VIRUS Virus adalah parasit intrasel obligat yang bergantung pada perangkat metabolik sel untuk berkembang biak. Virus terdiri atas genom asam nukleat yang dikelilingi oleh sebuah selaput protein (disebut kapsid) yang kadang- kadang terbungkus oleh suatu membran lemak. Virus diklasifikasikan berdasarkan genom asam nukleatnya (DNA atau RNA, tetapi tidak keduanya), bentuk kapsid (ikosahedral atau heliks), ada tidaknya selubung lemak, cara replikasi, jenis sel yang digunakan untuk replikasi (disebut tropisme), atau jenis patologi. Karena berukuran hanya 20 sampai 300 nm, virus paling baik jika dilihat dengan mikroskop elektron. (Kumar : 2009) ISTILAH & DEFINISI DALAM VIROLOGI a. Kapsid: Selubung protein, atau lapisan, yang menyelubungi genom asam nukleat. b. Kapsomer: Unit morfologi yang terlihat pada mikroskop elektron di permukaan partikel virus ikosahedral. Kapsomer merupakan sekelompok polipeptida, tetapi unit-unit morfologi tidak perlu sesuai dengan sifat kimia unit struktur. c. Selubung (Envelope): Membran yang mengandung Iipid yang mengelilingi beberapa partikel virus. Selubung tersebut diperoleh selama maturasi virus
This document is posted to help you gain knowledge. Please leave a comment to let me know what you think about it! Share it to your friends and learn new things together.
Transcript
VIRUS
Virus adalah parasit intrasel obligat yang bergantung pada perangkat
metabolik sel untuk berkembang biak. Virus terdiri atas genom asam nukleat yang
dikelilingi oleh sebuah selaput protein (disebut kapsid) yang kadang- kadang
terbungkus oleh suatu membran lemak. Virus diklasifikasikan berdasarkan genom
asam nukleatnya (DNA atau RNA, tetapi tidak keduanya), bentuk kapsid
(ikosahedral atau heliks), ada tidaknya selubung lemak, cara replikasi, jenis sel
yang digunakan untuk replikasi (disebut tropisme), atau jenis patologi. Karena
berukuran hanya 20 sampai 300 nm, virus paling baik jika dilihat dengan
mikroskop elektron.
(Kumar : 2009)
ISTILAH & DEFINISI DALAM VIROLOGI
a. Kapsid: Selubung protein, atau lapisan, yang menyelubungi genom asam
nukleat.
b. Kapsomer: Unit morfologi yang terlihat pada mikroskop elektron di
permukaan partikel virus ikosahedral. Kapsomer merupakan sekelompok
polipeptida, tetapi unit-unit morfologi tidak perlu sesuai dengan sifat
kimia unit struktur.
c. Selubung (Envelope): Membran yang mengandung Iipid yang
mengelilingi beberapa partikel virus. Selubung tersebut diperoleh selama
maturasi virus dengan proses budding suatu proses reproduksi aseksual
melalui membran sel Glikoprotein yang dikode virus terpajan pada
permukaan selubung proyeksi yang disebut peplomer.
d. Nukleokapsid: Kompleks asam nukleat protein yang merupakan bentuk
kemas genom viral. Istilah tersebut sering digunakan pada kasus yang
nukleokapsidnya merupakan substruktural partikel virus yang lebih
kompleks.
e. Unit struktural: Protein dasar yang membangun cetakan lapisan. Unit
tersebut biasanya merupakan kumpulan lebih dari satu subunit protein
yang tidak identik, unit struktural sering diesbut sebagai protomer.
f. Virion: Partikel virus yang lengakp. Pada beberapa keadaan (missal
Papilomavirus, picornavirus), virion identik dengan nukleokapsid. Pada
virion lebih kompleks (herpesvirus) termasuk nukleokapsid ditambah
selubung sekitar. Struktur tersebut, virion berperan untuk memindahkan
asam nukleat virus dari satu sel ke sel lain.
(Brooks : 2012)
Gambar : Partikel Virus lengkap (Virion). A: Virus dengan
Selubung simetri ikosahedral. B: Virus dengan
Simetri heliks.
