BLOK LICENCJACKI GENETYCZNY - biol.uni.lodz.pl studenta/prezentacje_instytutow/blok... · 1-D, 2-D SDS-PAGE LC-MS/MS, MALDI TOF/TOF Protein identification using bioinformatic software

BLOK LICENCJACKI

GENETYCZNY

Blok licencjacki genetyczny

pozwala na uzyskanie szczegółowej wiedzy

z zakresu genetyki na poziomie komórkowym

i molekularnym

Jeśli chcesz wiedzieć: • w jaki sposób geny decydują o rozwoju

i funkcjonowaniu organizmów

• na czym polegają mutacje

• co leży u podłoża chorób genetycznych i nowotworowych

• jakie metody badawcze są wykorzystywane w genetyce

molekularnej, cytogenetyce

• co to są uszkodzenia DNA i jak sobie z nimi radzić

• jak wykorzystać dane z zakresu genetyki w biologii,

mikrobiologii, cytobiochemii

wybierz blok genetyczny

Gdzie można realizować prace

licencjackie?

• Katedra Genetyki Molekularnej (Instytut Biochemii)

• Katedra Cytobiochemii (Instytut Biochemii)

• Pracownia Cytogenetyki (Instytut Biologii Eksperymentalnej)

• Zakład Genetyki Drobnoustrojów (Instytut Mikrobiologii, Biotechnologii i Immunologii)

Do kogo należy się zgłaszać

w związku z realizacją pracy

licencjackiej?

• prof. dr hab. Wanda Małgorzata Krajewska Katedra Cytobiochemii

• prof. dr hab. Katarzyna Woźniak Katedra Genetyki Molekularnej

• dr hab. Renata Kontek prof. nadzw. UŁ Pracownia Cytogenetyki

• dr hab. Paweł Stączek prof. nadzw. UŁ Zakład Genetyki Drobnoustrojów

Krótki „przewodnik” po bloku

genetycznym

czyli:

czym zajmują się poszczególne

jednostki naukowe i jakie proponują

tematy prac licencjackich w roku

akademickim 2018/2019

Katedra Genetyki Molekularnej

• Relacje pomiędzy autofagią, starzeniem i reakcją komórki na uszkodzenia DNA

w nabłonku barwnikowym siatkówki

• Znaczenie modyfikacji epigenetycznych w reakcji komórki na uszkodzenia DNA

• Ekspresja genów szlaku BER w chorobie Alzheimera

• Zmienność genów naprawy DNA w chorobach depresyjnych

• Białka naprawy dwuniciowych pęknięć DNA jako cele dla spersonalizowanej terapii

przeciwnowotworowej opartej na syntetycznej letalności

• Genetyczne uwarunkowania chorób nowotworowych

• Identyfikacja mechanizmu uwrażliwiania komórek nowotworowych na leki

przeciwnowotworowe za pomocą inhibitorów naprawy DNA

Tematyka prac badawczych realizowanych

w Katedrze Genetyki Molekularnej:

Proponowane tematy prac licencjackich:

• Edytowanie genomów – narzędzie biologii molekularnej i medycyny

• Reakcja łańcuchowa polimerazy – nowe oblicza standardowej techniki

badawczej

• Sekwencjonowanie DNA – historia i nowoczesność

• Sekwencje mikrosatelitarne i ich wykorzystanie w medycynie

i sądownictwie

Proponowane tematy prac licencjackich:

Źródła grafiki: materiały Katedry Genetyki Molekularnej UŁ

• Klonowanie macierzystych komórek embrionalnych – problemy techniczne

i etyczne

• Proces naprawy DNA – Nobel w dziedzinie chemii w 2015 roku

• Długie niekodujące RNA

Katedra Cytobiochemii

Katedra Cytobiochemii pracownicy samodzielni:

prof. dr hab. Wanda Małgorzata Krajewska (kierownik Katedry)

prof. dr hab. Magdalena Bryś,

dr hab. Anna Krześlak, prof. nadzw. UŁ,

dr hab. Małgorzata Rogalińska, prof. nadzw. UŁ

TEMATY BADAWCZE:

• Zaburzenia sygnalizacji modulowanej przez receptory związane z białkami G

w procesie transformacji nowotworowej

• Znaczenie homeostazy wapniowej w powstawaniu i progresji nowotworów

• Epigenetyczna regulacja receptora androgenów w raku piersi

• Czynniki genetyczne wpływające na niepłodność mężczyzn

Katedra Cytobiochemii

TEMATY BADAWCZE:

• Rola białek Polycomb w regulacji ekspresji genów związanych

z transformacją nowotworową oraz procesem autofagii

• Znaczenie zaburzenia modyfikacji histonów w progresji nowotworów

• Wpływ zaburzeń O-glikozylacji białek mitochondrialnych na metabolizm komórek

nowotworowych

• Poszukiwanie nowych związków przeciwnowotworowych indukujących apoptozę

komórek białaczkowych

• Personalizacja terapii przewlekłej białaczki limfocytowej

MATERIAŁ

Nowotwory endometrium, jelita grubego, piersi, prostaty, tarczycy,

białaczka limfocytowa B-komórkowa

METODY

• Hodowle komórkowe, modele zwierzęce

• Real-Time PCR

• Western blotting

• ChiP (chromatin immunoprecipitation)

