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中国南方果树 SOUTH CHINAFRUITS 2012 41 ): 40 45 櫨櫨櫨櫨櫨 櫨櫨櫨櫨櫨 研究报告 ·落叶果树· 梨果实中肉桂醇脱氢酶基因的克隆与序列分析 陶书田 KhanizadehShahrokh 张绍铃 南京农业大学梨工程技术研究中心南京210095 2HorticulturalResearchandDevelopmentCentre Agriculture andAgri FoodCanada 收稿日期2011 11 22 修回日期2012 03 12 基金项目国家自然科学基金31000888 ); 现代农业产业技术体系建设专项资金 CARS 29 ); 江苏省博士后科研基金 1002018B 资助作者简介陶书田讲师博士研究方向为果实品质形成机理电话:( 025 84396485 mail taost njau.edu.cn 通信作者张绍铃电话:( 025 84396580 mail nnzsl njau.edu.cn 肉桂醇脱氢酶CAD 是木质素生物合成过程中的一个关键酶本研究分别提取了砀山 酥梨幸水梨果肉总 RNA 并通过 RT PCR 克隆和测序成功获得了CAD 的大小为 689 bp cDNA 片段并分别命名为 PB CAD 登录号FJ478151 PPCAD 登录号FJ478152 )。核苷酸水平上这两个基因片段只有个碱基的差异编码相似性达99.6%的两个氨基酸序列序列由229个残基组成通过蛋白质序列比较发现梨果实 CAD 与许多植物中 CAD 氨基酸序列 极为相似与苹果 Malus domestica AAC06319 )、 Prunusmume BAE48658 )、 枇杷 Eriobotr onica ABV44810 和葡萄 Vitis vini era CAO21890 的相似性分别达到97.8% 95% 92.6% 83.4% 关键词肉桂醇脱氢酶RT PCR 中图分类号661.2 文献标志码文章编号1007 1431 2012 03 0040 06 Clonin of Cinnam Alcohol Deh dro enase Genes from Pear Fruit TaoShutian Zhao Mei ZhangBiao KhanizadehShahrokh ZhangShaoling 1Pear Engineering Research Center Nanjing Agricultural University Nanjing 210095 2 Horticultural ResearchandDevelopmentCentre Agriculture andAgri FoodCanada Abstract Cinnamyl alcohol dehydrogenase CAD playskeyrole in ligninbiosynthesis.TwocD NAfragments designatedasPB CAD GenBankaccession No.FJ478151 andPPCAD Gen Bankaccession No.FJ478152 ), codingforCAD wereclonedusingRT PCRfrom Dangshansuli and Kousui pear cultivars and sequenced respectively.BothcDNAswere689bp in length and differedbyonly 4bp innucleotide sequences.Theoretically theywould encode twopeptides of 229 amino acid residues that shared 99.6%of identitywith eachother.Sequence alignment showed that thetwo deduced amino acid sequences were97.8% identicalto CAD from Malusdomestica AAC06319 ), 95%toCAD fromPrunus mume BAE48658 ), 92.6%toCAD fromEriobotr onica ABV44810 and83.4%toCADfromVitis vini era CAO21890 ), respectively. Keywords pear rus ); cinnamyl alcohol dehydrogenase RT PCR
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Cloning of Cinnamyl Alcohol Dehydrogenase Genes from Pear Fruit

Mar 05, 2023

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Page 1: Cloning of Cinnamyl Alcohol Dehydrogenase Genes from Pear Fruit

 中国南方果树/SOUTH CHINA FRUITS 2012;41(3):40~45

櫨櫨櫨櫨櫨櫨

櫨櫨櫨櫨櫨櫨

毦毦

研究报告 ·落叶果树·

梨果实中肉桂醇脱氢酶基因的克隆与序列分析

陶书田1,赵 梅1,张 彪1,Khanizadeh Shahrokh2,张绍铃1

(1南京农业大学梨工程技术研究中心,南京,210095;

2Horticultural Research and Development Centre,Agriculture and Agri-Food Canada)

 收稿日期:2011-11-22;修回日期:2012-03-12基金项目:国家自然科学基金(31000888);现 代 农 业 产 业 技 术 体 系 建 设 专 项 资 金(CARS-29);江 苏 省 博 士 后 科 研 基 金

