Amber: Hem program paketinin adı, hem bir dizi kuvvet alanının adı Kuvvet alanlarının parametreleri farklı Amber kuvvet alanları minimal kuvvet alanlarıdır: Bond stretching Angle bending Torsion Electrostatic van der Waals E= Σk AB (r-r 0 ) 2 /2 +Σk ABC (θ-θ 0 ) 2 /2 +ΣV n (1+cos(nω- γ))/2 +Σ4ε AB ((σ/r) 12 -(σ/r) 6 ) + Σq 1 q 2 /(4πε 0 r) 1-2, 1-3 elektrostatik ve vdW terimleri hesaplanmaz 1-4 elektrostatiklerin %80’i, 1-4 vdW’lerin
11
Embed
Amber: Hem program paketinin adı, hem bir dizi kuvvet alanının adı
Amber: Hem program paketinin adı, hem bir dizi kuvvet alanının adı Kuvvet alanlarının parametreleri farklı Amber kuvvet alanları minimal kuvvet alanlarıdır: Bond stretching Angle bending Torsion Electrostatic van der Waals - PowerPoint PPT Presentation
Welcome message from author
This document is posted to help you gain knowledge. Please leave a comment to let me know what you think about it! Share it to your friends and learn new things together.
Transcript
Amber: Hem program paketinin adı, hem bir dizi kuvvet alanının adı
Kuvvet alanlarının parametreleri farklı
Amber kuvvet alanları minimal kuvvet alanlarıdır:Bond stretchingAngle bendingTorsionElectrostaticvan der Waals
Kovalent bağ kırılamaz, yeni kovalent bağ oluşturulamaz.
Atom Tipleri
Aynı atom farklı çevreye ya da bağ yapısına sahip olduğunda etkileşimlerini ifade etmek için farklı parametreler gerekir.
Bu yüzden atom tipleri tanımlanır.
Her atom tipi çifti, üçlüsü ya da dörtlüsü için ayrı parametre tanımlanır.
Transferability:
Farklı moleküllerde ya da aynı molekül üzerinde farklı yerlerde aynı atom tipleri için aynı parametreler kullanılır (elektrostatik parametreleri hariç)
Önerilen Kuvvet Alanları:
ff99SB
ff99bsc0
ff03
Periyodik solvent kutusu
Sonsuz sayıda solvent molekülünün etkisini hesaba katar.
Tüm kutular merkez kutunun kopyasıdır.
Enerjiler, hızlar vs... yalnızca merkez kutu için hesaplanır.
Yüzey etkilerinden kurtulmayı sağlar.
Komşu kutulardaki çözünenlerin etkileşmemesi için yeterince büyük kutu gerekir.
Truncated octahedron en uygun kutu şekli
Elektrostatik ve van der Waals etkileşimleri
Periyodik kutu yüzünden sonsuz sayıda etkileşim
Cut off sonrası vdW’lar ihmal edilir.
Particle Mesh Ewald (PME)
PME kullanılmazsa cut off sonrası elektrostatikler de ihmal edilir.
PME kullanılırsa cut off sonrası elektrostatikler yaklaşık hesaba katılır.
PME varsa 9 Å cut off uygun, yoksa olabildiğince büyük alınmalı.
3 Aşama:
1)Başlangıç dosyalarının oluşturulması (tleap)
2)Minimizasyon ve simülasyon yoluyla veri üretimi (sander, pmemd)
3)Sonuçların analizi (ptraj)
Minimizasyon:
Başlangıç geometrisindeki steric clash’lerden kurtulmak için yapılır