Association between SNPs in cancer SNP Panel ... Juthamat...Association between SNPs in cancer SNP Panel, environmental risk factor and cancer in Thailand : case – control study

Association between SNPs in cancer SNP Panel,

environmental risk factor and cancer in Thailand environmental risk factor and cancer in Thailand

: case – control study

Researcher : นางสาวจุฑามาศ คุณธรรม

Advisor : ดร.ทพ. สทธิ เจริญพิทักษ.Advisor : ดร.ทพ. สทุธ เจรญพทกษ.

Coadvisor : รศ.นพ. ธันยชัย สุระ

นพ. จกัรกฤษณ เอือ้สนุทรวัฒนา

พญ ณฐินี จินาวัฒนพญ. ณฐน จนาวฒน

1

The leading causes of NCD deaths in 2008

causes of death estimate percent

cardiovascular diseases 17 million 48

cancers 7.6 million 21

respiratory diseases 4.2 million 12

diabetes 1.3 million 3.7

causes another 5.9 millon 15.3

*** i di i l di h d h i b i l di

2

***respiratory diseases, including asthma and chronic obstructive pulmonary disease

ที่มา : WHO

Risk factor of common cancers [Preetha Anand และคณะ, 2008]

3

คําถามการวิจัยคาถามการวจยSNPs ชนิดใดบางใน CA SNP Panel ที่มีความสัมพันธตอ

การเกดิโรคมะเร็งในประชากรไทย

4

ั ป ิ ัวตถุประสงคการวิจย

ึ ั ั (ใ )ศึกษาความสมพนธระหวาง SNPs (ใน CA SNP Panel)

กับการเกิดโรคมะเร็งชนิดตางๆ

ศึกษา interaction ระหวาง SNPs แตละตัว กับการเกิด

โ ็ ิ โรคมะเร็งชนิดตางๆ

หา heritability ในผปวยโรคมะเร็งหา heritability ในผูปวยโรคมะเรง

่

5

***heritability หมายถึง สัดสวนความผันแปรของพนัธุกรรมตอความผันแปรของลักษณะที่ปรากฏ

B d Chi Bead Chip

แผน silicaที่ code ดวย primer ที่มีความจําเพาะกับบริเวณของ SNP ที่ตองการศึกษาตองการศกษา

6

ี ิ ี ิ ัระเบียบวิธีวิจัยป ไ ั ํTarget Population : ประชากรคนไทยวัยทํางาน

Sample Population : ประชากรใน EGAT study (EGAT 1, EGAT 2)

Case

- ประชากร EGAT study ตอบแบบสอบถามวา

Control

- ประชากร EGAT study ตอบแบบสอบถามวาไม

Inclusion

เปนโรคมะเร็งหรือมีประวัติไปรักษาดวย

โรคมะเร็งหรือมีสาเหตุการตายจากโรคมะเร็ง

- เลือดของกลุมตัวอยางสามารถหา DNA ได

เปนโรคมะเร็งหรือไมมีประวัติไปรักษาดวย

โรคมะเร็งหรือไมมีสาเหตุการตายจากโรคมะเร็ง

- เลือดของกลุมตัวอยางมสีามารถหา DNA ไดุ

- OD : 1.8 ± 0.2

- run gel : ≥ 10 kb

ุ

- OD : 1.8 ± 0.2

- run Gel : ≥ 10 kb

7Bead Chip อานผลได

8

Characteristic Case (n=86) Control (n=1,213) P-valueAge Median=44.50 Median=44.00 0.14

SD = 0.54 SD = 0.16

SexMale 51 (59.3%) 822 (72.9%)

Characteristic Case (n=86)

Control (n=1,213)

P-value( ) ( )

Age Median=44.50SD = 0.54

Median=44.00SD = 0.16

0.14

T bTobacco useNoYes

36 (41.9%)46 (53.5%)

567 (50.3%)524 (46.5%)

0.001

Alcohol useNoYes

36 (41.9%)48 (55.8%)

334 (29.6)760(67.4%)

0.13

ExerciseNo 14 (16.3%) 239 (21.2%) 0.31Yes

( )69 (80.2%)

( )855 (75.9%)

BMI

Result- AHR (rs2066853)

- CCNH (rs2266690)

- CASP3 (rs2266690)

Common cancers-Sex

Gene- IL10RA (rs9610)

Sex

-Age

-Socio economicSocio economic

-Diet

-BMIBMI

-Exercise

-Alcohol use

Environment

11

Alcohol use

-Tobacco use

12