(1002018B)资助。

作者简介:陶书田,男 ,讲师,博士,研究方向为果实品质形成机理。电话:(025)84396485,E-mail:taost@njau.edu.cn通信作者:张绍铃,电话:(025)84396580,E-mail:nnzsl@njau.edu.cn

摘 要:肉桂醇脱氢酶(CAD)是木质素生物合成过程中的一个关键酶。本研究分别提取了“砀山

酥梨”及“幸水”梨果肉总RNA,并通过RT-PCR、克隆和测序,成功获得了2个CAD的大小为689

bp的cDNA片段,并分别命名为PB-CAD(登录号:FJ478151)和PP-CAD(登录号:FJ478152)。在

核苷酸水平上,这两个基因片段只有4个碱基的差异,编码相似性达99.6%的两个氨基酸序列,该

序列由229个残基组成。通过蛋白质序列比较,发现梨果实CAD与许多植物中CAD氨 基 酸 序 列

极为相似,与 苹 果 Malus domestica (AAC06319)、梅Prunus mume(BAE48658)、枇 杷Eriobotrya

japonica(ABV44810)和葡萄Vitis vinifera(CAO21890)的相似性分别达到97.8%、95%、92.6%和83.4%。

关键词:梨;肉桂醇脱氢酶;RT-PCR中图分类号:S 661.2  文献标志码:A  文章编号:1007-1431(2012)03-0040-06

Cloning of Cinnamyl Alcohol Dehydrogenase Genes fromPear FruitTao Shutian1,Zhao Mei 1,Zhang Biao1,Khanizadeh Shahrokh2,Zhang Shaoling1

(1Pear Engineering Research Center,Nanjing Agricultural University,Nanjing,210095;2 Horticultural

Research and Development Centre,Agriculture and Agri-Food Canada)

Abstract:Cinnamyl alcohol dehydrogenase(CAD)plays a key role in lignin biosynthesis.Two cD-

NA fragments,designated as PB-CAD (GenBank accession No.FJ478151)and PP-CAD (Gen-Bank accession No.FJ478152),coding for CAD were cloned using RT-PCR from ‘Dangshansuli’

and‘Kousui’pear cultivars and sequenced,respectively.Both cDNAs were 689bp in length,and

differed by only 4bp in nucleotide sequences.Theoretically,they would encode two peptides of 229

amino-acid residues that shared 99.6%of identity with each other.Sequence alignment showed that

the two deduced amino acid sequences were 97.8% identical to CAD from Malus domestica(AAC06319),95%to CAD fromPrunus mume(BAE48658),92.6%to CAD fromEriobotryaja-

ponica(ABV44810)and 83.4%to CAD fromVitis vinifera(CAO21890),respectively.

Key words:pear(Pyrus);cinnamyl alcohol dehydrogenase;RT-PCR

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 第3期 陶书田,等:梨果实中肉桂醇脱氢酶基因的克隆与序列分析

  梨果实中的石 细 胞 是 一 类 厚 壁 组 织 细 胞,是 影

响梨 鲜 果 品 质 和 加 工 工 艺 的 关 键 因 素 之 一[1-2]。

Sterling[3],Ranadive和 Haard[4]的 研 究 报 告 表 明,

梨石细胞是由木质 素 在 细 胞 壁 沉 积 而 形 成,在 我 们

此前研究中发现“砀山酥梨”石细胞中木质素含量高

达30%。植物细 胞 的 木 质 化 过 程 包 括 木 质 素 单 体

的合成、单体的转运和氧化聚合步骤,每一步都由多

种酶及其相应的 基 因 进 行 调 控[5-6]。肉 桂 醇 脱 氢 酶

(CAD)催化木质素 单 体 合 成 的 最 后 一 步 反 应[7],因

此CAD是控制木质素生物合成途径的关键酶之一。

随着分子生物学 特 别 是 基 因 工 程 技 术 的 发 展,

许多植物的CAD基因被克隆出来,但目前尚未见有

梨果实中CAD基因 克 隆 的 报 道。本 研 究 选 用 石 细

胞多,肉质 粗 糙 的“砀 山 酥 梨”Pyrus bretschneideri

cv.Dangshansuli及 石 细 胞 少、肉 质 细 腻 的“幸 水”