Komposisi kimiawai virus
a. Protein Virus
Protein struktural virus memiliki beberapa fungsi penting. Manfaat
utama protein tersebut adalah untuk memfasilitasi transfer asam nukleat
virus dari satu sel pejamu ke sel pejamu Iain. Protein tersebut berfungsi
untuk melindungi genom virus dari inaktivasi oleh nuklease, berpartisipasi
dalam perlekatan partikel virus ke sel yang rentan, dan memberikan
simetri struktural bagi partikel virus. Protein menentukan karakteristik
antigenik suatu virus. Respons imun pejamu memiliki target berupa
determinan antigenik protein atau glikoprotein yang terekspos pada
permukaan partikel virus. Beberapa protein permukaan dapat pula
memiliki aktivitas spesifik, misalnya hemaglutinin virus influenza
mengaglutinasi sel darah merah.
Beberapa virus memiliki enzim (yang merupakan protein) di dalam
virion. Enzim- enzim tersebut terdapat dalam jumlah yang sangat sedikit
dan mungkin tidakpenting dalam struktur partikel virus, tetapi mereka
penting untuk inisiasi siklus replikasi virus saat virion memasuki sel
pejamu. Contoh-contohnya, meliputi polimerase RNA yang dibawa oleh
virus dengan genom RNA sense-negatif (misalnya, orthomyxovirus,
rhabdovirus) yang diperlukan untuk menyalin mRNA pertama, dan reverse
transkriptase, suatu enzim dalam retrovirus yang membuat salinan DNA
dari RNA virus, suatu langkah penting dalam replikasi dan transformasi.
Contoh yang ekstrem adalah poxvirus yang bagian intinya mengandung
suatu sistem transkripsi; banyak enzim yang berbeda terdapat dalam
partikel poxvirus.
(Brooks:2012)
b. Asam Nukleat Virus
Virus mengandung satu macam asam nukleat DNA atau RNA yang
menyandi informasi genetik yang diperlukan untuk replikasi virus. Genom
dapat berbentuk sirkular atau linear, untai-tunggal atau untai-ganda, dan
bersegmen atau tak bersegmen. Jenis asam nukleat, untaiannya, dan
ukurannya merupakan ciri-ciri utama yang digunakan untuk
menggolongkan virus ke dalam famili-famili. Ukuran genom DNA virus
berkisar dari 3,2 kbp (hepadnavirus) hingga 375 kbp (porvirus). Ukuran
genom RNA virus berkisar dari sekitar 7 kb (beberapa picornavirus dan
astrovirus) hingga 30 kb (coronavirus).
Semua kelompok utama virus DNA rnemiliki genom berupa
molekul DNA tunggal dan memiliki konfigurasi linear atau sirkular.
RNA virus terdapat dalam beberapa bentuk. RNA dapat berupa
molekul linear tunggal (misalnya, picornavirus). Untuk virus-virus lain
(misalnya, orthomrxovirus), genom terdiri atas beberapa segmen RNA
yang dapat berikatan secara longgar di dalam virion. RNA (saja) dari virus
dengan genom sense-positif (yaitu, picornavirus, togavirus) bersifat
infeksius, dan molekulnya berfungsi sebagai mRNA di dalam sel yang
terinfeksi. RNA (saja) dari virus RNA sense-negatif seperti rhabdovirus
dan orthoml.xovirus, tidak infeksius. Pada famili-famili virus tadi, virion
memiliki polymerase RNA yang di dalam sel akan mentranskripsi molekul
RNA genomik menjadi beberapa moiekul RNA komplementer, masing-
masing dapat berperan sebagai mRNA.
Sekuens dan komposisi nukleotida tiap asam nukleat virus bersifat
khas. Banyak genom virus yang telah berhasil disekuens. Sekuens dapat
memperlihatkan hubungan genetik antarisolat, termasuk hubungan yang
tak terduga antara virus-virus yang sebelumnya tidak diperkirakan
berkerabat erat.
(Brooks:2012)
c. Selubung Lipid Virus
Beberapa virus yang berbeda memiliki selubung lipid sebagai
bagian struktur mereka. Lipid diperoleh saat nukleokapsid virus
"menonjol" keluar membran sel selama terjadinya pematangan. Pertunasan
tersebut hanya terjadi di ternpat-tempat yang membran sel penjamunya
telah disisipi protein spesifik virus. Proses pertunasan sangat bervariasi
bergantung pada strategi replikasi virus dan struktur nukleokapsid
Komposisi fosfolipid spesifik suatu selubung virion ditentukan
oleh jenis spesifik membran sel yang terlibat dalam proses pertunasan
Sebagai contoh, herpesvirus bertunas menembus membrane inti sel
pejamu, dan komposisi fosfolipid virus yang telah dimurnikan setara
dengan lipid pada membran inti. Akuisisi membran yang mengandung
lipid merupakan tahap integral dalam morfogenesis virus pada beberapa
kelompok virus. Selalu terdapat Protein terglikosilasi virus yang menonjol
dari selubung dan terekspos pada permukaan luar partikel virus. Terdapat
protein tak terglikosilasi yang berasal dari Virus di bawah selubung tadi
vang menambatkan partikel tersebut menjadi satu.
