FFI0776 FFI0776 Modelageme Modelageme EngenhariadeProteínas EngenhariadeProteínas Prof. Rafael V. C. Guido Prof. Rafael V. C. Guido Prof.RafaelV.C.Guido Prof.RafaelV.C.Guido [email protected][email protected]Aula01 Aula01 Bacharelado em Ciências Físicas e Biomoleculares Bacharelado em Ciências Físicas e Biomoleculares BachareladoemCiênciasFísicaseBiomoleculares BachareladoemCiênciasFísicaseBiomoleculares InstitutodeFísicadeSãoCarlos InstitutodeFísicadeSãoCarlos USP USP Objetivos Objetivos • Visualizaçãoerepresentaçãodeestruturas • Estrutura de proteínas Estruturadeproteínas – Estruturaprimária Et t dá i – Estruturasecundária – Estruturaterciária – Estruturaquaternária Visualização e Representação de Visualização e Representação de VisualizaçãoeRepresentaçãodeVisualizaçãoeRepresentaçãodeEstruturas Estruturas Estruturas Estruturas História História John Kendrew e Max Perutz e JohnKendreweMaxPerutzeosmodelos3Ddeproteínas
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Et t dáiEstruturasecundária … · 2012. 8. 14. · FFI0776ModelaModelageme EngenhariadeProteínas Prof.RafaelV.C.GuidoProf.RafaelV.C.Guido [email protected] Aula01 ...
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Prof. Rafael V. C. GuidoProf. Rafael V. C. GuidoProf.�Rafael�V.�C.�GuidoProf.�Rafael�V.�C.�[email protected]@ifsc.usp.br
Aula�01Aula�01Bacharelado em Ciências Físicas e BiomolecularesBacharelado em Ciências Físicas e BiomolecularesBacharelado�em�Ciências�Físicas�e�BiomolecularesBacharelado�em�Ciências�Físicas�e�Biomoleculares
• Visualização�e�representação�de�estruturas• Estrutura de proteínasEstrutura�de�proteínas
– Estrutura�primáriaE t t dá i– Estrutura�secundária
– Estrutura�terciária– Estrutura�quaternária
Visualização e Representação deVisualização e Representação deVisualização�e�Representação�de�Visualização�e�Representação�de�EstruturasEstruturasEstruturasEstruturas
HistóriaHistória
John Kendrew e Max Perutz eJohn�Kendrew�e�Max�Perutz�e�os�modelos�3D�de�proteínas�
• O (Jones�et al.,�1991)( l )• Coot�(Emsley &�Cowtan,�2004)
PymolPymol
• http://www pymol org�http://www.pymol.org•�Livre�até�a�versão�0.99.• Após a versão 1 0 livre para fins educacionais•�Após�a�versão�1.0,�livre�para�fins�educacionais
• As�limitações�de�rotações�impostas�pela�ligação�peptídica�e�os�padrões�de�ligação�de�hidrogênio�determinam�as�p g ç gestruturas�secundárias�(conformações�locais)�possíveis�em�um�proteína;
hidrogênio.� héliceLigação de H = n – n+5Ligação�de�H� �n� n+5Período�=�4,4�aa/volta
Estrutura�secundária�Estrutura�secundária�–– �� héliceshélices• Estrutura�regular�e�energeticamente�estável,�pois�todas�as��ligações�de�H�possíveis entre a cadeia principal são estabelecidas ao longo do eixo da hélice;possíveis�entre�a�cadeia�principal�são�estabelecidas�ao�longo�do�eixo�da�hélice;• O�comprimento�médio�das�� hélices�é�10�15�resíduos�(12�22�Å)