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Cours N°2 Bactériologie 2010 1
IIII--CocciCocci à Gram positif à Gram positif
Famille Genre EspèceFamille Genre Espèce
Cours nCours n°° 22
NOMENCLATURE BACTÉRIENNENOMENCLATURE BACTÉRIENNE
FamilleFamille
MicrococcaceaeMicrococcaceae
EnterobacteriacaeEnterobacteriacae
GenreGenre
StaphylococcusStaphylococcus
SalmonellaSalmonella
espèceespèce
aureusaureus
entericaenterica
sérovarsérovar
TyphimuriumTyphimurium
Staphylococcus aureus
Nom vernaculaire = Staphylocoque doré
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IIII--A COCCI à GRAM POSITIFA COCCI à GRAM POSITIF
en amasen amas
CocciCocci groupés en amas ou grappegroupés en amas ou grappe
Autres espèces Autres espèces
==
Staphylocoques blancsStaphylocoques blancs
Staphylocoque à Staphylocoque à
coagulasecoagulase négativenégative
Staphylococcus aureusStaphylococcus aureus
Staphylocoque doréStaphylocoque doré
==
Staphylocoque à Staphylocoque à
coagulase positivecoagulase positive
GenreGenre :: StaphylococcusStaphylococcus
3
STAPHYLOCOCCUS AUREUSSTAPHYLOCOCCUS AUREUS
Colonies pigmentées
Coagulase positive (responsable du caillot
endoveineux)
Grappe de raisinGrappe de raisin
tétradetétrade
amasamas
a- Caractères bactériologiques..
Sphère 1µm, immobile,
non capsulé, non sporulé.
Groupements : amas, tétrade
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bb-- HABITAT du HABITAT du StaphylococcusStaphylococcus aureusaureus
Germe ubiquitaire (bonne résistance aux conditions d’oxydation, dessiccation…)
Chez l’homme :commensal, et animaux sang chaud
Portage rhino-pharyngé permanent ou intermittent 20-40% fosses nasales antérieures
Portage cutanée cuir chevelu, mains, périnée, zone humide
Portage intestinal
adultes/ 80% des nouveau-nés
Autres : 10% muqueuse vaginale
Facteurs de risques :
30-50% des sujets en milieu hospitalier,
Diabète, malnutrition …
5
LES INFECTIONSLES INFECTIONS
cc-- MODES DE TRANSMISSION MODES DE TRANSMISSION du du StaphylococcusStaphylococcus aureusaureus
1-Origine endogène
Directe : voie rhino-pharyngé : dissémination peau
du visage, mains
2-Origine exogène
Indirecte : mains, matériel, eau, air, aliments
Épidémies hospitalières :
–unités de soins intensifs –(SARM = Résistant à la méticilline)
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dd-- Physiopathologie Physiopathologie du du StaphylococcusStaphylococcus aureusaureus
i)i) infections suppuratives superficielles et profondesinfections suppuratives superficielles et profondes
Porte d’entrée : 1er foyer Porte d’entrée : 1er foyer Infections très fréquentesInfections très fréquentes
Incidence en ville 1,5 à 5%Incidence en ville 1,5 à 5%
Complications Complications --> Localisation secondaire > Localisation secondaire
os, cœur, poumons, rein, cerveau os, cœur, poumons, rein, cerveau
LL
SepticémieSepticémie
Infections Infections locoloco--
régionalesrégionales
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MANIFESTATIONS CLINIQUESMANIFESTATIONS CLINIQUES
Infections cutanées ou sous-cutanées - Furoncle, folliculite, panaris, - Abcès mammaires (1-3% des femmes allaitantes) - Impétigo non toxinique
Infections du nouveau-né et du nourrisson • Omphalite, périonyxis, pyodermite, abcès du
chevelu Infections des muqueuses - Otites, conjonctivites du Nouveau-né - Sphère génitale : cervicite, salpingite, abcès
pelvien
– Septicémie - Fréquente
- Redoutable : mortalité = 20-30%
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dd-- Physiopathologie Physiopathologie du du StaphylococcusStaphylococcus aureusaureus
ii) ii) infections non suppuratives d’origine infections non suppuratives d’origine toxiniquetoxinique
Porte d’entrée : 1er foyer ou site de colonisation
Syndrome cutanée
Choc toxique
Diffusion de toxines
Exfoliantines
TSST-1
Entérotoxines
Intoxication alimentaire
Ingestion de toxines préformées
Entérotoxines
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MANIFESTATIONS CLINIQUESMANIFESTATIONS CLINIQUES
• Syndromes cutanés (exfoliantine)
– Syndrome de la peau ébouillantée ou de Ritter ou
Staphylococcal Scalded Skin Syndrome (SSSS)
– Impétigo bulleux
– Scarlatine staphylococcique
• Choc toxique staphylococcique (toxine (TSST-1) et/ou entérotoxines
• Fièvre (39°C)
• Erythrodermie (desquamation)
• État de choc (hypotension, collapsus).
• Mortalité = 5-10 %
• Entéro-colite ulcéro-nécrosante, aujourd'hui très rare dans ses formes avérées moins de 1% au-dessous de 32 semaines,
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STAPHYLOCOQUES COAGULASE NEGATIVE ou les
Staphylocoques blancs
Staphylococcus epidermidis
= germe commensal / flore cutanée
Responsable d'infections opportunistes
• (porteurs de cathéters, ….)
- Produisent peu de toxines
- Slime +++ –> adhérence
Staphylococcus saprophyticus : cystite de la jeune femme (10%)
POUVOIR PATHOGENE
11
III.B COCCI à GRAM POSITIFIII.B COCCI à GRAM POSITIF
en chainetteen chainette
Fam. Streptococcaceae
Streptococcus pneumoniae
Streptococcus ß
hémolytiques
Genre :Streptococcus Genre : Enterococcus
Diplocoque capsulé
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i)i)-- CARACTERES BACTERIOLOGIQUESCARACTERES BACTERIOLOGIQUES Classification et critères d’identificationClassification et critères d’identification
HémolyseHémolyse sur les géloses au sang sur les géloses au sang
• ß hémolytique (totale)(totale)
•• alpha ou non hémolytique alpha ou non hémolytique
Classification des StreptocoquesClassification des Streptocoques
• ß hémolytique : : Classement en groupeClassement en groupe AA, , BB, C, F, G, C, F, G
•• alpha ou non hémolytiquealpha ou non hémolytique
••Commensaux Tube digestif Commensaux Tube digestif : :
Streptocoques et Streptocoques et EnterocoquesEnterocoques
•• CCommensaux oropharynxommensaux oropharynx
•• StreptococcusStreptococcus pneumoniaepneumoniae et et non groupablesnon groupables (ou (ou viridansviridans)) 13
ii)ii)-- Streptocoque du groupe A Streptocoque du groupe A
((StreptococcusStreptococcus pyogenespyogenes))
i) HABITAT
– Fragile
– Strictement humain
– 15-20% portage pharyngé (hiver, printemps),
> dans l’entourage d’enfants avec pharyngite
– plus rarement peau, ano-génital
– Conditions favorables : cavité utérine dans les
suites de couches
– CGP an chainette capsulé ß hémolytique,
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MANIFESTATIONS CLINIQUESMANIFESTATIONS CLINIQUES
11-- LesLes infectionsinfections cutanéocutanéo--muqueusesmuqueuses nonnon invasivesinvasives
>> 33 ansans
–– AnginesAngines érythématopultacéesérythématopultacées ouou érythémateuses+++érythémateuses+++
–– ScarlatineScarlatine (toxine(toxine érythrogèneérythrogène =>=> fièvre,fièvre, éruption,éruption, tachycardie)tachycardie)
–– ImpétigoImpétigo streptococciquestreptococcique (enfant(enfant--hygiènehygiène etet malnutrition)malnutrition)
–– SurinfectionSurinfection :: plaie,plaie, blessure,blessure, brûlurebrûlure
2- Infections invasives
•Érysipèle chez le nouveau-né ou personne
âgée ou affaiblie
–Cellulite, fasciite nécrosante, myosite
15
3- Infections maternelles Une des Causes majeures de mortalité au 19éme siècle
– Moitié du XIXe siècle 30% de décès par fièvre puerpérale
– 1847 P. Semmelweis : 1% de décès
• Vaginite,
• endométrite
Complications : salpingite, cellulite pelvienne, péritonite,
septicémie (fièvre puerpérale), choc septique
4- Infections du nouveau-né • Infection rare , mortalité 1/3
• Transmission verticale ou horizontale
• Ombilic, sang, LCR, naso-pharynx, yeux, oreilles et peau
MANIFESTATIONS CLINIQUESMANIFESTATIONS CLINIQUES
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MANIFESTATIONS CLINIQUESMANIFESTATIONS CLINIQUES
5- Complications inflammatoires retardées des infections des voies aériennes supérieures par le streptocoque bêta hémolytique du groupe A
– rhumatisme articulaire aigu (RAA) ou maladie de Bouillaud, atteintes cardiaque
– glomérulonéphrite aigüe (GN): survient chez l'enfant de 5 à 12 ans après 3 semaines
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iii)iii)-- Streptocoque du groupe B Streptocoque du groupe B
StreptococcusStreptococcus agalactiaeagalactiae
i) HABITAT
– Commensal du tube digestif
– Colonisation des voies génitales de la femme
• portage asymptomatique, transitoire ou chronique
• Taux variable : ethnie, âge <20 ans, MST, nombre de
partenaires
• Femme enceinte : 10-15% en Europe du Nord, 20-30% aux USA
• Un prélèvement vaginal et rectal
– 35-37 semaines -> prévoit dans 70% des cas le portage à l’accouchement.
Cocci à Gram positif diplo ou chaînette ß hémolytique
9 Sérotypes dont Ia, Ib, et III
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Pouvoir pathogènePouvoir pathogène
Le Streptocoque B est responsable de 30Le Streptocoque B est responsable de 30--50% 50%
des infections bactériennes néonatales.des infections bactériennes néonatales.
iiii--aa InfectionsInfections fœtalesfœtales
–– MortMort fœtalefœtale inin uteroutero (MFIU)(MFIU)
•• IncidenceIncidence :: 00..22 àà 00..33 pourpour millemille grossessesgrossesses
•• 2020%% desdes MFIUMFIU bactériennesbactériennes
19
iiii--bb LesLes infectionsinfections dudu nouveaunouveau--néné –– INNINN àà SGBSGB
–– FréquenceFréquence dede lala colonisationcolonisation
55--2020%% dede toustous lesles nouveaunouveau--nésnés
5050--7575 %% desdes nouveaunouveau--nésnés dede mèremère porteuseporteuse dede SGBSGB
11--22 %% desdes BBBB dede mèresmères coloniséescolonisées serontseront infectésinfectés..
ii) Pouvoir pathogèneii) Pouvoir pathogène Pouvoir pathogènePouvoir pathogène INN à SGBINN à SGB
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Origine de la colonisation
Avant in utero :
+++ voie ascendante Par le liquide amniotique
après rupture par inhalation
Voie hématogène (très rare)
Pendant la naissance Contact ou inhalation Aéro-digestive au passage de
la filière génitale
Après la naissance (post-natale) : transmission horizontale (hygiène)
Pouvoir pathogènePouvoir pathogène
INN à SGBINN à SGB
21
– Facteurs favorisants
• Importance quantitative de la
colonisation
• Chorioamniotite – symptômes :
Ruptures prématurées des membranes
et/ou prolongées,
menace d’accouchement précoce,
fièvre per ou postpartum
Pouvoir pathogènePouvoir pathogène INN à SGBINN à SGB
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• Incidence :
• 1-6 pour mille naissances
• 1-2 infections pour 100 mères colonisées.
• Infection précoce (24-48 heures) < 7 jours
– Septicémie et/ou pneumopathie, de plus en plus rarement méningite
(<10% des cas)
– Facteurs : prématurité (x15), bactériurie maternelle, intensité de la
colonisation maternelle et néonatale, grossesse multiple, chorio-
amniotite, DOO > 12-18H...
– Mortalité : 2-8% à terme, 25-30% avant 37 semaines
ii) Pouvoir pathogèneii) Pouvoir pathogène
INNINN Pouvoir pathogènePouvoir pathogène
INN à SGBINN à SGB
23
•• InfectionInfection tardivetardive
77èmeème jrjr etet lele plusplus souventsouvent avantavant 33 mois,mois,
jusqu’àjusqu’à 66--88 moismois dede vievie
–– MéningiteMéningite purulente,purulente, septicémiessepticémies
–– plusplus rarementrarement arthrites,arthrites, cellulites,cellulites, otites,otites, infectionsinfections
urinaires,urinaires, pulmonairespulmonaires +/+/-- associéesassociées..
–– MortalitéMortalité plusplus faiblefaible
–– séquellesséquelles neuroneuro--sensoriellessensorielles 1212 àà 5050%% postpost méningiteméningite
ii) Pouvoir pathogèneii) Pouvoir pathogène INNINN
Pouvoir pathogènePouvoir pathogène
INN à SGBINN à SGB
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ii-c Les infections maternelles périnatales
– 3% de bactériuries gravidiques (le plus souvent
asymptomatique)
– 30% de chorio-amniotites (incidence 3%)
– 20% endométrites post partum ou post-abortum, 20-25%
des bactériémies après césarienne
• Incidence des infections puerpérales à SGB : 2 pour mille
grossesses
• Facteurs de risque:
– Chorio-amniotite
– Endométrite : femme primipare, monitoring interne du fœtus
Pouvoir pathogènePouvoir pathogène
25
TRAITEMENT ET PREVENTIONTRAITEMENT ET PREVENTION
• Chez la femme enceinte : dépistage entre 34 et 38 semaines d’aménorrhée.
– Antibioprophylaxie en intra-partum (ß-lactamine (pénicilline ou
amoxicilline)
– en cas d’allergie, macrolide.
• Chez le nouveau-né :
– traitement IV ß-lactamine (amoxicilline), +/- gentamicine pendant 48 H
• Vaccin
– Aucun vaccin n’est aujourd’hui disponible
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En résumé, en prenant comme base un taux de
10% de prélèvement vaginal positif à l’accouchement,
sur 1000 grossesses :
– 100 PV+ à l’accouchement
– 50 nouveau-nés colonisés à la naissance • (+ les colonisations post-natales)
– 1 à 3 infections néonatales précoces • 0,1 à 0,2 décès avec infection précoce
– 0 à 1 infection tardive
27
iiiiiiii))-- STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE
(Pneumocoque)(Pneumocoque)
i) HABITATi) HABITAT
–– Oropharynx humain (germe commensal) et animalOropharynx humain (germe commensal) et animal
–– Portage génital Portage génital rare rare
–– Transmission interhumaine non épidémiqueTransmission interhumaine non épidémique
capsuleapsule
diplocoque
CocciCocci à Gram positif à Gram positif
diplocoque capsulé diplocoque capsulé
(ou chaînette)(ou chaînette) αα--hémolytiquehémolytique
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– Terrain
Ages extrêmes de la vie < 2 ans, >65 ans
Insuffisance respiratoire chronique,
Immunodépressions sévères (cancéreux, infection VIH)
splénectomie, aspléniques, drépanocytaires…
– Fréquence
125 000 cas de pneumonies soit 50% des pneumonies 10-60% de taux de mortalité
Pouvoir pathogènePouvoir pathogène
29
La virulence de ce germe est due à la capsule
1-. Infections des voies respiratoires
- pneumopathie franche lobaire aiguë
- otite moyenne aiguë de l'enfant (50%)
2- Complications
- septicémie -méningites +++
Pouvoir pathogènePouvoir pathogène
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• Infections néonatales
– 20% des septicémies
– 5,2% des méningites
– Origine : inhalation ou bactériémie maternelle
– RPM ou prématurité
– Mortalité élevée
Pouvoir pathogènePouvoir pathogène
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Infection Infection NNésNNés
à pneumocoqueà pneumocoque
• Portage vaginal : entre 0.03 et 0.75 %
• Infection maternelle rare , portage
asymptomatique
• < 1 pour 20 00 infections NNés par an
• Infection grave, mortalité 50%
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iiiii)- Enterococcus dont E. faecalis
i) HABITAT