• interferencja RNA

• wektory plazmidowe do wyciszania lub nadekspresji genów

• obrazowanie immunofluorescencyjne

• sekwencjonowanie DNA

• testy oceniające przeżywalność, proliferację i zdolność komórek do migracji

Katedra Cytobiochemii

Planowane tematy prac licencjackich*

• Onkowirusy

• Wpływ nonylofenolu na proces nowotworzenia

• HPV a nowotwory głowy i szyi

• Długie niekodujące RNA i ich znaczenie w procesie nowotworzenia

• Witamina D i jej znaczenie

• Otyłość a nowotwory

* Istnieje możliwość realizowania innych prac z zakresu biologii molekularnej

i genetyki po uzgodnieniu tematu z opiekunem

Katedra Cytobiochemii

Pracownia Cytogenetyki

Pracownia Cytogenetyki

dr hab. Renata Kontek prof. nadzw. UŁ ([email protected];) – kierownik Pracowni

dr hab. Alina Błaszczyk prof. nadzw. UŁ ([email protected])

dr Beata Marciniak adiunkt ([email protected])

Tematyka badawcza:

• cytotoksyczność związków pochodzenia naturalnego (potencjalnych biofarmaceutyków)

oraz związków chemicznych syntetyzowanych de novo o charakterze przeciwnowotworowym

• ocena poziomu apoptozy i nekrozy w komórkach

• analiza stopnia proliferacji komórek (indeks mitotyczny) oraz przebiegu cyklu komórkowego

• genotoksyczność związków o potencjalnej aktywności przeciwnowotworowej

• poziom stresu oksydacyjnego

Materiał badawczy: • prawidłowe i nowotworowe komórki człowieka

Metody: hodowle komórkowe, test MTT, test komety (analiza uszkodzeń i naprawy DNA), cytometria

przepływowa (badanie apoptozy i cyklu komórkowego), podwójne barwienia fluorochromami,, metody fluorescencyjne pozwalające na analizę struktur komórkowych (np. mikrotubul i wrzeciona podziałowego), badanie poziomu stresu oksydacyjnego w komórkach, mikroskopia świetlna i fluorescencyjna

Pracownia Cytogenetyki

Tematy planowanych prac licencjackich w roku 2018/2019:

• Jak starzeją się komórki? (dr hab. R. Kontek prof. nadzw. UŁ)

• Test kometowy (comet assay) w analizie genotoksyczności (dr hab. R. Kontek prof. nadzw. UŁ)

• Chromosomy w jądrze interfazowym (dr hab. A. Błaszczyk prof. nadzw. UŁ)

• Nanocząstki węglowe w terapii chorób nowotworowych (dr hab. A. Błaszczyk prof. nadzw. UŁ)

• Substancje pochodzenia naturalnego w terapii przeciwnowotworowej (dr B. Marciniak)

• i inne w zależności od zainteresowań studenta

Zakład Genetyki Drobnoustrojów

dr hab. Paweł Stączek, prof. nadzw. UŁ - kierownik zakładu, dr Anita Ciesielska, dr Aleksandra Strzelczyk, dr Paulina Jęcz, mgr Adrian Soboń

• Oznaczanie aktywności biologicznej nowosyntetyzowanych związków (m.in. pochodnych tiosemikarbazydu, ferroceny, azirydyny) jako potencjalnych leków

antybakteryjnych

Pochodne tisemikarbazydu:

- Małocząsteczkowe związki (masa <400)

- Syntetyzowane w wyniku reakcji hydrazydu kwasu heterokarboksylowego z odpowiednim

izotiocyjanianem

- Siarkoorganiczne odpowiedniki semikarbazydów – hydrazydów kwasu karbaminowego (aminomocznika)

ogólny wzór tiosemikarbazydu

Wykazują właściwości: antybakteryjne, przeciwgrzybicze,

przeciwwirusowe, przeciwpasożytnicze, owadobójcze i chwastobójcze,

przeciwnowotworowe, przeciwzapalne, antydepresyjne

Zakład Genetyki Drobnoustrojów

Zakład Genetyki Drobnoustrojów

• Analiza ekspresji genów patogenności chorobotwórczych grzybów skórnych

(dermatofitów) w odpowiedzi na czynniki środowiskowe charakterystyczne dla

fazy zakażenia

• komputerowe analizy genomów

dermatofitów

Trichophyton

Microsporum

Epidermophyton

• pomiar ekspresji wybranych

genów, w tym transporterów leków

z rodziny białek ABC, przy

zastosowaniu technik

qPCR oraz RNAseq

• porównawcza analiza proteomu

dermatofitów hodowanych

w obecności zmiennych parametrów

środowiskowych

Proteomic analysis

Sample preparation

1-D, 2-D SDS-PAGE

LC-MS/MS, MALDI TOF/TOF

Protein identification using bioinformatic software

(eg. Mascot)

Analysis of changes in protein profile

PCA- principal component

analysis

Transcriptomic analysis

RNA libraries preparation

Data processing (clean reads)

sequencing (total reads)

gene assembly

analysis of changes in

gene expression

analysis of contigs, transcript

annotation, etc.

newly discovered

genes

Tematyka prac licencjackich dla bloku genetycznego:

• Ewolucja genów oporności

• Rola integronów w lekooporności u bakterii

• Nowe metody odkrywania antybiotyków (genomika, transkryptomika,

metabolomika)

• Małe cząsteczki RNA biorące udział w regulacji ekspresji genów

• Topoizomerazy jako cele molekularne dla leków przeciwbakteryjnych

i przeciwnowotworowych

• Bakteryjna regulacja ekspresji genów

• Plazmidy jako wielofunkcyjne narzędzia w biologii bakterii

Studentów pragnących poszerzyć swoje

zainteresowania genetyką zapraszamy

do: Sekcji Genetycznej

Studenckiego Koła Naukowego Biologów (opiekun dr Ewelina Synowiec)

Sekcji Cytogenetycznej

Studenckiego Koła Naukowego Biologów (opiekun dr hab. Alina Błaszczyk, prof. nadzw. UŁ)

Zapraszamy