perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id commit to user KEANEKARAGAMAN GENETIK IKAN WADER (FAMILI Cyprinidae) DI KABUPATEN BANTUL, DAERAH ISTIMEWA YOGYAKARTA Skripsi Untuk memenuhi sebagian persyaratan guna memperoleh gelar Sarjana Sains Disusun oleh : Santosa Pradana Putra Setya Negara NIM. M0410056 JURUSAN BIOLOGI FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM UNIVERSITAS SEBELAS MARET SURAKARTA 2015 i
17
Embed
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id KEANEKARAGAMAN ... · Indonesia merupakan wilayah yang memiliki beranekaragam jenis ikan air tawar. Ikan wader merupakan nama lokal sekelompok
This document is posted to help you gain knowledge. Please leave a comment to let me know what you think about it! Share it to your friends and learn new things together.
Transcript
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
KEANEKARAGAMAN GENETIK IKAN WADER (FAMILI Cyprinidae)
DI KABUPATEN BANTUL, DAERAH ISTIMEWA YOGYAKARTA
Skripsi
Untuk memenuhi sebagian persyaratan
guna memperoleh gelar Sarjana Sains
Disusun oleh :
Santosa Pradana Putra Setya Negara
NIM. M0410056
JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS SEBELAS MARET
SURAKARTA
2015
i
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
ii
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
d
ii
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
HALAMAN PERNYATAAN
Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi ini adalah hasil penelitian saya
sendiri dan tidak terdapat karya yang pernah diajukan untuk memperoleh gelar
kesarjanaan di suatu perguruan tinggi, serta tidak terdapat karya atau pendapat
yang pernah ditulis atau diterbitkan oleh orang lain, kecuali secara tertulis diacu
dalam naskah ini dan disebutkan dalam daftar pustaka.
Apabila di kemudian hari dapat ditemukan adanya unsur penjiplakan maka
gelar kesarjanaan yang telah diperoleh dapat ditinjau dan/atau dicabut.
Surakarta, 07 Januari 2015
Santosa Pradana Putra Setya Negara NIM. M0410056
iii
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
KEANEKARAGAMAN GENETIK IKAN WADER (FAMILI Cyprinidae)
DI KABUPATEN BANTUL, DAERAH ISTIMEWA YOGYAKARTA
Santosa Pradana Putra Setya Negara
Jurusan Biologi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam
Universitas Sebelas Maret
ABSTRAK
Indonesia merupakan wilayah yang memiliki beranekaragam jenis ikan air tawar. Ikan wader merupakan nama lokal sekelompok ikan yang terdiri dari beberapa jenis ikan yang memiliki nilai ekonomi tinggi. Masih kurangnya informasi tentang ikan wader di Kabupaten Bantul, sehingga perlu dilakukan pengumpulan data tentang keanekaragaman genetik ikan wader di Kabupaten Bantul. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keanekaragaman genetik ikan wader di wilayah Kabupaten Bantul menggunakan Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP).
Pengambilan sampel ikan wader dilakukan pada 5 kecamatan di Kabupaten Bantul, D.I. Yogyakarta yaitu Bantul, Banguntapan, Piyungan, Pajangan dan Srandakan. Ikan wader diambil 5 ekor dari masing-masing kecamatan. DNA ikan diambil dari seluruh dagingnya, ekstraksi DNA menggunakan Genomic DNA Mini Kit (Tissue) (Genaid), Polymerase Chain Reaction dengan gen target cytochrome c oxydase subunit I (COI), Restriction Fragment Length Polimorphism menggunakan unit enzim restriksi AluI, Mspl (Hpall) dan RsaI. Selanjutnya gen yang teramplifikasi disekuen dan dianalisis secara bioinformatika untuk mengetahui keanekaragaman genetik ikan wader yang teridentifikasi.
Berdasar hasil pemotongan oleh enzim restriksi ditemukan 4 tipe sampel yang berbeda. Hasil analisis sekuen gen COI masing-masing memiliki kemiripan dengan Barbonymus schwanenfeldii voucher MNHN 2012-0084, Puntius binotatus voucher BiMS6, Mystacoleucus marginatus voucher CBM ZF-11404, dan Labiobarbus sp. CTOL3977.
Kata kunci: ikan wader, Kabupaten Bantul, PCR, RFLP, keanekaragaman genetik
iv
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
GENETIC DIVERSITY OF WADER FISH (FAMILY Cyprinidae)
IN BANTUL DISTRICT, YOGYAKARTA SPECIAL REGION
Santosa Pradana Putra Setya Negara
Department of Biology, Faculty of Mathematics and Natural Science
Sebelas Maret University
ABSTRACT
Indonesia is a region that has a wide diversity of freshwater fishes. Wader is a local name of a group of fishes that contain some different spesies. They have highly economic value. Information about wader fish in Bantul Regency is still lack. It is necessary to collect their genetic diversity data. This study aims to determine the genetic diversity of wader fish in Bantul Regency using Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP).
Sampling were carried out in 5 sub districts; Bantul, Banguntapan, Piyungan, Pajangan, and Srandakan. The number of sample were 5 fish from each location. DNA were taken from the whole fish muscle tissue. The Genomic DNA Mini Kit (Tissue) (Genaid) was used to extract DNA and PCR was applied to obtain the target gene cytochrome c oxydase subunit I (COI), RFLP was performed by using restriction enzymes, i.e: AluI, Mspl (Hpall) and RsaI. Furthermore amplified genes were sequenced and analyzed to determine the genetic diversity of identified wader fish.
Based on the results of restriction enzyme cuts, there are 4 different types of samples. COI gene sequence was resulted each type of samples closely related to Barbonymus schwanenfeldii voucher MNHN 2012-0084, Puntius binotatus voucher BiMS6, Mystacoleucus marginatus voucher CBM ZF-11 404, and Labiobarbus sp. CTOL3977.
Key word : wader fish, Bantul, PCR, RLFP, genetic variation
v
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
MOTTO
Menuntut ilmu wajib atas tiap muslim (baik muslimin maupun muslimah.
(HR. Ibnu Majah)
Tuntutlah ilmu dan belajarlah (untuk ilmu) ketenangan dan kehormatan diri,
dan bersikaplah rendah hati kepada orang yang mengajar kamu. (HR. Ath-
Thabrani)
Sesungguhnya menuntut ilmu adalah pendekatan diri kepada Allah Azza
wajalla, dan mengajarkannya kepada orang yang tidak mengetahuinya adalah
sodaqoh. Sesungguhnya ilmu pengetahuan menempatkan orangnya, dalam
kedudukan terhormat dan mulia (tinggi). Ilmu pengetahuan adalah keindahan
bagi ahlinya di dunia dan di akhirat. (HR. Ar-Rabii’)
Barang siapa menempuh jalan untuk mencari ilmu, maka Allah akan
memudahkan baginya jalan ke Surga. (H.R Muslim)
vi
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
PERSEMBAHAN
Skripsi ini kupersembahkan untuk:
Ibu, Bapak tercinta dan Adik tersayang serta keluarga
besar yang selalu mendoakan dan memberikan semangat
serta kasih sayang yang tak ada habisnya.
Rengganis Widoninggar yang selalu memberi doa,
semangat, kasih sayang, dan motivasi.
Sahabat terbaik, Aditya Ferdy Hendrawan yang selalu
membantu dan memberikan saran dalam segala hal,
terutama dalam penelitian.
Para Pencari Wader (PPW), Muh. Fadhli Masykuri dan