(Brooks:2012)
d. Glikoprotein Virus
Selubung virus mengandung glikoprotein. Berlawanan dengan
lipid dalam membran virus yang berasal dari sel penjamu, glikoprotein
virus disandi oleh virusitu sendiri. Namun, gula yang ditambahkan ke
glikoprotein sering kali mencerminkan sel pejamu tempat bertumbuhnya
virus. Glikoprotein permukaan pada virus berselubung-lah yang
melekatkan Partikel virus ke sel target melalui interaksi dengan reseotor
sel.
(Brooks:2012)
Virus DNA
Virus DNA dapat berbetuk untai ganda (double stranded, ds) maupun
untai-tunggal (single stranded,ss). Ukuran genom DNA virus berkisar dari 3,2
kbp (hepadnavirus) hingga 375 kbp (porvirus). Virus DNA biasanya bereplikasi
dalam nucleus sel pejamu, memproduksi polymerase yang memproduksi DNA
virus. DNA virus biasanya tidak bergabung dalam DNA kromosom pejamu.
(Gillespie : 2007)
Tinjauan Mengenai Virus yang Mengandung-DNA
a. Parvovirus
Parvovirus adalah virus-virus berukuran sangat kecil dengan ukuran
partikel sebesar 18-26 nm. Partikel-partikel tersebut memiliki simetri kubik,
dengan 32 kapsomer, tetapi mereka tidak berselubung. Genomnya berupa
DNA untai-tunggal Iinear, berukuran 5,6 kb. Replikasi hanya terjadi dalam
sel-sel yang aktif membelah, pembentukan kapsid terjadi didalam nucleus se;-
sel yang terinfeksi. Virus ini dapat menyebabkan kematian janin.
b. Polyomavirus
Polyomavirus adalah virus kecil (45 nm), tak berselubung, stabil-
panas, resisten eter yang memiliki simetri kubik, dengan 72 kapsomer.
Genomnya adalah DNA untai-gandasirkular, berukuran 5 kbp. Agen-agen
tersebut memiliki siklus pertumbuhan yang lambat, memacu sintesis DNA
sel, dan bereplikasi di dalam nukleus. Polyomavirus yang paling dikenal
adalah virus C, agen penyebab leukoensefalopati multifokal progresil dan
virus BK yang menyebabkan nefropati pada resipien transplan. SV40 juga
menginfeksi manusia dan telah ditemukan dari tumor pada manusia.
c. Papillomavirus
Papillomavirus dahulu merupakan anggota famili Papovaviridae.
mirip dengan polyomavirus dalam beberapa aspek, tetapi memiliki genom
yang lebih besar (8 kpb) dan ukuran partikel yang juga lebih besar (55
nm). Terdapat banyak genotipe papiliomavirus manusia, dikenal juga
sebagai virus "kutil” beberapa tipe merupakan penyebab kanker genitalia
pada manusia. Papillomavirus sangat spesifik terhadap pejamu dan
jaringan. Banyak spesies hewan yang membawa papillomavirus.
d. Adenovirus
Adenovirus adalah virus-virus berukuran sedang (70-90 nm), tak
berselubung yang memiliki simetri kubik, dengan 252 kapsomer. Serabut
menjulur dari kapsomer verteks. Genomnya berupa DNA untai-ganda,
linear, berukuran 26- 45 kbp. Replikasi terjadi di dalam nukleus.Pola
splicing yang kompleks menghasilkan mRNA. Beberapa adenovirus
menyebabkan penyakit pernapasan akut, konjungtivitis, dan
gastroenteritis.
e. Hepadnavirus
Hepadnavirus adalah virus kecil (40-48 nm) yang mengandung
rnolekul DNA untai-ganda sirkular yang berukuran 3,2 kpb. DNA virus
dalam partikel mengandung satu sel untai-tunggal vang besar. Replikasi
melibatkan perbaikan sel untai-tunggal di dalam DNA, transkripsi RNA,
dan transkripsi terbalik RNA untuk membuat DNA genomik. Virus
tersebut terdiri dari satu nukleokapsid ikosahedral 27-nm vang terletak
dalam selubung yang melekat erat dan nengandung lipid dan antigen viral
Permukaan. Hepadnavirus menyebabkan hepatitis akut dan kronis; infeksi
persisten berkaitan dengan risiko tinggi mengalami kanker hepar.
