CoViD-19 Corona Virus Diciembre 2019 · 2020. 4. 25. · Title: CoViD-19 Corona Virus Diciembre 2019 Author: DIEGO EMILIANO JIMENEZ GONZALEZ Created Date: 4/25/2020 1:59:40 PM

CoViD-19Corona Virus Diciembre 2019

DEJG, GAJG, SEJM,

JAMS, EYRG, YVC

7 de Abril de 2020

Síntomas para la detección del COVID-19

Complicaciones del COVID-19

Evolución de los coronavirus

4 tipos de coronavirus en humanos

En 2004, se diseño el primer vector con información de coronavirus SARS

VIRUS AGRESIVOS DE LA FAMILIA

Síndrome severo agudo respiratorio (SARS) Coronavirus

COVID-19 (por su fecha de descripción de esta variante, Diciembre de 2019 en Wuhan

China).

Genes del Covid-19

El NCBI (National Center for Biotecnologyinformation)

Es el centro donde se almacena el banco de genes mas grande del mundo (Gen Bank)

Tiene un buscador que nos permite buscar los avances mas recientes verificados y publicados a nivel mundial

Tiene la deficiencia que países como China, Rusia y Alemania, limitan la información que comparten

CoViD-19Corona Virus Diciembre 2019

El NCBI esta en comunicación continua con el Centro de para el Control y Prevención de Enfermedades (CDC) de EU

Ya se cuenta con el genoma completo del COVID-19

>LC528232.1 Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 SARS-CoV-2/Hu/DP/Kng/19-020 RNA, complete genome

TGCTTATGAAAATTTTAATCTCCCAGGTAACAAACCAACCAACTTTCGATCTCTTGTAGATCTGTTCTCT

AAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAAT

AACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTGCAGGCTGCTTACGGTTTCGTCC

GTGTTGCAGCCGATCATCAGCACATCTAGGTTTCGTCCGGGTGTGACCGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTT

GTCCCTGGTTTCAACGAGAAAACACACGTCCAACTCAGTTTGCCTGTTTTACAGGTTCGCGACGTGCTCG

TACGTGGCTTTGGAGACTCCGTGGAGGAGGTCTTATCAGAGGCACGTCAACATCTTAAAGATGGCACTTG

TGGCTTAGTAGAAGTTGAAAAAGGCGTTTTGCCTCAACTTGAACAGCCCTATGTGTTCATCAAACGTTCG

GATGCTCGAACTGCACCTCATGGTCATGTTATGGTTGAGCTGGTAGCAGAACTCGAAGGCATTCAGTACG

GTCGTAGTGGTGAGACACTTGGTGTCCTTGTCCCTCATGTGGGCGAAATACCAGTGGCTTACCGCAAGGT

TCTTCTTCGTAAGAACGGTAATAAAGGAGCTGGTGGCCATAGTTACGGCGCCGATCTAAAGTCATTTGAC

TTAGGCGACGAGCTTGGCACTGATCCTTATGAAGATTTTCAAGAAAACTGGAACACTAAACATAGCAGTG

GTGTTACCCGTGAACTCATGCGTGAGCTTAACGGAGGGGCATACACTCGCTATGTCGATAACAACTTCTG

TGGCCCTGATGGCTACCCTCTTGAGTGCATTAAAGACCTTCTAGCACGTGCTGGTAAAGCTTCATGCACT

TTGTCCGAACAACTGGACTTTATTGACACTAAGAGGGGTGTATACTGCTGCCGTGAACATGAGCATGAAA

TTGCTTGGTACACGGAACGTTCTGAAAAGAGCTATGAATTGCAGACACCTTTTGAAATTAAATTGGCAAA

GAAATTTGACACCTTCAATGGGGAATGTCCAAATTTTGTATTTCCCTTAAATTCCATAATCAAGACTATT

Secuencias del covid-19 ordenas al momento, por fecha, país y órgano de aislamiento

181 secuencias, de las cuales 100 nos sirven para ver sus eventos evolutivos y distribución mundial

Covid-19

• Genoma de más de 29,000 pares de bases

• Presente en todos los continentes

• Análisis de 181 secuencias de RNA

• Mas de 4000 secuencias

de proteínas

• Con el análisis de la secuencias

de proteínas se puede diseñar

una vacuna

Árbol evolutivo con secuencias genómicas completas

Origen en Wuhan, China Diciembre 2019

variantes

Representan variantes presentes en china

Lo que indica que es el propagador y en segundo lugar USA

Representan países infectados Confirmados a nivel de secuencias virales

Representan la variante mas abundante en diferentes países

Italia, España y Ecuador son de gran importanciaya que tienen las tasas de mortalidad masalta e índices de contagio elevados,Pero al parecer es por el componenteGenético de su población, así como de Su edad.

