Amino Acids (아미노산) - gsnu.ac.krbio.gsnu.ac.kr/lecture/bi/bi_prot_str/AminoAcids.pdf · 2005. 12. 5. · Amino Acid Codon Codon: 3 DNA bases (A, T, C, G) to recognize amino

생물정보학 강의경상대학교 생화학과 생물정보학 연구실Bioinformatics Lab http://bio.gsnu.ac.kr

Amino Acids (아미노산)

Bioinformatics Lecture By Prof. Keun Woo Lee


What is Protein?

-Origin: Proteios, originated from a Greek god.

(important, principal ‘중요한’, ‘근원의’)


History of Amino Acids

-1811년 베르똘레 난백물질이 탄수화물 및 지방과는 달리 C, H, O 이외에16%의 N이 함유된점 확인.

-1820년 브라코네1) 젤라틴가열하여 달콤한 백색결정 얻음

�Gly (그리스어 glykys, 달콤한)2) 단맛없는 백색결정�Leu (그리스어 leukos, 백색)

-1846년 폰 리비히 응고된 우유 �Tyr (그리스어 tyros, 치즈)

-1806년 Asn 발견-1810년 비둘기 결석 �Cys (그리스어 kystis, 방광)

약 90년 동안 20 AA 발견됨.

-1986년 21st AA: Selenocysteins=Sec=U-2002년 22nd AA: Pyrrolysine


Molecular

Structure of

Amino Acids

21st 22nd


Basic Properties of Amino Acids


Basic Properties of Amino Acids

-Average Mol. Mass (평균분자량): 138 / 128 / 110 ?138: 20개 산술평균128: 단백질내 빈도수 고려된 평균110: peptide bond 형성후 물분자 빠진 형태의 평균

-All optical isomer (except Gly)= Enantiomer:L- and D- type exist. Most AAs are in L- type. (cf. D-Ala in bacterial wall)

-Zwitterion (양쪽성이온) form in water.


AA-AA Binding using Polypeptide bond

Peptide Bond Formation

Disulfide Bond (Bridge) by Cysteine, Cys


Amino Acid

Codon

Codon: 3 DNA bases

(A, T, C, G) to recognize

amino acids

4 X 4 X 4 = 64 개 가능그러나 중복코돈이 많음


Codon Usage (코돈선호도)“일반적으로, 생물종에 따라 아미노산을 결정하는 코돈이용 빈도수가 다르다.”

Codon Usage DB: http://www.kazusa.or.jp/codon


Peptide Bond Break

Achieved by chemicals or enzymes (화학적 혹은 효소적 방법으로 절단가능)

-효소적절단(break by enzyme): 위치 특이적 (site specific)a. Endopeptidase (내절단효소): 사슬중간 절단b. Exopeptidase (외절단효소): 사슬 양 말단 절단

-CNBr에 의한 화학적 특이절단법: Met 부위를 절단한다.



Trypsin 과 CNBr을 함께 사용한 예


Amino Acids (아미노산) - gsnu.ac.krbio.gsnu.ac.kr/lecture/bi/bi_prot_str/AminoAcids.pdf · 2005. 12. 5. · Amino Acid Codon Codon: 3 DNA bases (A, T, C, G) to recognize amino

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