutit sur une page contact qui prsente la ou les fonctions
prin-cipales souhaites par la personne. Exemple, une personne qui
est la fois professeur ordinaire, doyen, et responsable de quelques
associations et qui dsire mettre en avant sa fonction de professeur
peut masquer et/ou rordonner sur cette premire page les autres
accrditations moins reprsentatives de son activit lEPFL.
Important: cette page est sous la responsabilit de chaque
personne pour rendre accessibles les principales informations de
contact.
En suivant le lien Liste complte des adresses et fonctions , on
retrouve toutes les accrditations actives dans lordre ofciel.
Depuis cette page, il est aussi possible daccder linterface de mise
jour offerte par lapplication prestations de base [1].En haut de la
page, le bandeau menu rouge donne accs aux in-formations ofcielles
et personnelles travers des onglets:z Contactz Biographie &
travail en coursz Recherchez Publicationsz Enseignement et
PhD.Depuis la page Contact (qui est une page personnelle) on arrive
sur la page des fonctions (accrditations) qui correspond lan-cienne
version de lannuaire.La page Enseignement contient les informations
respectives pour les personnes ayant une activit denseignement
enregistre
votre service
Un nouvel annuaire des [email protected] &
[email protected], EPFL, dveloppeurs Web au Domaine IT
-
212127 MARS 2012 - N3
Un nouvel annuaire des personnes
dans le service IS Academia (ISA). Les demandes de mise jour de
ces informations doivent tre soumises au support ISA
([email protected]).Les pages Biographie, Recherche et Publications sont
dis-ponibles seulement pour les personnes ayant, au sens de
laccr-ditation, le statut personnel ou tudiant ou avec une fonction
de type professeur, hte acadmique, doctorant, matre densei-gnement
ou charg de cours; ces pages reprennent plus ou moins les
informations de lancien people.Pour la mise jour de ces
informations il faut suivre le lien Login en bas, droite de la page
daccueil et effectuer lauthentication Tequila/Gaspar.Parmi les
fonctions nouvelles disponibles en mode dition:z accs au contenu en
franais ou anglais des onglets;z des botes au contenu libre
(HTML);z extraction des publications des donnes Infoscience [2]
ou
gestion de donnes de publications locales people; z gestion des
photos externes avec recadrage possible (format
3x4 portrait);z page de Recherche avec des botes au contenu
libre pour
parler de vos travaux.
Vous avez tout moment la possibilit de consulter la prsenta-tion
des pages en cliquant sur Aperu.Si vous avez des donnes spciques
qui nont pas t impor-tes dans la nouvelle version, vous pouvez les
reprendre avec le lien Importer lancien prol. Bien videmment, les
donnes en cours seront crases par le contenu de limportation.Pour
ce qui est de la visibilit de votre photo, vous pouvez contr-ler de
manire indpendante lafchage:z sur la page annuaire etz dans les
listes de personnes des units.La mise jour de toutes ces
informations est personnelle ou sous le contrle des personnes qui
ont le droit accred gestionprols.
Une dernire prcision sur la notion de prol par dfaut: people@ep
vous permet de grer le contenu personnel dans les deux lan-gues
ofcielles de lEPFL: franais et anglais. Sans dnir un prol par
dfaut, le contenu est donn selon la langue du navigateur de la
personne qui consulte la page ou selon la valeur du paramtre lang
de ladresse Web de la page.Si vous dnissez un prol par dfaut, cest
son contenu qui sera prsent dans tous les cas.Vous trouverez plus
de dtails propos de people@ep sur la page daide en ligne:
help-people.ep.ch/.
Rfrences
[1] accred.ep.ch/prestations[2]
help-infoscience.ep.ch/gerer-les-publications/people n
Le but de ce projet est de donner chaque colla-borateur la
possibilit de grer une carte de visite professionnelle personnalise
dans le cadre de ses activits lEPFL.Pour le confort de linternaute,
nous avons favo-ris la cohrence entre chaque prsentation
indi-viduelle en employant une mise en page, une na-vigation et des
libells communs, tout en plaant tant que se peut les informations
administratives au second plan. Mme sil reste possible de se
limiter une infor-mation minimum, enrichir son prol garantit une
image publique matrise, soigne et crdible.
-
flash informatique222222 27 MARS 2012 - N3
EPFL ME is an off-shore branch of EPFL in the Middle-East. Being
5000 Km away from Lausanne creates new challenges. In this article,
we describe these challenges and we explain the measures we have
taken to solve them.
LEPFL Middle East (www.ep.ae) est un centre de re-cherches de
lEPFL. Son loignement gographique Ras al-Khaimah impose un nouveau
modle pour rpondre des besoins spciques. Dans cet article nous
allons dvelopper cette particularit.
Vision, rflexion et stratgie
Intgration dans lEPFLLEPFL ME prvoit de nombreux changes de
personnel acad-mique avec lEPFL; les tudiants Master voyageront
plusieurs re-prises entre les deux campus, ainsi que les
professeurs et les doc-torants. Le Blended Learning & aura lieu
pour les programmes Master et PhD. En outre, les chercheurs de
lEPFL ME auront besoin des ressources informatiques du campus
lausannois. Pour rendre possible cet change, linfrastructure RAK
doit tre bien int-gre dans celle de Lausanne. Nous lavons donc
conue comme une extension de celle de Lausanne pour permettre une
transition transparente entre les deux campus: les utilisateurs de
Lausanne viennent RAK et bncient du mme rseau sans l ep, ce qui
leur permet de continuer leur travail comme sils taient sur le
campus lausannois. De plus, les mmes cartes Camipro sont utili-ses
dans les deux campus.Une forte coordination entre le DIT de
Lausanne et le dpartement IT de RAK est mise en place pour garantir
lintgration des nou-veaux services en maintenant le standard suisse
dans le cam-pus de RAK malgr les milliers de kilomtres qui le
sparent de Lausanne.