Beberapa tipe virus
f. Herpesvirus
Herpesvirus adalah suatu famili besar virus yang berdiameter 50-
200 nm. Nukleokapsid virus berdiameter 100 nm, dengan simetri kubik
dan 162 kapsomer yang dikelilingi oleh selubung mengandung-lipid.
Genomnya adalah DNA untai-ganda, linear, berukuran 125-240 kbp.
Adanya sekuens berulang di bagian tengah dan terminal DNA
menyebabkan terjadinnya beberapa bentuk isomerik DNA genomik.
Herpesvirus manusia, meliputi herpes simplex tipe I dan 2 (lesi oral dan
genital), virus varicella-zoster (cacar air dan dampa/shingle).
g. Poxvirus
Poxvirus adalah virus ovoid atau berbentuk bata yang berukuran
besar, memiliki panjang 220-450 nm x lebar 140-260 nrn x tebal 1.10-260
nm. Struktur partikelnya kompleks, dengan selubung mengandung lipid.
Genomnya merupakan DNA untai-ganda linear, berikatan secara kovalen,
berukuran 130-375 kbp. Partikel poxvirus mengandung sekitar 100
protein, banyak di antaranya merniliki aktivitas enzimatis, seperti RNA
polimerase yang bergantung pada DNA. Replikasi seluruhnya terjadi
dalam sitoplasma sel. Semua poxvirus cenderung menyebabkan lesi kulit.
Beberapa patogenik terhadap manusia (cacar, vaccinia, moluskum
kontagiosum).
(Brooks:2012)
Gambar : Bentuk Virus DNA untai ganda
dan Untai tunggal
Virus RNA
Virus RNA memilik rantai untai tunggal RNA dan mengadopsi strategi
reproduksi yang berbeda tergantung apakah RNA bersifat sense atau antisense.
RNA sense (positif) dapat bertindak langsung sebagai mRNA. mRNA ini
ditranlasi kedalam protein structural dan suatu RNA polymerase yang tergantung
RNA. Virus dengan RNA antisense (negative) mengandung RNA polymerase
yang tergantung RNA mentranskripsi genom virus kedalam RNA. Ukuran genom
RNA virus berkisar dari sekitar 7 kb (beberapa picornavirus dan astrovirus)
hingga 30 kb (coronavirus).
(Gillespie : 2007)
Tinjauan Mengenai Virus yang Mengandung-RNA
a. Picornavirus
Picornavirus merupakan virus yang berukuran kecil (28-30 nm),
resisten terhadap eter yang memiliki simetri kubik. Genom RNA merupakan
untai-tunggal dan sense-posilif (yaitu dapat berfungsi sebagai mRNA) dan
berukuran 7,2-8,4 kb. Grup yang menginfeksi manusia adalah enterovirus,
rhinovirusdan hepatovirus. Rhinovirus bersifat labil asam dan memiliki
densitas tinggi, enterovirus bersifat stabil asam dan memiliki densitas rendah.
Picornavirus yang menginfeksi hewann meliputi penyakit kaki-dan-mulut
pada ternak dan ensefalo miokarditis pada hewan pengerat.
b. Astrovirus
Astrovirus memiliki ukuran yang serupa dengan picornavirus ( 28-
30nm) tetapi partikel-partikelnya memperlihatkan bentuk-bintang yang
khas pada permukaan mereka. Genomnya merupakan RNA untai-tunggal,
linear, sense positif. Berukuran 6,4-7,4 kb. Agen-agen ini mungkin
menyebabkan gastroenteritis pada hewan dan manusia
c. Calicivirus
Calicivirus adalah virus yang serupa dengan picornavirus, tetapi
sedikit lebih besar (27-40 nm). Partikelnya tampak memiliki cekungan
berbentuk mangkuk pada permukaannya. Genomnya merupakan RNA
untai tunggal, sense positif berukuran 7,4-8,3 kb; virion tidak memiliki
selubung Salah satu patogen manusia yang penting adalah virus Norwaik
penyebab gastroenteritis akut epidemik.
