הנהלת אגף המחשוב משרד הבריאותHealth information end computer services Ministry of Health רח' ירמיהו39 , ירושלים טל:02-5080170 39 Yirmiyahu Jerusalem Tel: 02-5080170 31 אוקטובר2016 לכבוד- כל מאן דבעי( בקשה לקבלת מידעRFI ) 2016 - 264 עבור מוצר ים וכלים לאנליזה וויזואליזציה של מידע התנהגותי, קליני וגנומי, במסגרת המיזם לרפואה מותאמת אישית לוחות הזמנים של הבקשה לקבלת מידע: פעילות מועד הפצת הבקשה31/10/2016 מועד אחרון להעברת שאלות הבהרה01/12/2016 שעה: 12:00 מועד אחרון לקבלת מענה29/12/2016 שעה: 12:00 מצגות ספקים05/01/2017 שעות:10:30-16:00 א. רקע המאה ה21 הביאה אתה אתגר משמעותי בתחום הבריאות, אך גם הזדמנות גדולה. מחד גיסא, מדינות רבות ניצבות בשנים האחרונות בפני אתגרים בריאותיים כבדי משקל הנובעים מהזדקנות האוכלוסייה, ריבוי מחלות כרוניות, ואורח חיים לא בריא הכולל תזונה לקויה ומיעוט פעילות גופנית. זא ת ועוד, חרף השקעה העולמית הגבוהה במחקר רפואי, מיליארדי חולים סובלים ממחלות אשר טרם נמצאה דרך מאידך גיסא, מהפיכת המידע יצרה מצב חדש במסגרתו כמויות אפקטיבית למנוע אותן או לטפל בהן. מידע בריאותי וסביבתי אדירות מיוצרות בכל רגע ורגע, ויוצרות הזדמנות חסרת תקדים לפריצות דרך רפואיות. השימוש הנרחב בחיישנים ובאמצעים דיגיטליים מייצר בכל יום נתונים בכמות ובאיכות
16
Embed
מכתב המלצה - צבי בלשן · בושחמה ףגא תלהנה Ministry of Health תואירבה דרשמ Health information end computer services םילשורי והימרי
This document is posted to help you gain knowledge. Please leave a comment to let me know what you think about it! Share it to your friends and learn new things together.
Transcript
הנהלת אגף המחשוב משרד הבריאות
Health information end computer services Ministry of Health
, ירושלים39ירמיהו רח' 02-5080170 טל:
39 Yirmiyahu Jerusalem Tel: 02-5080170
Department of Health Information Ministry of Health
אודות פתרונות תוכנה ושירותים המסוגלים לתמוך באופן שוטף במשימות מעוניין לקבל מידע המשרדלים, ולאפשר לחוקרים מתחומי ויזואליזציה ואנליזה של מידע גנומי, התנהגותי וקליני, אודות מספר רב של מטופ
ידע שונים להגיע לתובנות קליניות, אדמיניסטרטיביות ואחרות באמצעות הצלבת מידע מסוגים שונים.
בתוך קשת הפתרונות אשר המשרד מעוניין לקבל מידע אודותיהם נמצאים:
פתרונות ייעודיים לניתוח ביואינפורמטי של מידע גנומי .1
מידע התנהגותי, המגיע מסנסורים רפואיים והתנהגותיים שונים ומטלפונים פתרונות ייעודיים לניתוח .2 סלולריים
פתרונות אינטגרטיבייים להצלבה של מידע גנומי, קליני והתנהגותי .3
(, העושים שימוש במערכות Data Scienceשירותי מחקר ביואינפורמטי, התנהגותי ומחקר מידע ) .4 .1-3המופיעות בסעיפים
שימושהתרחישי 0.5
רכיב הויזואליזציה והאנליזה עשוי להיות נצרך במגוון רחב של תרחישי שימוש מחקריים ואף קליניים. על
מנת להמחיש את המורכבות הנדרשת מהכלי, מובאים כאן מספר תרחישים שכאלה. במסגרת המענה
כיצד לבקשה, על המשיבים לפרט לאילו תרחישי שימוש מתאימים הכלים המתוארים על ידם, ולהסביר
התרחישים עשויים לחפוף חלקית זה את זה, ואינם מהווים מעניק הכלי המוצע מענה לתרחישים אלה.
קטגוריות מחקר מובחנות וזרות.
הסבר שם התרחיש #
אנליזה ביואינפורמטית 1
נבדק בודד שלבסיסית
גנטי )כדוגמת המידע ניתוח שמטרתו הבנה של המידע הגולמי המגיע מריצוף
(. FastQבצי הנמצא בק
אנליזה ביואינפורמטית 2
מתקדמת של נבדק
בודד
ניתוח שמטרתו הבנה מעמיקה יותר של המידע המגיע מריצוף גנטי של פרט
בודד, למשל לשם איתור של מוטציות נדירות
ויזואליזציה של מידע 3
גנומי בסיסי של נבדק
בודד ביחס לאוכלוסיה
הצגה ויזואלית של נתונים שהתקבלו בבדיקות גנטיות מסוגים שונים, בדגש
על הנתונים המאפשרים השוואה בין פרט מסוים באוכלוסיה לבין אוכלוסיות
שונות, והתחקות אחר השכיחות של מוטציות שונות באוכלוסיות אלה.
ויזואליזציה ואנליזה 3
בסיסית של מידע המגיע
מערכת סנסורים ביתית
התנהגותית" של פרט, –ניתוח שמטרתו גיבוש "תמונת מצב בריאותית
באמצעות שקלול כלל הנתונים המתקבלים מסנסורים רפואיים והתנהגותיים
לבישים וביתיים שהפרט עושה בהם שימוש
ניתוח שמטרתו הבנה מעמיקה יותר של המידע המגיע מסנסורים רפואיים אנליזה מתקדמת של 4
והתנהגותיים, על מנת, למשל, לזהות מראש מצבים מסוכנים, להתריע על
חריגה מדפוס הפעילות הרגיל של הפרט, לאתר תקלות במכשירים ומדידות
שאינן מדויקות, ולאפשר הענקת המלצות לגורם המטפל, או לפרט עצמו
אליזציה של מידע ויזו 5
גנומי, קליני והתנהגותי
של נבדק בודד
הצגה מתכללת של מידע מסוגים שונים באופן המאפשר למתבונן לבצע
ניתוחים שונים במידע, ולהתבונן במאפיינים מרכזיים של המידע
אנליזה אינטגרטיבית 6
של מידע גנומי, קליני
והתנהגותי של נבדק
בודד
ת הקשרים שבין מידע גנומי, קליני והתנהגותי של אנליזה המביאה בחשבון א
נבדק בודד, במטרה לתת "תמונת מצב" של הפרט, לזהות דפוסים חריגים
ועוד
אנליזה ביואינפורמטית 7
של מידע גנומי ממספר
פרטים, ושל מידע גנומי
ממספר סוגים
ניתוח מתקדם של מידע גנומי, המביא בחשבון פרטים שונים באוכלוסיה
מסוימת ומאפשר להסיק מסקנות לגבי הבדלים בין הפרטים ולגבי
האוכלוסיה הנבדקת
אנליזה של מידע 8
התנהגותי המגיע
מפרטים שונים
ניתוח מתקדם של מידע התנהגותי המגיע מסנסורים שונים, שמטרתו לאפשר
להתחקות אחר אלמנטים משותפים לפרטים השונים ואלמנטים ייחודיים
כל פרט ופרט, על מנת לנסות ולמצוא דפוסי התנהגות חוזרים, בהתנהגות של
כגון עונתיות, התנהגות כלשהי האופיינית למרחב גיאוגרפי מסוים ועוד.
אנליזה של מידע ביולוגי 9
מסוגים שונים, מעבר ל
DNA האנושי
, אנליזה Proteomics( ,rna-seq ) Transcriptomicsאנליזה של מידע מתחומי ה
וביום אנושי, אנליזה אפיגנטית, אנליזה של שינויים בגנומיקה של של מיקר
גידולים סרטניים ועוד.
