Исследование транскрипционной регуляции биосинтеза м етионина в различны х таксоном ических группах м етодам и сравнительной геном ики Ковалева Галина М осковский Государственны й Университетим .М .В.Лом оносова ИнститутПроблем Передачи Инф орм ации РАН
15
Embed
Часть I . Биосинтез метионина в бактериальных геномах
Часть I . Биосинтез метионина в бактериальных геномах. ( порядок Actinomycetales ). Часть II . Биосинтез метионина в дрожжевых геномах. ( род Saccharomyces ). Часть III . Биосинтез метионина в геномах аскомицет. ( Neurospora crassa, Aspergillus nidulans ). Бактериальные геномы. - PowerPoint PPT Presentation
Welcome message from author
This document is posted to help you gain knowledge. Please leave a comment to let me know what you think about it! Share it to your friends and learn new things together.
Transcript
Исследование транскрипционной регуляции биосинтеза метионина в различныхтаксономических группах методами
сравнительной геномики
Ковалева Галина
Московский Государственный Университет им.М.В.ЛомоносоваИнститут Проблем Передачи Информации РАН
Часть I. Биосинтез метионина в бактериальных геномах(порядок Actinomycetales)
Часть II. Биосинтез метионина в дрожжевых геномах(род Saccharomyces)
Часть III. Биосинтез метионина в геномах аскомицет(Neurospora crassa, Aspergillus nidulans)
2) Комплекс Met31/Met32. Функция не известна. Консенсус сайта сайта связывания AAACTGTGG.
3) Комплекс Cbf1/Met4/Met28. По видимому, основной регулятор биосинтеза метионина. Консенсус сайта связывания TCACGTG.
1) Несмотря на довольно высокое качество выравниваний регуляторныхобластей, очевиден высокий уровень перепредсказаний (false-positives) вследствие слишком малых длин сайтов.
2) Замечено, что даже экспериментально подтвержденные сайты частоне консервативны
Вводим понятие консервативности сайта:
Предсказание сайтов в ортологичных регуляторных областях.Выравнивание регуляторных областей
Промежуточный вариант, консервативность =0.5: в сайте есть точечная замена,но он все еще удовлетворяет распознающему правилу
Все сайты связывания регуляторов были разбиты на три группы: - показанные экспериментально («известные») - сильные предсказанные. Вес значительно выше порогового - слабые предсказанные. Пороговый вес.
Gcn4p
S.p
arad
oxus
S.m
ikat
ae
S.k
udria
vzev
ii
S.b
ayan
us
S.p
arad
oxus
S.m
ikat
ae
S.k
udria
vzev
ii
S.b
ayan
us
S.p
arad
oxus
S.m
ikat
ae
S.k
udria
vzev
ii
S.b
ayan
us
0
0,1
0,2
0,3
0,4
0,5
0,6
0,7
0,8
0,9
1
Уров
ень
конс
ерва
тивн
ости
Cbf1-комплекс
S.p
arad
oxus
S.m
ikat
ae
S.k
udria
vzev
ii
S.b
ayan
us
S.p
arad
oxus
S.m
ikat
ae
S.k
udria
vzev
ii
S.b
ayan
us
S.p
arad
oxus
S.m
ikat
ae
S.k
udria
vzev
ii
S.b
ayan
us
0
0,1
0,2
0,3
0,4
0,5
0,6
0,7
0,8
0,9
1
Уров
ень
конс
ерва
тивн
ости
известные сильные предск. слабые предск. известные сильные предск. слабые предск.