Pyrus pyrifolia cv.Kousui果 实,运 用 RT-PCR的

方法,扩增了梨果 肉 中 肉 桂 醇 脱 氢 酶(CAD)基 因 的

片段,并进行了生物信息学分析,为进一步获得梨果

实CAD基因全长及研 究 其 表 达 特 性 与 木 质 素 合 成

等相关代谢的调控机制提供理论依据。

1 材料与方法

1.1 材料

新鲜无损的砀山酥梨及幸水幼果采自江苏省高

邮市果树实验场,冰盒保存带回实验室,清洗后直接

取果肉提取总RNA。

1.2 方法

1.2.1 总RNA的提取及cDNA 第一链的合成  

RNA提 取 参 照 RNAiso试 剂 盒(TakaRa)说 明 书。

以2μL总RNA为模板,利用引物dT(16)反转录合

成cDNA 第 一 链。20μL反 应 体 系 为:MLV 5×

buffer 4μL,dNTP(2.5mM)8μL,Adaptor-dT(16)

1μL,RNA inhibitor 0.5μL,MLV 1μL,RNA 2

μL,H2O 3.5μL。RT反应条件:30℃,10分钟;42

℃,30分钟;99℃,5分钟;5℃,5分钟。

1.2.2 CAD基因的RT-PCR扩增与回收 通过检

索、比 对 GeneBank中 已 有 的CAD基 因 序 列,利 用

DNAman设 计 得 到 正、反 向 引 物,以 正 向 引 物

PCADF:5’-GTGACCGG(A/T)GCTTC(A/T)

GGTTACAT-3’和 反 向 引 物 PCADR:5’-GC (C/

T)AGAATATGTGCA(A/T)TGGCAACATC-3’,

以合 成 的cDNA 第 一 链 为 模 板,进 行 RT-PCR扩

增。25uL反应体系包括10×buffer 2.5μL,Mg2+

2.5μL,dNTP(25mM)2.5μL,Forward Primer 0.

625μL,Reverse Primer 0.625μL,Taq enzyme 0.2

μL,H2O 15.05μL,模 板cDNA 1μL。PCR程 序

为:94℃预变 性3分 钟,94℃变 性30秒,51℃退

火45秒,72℃延伸90秒,共35个循环,最后72℃延伸10分钟,10℃10分 钟。PCR扩 增 产 物 经1%琼脂糖凝胶 电 泳 检 测 后,利 用 UNIQ-10柱 式DNA胶回收试剂盒回收目的片段。

1.2.3 基因的克 隆 与 测 序 将 回 收 的 目 的 扩 增 片

段连 接 到pMD-19Tvector。按《分 子 克 隆 实 验 指

南》完成转化与 重 组 菌 筛 选 培 养 等 步 骤[8]。选 取 含

目的条带的单菌落,送上海英骏公司进行序列测定。

1.2.4 基因序列 及 推 导 氨 基 酸 序 列 分 析 测 序 结

果在NCBI中利用Blast工 具 与 Genbank中 的 已 知

序列比较。应 用DNAman,BioEdit,MEGA等 分 析

核 苷 酸 及 推 导 氨 基 酸 序 列。在 CPHmodels 2.0

server上进 行 蛋 白 质 三 级 结 构 预 测(http://www.

cbs.dtu.dk/services/CPHmodels/),并 用 PyMol

Viewer进行观察。

2  结果与分析

2.1 梨果实中CAD基因cDNA的克隆

采用1%琼 脂 糖 凝 胶 电 泳 检 测 RNA完 整 性。

图1显 示28SrRNA和18SrRNA 共2条 明 显 的

带,从两条带的亮度判断,RNA有较好的完整性,说

明本研究成功提取了梨果实的RNA,可以进行RT-

PCR扩增。

图1 砀山酥梨(A)和幸水(B)果实RNA

  以砀山 酥 梨 及 幸 水 幼 果 果 肉 总 RNA为 模 板,

通过RT-PCR,获得了符合预期大小的cDNA片段,

该片段在两个品种中大小均为689bp(见图2)。将

目 的 片 段 进 行 回 收 纯 化 后 连 接 到pMD-19T载 体

上,转化大肠杆菌Escherichia coli(E.coli)DH5α,挑

取白斑单菌落在液体培养基中振荡培养,取1μL菌

液进行PCR扩增鉴定,选取阳性克隆进行测序。

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中 国 南 方 果 树/SOUTH CHINA FRUITS         第41卷