Análisis proteico para ubicar blancos de vacunación

Análisis en curso

• Identificación de mas de 1200 secuencias para obtener parámetros representativo del virus

• Identificación de zonas conservadas e identificación de las zonas de adición de glúcidos, para generar péptidos específicos contra el virus

• Verificación de que las zonas especificas virales, no cruzan con proteínas Humanas

• Diseño de las secuencias para vacunación a nivel DNA, RNA y Proteína

• Elaboración de insertos de DNA en bacterias, para producción de péptidos como vacunas en alguna institución que produzca vacunas

Análisis Proteico

Secuencias generadas entre diciembre de 2019 y el 28 de marzo de 2020.

• Envelope 75aa 361 secuencias analizadas

• Nulcleocapsid 419aa 382 secuencias analizadas

• Glycoprotein de mem 222aa 355 secuencias analizadas

• Polyprotein 7096aa 353 secuencias analizadas

• Surface glycoprotein 1200aa 356 secuencias analizadas

• Total: 1807 secuencias analizadas

Envelope

Evolutionary relationships of taxa

The evolutionary history was inferred using the Minimum

Evolution method [1].1. Rzhetsky A. and Nei M. (1992). A simple method for estimating and testing minimum evolution trees. Molecular Biology and Evolution 9:945-967.

• En este mapa verificamos que el origen humano del covid-19Esta en diciembre del 2019 en Wuhan-China• La secuencia mas alejada al origen, con mayor cantidadde cambios se genera el 28 de marzo en USA

>YP_009724392.1 envelope protein [Severe acute respiratory syndromecoronavirus 2] MYSFVSEETGTLIVNSVLLFLAFVVFLLVTLAILTALRLCAYCCNIVNVSLVKPSFYVYSRVKNLNSSRVPDLLV

Envelope PEPTIDOS BLANCO PARA VACUNACIÓN

Por tamaño

MYSFVSEETGTLIVNSVLLFLAFVVFLLVTLAILT

CODIGO:E75AA-35-TecNM-P1

RLCAYCCNIVNVSLVKPSFYVYSR

CODIGO:E75AA-24-TecNM-P2

Nucleocapsid



Evolution method.1. Rzhetsky A. and Nei M. (1992). A simple method for estimating and testing minimum evolution trees. Molecular Biology and Evolution 9:945-967.2. Zuckerkandl E. and Pauling L. (1965). Evolutionary divergence and convergence in proteins. Edited in Evolving Genes and Proteins by V. Bryson and H.J. Vogel, pp. 97-166. Academic Press, New York.3. Nei M. and Kumar S. (2000). Molecular Evolution and Phylogenetics. Oxford University Press, New York.4. Saitou N. and Nei M. (1987). The neighbor-joining method: A new method for reconstructing phylogenetic trees. Molecular Biology and Evolution 4:406-425.5. Kumar S., Stecher G., Li M., Knyaz C., and Tamura K. (2018). MEGA X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across computingplatforms. Molecular Biology and Evolution 35:1547-1549.

> YP_009724397.2 nucleocápside fosfoproteína [coronavirus síndrome respiratorio agudo severo 2]

MSDNGPQNQRNAPRITFGGPSDSTGSNQNGERSGARSKQRRPQGLPNNTASWFTALTQHGKEDLKFPRGQGVPINTNSSPDDQIGYYRRATRRIRGGDGKMKDLSPRWYFYYLGTGPEAGLPYGANKDGIIWVATEGALNTPKDHIGTRNPANNAAIVLQLPQGTTLPKGFYAEGSRGGSQASSRSSSRSRNSSRNSTPGSSRGTSPARMAGNGGDAALALLLLDRLNQLESKMSGKGQQQQGQTVTKKSAAEASKKPRQKRTATKAYNVTQAFGRRGPEQTQGNFGDQELIRQGTDYKHWPQIAQFAPSASAFFGMSRIGMEVTPSGTWLTYTGAIKLDDKDPNFKDQVILLNKHIDAYKTFPPTEPKKDKKKKADETQALPQRQKKQQTVTLLPAADLDDFSKQLQQSMSSADSTQA

419AA

PEPTIDOS BLANCO PARA VACUNACIÓN

N419AA-23AAP6

N419AA-19AAP7

Poliprotein



Evolution method [1].1. Rzhetsky A. and Nei M. (1992). A simple method for estimating and testing minimum evolution trees. Molecular Biology and Evolution 9:945-967.2. Zuckerkandl E. and Pauling L. (1965). Evolutionary divergence and convergence in proteins. Edited in Evolving Genes and Proteins by V. Bryson and H.J. Vogel, pp. 97-166. Academic Press, New York.3. Nei M. and Kumar S. (2000). Molecular Evolution and Phylogenetics. Oxford University Press, New York.4. Saitou N. and Nei M. (1987). The neighbor-joining method: A new method for reconstructing phylogenetic trees. Molecular Biology and Evolution 4:406-425.5. Kumar S., Stecher G., Li M., Knyaz C., and Tamura K. (2018). MEGA X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across computingplatforms. Molecular Biology and Evolution 35:1547-1549.

> YP_009724389.1 orf1ab poliproteína [Coronavirus síndrome respiratorio agudo severo 2]MESLVPGFNEKTHVQLSLPVLQVRDVLVRGFGDSVEEVLSEARQHLKDGTCGLVEVEKGVLPQLEQPYVFIKRSDARTAPHGHVMVELVAELEGIQYGRSGETLGVLVPHVGEIPVAYRKVLLRKNGNKGAGGHSYGADLKSFDLGDELGTDPYEDFQENWNTKHSSGVTRELMRELNGGAYTRYVDNNFCGPDGYPLECIKDLLARAGKASCTLSEQLDFIDTKRGVYCCREHEHEIAWYTERSEKSYELQTPFEIKLAKKFDTFNGECPNFVFPLNSIIKTIQPRVEKKKLDGFMGRIRSVYPVASPNECNQMCLSTLMKCDHCGETSWQTGDFVKATCEFCGTENLTKEGATTCGYLPQNAVVKIYCPACHNSEVGPEHSLAEYHNESGLKTILRKGGRTIAFGGCVFSYVGCHNKCAYWVPRASANIGCNHTGVVGEGSEGLNDNLLEILQKEKVNINIVGDFKLNEEIAIILASFSASTSAFVETVKGLDYKAFKQIVESCGNFKVTKGKAKKGAWNIGEQKSILSPLYAFASEAARVVRSIFSRTLETAQNSVRVLQKAAITILDGISQYSLRLIDAMMFTSDLATNNLVVMAYITGGVVQLTSQWLTNIFGTVYEKLKPVLDWLEEKFKEGVEFLRDGWEIVKFISTCACEIVGGQIVTCAKEIKESVQTFFKLVNKFLALCADSIIIGGAKLKALNLGETFVTHSKGLYRKCVKSREETGLLMPLKAPKEIIFLEGETLPTEVLTEEVVLKTGDLQPLEQPTSEAVEAPLVGTPVCINGLMLLEIKDTEKYCALAPNMMVTNNTFTLKGGAPTKVTFGDDTVIEVQGYKSVNITFELDERIDKVLNEKCSAYTVELGTEVNEFACVVADAVIKTLQPVSELLTPLGIDLDEWSMATYYLFDESGEFKLASHMYCSFYPPDEDEEEGDCEEEEFEPSTQYEYGTEDDYQGKPLEFGATSAALQPEEE

