A5-ADS_DNA-barcode-for-Indonesian-Marine-Biodiversity

DNA BARCODES FOR INDONESIAN MARINE BIODIVERSITY:

CURRENT APPLICATION, IMPORTANCE, AND CHALLENGES

Adriani SUNUDDIN ITK-FPIK, Institut Pertanian Bogor

Irma Shita ARLYZAPuslit Osenografi, LIPI

disampaikan pada

Conference on Biodiversity Informatics in Indonesia

Depok, 15 September 2011

E-mails= [email protected]; [email protected]

Twit/YM-ID= @enam279

Mobile= +62811 1170649

ADA BERAPA (JUTA) SPESIES DI BUMI INI?

HOW MANY SPECIES ARE THERE ON EARTH?

DNA barcode / Kode batang DNA• Novel tool untuk mengidentifikasi makhluk hidup sampai

pada tingkat spesies menggunakan marka genetika yang identik dan spesifik.

• Marka genetika untuk hewan berasal dari mitokondria, CO1 (cytochrome c oxydase-1) dengan panjang sekuens ~ 648 pb.

• Marka genetika untuk tumbuhan diperoleh dari plastid , rbcL (ribulose-biphosphate carboxylase) dan matK(maturaseK) dengan panjang sekuens ~500 bp dan ~700 bp

• Kajian yang semakin berkembang pesat sejak tahun 2004, seiring pesatnya kemajuan di bidang teknologi sekuensingDNA dan jejaring internet.

Platform manajemen & analisis data, jejaring antar praktisi

http://www.barcoding.si.edu/http://www.boldsystems.org/ http://connect.barcodeoflife.net

Hajibabaei et al. 2007

APLIKASI KODE BATANG DNA DALAM IDENTIFIKASI SUMBERDAYA HAYATI LAUT

Kajian 2008-2010

Konfirmasi hasilidentifikasi lapangan

T squamosa Pamegaran

T Crocea P1000 GB

T maxima Pamegaran

T crocea Kaliage Kecil

T Crocea Sp GB

T Crocea GB

T derasa Kaliage Kecil

T crocea Karang Congkak

T Crocea TSD GB

T crocea Gosong Pramuka

T Gigas GB

T maxima Sp GB

T maxima Tgn GB

T maxima Biak GB

T maxima Kaliage Kecil

T maxima Pdg GB

T gigas Kaliage Kecil

T squamosa Kaliage Kecil

T maxima P1000 GB

Filogeni Tridacna dari Kepulauan Seribu dan data GeneBank; model Kimura2-parameter (Bootstrap 1000), UPGMA

Sunuddin et al., unpublished data

Identifikasispesies kriptik

H discus discus(1)

H discus hannai(1)

H discus hannai(2)

H discus discus(3)

H discus discus(2)

H discus hannai(3)

Haliotis asinina(43) Karang Congkak

Haliotis asinina(61) Gosong Pramuka

Haliotis asinina(22) Kaliage Kecil

Haliotis asinina(23) Kaliage Kecil

Haliotis squamata(64) Gosong Pramuka

Filogeni Haliotis dari Kepulauan Seribu dan data GeneBank; model Kimura2-parameter (Bootstrap 1000), UPGMA

Haliotis asinina

Haliotis squamata

Sunuddin et al., unpublished data

Identifikasi stok C. undulatus Panggang ID5

C. undulatus South China Sea (FJ237973)

C. undulatus Harapan island5

C. undulatus Kelapa island1

C. undulatus Kongsi-Pari island1

C. undulatus Queenland (EF609322)

C. undulatus South China Sea (EU595072)

C. undulatus Panggang island N1

L. johnii South China Sea (EU600120)

L. johnii South China Sea (EU600121)

Filogeni Cheilinus undulatus dari Kepulauan Seribu dan data GeneBank; model Kimura2-parameter (Bootstrap 1000), UPGMA

Sunuddin et al. 2010, in press

URGENSI APLIKASI KODE BATANG DNA TERHADAP KEANEKARAGAMAN HAYATI LAUT

1. IDENTIFIKASI SPESIES– Morfologi - Spesimen yang tidak lengkap

– Biogeografi - Spesies kriptik

– Diet/Fecal based

2. BASIS DATA BIODIVERSITAS LAUT YG SAHIH

3. STOK/STRUKTUR POPULASI SPESIES

4. PENGAWASAN PERDAGANGAN SPESIES HIDUP/LANGKA

5. PENGAWASAN PRODUK MAKANAN LAUT

6. PENGAMANAN BIOLOGIS TERHADAP SPESIES ASING DAN/ATAU INVASIF

TANTANGAN• Perlu basis data keanekaragaman hayati yang

komprehensif dan terorganisasi baik, yang melibatkan khalayak (contoh: WoRMS, Census of Marine Life, BOLD, FishBase) dan terintegrasi dengan pustaka kode batang DNA (Valentini etal. 08; Feral 02)

• Barcoding sumberdaya hayati mikroskopis (Frezal & Leblois 2009)

• Ukuran sampel? (Zhang etal. 2009)

• Mempopulerkan kajian kode batang DNA

• Mem-bangun/perkuat jejaring peneliti/praktisi yang pedulikonservasi keanekaragaman hayati dan berminatmengaplikasikan kode batang DNA di nusantara.

New Prediction of Species Diversity on Earth

WHAT CAN WE DO TO INDONESIANBIODIVERSITY?