หัวข้อบรรยาย
หวขอบรรยาย
ขนตอนการวเคราะหคา EBV
Pedigree
Data fileh2, correlations
คา EBV ของแตละลกษณะ
Variance componentSAS
การประเมนพนธกรรมสตวดวย BLUP
ขอจ ากดจากการวเคราะหดวย SAS : ตองวเคราะหองคประกอบความแปรปรวน และพารามเตอรทางพนธกรรม เชน
อตราพนธกรรม สหสมพนธทางพนธกรรม จากโปรแกรมเฉพาะอนๆ กอน (Pest, VEC) แลวจงน ามาเพมในไฟลค าสง
Pest, VEC
Asreml
ดชน (index) จากหลายลกษณะรวมเปนคาเดยว
คา EBV ของแตละลกษณะ
การประเมนพนธกรรมสตวดวย BLUP
Multivariate animal model
การเตรยมขอมลในการ RunInput file ทใชในการ Run ขอมลประกอบดวย 4 ไฟล ดงน
1. ไฟลพนธประวต pedpt.csv2. ไฟลขอมล PT52_inb.csv3. ไฟลค าสง PT_inb.as4. ไฟลค าสง PT_inb.pin ได output file เปน
PT_inb.pvc
การประเมนพนธกรรมสตวดวย BLUP
Multivariate animal model
Pedigree file : pedpt.csv
ไฟลค าสง PT_inb.as เขยนในโปรแกรม notepad
โครงสรางเรยงตาม data file pt52_inb.csv
pedigree file : pedpt.csv และ data file pt52_inb.csv
ลกษณะท าการวเคราะหม 4 ลกษณะ ไดแก FCR, ADG, BFX, LEA1X
ท าการประเมนอทธพลคงท ไดแก SEX, INTWT, FIWT ท าการประมาณอทธพลสมแบบบวกสะสม
โครงสรางของ variances และ co variances ของ residual ทง 4 ลกษณะ
โครงสรางของ variances และ co variances ของอทธพลแบบบวกสะสม ทง 4 ลกษณะ
การใชโปรแกรมผาน window interface
การใชโปรแกรมผาน window interface ไฟลค าสง PT_inb.pin
ไดไฟลผลลพธนามสกล PT_inb. PVCค านวณ คา H, Correlations พรอมคา SE
2
สาธตการใชโปรแกรม
การประเมนพนธกรรมสตวดวย BLUP
Multivariate animal model
output file ทไดจากการ Run ประกอบดวย 3 ไฟลทส าคญ ดงน1. ไฟล PT_inb.asr2. ไฟล PT_inb.pvc3. ไฟล PT_inb.sln
การประเมนพนธกรรมสตวดวย BLUP
Multivariate animal model
ไฟลผลลพธ PT_inb. asrแสดงคา LogL, Variance ของ Residual,Additive gene
การประเมนพนธกรรมสตวดวย BLUP
Multivariate animal model
ไฟลผลลพธ PT_inb. asrแสดงคา Covariance, Correlation Matrix
ไฟล PT_inb.pvc
h + SE2
Genetic correlation + SE
Residual correlation + SE
การประเมนพนธกรรมสตวดวย BLUP
Multivariate animal model
การประเมนพนธกรรมสตวดวย BLUP
Multivariate animal model
ไฟลผลลพธ PT_inb. SLNFixed effects HYS
การประเมนพนธกรรมสตวดวย BLUP
Multivariate animal model
ไฟลผลลพธ PT_inb. SLNแสดงคา EBV และ SE ของTrait ท 1 (FCR)
การประเมนพนธกรรมสตวดวย BLUP
Multivariate animal model
ไฟลผลลพธ PT_inb. SLNแสดงคา EBV และ SE ของTrait ท 2 (ADG)
การประเมนพนธกรรมสตวดวย BLUP
Multivariate animal model
ไฟลผลลพธ PT_inb. SLNแสดงคา EBV และ SE ของTrait ท 3 (BFX)
การประเมนพนธกรรมสตวดวย BLUP
Multivariate animal model
ไฟลผลลพธ PT_inb. SLNแสดงคา EBV และ SE ของTrait ท 4 (LEA1X)
ACC = 1- SE Va
Va1_FCR = 0.03Va2_ADG = 4024Va3_BFX = 0.05Va4_LEA1 = 2.63
การค านวณคาความแมนย าของแตลกษณะ
2
การประเมนพนธกรรมสตวดวย BLUP
Multivariate animal model
ตวอยาง :
ID Trait EBV SE ACC (%)
RC5U2005 FCR -0.08 0.13 97.3CH5V2287 BFX 0.019 0.06 94.4
ACC = 1- (0.13)0.036
2
ACC = 1- (0.06)0.05
2
การประเมนพนธกรรมสตวดวย BLUP
Multivariate animal model
การประเมนพนธกรรมสตวดวย BLUP
Multivariate animal model
คา EBV ทวเคราะหไดจะน ามาใชประโยชนในการคดเลอก อยางไรกตามการคดเลอกเพอใหบรรลวตถประสงคตองมการคดเลอกจากหลาย
ลกษณะ (multi-trait selection) นยมก าหนดวตถประสงคการปรบปรงพนธ จากผลรวมของคาพนธกรรมทตองการ
คดเลอกนนๆ ถวงดวยคาเศรษฐกจ เรยกวา คาพนธกรรมถวงคาเศรษฐกจรวม (aggregate genotype) ซงมรปสมการเปน :
H = v1EBV1+ v2EBV2+ v3EBV3 +……….. vmEBVm
เมอ H = คาพนธกรรมถวงคาเศรษฐกจรวม v = คาทางเศรษฐกจของลกษณะ (economic value or economic weight)EBV = คาผสมพนธทไดจากการวเคราะห
การประเมนพนธกรรมสตวดวย BLUP
Aggregate genotype
คาทางเศรษฐกจ เปนคาการใหน าหนกคาพนธกรรมของสตววาควรเนนหรอใหความส าคญรวมถงทศทางในการปรบปรงแตละลกษณะใหเปนไปในแนวทางอยางไร
เกยวของกบความคมคาของการสรางแผนการปรบปรงพนธตามวตถประสงคทก าหนด รวมถงการตอบสนองการคดเลอก
- คาสงจะถกปรบปรงไดเรวกวาคาทใหความส าคญทางเศรษฐกจต ากวา- คาลบ การคดเลอกใหลกษณะมคาลดลงจะชวยเพมคาเศรษฐกจ เชน BF,
FCR
การประเมนพนธกรรมสตวดวย BLUP
Aggregate genotype
1. การก าหนดคาถวงสมพทธอยางงาย
Index = c1EBV1+ c2EBV2+ c3EBV3 +………..
∑ ci = 1 หรอ ∑ ci = 100
ไมเกยวของกบคาเศรษฐกจโดยตรง จงนยมเรยกวาคาถวงสมพทธ ท าไดโดย
ก าหนดคาสมประสทธของแตละลกษณะมน าหนกตามความส าคญในรปของสดสวน
- ใชไดดกบลกษณะทมสเกลหนวยวดเดยวกน เชน การประเมนดชนเตานม
UDC = 0.30EBV1+ 0.16EBV2+ 0.16EBV3 + 0.16EBV4+ 0.12EBV5+ 0.10EBV6
การประเมนพนธกรรมสตวดวย BLUP
การค านวณคาเศรษฐกจ
2. การหาอนพนธของน าหนกเศรษฐกจจากสมการผลก าไร
- น าหนกเศรษฐกจของลกษณะหนงๆ หมายถง อตราการเปลยนแปลงในผล
ก าไร เมอลกษณะนนไดรบการปรบปรงโดยจดใหลกษณะอนๆ ทเหลอไมมการ
เปลยนแปลง
- สามารถประเมนน าหนกเศรษฐกจของแตละลกษณะไดโดยตรงจาก
production model หรอค านวณจากการหา first derivation ของ profit function
การประเมนพนธกรรมสตวดวย BLUP
การค านวณคาเศรษฐกจ
Example:
Sire Index = 0.02*EBVADG - 96.36* EBVFCR - 3.62*EBVBF
Dam Index = 17.7*EBVNBA + 0.02*EBVADG - 79.9*EBVFCR -3.0*EBVBF
การประเมนพนธกรรมสตวดวย BLUP
Aggregate genotype
การประเมนพนธกรรมสตวดวย BLUP
Index for selection
Selection and Matingการคดเลอกสตวเปนพอแมพนธจากคา EBV
- พอแมพนธทมคาการผสมพนธทสงกวาคาเฉลย เมอผสมพนธกนแลวจะท าใหเกดผลตอบสนองจากการคดเลอกในรนลกสงขน
Selection and Matingจากสตร
Ryr = is + if คาอตราพนธกรรม * คาเบยงเบนมาตรฐานls + lf
Ryr = ผลตอบสนองจากการคดเลอกตอป is = ความเขมขนในการคดเลอกพอพนธ
if = ความเขมขนในการคดเลอกแมพนธls = อายเฉลยของพอพนธเมอใหลกlf = อายเฉลยของแมพนธเมอใหลก
Selection and Mating
สดสวนคดเลอกไว ความเขมขนในการคดเลอก
0.001 3.4
0.005 2.9
0.01 2.7
0.05 2.1
0.10 1.8
0.15 1.6
0.20 1.4
0.60 0.6
0.70 0.5
Selection and MatingE.g. ในแกะฝงหนงมแมพนธ 1,000 ตว และมพอพนธ 20 ตว มอายตามตาราง ใชพอพนธผสม 2 ป และแมพนธ 6 ป แมพนธใหลกตวแรกอาย 2 ป ใชพอ 1 ตว ผสมกบแม 50 ตว คาอตราพนธกรรมของน าหนกขน = 0.3 ความเบยงเบนมาตรฐาน = 0.4 กก. อตราการหยานม = 80%
อาย 2 3 4 5 6 7 รวม
พอพนธ 12 8 20
แมพนธ 250 200 180 150 120 100 1000
Selection and Mating- อายเฉลยของพอพนธเมอใหลก = ((12*2) +(8*3)/(12+8) = 2.4 ป- อายเฉลยของแมพนธเมอใหลก = ((250*2) +(200*3)+(180+4) + (150*5) +
(120*6) + (100*7) /1000 = 3.99 ป- แมพนธ 1,000 ตว ใหลก 80% = 800 ตวตอป เพศผ 400 ตว เพศเมย 400 ตว- สดสวนคดเลอกไวเปนพอพนธ ปละ 12 ตว จาก 400 ตว = 12/400 = 0.03
คา p ท 0.03 จะไดคา is = 2.268- สดสวนคดเลอกไวเปนแมพนธ ปละ 250 ตว จาก 800 ตว = 250/400 = 0.625
คา p ท 0.625 จะไดคา if = 0.607
Selection and Matingจากสตร
Ryr = is + if * คาอตราพนธกรรม * คาเบยงเบนมาตรฐานls + lf
Ryr = 2.268 + 0.607 * 0.3 * 0.42.4+ 3.99
Ryr = 0.054 กก.ป