אנליזה מנבאת 10
(predictive analysis )
העושה שימוש
בפרמטרים קליניים,
גנומיים והתנהגותיים
כדי לנסות ולחזות את
הנתונים העתידיים
שיתקבלו במערכת
אנליזה המביאה בחשבון את כלל הפרמטרים שהתקבלו במערכת אודות פרט
מסוים או פרטים מסוימים, ומבקשת לנבא את ההתנהגות העתידית של
הפרט, כפי שתשתקף במידע עתידי )התנהגותי וקליני( שיזרום למערכת.
כלים המוצעיםמה פונקציונליות דרישות 0.6
. המשרד מבקש לקבל מידע של המיזם לרפואה מותאמת אישיתהמשרד נמצא בשלבי גיבוש תפיסת ההפעלה , בכדי לסייע בגיבוש תפיסת האנליזה והוויזואליזציה של מידע גנומי והתנהגותימספקים המתמחים בתחום
רשימת הדרישות .אשכול ג' מענה לצרכי ושיספק /ים ושירות/יםהפתרון, וכרקע לגיבוש דרישות המשרד למוצר
פה את כלל צרכי המשרד אלא מהווה הגדרה כללית של תחום הבעיה, תוך בקשה לקבל המפורטת איננה מקי, וניתן ניתן להציע מוצרים אשר עומדים רק בחלק מהדרישות מהמציעים מידע על היכולות הקיימות בתחום זה.
להציע פירוט חלקי
לציין האם . עבור כל דרישה יש מפתרון אנליזה וויזואליזציה פונקציונליות דרישותחלקית של להלן רשימת
, וכן להוסיף התייחסות מתאימה.נתמכתחלקית או לא נתמכת, נתמכת במוצר
i. של מידע למערכת האנליזה: על הפתרון לתמוך בייבוא מידע ייבוא ידני ואוטומטי
בצורות שונות לצרכי אנליזה וויזואליזציה
ii. מקורות המידע החיצוניים אשר יש לפרט את : מקורות מידע חיצוניים אינטגרציה עם
, והפרוטוקולים המשמשים לקליטת המקורות המערכת מותאמת לקליטת מידע מהם
ובתוך כך את תמיכתה של המערכת / הכלים המוצעים בשילוב מידע קליני, מידע
אדמיניסטרטיבי, מידע מרשתות חברתיות ומאפליקציות סלולריות.
iii. ( אנליזה של מידע אצוותיBatch ומידע ) המגיע בStream : על המערכת לתמוך הן
באנליזה של מידע המגיע באופן אצוותי, והן לתמוך תמיכה מסוימת )לא מלאה(
יש לפרט את סוגי .Streamבאנליזה בזמן אמת )או קרוב לזמן אמת( של מידע המגיע ב
האנליזה הנתמכים עבור שני סוגי המידע הנ"ל.
iv. וע טיוב המידע, סינון רשומותתהליכי( יבוד מוקדםpre-processing יש לפרט את :)
התהליכים שעובר המידע טרם האנליזה, ואת הדרכים להתמודד עם שגיאות במידע,
כפילויות, ערכים ריקים ועוד.
v. יש לפרט את הדרכים שבהן מבוצעת הבנייה של מידע לא מובנה :הבנייה של המידע
ומבוצעת. בתוך המערכת )כדוגמת טקסט, תמונות ועוד(, במידה
vi. התנהגותיים ורפואיים: יש לפרט את לקיבוץ ולניתוח של מידע מסנסוריםדרכים
האופן שבו המערכת מקבצת את המידע המגיע מן הסנסורים השונים )כגון מידע אודות
דופק של המטופל, תאוצה, צעדים, לחץ דם ועוד(.
vii. יש לפרט את המודלים החישוביים העיקריים :מודלים חישוביים שוניםתמיכה ב
שבהם המערכת תומכת, ואת אופן ההכנסה של מודלים חישוביים חדשים לשימוש
במערכת.
viii. יש לפרט את סוגי הניתוח אינפורמטיים באמצעות המערכת: -ניתוחים ביו
הביואינפורמטי הנתמכים ע"י המערכת, ואת הכלים הייחודיים שכוללת המערכת
דות עם מידע גנומי ופרותיאומי מורכב.לצורך התמוד
ix. יש לפרט את האופן שבו המערכת או הכלים ניתוחים גיאוגרפיים באמצעות המערכת :