Commensaux habituels de la flore digestive
Peuvent coloniser les voies urogénitales
ii) POUVOIR PATHOGENE
Faiblement virulent
infections urinaires +++
infections biliaires, intra-abdominales post-op
Infections néonatales
…
33
TRAITEMENTTRAITEMENT
Streptocoques
-Amoxicilline ou Ampicilline
- Erythromycine
Entérocoques:
+ résistants aux antibiotiques :
Peni G et Céphalosporines (Céfotaxime et
ceftriaxone) inefficaces
Sensible : Amoxicilline ou Ampicillline
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IIIIII--CocciCocci à Gram négatifà Gram négatif
Famille Genre EspèceFamille Genre Espèce
Cours nCours n°° 22
IIIIII-- COCCI à GRAM COCCI à GRAM NégatifNégatif
en grain de caféen grain de café
Famille NEISSERIACEAEFamille NEISSERIACEAE
Espèce : gonorrhoeae
ou gonocoque (IST)
Espèce : meningitidis
ou méningocoque
Genre Genre NeisseriaNeisseria pathogènespathogènes
Genre Neisseria
commensales
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NeisseriaNeisseria meningitidismeningitidis
–– HABITATHABITAT :: StrictementStrictement humainhumain
–– porteursporteurs sainssains (rhinopharynx)(rhinopharynx)
–– capsule polysaccharidiquecapsule polysaccharidique : : différents différents sérotypessérotypes : A, : A, BB, C, Y, W135 .., C, Y, W135 ..
CC-- Mode de transmissionMode de transmission
–– TransmissionTransmission interhumaineinterhumaine
•• fréquentefréquente (collectivités)(collectivités)
•• maismais manifestationsmanifestations cliniquescliniques raresrares (cas(cas sporadiques)sporadiques)
–– périodepériode hivernalehivernale etet printanièreprintanière
–– MaladieMaladie àà déclarationdéclaration obligatoireobligatoire (DASS)(DASS)
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Méningite à Neisseria meningitidis 500-600 cas / an en France 2/3 enfant < 5 ans
Rhinopharynx
portage
5-15%
Passage d’un
individu à l’autre
Cycle normal
maladie
« voie suicidaire »
Translocation dans le sang
septicémie méningite
Nécessité de
franchissement de
la BHE
Pouvoir pathogènePouvoir pathogène
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Facteurs de virulence de Facteurs de virulence de N. N. meningitidismeningitidis
Facteurs de Facteurs de colonisatiocolonisation n –– adhésion (portage) ?adhésion (portage) ?
Mécanisme de Mécanisme de translocationtranslocation vers le sang ??vers le sang ??
Facteurs participant à l’établissement de la bactériémieFacteurs participant à l’établissement de la bactériémie -- capsule polysaccharidiquecapsule polysaccharidique
inhibition de la phagocytoseinhibition de la phagocytose
protection contre l’activité bactéricide du sérumprotection contre l’activité bactéricide du sérum
-- récepteur de la transferrinerécepteur de la transferrine humainehumaine
Pouvoir pathogènePouvoir pathogène
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Manifestations cliniquesManifestations cliniques
• Agent de la méningite cérébro-spinale +++:
- Syndrome méningé + purpura pétéchial
• Méningococcémie + purpura fulminans
• (éruption cutanée très riche en bactérie).
- Endotoxine => choc souvent mortel
• Pathologies intermédiaires : otites,
conjonctivites, rhinopharyngites, arthrites,
infections génitales
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•• PrélèvementsPrélèvements ::
–– LCR,LCR, sang,sang, sécrétionssécrétions rhinorhino--pharyngées,pharyngées, lésionslésions
cutanéescutanées
–– AttentionAttention germegerme trèstrès fragilefragile,,
–– sensiblesensible auau froidfroid etet àà lala dessiccationdessiccation
(acheminement(acheminement urgent)urgent) àà 3737°°CC
Diagnostic bactériologiqueDiagnostic bactériologique
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TRAITEMENTTRAITEMENT
Méningite à Méningocoque
-Ceftriaxone ou céfotaxime Claforan
(Céphalosporines de 3ème Génération)
Urgence thérapeutique
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