02 V Taller Modulo 2 Jul2016 - UV

10/07/2016

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MODULO 2

TALLER DE MICROBIOLOGIA CLINICA Servicio de Microbiología Clínica

Dr. Juan J Camarena MiñanaServicio de Microbiología

Hospital Universitario Dr. Peset

Taller de Microbiología clínica Modulo 2

Infecciones de tracto respiratorioInfecciones sistémicas- hemocultivos

Infecciones del sistema nervioso centralInfecciones de heridas y líquidos estériles

Infecciones por micobacterias

1.- Infecciones de tractorespiratorio inferior

Planteamientos diagnósticos en neumonías

Abordaje microbiológico y su papel en elcorrecto manejo del paciente

NAC: Infección aguda con hallazgos consistentes con neumonía en pacientes no hospitalizados

NN: Neumonía producida a partir de las 48h del ingreso hospitalario

NACS: Healthcare associated pneumonia (Neumonía asociada a los cuidados sanitarios)

NAVM: Neumonía producida a partir de las 48 a 72 horas desde la intubación endotraqueal

NeumoníaClasificación y conceptos

NN NAC

NACSNAVM

CA-MRSA

NAC: neumonía comunitaria NN: neumonía nosocomialNAVM: neumonía asociada a la ventilación mecánicaNACS: neumonía asociada a cuidados sanitariosCA-MRSA: SARM comunitario.

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NeumoníaEtiología según origen

0

10

20

30

40

50

1986 1991 1994 1996 2002 2006 2010

Nosocomial Asociada a cuidados sanitarios Comunitario

% SARM

Cercenado E, et al. 21th ECCMID Congress, Milan, 2011

Giannella M, Bouza E, et al. Clin Microbiol Infect. 2011

Estudio ENEMI

ESKAPE

Comunitaria ACSanitario Hospitalaria

Diagnóstico de neumoníaMuestras para Microbiología

Esputo

Hemocultivos Sueros seriados

Orina

¿Qué papel tiene la microbiología en el diagnóstico de la neumonía?

Esputo/ Esputo Inducido

1. Toma de muestra: instruir al paciente!!!

2. Observación macroscópica (orientativa!!)

3. Valoración microscópica:- células epiteliales/ LPN/ flora Gram:

G1- G2- G3- G4- G5- G6 : validez e interpretación

4. Cultivo: en medios habituales – BCYE - LJ - Hongos

(Hemocultivos) (Detección Ag Lp1 en orina)(Estudios de seroconversión)

Clasificación de calidad de muestras de esputo en observación macro‐microscópica

(Modificado de Murray y Washington)

Grado de N° de células escamosas

N° de neutrofilos

ClasificaciónG1 a G6

(por campo de 100 aumentos)

(por campo de 100 aumentos)

1 >25 <102 >25 10-253 >25 >254 10-25 >255 <10 >256 <25 <25

Grado de N° de células escamosas

N° de neutrofilos

ClasificaciónG1 a G6

(por campo de 100 aumentos)

(por campo de 100 aumentos)

G1 >25 <10

G2 >25 10-25

G3 >25 >25

G4 10-25 >25

G5 <10 >25

G6 <25 <25

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- La tinción de Gram es una técnica rápida, sencilla y barata que puede ayudarnos a un “diagnóstico preliminar de

sospecha” a partir de la flora presente

- Si el resultado del cultivo coincide con ese “informe preliminar” aumentará la probabilidad de ser el agente implicado en el caso y permitirá realizar los necesarios

“estudios de sensibilidad”

- La tinción de Gram es una técnica rápida, sencilla y barata que puede ayudarnos a un “diagnóstico preliminar de

sospecha” a partir de la flora presente

- Si el resultado del cultivo coincide con ese “informe preliminar” aumentará la probabilidad de ser el agente implicado en el caso y permitirá realizar los necesarios

“estudios de sensibilidad”

Tinción de Gram de esputoUtilidad en diagnóstico de sospecha

G5-DCG+ capsulados

Agar sangreS. pneumoniae

Paciente con NAC tratado ambulatoriamenteDiagnóstico clínico-Rx. Muestra para microbiología ante fracasoterapéutico y/o sospecha de patógenos no habituales (basarse endatos previos epidemiológicos)

Paciente con NAC que acude/ ingresa en el hospital

- Detección de Ag de Lp/Sp en muestra de orina- Esputo para Gram y cultivo (valorar calidad de la muestra G1-G6)- Hemocultivos (2/3 series ae/ana- toma en condiciones de asepsia)- (suero 1 para posterior estudio de seroconversión)

- L. pleural (Gram, cultivo ae/ana, valorar detección de Ag y/o BM)- Aspirado nasofaringeo en sospecha de gripe con indicación de tto.