图2 梨果实肉桂醇脱氢酶基因片段的PCR扩增

2.2 核苷酸与蛋白质序列分析

通过RT-PCR方 法 分 别 在 砀 山 酥 梨 和 幸 水 果

实中克隆 得 到 了 梨CADcDNA片 段,分 别 命 名 为

PB-CAD(登 录 号:FJ478151)和PP-CAD(登 录 号:

FJ478152),他们的碱基序列如图3所示。两者长度

都为689bp,G/C含量分别为43.25%和43.11%,

都编码229个 氨 基 酸,预 测 分 子 量 都 为24.8KDa。

在核苷酸 水 平 上,两 者 的 序 列 同 源 性 达 到99.5%(见图3),只 有4个 碱 基 的 差 异。而 在 氨 基 酸 水 平

上,两者相似性达到99.6%(见图4),只有1个氨基

酸残基的差异。为了进一步验证这两个基因序列各

自的准确性,我 们 再 次 在 砀 山 酥 梨 和 幸 水 的cDNA克隆中分别随机筛 选 了6个 阳 性 克 隆 进 行 测 序,结

果表 明 重 复 之 间 的 测 序 结 果 没 有 任 何 差 异。经

GeneBank BLAST检索显示,在氨基酸水平上,本研

究从砀山酥梨和幸水获得的两个氨基酸序列与许多

植 物 中 CAD 氨 基 酸 序 列 极 为 相 似,其 中 与 梅

Prunus mume(PRMU-CAD,BAE48658)、葡萄Vi-tis vinifera (VIVI-CAD,CAO21890)、枇 杷Erio-botryajaponica (ERJA-CAD,ABV44810)和 苹 果

Malus domestica (MADO-CAD,AAC06319)的 相

似性分别达到92.6%、83.4%、95%和97.8%(见图

5),说明PB-CAD和PP-CAD都 是CAD蛋 白 质 家

族成员之一。

图3 PB-CAD 和PP-CAD 核苷酸序列比对

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 第3期 陶书田,等:梨果实中肉桂醇脱氢酶基因的克隆与序列分析

图4 6个CAD 氨基酸序列比对

2.3 进化树分析

为进一步分析CAD基因的系统进化关系,通过

MEGA3.1构建PB-CAD和PP-CAD与 其 他10种

植物 CAD蛋 白 序 列 之 间 的 进 化 树,并 进 行 Boot-

strap检测。结果显示,这12种植物CAD序列都有

较高的同源性和较近的亲缘关系。我们从砀山酥梨

和幸水中得到的CAD蛋 白 形 成 特 异 的 一 个 种 群 聚

合 在 一 起,同 时 与 苹 果 (蔷 薇 科 苹 果 属,

AAC06319),梅(蔷 薇 科 李 属,BAE48658),枇 杷(蔷

薇 科 枇 杷 属,ABV44810),葡 萄(葡 萄 科 葡 萄 属,

CAO21890)的亲缘关系最近(见图5)。

2.4 CAD疏水性及三级结构预测

通过BioEdit软件,使 用 Kyte和Doolittle的 方

法选择疏水等级 来 计 算 本 研 究 已 鉴 定 的2个CAD氨基酸序列以及4个 来 自 其 他 物 种 的CAD基 因 蛋

白疏水面平均 数 Mean,进 行 疏 水 性 分 析(见 图6)。

结果表明,这6种CAD疏水性峰值都较高的区域有

10-15、65-75、115-120、180-190和195-205,

说明他们具有相似 的 疏 水 性,且 都 分 布 于 部 分α-螺

旋和β-折叠区域中(见图7)。

图5UPGMA 法构建PB-CAD、PP-CAD 与

其他植物CAD蛋白质系统进化树

3 讨论

肉桂 醇 脱 氢 酶(cinnamyl alcohol dehydrogen-

ase,CAD,EC 1.1.1.195)是木质素合成途径中

第一个被研究的酶[9-10]。它是木质素合成 过 程 中 关

键酶之一,催化多种不同的肉桂醛(香豆醛、芥子醛、

松柏醛等)生成木质素单体的前体物质。自1992年

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中 国 南 方 果 树/SOUTH CHINA FRUITS         第41卷

