CS2220 Introduction to Computational Biology

CS2220 Introduction to Computational Biology 

Weka Introduction

Xiaoli Li

http://www.kdnuggets.com/polls/2012/analytics-data-mining-big-data-software.html

Most Popular Tools for Data Mining

WEKA – Data Mining Software in Java

http://www.cs.waikato.ac.nz/~ml/weka/

WEKA – Data Mining Software in JavaSelect the Data for Exploring

We can see and edit our data

WEKA – Data Mining Software in Java

Actual Weka data format

Example: Predict if we want to play

WEKA – Data Mining Software in JavaClass label: To Play or Not to Play?

WEKA – Data Mining Software in JavaOutlook: To Play or Not to Play?

WEKA – Data Mining Software in Java

http://www.cs.waikato.ac.nz/~ml/weka/

Temperature: To Play or Not to Play?

WEKA – Data Mining Software in Java

http://www.cs.waikato.ac.nz/~ml/weka/

Humidity: To Play or Not to Play?

WEKA – Data Mining Software in JavaWindy: To Play or Not to Play?

WEKA – Data Mining Software in JavaClassification: To Play or Not to Play?

WEKA – Data Mining Software in JavaJ48 Decision Tree: To Play or Not to Play?

Actual tree structure

WEKA – Data Mining Software in JavaDecision Tree: To Play or Not to Play?

Training set has been used as test set

WEKA – Data Mining Software in JavaDecision Tree: To Play or Not to Play?

Leave one out CVTree structure

WEKA – Data Mining Software in JavaDecision Tree: To Play or Not to Play?

Change the parameter of J48

WEKA – Data Mining Software in Java

Pattern Discovery: ClusteringFind “natural” grouping of instances

given un-labeled data

WEKA – Data Mining Software in JavaExample: 3 Types of IRIS Plant{Setosa, Versicolor & Virginica}

WEKA – Data Mining Software in JavaExample: 3 Types of IRIS Plant{Setosa, Versicolor & Virginica}

WEKA – Data Mining Software in JavaClustering: 3 Types of IRIS Plant{Setosa, Versicolor & Virginica}

WEKA – Data Mining Software in Java

http://www.cs.waikato.ac.nz/~ml/weka/

Clustering: 3 Types of IRIS Plant{Setosa, Versicolor & Virginica}

WEKA – Data Mining Software in Java

http://www.cs.waikato.ac.nz/~ml/weka/

Clustering: 3 Types of IRIS Plant{Setosa, Versicolor & Virginica}

WEKA – Data Mining Software in Java

http://www.cs.waikato.ac.nz/~ml/weka/

Clustering: 3 Types of IRIS Plant{Setosa, Versicolor & Virginica}

WEKA – Data Mining Software in Java

http://www.cs.waikato.ac.nz/~ml/weka/

Clustering: 3 Types of IRIS Plant{Setosa, Versicolor & Virginica}

Association Rules (Unsupervised Learning)Finding groups of items that tend to

occur together

WEKA – Data Mining Software in Java

WEKA – Data Mining Software in JavaExample: Supermarket Purchases

WEKA – Data Mining Software in JavaExample: Supermarket Purchases

WEKA – Data Mining Software in Java

http://www.cs.waikato.ac.nz/~ml/weka/

Association Rules: Supermarket Purchases

WEKA – Data Mining Software in JavaAssociation Rules: Supermarket Purchases

Contact: [email protected] if you have questions