Técnicas microbiológicas en el paciente con NAC

Búsqueda de microorganismosMuestras invasivas en neumonía

Estudios cuantitativos ufc/mL

8%

25% 32%18%

33%

16%2%

18%4% 3%

Uso de la Microbiología Estudio ENEMI NAC/NACS

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Bacteriemia Sepsis

Endocarditis

http://es.scribd.com/doc/94532390/Infecciones-sistemicas-PPT

2.- Infecciones sistémicas

• Transitorias (asintomáticos o fiebre moderada)

• Bacteriemias intermitentes (sintomáticas) (focos)

• Bacteriemias continuas (sintomáticas) (endocarditis)

• Significativa vs contaminación

Tipos de bacteriemias

Síndrome de Respuesta Inflamatoria Sistémica Shock séptico

La bacteriemia como “parte” deun proceso infeccioso sistémico

American College of Chest Physicians, 1992

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Bateriemia‐ Sepsis

‐ Primaria

‐ Primaria asociada a catéter

‐ Secundaria (FOCOS)

(Aumento de morbi-mortalidad/ abordaje precoz)

• Lugar de adquisición:o Comunitariao Asociada a

cuidados sanitarioso Nosocomial

S. pneumoniae

Enterobacterias E coli ,

Enterococcus sp, Bacteroides sp,

Clostridium sp….

Pseudomonas

Candida

E. coli , Enterococcus

S. viridans

S.aureus, SCN

BACTERIEMIA

SECUNDARIA

Hemocultivos

Técnica: Venopunción (antisepsia) y toma de muestra. Sangre en frascos con caldo: anaerobios y aerobios. Ante positividad tras incubación en sistema de lectura contínua: Gram, subcultivos y estudios de sensibilidad

Maximizar rentabilidad: Extracción antes de aplicar tratamiento antimicrobiano. Cuando?: tomas x2 x3 en picos febriles / cada 20-30 min.? A mayor cantidad de frascos: mayor rentabilidad ?

Importancia de número de extracciones y cantidad de sangre a inocular

Frascos de hemocultivos“maximizar rentabilidad”

Edad Volumen/tomaNeonatos 1-2 ml

1 mes a 2 años 2-3 ml>2 años 3-5 ml

Adolescente 10-20 mlAdulto 20-30 ml

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Toma de hemocultivos

¡Uso de clorhexidina al 2%!

Toma de hemocultivosCausas de “contaminación”

Falta de adiestramiento del personal. Desinfección NO adecuada

Dificultad de extracción.

Vena inapropiada para extracción.

Extracción a través de catéteres ya colocados.

Utilización de sangre extraída para otros fines…

Puntos críticos- Manos personal- Piel paciente- Tapón frasco

Sistema de detección colorimetría

Lectura 15 min

Sistema AUTOMATIZADO de lectura continua de hemocultivos

Al menos 2-3

parejas

Día 4Día 3Día 2Día 1

Diagnostico de las infecciones sanguíneasMétodos moleculares - ¿Todo sige igual?

Gram EspecieHemocultivo Resistencia

Especie

6 h

SeptiFast

Cultivo

PCR

Nota: La PCR no trata de remplazar al cultivo

opcional: mecA Resistancia (+2.5h)

Técnicas rápidas

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HEMOCULTIVOS ANTE SOSPECHA DE BACTERIEMIA‐ SEPSIS

- Inoculación “aséptica” de “sets”: frascos de hemocultivos (ae/ana FA/FN - FP)

- Incubación en sistema automatizado de lectura contínua

- Tinción de Gram ante positividad del sistema: “Informe preliminar” x horas

- Subcultivos en medios según resultado del Gram para etiología y resistencias

Pauta“clásica”

Microbiología24 horas

HEMOCULTIVOS Tiempo de positividad de pacientes con bacteriemia- sepsis

Solo el 10% de los hemocultivos que cantan no han positivizado a las 20 h tras introducción en el sistema automatizado (remisión rápida a Micro)

“Informe preliminar” de morfotipo bacteriano tras tinción de Gram desde hemocultivo - Interés en “modificar” en su caso el TE iniciado

Interés de manejo adecuado y resultados precoces de los hemocultivos

3.- Infecciones del SNCMeningitis

Clasificación en función de la duración de los síntomas:aguda (de horas a días)crónica (de semanas a meses)

Clasificación en función del aspecto del LCR:meningitis de LCR claro (aséptica): viralmeningitis de LCR purulento: bacteriana

Clasificación en función de la etiología:bacteriana aguda (Sp, Nm, Hi…)parasitaria - fúngica (criptococo,histoplasma, meningoencefalitisamebiana…), micobacterias, …viral aguda (enterovirus, VHS…)

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Principales agentes causalesmeningitis

Infección de SNCMuestras e indicaciones

¿Qué muestras? LCR , sangre,..

¿Cómo se obtienen?Punción lumbar, hemocultivos

¿Dónde y transporte?Tubos estériles (tapón verde)Muestra valiosa: priorizar

¿A quién?Sospecha de meningitis/ Encefalitis.Sospecha de infeccion vírica: Serologia

Diagnóstico microbiológicomeningitis aguda

No si signosde hipertensiónIntracraneal-papiledema

- Hemocultivo- Cultivo foco parameníngeo- Suero

3 tubos LCR (1ª bioquímica; 2ª Microbiología; 3ª Citología)

¡¡ Análisis macroscópico !!Aspecto y cantidad de LCR

PETICIONES

Punción lumbar(LCR)

Meningitis aguda: diagnóstico sobre LCR

Pauta microbiológica

...EMD (Tinción de Gram, Azul, Ex fresco, Ziehl, Tinta china...)