d. Hepevirus
Hepevirus adalah virus yang serupa dengan calicivirus partikel-
partikelnya kecil (27-34 nm) dan resisten terhadap eter. Genomnya
merupakan RNA untai-tunggal, sense positif, berukuran 7,2 kb. Virus
hepatitis E.
e. Reovirus
Reovirus adalah virus tak berselubung, berukuran sedang (60-80
nm), resisten eter yang memilik simetri ikosahedral. Partikel-partikelnya
memiliki dua atau tiga pembungkus protein dengan saluran-saluran yang
membentang dari permukaan hingga ke inti; duri-duri pendek menonjol
dari permukaan virion. Genomnya merupakan RNA untai-ganda, linear,
bersegmen (10-12 segmen) yang berukuran total 16- 27 kbp. Segmen
RNA individual memiliki ukuran yang berkisar dari 680 hingga 3900 bp.
Replikasi terjadi di dalam sitoplasma. Reovirus pada manusia
menyebabkan gastroenteritis.
(Brooks:2012)
Gambar : Bentuk Virus RNA untai tunggal positif
dan untai tunggal negative
JAMUR
Jamur berasal dari bahasa Yunani, yaitu fungus (mushroom) yang berarti
tumbuh dengan subur. Istilah ini selanjutnya ditujukan kepada jamur yang
memiliki tubuh buah serta tumbuh atau muncul di atas tanah atau pepohonan.
Organisme yang disebut jamur bersifat heterotrof, dinding sel spora mengandung
kitin, tidak berplastid, tidak berfotosintesis, tidak bersifat fagotrof, umumnya
memiliki hifa yang berdinding yang dapat berinti banyak (multinukleat), atau
berinti tunggal (mononukleat), dan memperoleh nutrien dengan cara absorpsi
Jamur mempunyai dua karakter yang sangat mirip dengan tumbuhan yaitu
dinding sel yang sedikit keras dan organ reproduksi yang disebut spora. Dinding
sel jamur terdiri atas selulosa dan kitin sebagai komponen yang dominan. Kitin
adalah polimer dari gugus amino yang lebih memiliki karakteristik seperti tubuh
serangga daripada tubuh tumbuhan. Spora jamur terutama spora yang diproduksi
secara seksual berbeda dari spora tumbuhan tinggi secara penampakan (bentuk)
dan metode produksinya
(Gandjar, et al., 2006).
Banyak jamur yang sudah dikenal peranannya, yaitu jamur yang tumbuh
di roti, buah, keju, ragi dalam pembuatan bir, dan yang merusak tekstil yang
lembab, serta beberapa jenis cendawan yang dibudidayakan. Beberapa jenis
memproduksi antibiotik yang digunakan dalam terapi melawan berbagai infeksi
bakteri. Diantara semua organisme, jamur adalah organisme yang paling banyak
menghasilkan enzim yang bersifat degradatif yang menyerang secara langsung
seluruh material oganik. Adanya enzim yang bersifat degradatif ini menjadikan
jamur bagian yang sangat penting dalam mendaur ulang sampah-sampah alam,
dan sebagai dekomposer dalam siklus biogeokimi
(Gandjar, et al., 2006).
Klasifikasi Jamur
Jamur tercakup di dalam salah satu dari kategori taksonomi, dibedakan
atas dasar tipe spora, morfologi hifa dan siklus seksualnya. Kelompok-kelompok
ini adalah : Oomycetes, Zygomycetes, Ascomycetes, Basidiomycetes dan
Deuteromycetes. Terkecuali untuk deuteromycetes, semua jamur menghasilkan
spora seksual yang spesifik. (Gunawan:2008)
Tabel : Pengelompokan Jamur
a. Oomycetes
Dikatakan sebagai jamur air karena sebagian besar anggotanya hidup di air
atau di dekat badan air. Hanya sedikit yang hidup di darat. Miseliumnya terdiri
atas hifa yang tidak bersekat, bercabang, dan mengandung banyak inti. Hidup
sebagai saprofit dan ada juga yang parasit. Pembiakan aseksualnya dengan
zoospora, dan dengan sporangium untuk yang hidup di darat. Pembiakan
seksualnya dengan oospora. Beberapa contoh dari kelompok ini antara lain: