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中国南方果树/SOUTH CHINA FRUITS 2012;41(3):40~45
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研究报告 ·落叶果树·
梨果实中肉桂醇脱氢酶基因的克隆与序列分析
陶书田1,赵 梅1,张 彪1,Khanizadeh Shahrokh2,张绍铃1
(1南京农业大学梨工程技术研究中心,南京,210095;
2Horticultural Research and Development Centre,Agriculture and Agri-Food Canada)
收稿日期:2011-11-22;修回日期:2012-03-12基金项目:国家自然科学基金(31000888);现 代 农 业 产 业 技 术 体 系 建 设 专 项 资 金(CARS-29);江 苏 省 博 士 后 科 研 基 金
(1002018B)资助。
作者简介:陶书田,男 ,讲师,博士,研究方向为果实品质形成机理。电话:(025)84396485,E-mail:taost@njau.edu.cn通信作者:张绍铃,电话:(025)84396580,E-mail:nnzsl@njau.edu.cn
摘 要:肉桂醇脱氢酶(CAD)是木质素生物合成过程中的一个关键酶。本研究分别提取了“砀山
酥梨”及“幸水”梨果肉总RNA,并通过RT-PCR、克隆和测序,成功获得了2个CAD的大小为689
bp的cDNA片段,并分别命名为PB-CAD(登录号:FJ478151)和PP-CAD(登录号:FJ478152)。在
核苷酸水平上,这两个基因片段只有4个碱基的差异,编码相似性达99.6%的两个氨基酸序列,该
序列由229个残基组成。通过蛋白质序列比较,发现梨果实CAD与许多植物中CAD氨 基 酸 序 列
极为相似,与 苹 果 Malus domestica (AAC06319)、梅Prunus mume(BAE48658)、枇 杷Eriobotrya
japonica(ABV44810)和葡萄Vitis vinifera(CAO21890)的相似性分别达到97.8%、95%、92.6%和83.4%。
关键词:梨;肉桂醇脱氢酶;RT-PCR中图分类号:S 661.2 文献标志码:A 文章编号:1007-1431(2012)03-0040-06
Cloning of Cinnamyl Alcohol Dehydrogenase Genes fromPear FruitTao Shutian1,Zhao Mei 1,Zhang Biao1,Khanizadeh Shahrokh2,Zhang Shaoling1
(1Pear Engineering Research Center,Nanjing Agricultural University,Nanjing,210095;2 Horticultural
Research and Development Centre,Agriculture and Agri-Food Canada)
Abstract:Cinnamyl alcohol dehydrogenase(CAD)plays a key role in lignin biosynthesis.Two cD-
NA fragments,designated as PB-CAD (GenBank accession No.FJ478151)and PP-CAD (Gen-Bank accession No.FJ478152),coding for CAD were cloned using RT-PCR from ‘Dangshansuli’
and‘Kousui’pear cultivars and sequenced,respectively.Both cDNAs were 689bp in length,and
differed by only 4bp in nucleotide sequences.Theoretically,they would encode two peptides of 229
amino-acid residues that shared 99.6%of identity with each other.Sequence alignment showed that
the two deduced amino acid sequences were 97.8% identical to CAD from Malus domestica(AAC06319),95%to CAD fromPrunus mume(BAE48658),92.6%to CAD fromEriobotryaja-
ponica(ABV44810)and 83.4%to CAD fromVitis vinifera(CAO21890),respectively.
Key words:pear(Pyrus);cinnamyl alcohol dehydrogenase;RT-PCR
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第3期 陶书田,等:梨果实中肉桂醇脱氢酶基因的克隆与序列分析
梨果实中的石 细 胞 是 一 类 厚 壁 组 织 细 胞,是 影
响梨 鲜 果 品 质 和 加 工 工 艺 的 关 键 因 素 之 一[1-2]。
Sterling[3],Ranadive和 Haard[4]的 研 究 报 告 表 明,
梨石细胞是由木质 素 在 细 胞 壁 沉 积 而 形 成,在 我 们
此前研究中发现“砀山酥梨”石细胞中木质素含量高
达30%。植物细 胞 的 木 质 化 过 程 包 括 木 质 素 单 体
的合成、单体的转运和氧化聚合步骤,每一步都由多
种酶及其相应的 基 因 进 行 调 控[5-6]。肉 桂 醇 脱 氢 酶
(CAD)催化木质素 单 体 合 成 的 最 后 一 步 反 应[7],因
此CAD是控制木质素生物合成途径的关键酶之一。
随着分子生物学 特 别 是 基 因 工 程 技 术 的 发 展,
许多植物的CAD基因被克隆出来,但目前尚未见有
梨果实中CAD基因 克 隆 的 报 道。本 研 究 选 用 石 细
胞多,肉质 粗 糙 的“砀 山 酥 梨”Pyrus bretschneideri
cv.Dangshansuli及 石 细 胞 少、肉 质 细 腻 的“幸 水”
Pyrus pyrifolia cv.Kousui果 实,运 用 RT-PCR的
方法,扩增了梨果 肉 中 肉 桂 醇 脱 氢 酶(CAD)基 因 的
片段,并进行了生物信息学分析,为进一步获得梨果
实CAD基因全长及研 究 其 表 达 特 性 与 木 质 素 合 成
等相关代谢的调控机制提供理论依据。
1 材料与方法
1.1 材料
新鲜无损的砀山酥梨及幸水幼果采自江苏省高
邮市果树实验场,冰盒保存带回实验室,清洗后直接
取果肉提取总RNA。
1.2 方法
1.2.1 总RNA的提取及cDNA 第一链的合成
RNA提 取 参 照 RNAiso试 剂 盒(TakaRa)说 明 书。
以2μL总RNA为模板,利用引物dT(16)反转录合
成cDNA 第 一 链。20μL反 应 体 系 为:MLV 5×
buffer 4μL,dNTP(2.5mM)8μL,Adaptor-dT(16)
1μL,RNA inhibitor 0.5μL,MLV 1μL,RNA 2
μL,H2O 3.5μL。RT反应条件:30℃,10分钟;42
℃,30分钟;99℃,5分钟;5℃,5分钟。
1.2.2 CAD基因的RT-PCR扩增与回收 通过检
索、比 对 GeneBank中 已 有 的CAD基 因 序 列,利 用
DNAman设 计 得 到 正、反 向 引 物,以 正 向 引 物
PCADF:5’-GTGACCGG(A/T)GCTTC(A/T)
GGTTACAT-3’和 反 向 引 物 PCADR:5’-GC (C/
T)AGAATATGTGCA(A/T)TGGCAACATC-3’,
以合 成 的cDNA 第 一 链 为 模 板,进 行 RT-PCR扩
增。25uL反应体系包括10×buffer 2.5μL,Mg2+
2.5μL,dNTP(25mM)2.5μL,Forward Primer 0.
625μL,Reverse Primer 0.625μL,Taq enzyme 0.2
μL,H2O 15.05μL,模 板cDNA 1μL。PCR程 序
为:94℃预变 性3分 钟,94℃变 性30秒,51℃退
火45秒,72℃延伸90秒,共35个循环,最后72℃延伸10分钟,10℃10分 钟。PCR扩 增 产 物 经1%琼脂糖凝胶 电 泳 检 测 后,利 用 UNIQ-10柱 式DNA胶回收试剂盒回收目的片段。
1.2.3 基因的克 隆 与 测 序 将 回 收 的 目 的 扩 增 片
段连 接 到pMD-19Tvector。按《分 子 克 隆 实 验 指
南》完成转化与 重 组 菌 筛 选 培 养 等 步 骤[8]。选 取 含
目的条带的单菌落,送上海英骏公司进行序列测定。
1.2.4 基因序列 及 推 导 氨 基 酸 序 列 分 析 测 序 结
果在NCBI中利用Blast工 具 与 Genbank中 的 已 知
序列比较。应 用DNAman,BioEdit,MEGA等 分 析
核 苷 酸 及 推 导 氨 基 酸 序 列。在 CPHmodels 2.0
server上进 行 蛋 白 质 三 级 结 构 预 测(http://www.
cbs.dtu.dk/services/CPHmodels/),并 用 PyMol
Viewer进行观察。
2 结果与分析
2.1 梨果实中CAD基因cDNA的克隆
采用1%琼 脂 糖 凝 胶 电 泳 检 测 RNA完 整 性。
图1显 示28SrRNA和18SrRNA 共2条 明 显 的
带,从两条带的亮度判断,RNA有较好的完整性,说
明本研究成功提取了梨果实的RNA,可以进行RT-
PCR扩增。
图1 砀山酥梨(A)和幸水(B)果实RNA
以砀山 酥 梨 及 幸 水 幼 果 果 肉 总 RNA为 模 板,
通过RT-PCR,获得了符合预期大小的cDNA片段,
该片段在两个品种中大小均为689bp(见图2)。将
目 的 片 段 进 行 回 收 纯 化 后 连 接 到pMD-19T载 体
上,转化大肠杆菌Escherichia coli(E.coli)DH5α,挑
取白斑单菌落在液体培养基中振荡培养,取1μL菌
液进行PCR扩增鉴定,选取阳性克隆进行测序。
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中 国 南 方 果 树/SOUTH CHINA FRUITS 第41卷
图2 梨果实肉桂醇脱氢酶基因片段的PCR扩增
2.2 核苷酸与蛋白质序列分析
通过RT-PCR方 法 分 别 在 砀 山 酥 梨 和 幸 水 果
实中克隆 得 到 了 梨CADcDNA片 段,分 别 命 名 为
PB-CAD(登 录 号:FJ478151)和PP-CAD(登 录 号:
FJ478152),他们的碱基序列如图3所示。两者长度
都为689bp,G/C含量分别为43.25%和43.11%,
都编码229个 氨 基 酸,预 测 分 子 量 都 为24.8KDa。
在核苷酸 水 平 上,两 者 的 序 列 同 源 性 达 到99.5%(见图3),只 有4个 碱 基 的 差 异。而 在 氨 基 酸 水 平
上,两者相似性达到99.6%(见图4),只有1个氨基
酸残基的差异。为了进一步验证这两个基因序列各
自的准确性,我 们 再 次 在 砀 山 酥 梨 和 幸 水 的cDNA克隆中分别随机筛 选 了6个 阳 性 克 隆 进 行 测 序,结
果表 明 重 复 之 间 的 测 序 结 果 没 有 任 何 差 异。经
GeneBank BLAST检索显示,在氨基酸水平上,本研
究从砀山酥梨和幸水获得的两个氨基酸序列与许多
植 物 中 CAD 氨 基 酸 序 列 极 为 相 似,其 中 与 梅
Prunus mume(PRMU-CAD,BAE48658)、葡萄Vi-tis vinifera (VIVI-CAD,CAO21890)、枇 杷Erio-botryajaponica (ERJA-CAD,ABV44810)和 苹 果
Malus domestica (MADO-CAD,AAC06319)的 相
似性分别达到92.6%、83.4%、95%和97.8%(见图
5),说明PB-CAD和PP-CAD都 是CAD蛋 白 质 家
族成员之一。
图3 PB-CAD 和PP-CAD 核苷酸序列比对
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第3期 陶书田,等:梨果实中肉桂醇脱氢酶基因的克隆与序列分析
图4 6个CAD 氨基酸序列比对
2.3 进化树分析
为进一步分析CAD基因的系统进化关系,通过
MEGA3.1构建PB-CAD和PP-CAD与 其 他10种
植物 CAD蛋 白 序 列 之 间 的 进 化 树,并 进 行 Boot-
strap检测。结果显示,这12种植物CAD序列都有
较高的同源性和较近的亲缘关系。我们从砀山酥梨
和幸水中得到的CAD蛋 白 形 成 特 异 的 一 个 种 群 聚
合 在 一 起,同 时 与 苹 果 (蔷 薇 科 苹 果 属,
