Docente: Paulo Fazendeiro. OrthoMam: Uma base de dados de marcadores genómicos ortólogos para mamíferos.

ORTHOMAM

B I O I N F O R M Á T I C A

ANA CATARINA DUARTE, Nº 25917

ANDRÉ FERREIRA MOREIRA, Nº 24987

LUÍS DANIEL COSTA, Nº 24768

Docente: Paulo Fazendeiro

CIÊNCIAS BIOMÉDICAS

OrthoMam: Uma base de dados de marcadores genómicos

ortólogos para mamíferos

BASE DE DADOS ORTHOMAN

Criada em 2007.

Projecto fruto da parceria de várias instituições …

Instituto das Ciências Evolutivas - Montpellier

Universidade das Ciências e Técnicas de Montpellier (UMII) – Universidade de Montpellier 2

Centro Nacional da Pesquisa científica - Montpellier

Centre de recherche LGI2P de l'Ecole des Mines d'Alès

Montpellier SupAgro

Emmanuel J. P. Douzery

Vincent Ranwez

Sylvie Ranwez

Khalid Belkhir

Marie-ka TILAK

Frédéric Delsuc

… e investigadores:

Emmanuel J. P. Douzery e Vincent Ranwez:• Iniciaram o estudo;• Conceberam e implementaram o “bioinformatic pipeline”.

Vincent Ranwez, Sylvie Ranwez e Khalid Belkhir:• Construíram a base de dados;• Desenharam a Web interface .

Marie-ka TILAK:• Efectuou amplificações e sequenciamento por PCR.

Emmanuel J. P. Douzery, Frédéric Delsuc e Marie-ka TILAK:• Realizaram as análises filogenéticas.

Vincent Ranwez, Frédéric Delsuc e Emmanuel J. P. Douzery :• Escreveram o manuscrito.

CONTRIBUIÇÃO DE CADA INVESTIGADOR :

- O banco de dados OrthoMaM fornece, assim, uma interface

intuitiva para consultar milhares de exões ortólogos de

potencial uso na sistemática de mamíferos placentários.

OBJECTIVO / FINALIDADE

- Criar uma base de dados útil na descodificação da árvore filogenética dos mamíferos placentários a diferentes níveis taxonómicos, de modo a obter uma melhor compreensão da dinâmica evolutiva dos seus genomas, isto é, sobre as forças que moldaram as sequências codificadas em termos de restrições selectivas.

- O “bioinformatic pipeline” permite vislumbrar que o banco de

dados será atualizado dinamicamente numa base regular para

acompanhar a evolução do Ensembl e, assim, assegurar a sua

exatidão.

OBJECTIVO / FINALIDADE

- Permite, também, uma fácil recuperação de grandes conjuntos de exões ortólogos, conservados entre o genoma de mamíferos, disponíveis para realizar análises filogenómicas. Os descritores evolutivos consideram que os

marcadores candidatos são de particular interesse para a

escolha do marcador filogenético e para a análise comparativa

de evolução molecular na escala do genoma.

• Baseava-se na versão 41 da base EnsEMBL;• Possuía informação de 12 espécies.

Versão 1 - 2007

• Baseava-se na versão 42 da base EnsEMBL;• A base de dados alargou-se para 23 espécies;• Foram fornecidos alinhamentos dos aminoácidos;• No entanto, surgiram alguns problemas ao nível da conexão de web, o que provocou a perda de alguns dados.

Versão 2 - 2008

• Versão 49 do EnsEMBL;• 25 espécies;• Encontrou-se a solução e resolveu-se o erro anterior que afectava as versões anteriores, tendo os investigadores concluído em que alguns alinhamentos seria melhor propor sequências não órtologas.

Versão 3 - 2008

EVOLUÇÃO / VERSÕES

• Versão 54 da base EnsEMBL;• A base de dados alargou-se para 33 espécies;• Os marcadores podem ser consultados através do identificador do gene

humano correspondente na base de dados EnsEMBL;• A legibilidade das árvores filogenéticas é aumentada pela coloração

taxonómica;• Anotações de genes ficam disponíveis para cada marcador .

• Inclui informação sobre CDS (região codificante do gene) /exões.

Versão 4 - 2008

Versão 5 -2009

• Versão 56 da base EnsEMBL;• A base de dados possui 36 espécies.

Versão 6a - 2010

• Foram feitas algumas melhorias e simplificações ao nível da acessibilidade à informação existente na base de dados.

Versão 6 - 2010

EVOLUÇÃO / VERSÕES

• Baseia-se na versão 65 da base EnsEMBL;• Possui informação sobre 39 espécies;• Melhoramento dos alinhamentos de sequência.• E, vários outros melhoramentos foram feitos.

Versão 7 – Fevereiro de 2012

(Actual)

EVOLUÇÃO / VERSÕES

A versão corrente

inclui 6 611 exões e

13 111 alinhamentos

CDS para as 39

espécies.

ESPÉCIES

Exemplo utilização OrthoMan

•http://www.orthomam.univ-montp2.fr/orthomam/html/

BIBLIOGRAFIA• http://www.orthomam.univ-montp2.fr/orthomam/html/