PEPTIDOS BLANCO PARA VACUNACIÓN

ASFSASTSAFVE TVKGLDYKAFKQIVES

CODIGO:P7096AA-2815

AWNIGEQKSILSPLYAFASE AARY

CODIGO: P7096AA:2416

TLQPVSELLTPLGIDL

CODIGO: P7096AA-1617

EEQEEDWLDDDSQQTVGQQDGSE

CODIGO: P7096AA-2318

TTIQTIVEVQPQLEMELTPYVQTIEVNSFSGY

CODIGO:P7096AA-3219

KYKPTVYYNAANVYLKHGGGVAGALNKATNNA

CODIGO:P7096AA-3220

SDDYIATNGPLKVGGSCVLS

CODIGO:P7096AA-2021

NKGEDIQL LKSAYENFNKHEVLLAPLLS

CODIGOP7096AA-2422

HSLRVCVDTVRTNVYLAVFDKNLYDKLVSSFL EMKS

CODIGO :P7096AA-3623

KQVEQKIAEIPKEEVKPFITESKPSEYQRKQD

CODIGO:P7096AA-3224

Membrane glycoprotein



Evolution method.1. Rzhetsky A. and Nei M. (1992). A simple method for estimating and testing minimum evolution trees. Molecular Biology and Evolution 9:945-967.2. Zuckerkandl E. and Pauling L. (1965). Evolutionary divergence and convergence in proteins. Edited in Evolving Genes and Proteins by V. Bryson and H.J. Vogel, pp. 97-166. Academic Press, New York.3. Nei M. and Kumar S. (2000). Molecular Evolution and Phylogenetics. Oxford University Press, New York.4. Saitou N. and Nei M. (1987). The neighbor-joining method: A new method for reconstructing phylogenetic trees. Molecular Biology and Evolution 4:406-425.5. Kumar S., Stecher G., Li M., Knyaz C., and Tamura K. (2018). MEGA X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across computingplatforms. Molecular Biology and Evolution 35:1547-1549.

• > YP_009724393.1 glicoproteína de membrana [coronavirus síndrome respiratorio agudo severo 2]

MADSNGTITVEELKKLLEQWNLVIGFLFLTWICLLQFAYANRNRFLYIIKLIFLWLLWPVTLACFVLAAVYRINWITGGIAIAMACLVGLMWLSYFIASFRLFARTRSMWSFNPETNILLNVPLHGTILTRPLLESELVIGAVILRGHLRIAGHHLGRCDIKDLPKEITVATSRTLSYYKLGASQRVAGDSGFAAYSRYRIGNYKLNTDHSSSSDNIALLVQ

Glycoprotein PEPTIDOS BLANCO PARA VACUNACIÓNPor tamaño

GFLFLTWICLLQFAYANRNRFLYIIKLIFLWLCODIGO:M222AA-32AA-TecNM-P3RINWITGGIAIAMACLCODIGO:M222AA:16AA-TecNM-P4TRPLLESELVIGAVILRGHLRIACODIGO:M222AA-16AA-TecNM-P5

La información de los 3 péptidos blancos de vacunación de membraneglycoprotein, no cruzan con el proteoma humanocompleto, además en su conjunto el proteoma completo de esta proteína del COVID-19, tampoco cruza con el proteoma humano completo.

Surface glycoprotein



Evolution method [1].1. Rzhetsky A. and Nei M. (1992). A simple method for estimating and testing minimum evolution trees. Molecular Biology and Evolution 9:945-967.2. Zuckerkandl E. and Pauling L. (1965). Evolutionary divergence and convergence in proteins. Edited in Evolving Genes and Proteins by V. Bryson and H.J. Vogel, pp. 97-166. Academic Press, New York.3. Nei M. and Kumar S. (2000). Molecular Evolution and Phylogenetics. Oxford University Press, New York.4. Saitou N. and Nei M. (1987). The neighbor-joining method: A new method for reconstructing phylogenetic trees. Molecular Biology and Evolution 4:406-425.5. Kumar S., Stecher G., Li M., Knyaz C., and Tamura K. (2018). MEGA X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across computingplatforms. Molecular Biology and Evolution 35:1547-1549.

• > YP_009724390.1 glucoproteína de superficie [coronavirus síndrome respiratorio agudo severo 2]

• MFVFLVLLPLVSSQCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQDVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGAEHVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTNSPRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKDFGGFNFSQILPDPSKPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNQNAQALNTLVKQLSSNFGAISSVLNDILSRLDKVEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFPQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCCKFDEDDSEPVLKGVKLHYT

Surface PEPTIDOS BLANCO PARA VACUNACIÓN

Por posición

QGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTP

CODIGO:S1200AA-2714-TecNM-6

LTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKY

CODIGO:S1200AA_3215-TecNM-7

TDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTS


DYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLC

CODIGO:S1200AA:2817-TecNM-9

FLPFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILD


VPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRA


YECDIPIGAGICASYQTQTNSPRRARSV


IAIPTNFTISVTTEILPVSMTKTSVDCT


YTSALLAGTITSGWTFGAGAALQIPFAM


GFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKG

CODIGO:S1200AA-23--TecNM-15

La información de los 10 péptidos blancos de vacunación de Surface glycoprotein, no cruzan con el proteoma humano, además en su conjunto el proteoma completode esta proteína del COVID-19, tampoco cruza con el proteoma completo humano.