从烟草Nicotiana tabacum茎 部 分 离 得 到CAD基 因

以来[11],CAD基 因 及 其 同 源 基 因 在 多 种 植 物 中 被

报道,如毛 果 杨×美 洲 黑 杨[12]、火 炬 松[13]等,并 且

转基因方法也被 应 用 于 对CAD功 能 的 研 究,例 如,

抑制CAD活性的转 基 因 烟 草 中,CAD的 活 性 为 正

常活性的10% ,然 而 并 没 有 改 变 烟 草 的 发 育 及 细

胞中木质素的总量[14-15]。反义CAD转基因苜蓿[16]

和杨树 [17]的木质素含 量 也 未 明 显 降 低,仅 特 殊 组

分松柏醛(Coniferylaldehyde)明显增加。

  我国是世界上 的 产 梨 大 国,梨 的 种 植 面 积 和 产

量均一直居世界首 位,梨 也 是 我 国 农 业 产 业 结 构 调

整、优化中重要的 经 济 作 物。但 近 年 来 由 于 品 种 退

化及栽培管理不善等原因,梨品质逐年下降,突出表

现为石细胞增多,导致我国梨果实商品性下降,缺乏

市场竞争力。Ranadive和 Haard[4]通过薄层层析法

研究“Yuzuhada”梨 石 细 胞 碱 性 硝 基 苯 氧 化 产 物 和

硫酸铜氧化产 物 时 发 现 梨 果 实 石 细 胞 中 含 有18%

的木质素,而Tao等[18]报道白梨品种砀山酥梨石细

胞中木质素含量高达30%,因 此,木 质 素 的 合 成、转

运和沉积与石细胞的发育有密切的关系。但目前为

止,对于梨果实中参 与 木 质 素 形 成 的 肉 桂 醇 脱 氢 酶

(CAD)研 究 并 不 多 见。本 研 究 根 据 前 期 研 究 结

果[19-21],选择花后20天,处 于 石 细 胞 发 育 关 键 期 的

砀山酥梨和 幸 水 梨 幼 果 通 过 RT-PCR的 方 法 克 隆

获得了梨果 实CAD基 因 的689bp片 段,分 别 命 名

为PB-CAD(FJ478151)和PP-CAD(FJ478152),并

登录GeneBank,两个片段均编码229个氨基酸。多

重比较显示,来源于砀山酥梨和幸水梨的两个CAD基因 片 段 同 源 性 高 达99.5%,而 在 氨 基 酸 水 平 上,

PB-CAD 和PP-CAD 所 编 码 的 氨 基 酸 序 列 与 其 他

植物中CAD氨基酸序列极为相似,尤其与同属蔷薇

科的苹果Malus domestica、枇杷Eriobotryajaponi-

ca和梅Prunus mume相似度较高,甚至达到97%。

CAD系 统 进 化 树 显 示,PB-CAD和 PP-CAD与 苹

果、枇杷、梅、葡 萄、桉 树、楸 树、杜 仲、烟 草、水 稻、车

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 第3期 陶书田,等:梨果实中肉桂醇脱氢酶基因的克隆与序列分析

前草都有较 高 的 同 源 性 和 较 近 的 亲 缘 关 系[22]。这

些分析表 明,本 研 究 克 隆 的PB-CAD 和PP-CAD是梨果实中编码肉 桂 醇 脱 氢 酶 的 基 因,且 不 同 物 种

间 CAD 基 因 具 有 一 定 的 保 守 性 和 进 化 的 稳

定性[23]。

果肉细胞的木质化是梨果实石细胞形成的直接

原因,也是造成梨果品质下降的重要因素,肉桂醇脱

氢酶是木质素代谢 过 程 中 一 个 关 键 酶,其 表 达 强 度

和酶活性将会影响梨果实中木质素、石细胞的含量,

最终影响果品品质,因此,对其研究具有重要的理论

和实际意义。梨果肉CAD基因的克隆和分析,为进

一步获得梨果实CAD基 因 全 长 以 及 研 究 其 表 达 特

性与木质素合成等相关代谢的调控机制提供了一定

的理论依据。

参 考 文 献

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(责任编辑:王新娟;英文编辑:董朝菊)

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