...Determinación de antígenos capsulares...PCR multiplex bacterias

...PCR Enterovirus...Cultivo en medios bacteriológicos

...Diagnóstico indirecto (según sospecha…)

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Tinciones ¿Qué informamos?

Gram: presencia de leucocitos o linfocitos, presencia/ ausencia de flora

Azul de metileno: presencia de células inflamatorias y flora

Antígenos capsulares en LCR y orina : detecta Haemophilus influenzae tipo b, Neisseria meningitidis A, B, C, Y, W135, S. pneumoniae, Streptococcus grupo B/ E coli K1

No sustituyen al Gram ni al cultivoS 50-75 E >90%

MeningitisMicrobiología

Tinción de Gram en SNCUtilidad en diagnóstico preliminar

Positividad en<25% si <1,000 UFC/mL

>95% si >100,000 UFC/mL

Diplococos grampositivosDiplococos gramnegativos

Siembra en medios de cultivo - M. enriquecidos Ach- AS

- caldo enriquecimiento- CLI frasco pediátrico

Incubados en CO2 5%S. agalactiae

N. meningitidis

EnterobacteriaceaeS. pneumoniaeH. influenzae

L.monocytogenes

Meningitis aguda Diagnóstico de confirmación

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4.- Infecciones de heridasy líquidos estériles

- Infección de piel y pares blandas IPPB

- Artritis infecciosas

- Líquido peritoneal – Ascitis

- Líquido pleural …

ImpétigoFoliculitisForúnculoHidrosadenitisErisipelaCelulitis

Fascitis necrosanteTipo I polimicrobianaTipo II gangrena estreptocócica

Mionecrosis clostridianaMionecrosis no clostridianaCelulitis sinérgica necrosante(I)Miositis estreptocócica (II)Gangrena vascular infectada

MordeduraH. quirúrgicaÚlcera presiónPie diabético

Piodermas Necrosantes

IPPB. Clasificación

2ª Lesionesprevias

Heridas – infeciones purulentasToma de muestras

¿Cómo? Biopsia tisular Aspiración percutánea Frotis ?? con torunda con medio

de transporte específico (medio universal)

Limpieza y desbridamiento previos, lavado con suero fisiológico a chorro

Microorganismos anaerobiosDiagnóstico microbiológico

Toma de muestras- Aguja y jeringa (ana)

Transporte- Tubo de transporte anaerobios (CO2 y N2)

Tinciones (T. Gram…)

Procesamiento en anaerobiosis- Jarra de anaerobios- Camara de anaerobios

Medios de cultivo específicos - identificación

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Otros “líquidos estériles”Pautas en microbiología

Toma aséptica- transporte Cultivo con Gram

- Leucocitos/ Flora

Posibilidad de usar los frascos de hemocultivos (Cultivo Larga Incubación - CLI) 10d.

“Esquema del manejo desde el Servicio de Microbiologia”

Artritis séptica

“Diagnóstico microbiológico”

Infecciones por micobacterias

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TuberculosisPlanteamientos diagnósticos microbiológicos

Tinción de Ziehl-Neelsen/ Cultivo/ Identificación/ Atb

¿Qué informamos? Calidad del esputo Presencia o no de BAAR Identificación y estudio de sensibilidad PCR

Baciloscopia. Informe

Medios de cultivo para micobacterias

Medios sólidos: M. Löwenstein-Jensen Middlebrook 7H10 base agar

Medios líquidos “en la actualidad se recomienda el cultivo primario de todas las muestras en cultivo líquido” (Picazo, SEIMC- Procedimientos Microbiología Clínica)

- de lectura manual: MGIT (BD)

- de lectura automátizada: MGIT 960 (BD)

BAAR con “corf factor” positivo

Identificación de MTBC y asociación con demora diagnostica

MGIT- Accuprobe TBC MGIT- InmunocromatografíaGenXpert MTB/ RIF

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Diagnóstico de TBC¿Cuándo utilizar PCR- tiempo real?

Confirmación de M. tuberculosis y resistencia a Rifa (3h) desde muestra directa respiratoria en  baciloscopias positivas

‐ correlación BAAR/ PCR

Confirmación de baciloscopias dudosas?

Confirmación de casos BAAR negativos con elevada sospecha clínica de TBC(petición PCR)

Detección de resistencias a Rifa (+Inh)

“ Los tiempos de diagnóstico en TB” Diagnóstico de confirmación de TB

Taller de Microbiología Clínica

DISCUSION

Infecciones de tracto respiratorioInfecciones sistémicas- hemocultivos

Infecciones del sistema nervioso centralInfecciones de heridas y líquidos estériles

Infecciones por micobacterias