PEPTIDOS BLANCO DE VACUNACIÓN.

• Sitios observados en las secuencias, que son conservados y sin sitios de glicosilación

• Numero de análisis sugeridos, 1200 secuencias de cada tipo proteico del genoma completo viral

• Se recomienda ampliar el análisis al llegar a las 1200 secuencias de las secuencias Surface glicoprotein, Membrane glicoprotein y Envelope

DISEÑO 1• Clonar la proteína Surface protein completa, para vacunación.

• Clonar la proteína glucoprotein membrane completa, para vacunación.

• Clonar la proteína envelope completa para vacunación.

Ventajas:

Solo se crean tres vectores para la producción de los péptidos usados para vacunación.

Se puede diseñar una inmunización epidérmica con cinta adhesiva.

Se puede diseñar inmunización vía oral

Se puede diseñar inmunización intramuscular.

Para el Diseño 1, ya existe un vector de expresión con la información de Surface protein completa, diseñado en 2003 y elaborado en 2004 en Alemania.

Diseño 2

• Crear un vector de clonación proteico para da uno de los 15 péptidos blanco de vacunación de COVID-19

Notas:

• Para el COVID-19, es importante la glucosa, ya que la pretina Surface glycoprotein y membrane glycoproetin, tienen en su conjunto, 30 adiciones de glucosa.

• Las personas con altos niveles de glucosa, no tendrán a esta molécula como factor limitante

• En Blast proteico, identificamos que la proteína Membraneglycoprotein cruza con:

Bronchitis virus, dolphin coronavirus, beluga whale coronavirus, duckcoravirus, turkey coronavirus, batcoronavirus, avian coronavirus

• Por lo que existe la posibilidad de que vacunas para la bronquitis y BCG, protejan contra el COVID-19 de manera parcial

https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.24.20042937v1.full.pdf+html

https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.24.20042937v1.full.pdf+html

• Identificamos que el grupo de personas mayores 45 años tienen 2.7 veces mayor proporción de muerte que los menores de 44 años

• Identificamos que los mayores de 47 años, en México no cuentan con la vacuna CBG y que las personas de entre 60 y 64 años, estuvieron expuestos a un brote de tuberculosis, siendo que al parecer tienen memoria inmunológica que los defiende ante este virus.

• Al ser el COVID-19 un RNA + virus, necesita de una proteína (enzima) de retrotrascripción, por lo que los medicamentos implicados en bloquear esta familia de enzimas, pueden ser probadas en el tratamiento de COVID-19

• La disminución en la oxigenación de los pacientes enfermos, disminuye el metabolismo en humanos, ocasionando una baja en las defensas inmunológicas, por lo que los enfermos, pueden presentar complicaciones por agentes patógenos oportunistas, ante la baja de las defensas

• Es importante estar al pendiente de cada paciente, ya que la mortalidad se puede deber a un agente extra al COVID-19

• Este virus puede estar presente en epitelios húmedos, incluyendo todo el tracto digestivo, prueba de ello es que se han encontrado partículas del COVID-19 en muestras fecales.

• Por lo que la propagación; oro, ano, mano boca, es un medio de

infección

Modelos matemáticos extremos

• 1. Total de muertes máxima 600, 000 muertes en aproximadamente 100 días (modelo exponencial) que ya no se acopla desde el día 39 (6 de abril de 2020) (variación del 10 respecto al modelo, al día 40, con una r2 de 98

• 2. Total de muertes máxima de 12,500 muertes en aproximadamente 365 días) (modelo en tres fases, con un punto de inflexión el día 14 abril)

• 3. Que todas las medidas implementas, sean funcionales y no se presenten mas muertos

• 4. Punto critico 5800 enfermos que pueden comenzar a saturar los servicios de salud.

Medidas preventivas ante el Covid-19

CoViD-19 Corona Virus Diciembre 2019 · 2020. 4. 25. · Title: CoViD-19 Corona Virus Diciembre 2019 Author: DIEGO EMILIANO JIMENEZ GONZALEZ Created Date: 4/25/2020 1:59:40 PM

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