emplacement de nos locaux provisoires RAK
Intgration aux miratsLEPFL ME tout comme lEPFL Ecublens tablit
des collaborations nationales (au niveau des mirats) ainsi
quinternationales. Le rle de dpartement IT est de prparer
linfrastructure de communica-tion ncessaire pour faciliter ce genre
de collaborations. Dans ce cadre, plusieurs initiatives ont t
prises:Connexion physique: lEPFL ME est connecte Ankabut, le
NREN (National Research and Education Network) local. Quand
cette connexion sera active (dans deux mois environ), lEPFL ME fera
partie du rseau de la communaut acad-mique nationale et
internationale.
Communaut IT locale: le dpartement IT est un membre actif dans
la communaut IT locale. Il fait partie du Higher Edu-cation CIO
Council, ce qui lui permet douvrir avec les autres entits IT des
canaux de communication et dvelopper avec elles les outils
collaboratifs ncessaires. En plus, il participe aux vnements IT
rgionaux o il reprsente lEPFL ME.
Promouvoir la technologie suisse: ceci se manifeste par des
prsentations qui ont eu lieu au sein des runions rgionales. Cet
effort a t couronn par linvitation de Dr Constentin Toenz
(Directeur gnral adjoint de SWITCH) pour donner une prsentation sur
Federated Identity lors du Ankabut UsersMeeting le 12 janvier
2012.
Infrastructure simple grerLEPFL et lEPFL ME partagent
pratiquement les mmes besoins IT avec la diffrence que les
utilisateurs de lEPFL ME ne dpassent pas 5% de ceux du campus
lausannois. Do la ncessit davoir une infrastructure qui dlivre tous
les services requis, compacte et simple grer pour convenir la
petite taille du campus de RAK. Plusieurs dcisions ont t prises
dans cette direction:Plate-forme homogne: pour simplier la gestion
de linfras-
tructure, nous avons adopt uniquement les produits Micro-soft
pour nos serveurs tant quils arrivent dlivrer la per-formance
requise. Lavantage de ce choix est que Microsoft est compatible
avec les systmes dexploitation Windows de la majorit des
utilisateurs. Ces produits sont maintenus rgulirement et
automatiquement par Microsoft travers des patchs. En outre, avec
Microsoft nous nous limitons aux produits standards et user
friendly, et nous vitons ainsi tout dveloppement trop lourd vu la
petite taille de lEPFL ME.
Choix de matriel: comme vous le verrez dans les spcications
techniques, notre matriel est choisi dune manire dlivrer une
infrastructure compacte tout en assurant exibilit et efcacit.
One-Stop Shop: vu notre petite taille, le dpartement IT est
de-venu un one-stop shop pour assurer une gestion efcace de
linfrastructure et des ressources. Il regroupe tous les services
lis lIT, y compris les parties serveurs, rseaux, impressions,
Ras al-Khaimah Ecublenssi loin et si
[email protected], EPFL Middle East Ras al-Khaimah -
directeur de IT-Administration
votre service
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232327 MARS 2012 - N3
tlphonie IP, audiovisuel et linfrastructure pour le contrle
daccs. Ceci permet un changement et/ou une implmenta-tion plus
rapide des solutions potentielles, assure une compa-tibilit entre
les diffrents services et linfrastructure IT ainsi quune meilleure
conformit avec les stratgies de lEPFL ME.
AutonomieUne infrastructure intgre la fois avec celle de
Lausanne et localement avec celle des mirats facilite linteraction
de lEPFL ME avec son environnement. Mais cette intgration nimplique
jamais la dpendance. Notre infrastructure est autonome et gre
localement avec des expertises que nous dveloppons progressi-vement
RAK; si le VPN entre Lausanne et RAK tombe pour une raison
quelconque, notre infrastructure continue fonctionner. Si la
connexion vers Ankabut (NREN local) est coupe, on prote de notre
connexion vers lEPFL pour accder travers SWITCH (NREN Suisse) aux
rseaux acadmiques internationaux.
Proter des contrats-cadres cause de sa petite taille, lEPFL ME
na aucune marge de ngo-ciation pour les achats informatiques. Elle
narrive mme pas attirer les grands revendeurs de la rgion, qui
seuls seraient ca-pables doffrir des contrats de support dune
qualit acceptable. Pour surmonter ce problme, nous avons ouvert des
canaux de communication vers les grands acteurs informatiques de la
rgion par le truchement de Lausanne en protant du poids de lEPFL en
Europe et des contrats-cadres quelle possde avec des entreprises
comme Cisco, DELL et HP. Dans la plupart des cas, nous avons russi
obtenir le prix EPFL et proter dun niveau de support
acceptable.
Spcifications techniques
Infrastructure temporaire
LEPFL ME a dbut avec neuf personnes pour mettre en place
linfrastructure de base pour accueillir le personnel acadmique.
Pour rpondre ses besoins informatiques immdiats, une petite
infrastructure IT temporaire a t mise en place comprenant:z un accs
internet ADSL 100 Mbps;z un serveur de chier 1TB RAID1;z un UPS
pour le serveur pour assurer un graceful shutdown en
cas de panne dlectricit, ce qui arrive souvent RAK;z un serveur
dimpression;z un accs FTPs distant, utilis en particulier par
la