AAC06319),梅(蔷 薇 科 李 属,BAE48658),枇 杷(蔷
薇 科 枇 杷 属,ABV44810),葡 萄(葡 萄 科 葡 萄 属,
CAO21890)的亲缘关系最近(见图5)。
2.4 CAD疏水性及三级结构预测
通过BioEdit软件,使 用 Kyte和Doolittle的 方
法选择疏水等级 来 计 算 本 研 究 已 鉴 定 的2个CAD氨基酸序列以及4个 来 自 其 他 物 种 的CAD基 因 蛋
白疏水面平均 数 Mean,进 行 疏 水 性 分 析(见 图6)。
结果表明,这6种CAD疏水性峰值都较高的区域有
10-15、65-75、115-120、180-190和195-205,
说明他们具有相似 的 疏 水 性,且 都 分 布 于 部 分α-螺
旋和β-折叠区域中(见图7)。
图5UPGMA 法构建PB-CAD、PP-CAD 与
其他植物CAD蛋白质系统进化树
3 讨论
肉桂 醇 脱 氢 酶(cinnamyl alcohol dehydrogen-
ase,CAD,EC 1.1.1.195)是木质素合成途径中
第一个被研究的酶[9-10]。它是木质素合成 过 程 中 关
键酶之一,催化多种不同的肉桂醛(香豆醛、芥子醛、
松柏醛等)生成木质素单体的前体物质。自1992年
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中 国 南 方 果 树/SOUTH CHINA FRUITS 第41卷
从烟草Nicotiana tabacum茎 部 分 离 得 到CAD基 因
以来[11],CAD基 因 及 其 同 源 基 因 在 多 种 植 物 中 被
报道,如毛 果 杨×美 洲 黑 杨[12]、火 炬 松[13]等,并 且
转基因方法也被 应 用 于 对CAD功 能 的 研 究,例 如,
抑制CAD活性的转 基 因 烟 草 中,CAD的 活 性 为 正
常活性的10% ,然 而 并 没 有 改 变 烟 草 的 发 育 及 细
胞中木质素的总量[14-15]。反义CAD转基因苜蓿[16]
和杨树 [17]的木质素含 量 也 未 明 显 降 低,仅 特 殊 组
分松柏醛(Coniferylaldehyde)明显增加。
我国是世界上 的 产 梨 大 国,梨 的 种 植 面 积 和 产
量均一直居世界首 位,梨 也 是 我 国 农 业 产 业 结 构 调
整、优化中重要的 经 济 作 物。但 近 年 来 由 于 品 种 退
化及栽培管理不善等原因,梨品质逐年下降,突出表
现为石细胞增多,导致我国梨果实商品性下降,缺乏
市场竞争力。Ranadive和 Haard[4]通过薄层层析法
研究“Yuzuhada”梨 石 细 胞 碱 性 硝 基 苯 氧 化 产 物 和
硫酸铜氧化产 物 时 发 现 梨 果 实 石 细 胞 中 含 有18%
的木质素,而Tao等[18]报道白梨品种砀山酥梨石细
胞中木质素含量高达30%,因 此,木 质 素 的 合 成、转
运和沉积与石细胞的发育有密切的关系。但目前为
止,对于梨果实中参 与 木 质 素 形 成 的 肉 桂 醇 脱 氢 酶
(CAD)研 究 并 不 多 见。本 研 究 根 据 前 期 研 究 结
果[19-21],选择花后20天,处 于 石 细 胞 发 育 关 键 期 的
砀山酥梨和 幸 水 梨 幼 果 通 过 RT-PCR的 方 法 克 隆
获得了梨果 实CAD基 因 的689bp片 段,分 别 命 名
为PB-CAD(FJ478151)和PP-CAD(FJ478152),并
登录GeneBank,两个片段均编码229个氨基酸。多
重比较显示,来源于砀山酥梨和幸水梨的两个CAD基因 片 段 同 源 性 高 达99.5%,而 在 氨 基 酸 水 平 上,
PB-CAD 和PP-CAD 所 编 码 的 氨 基 酸 序 列 与 其 他
植物中CAD氨基酸序列极为相似,尤其与同属蔷薇
科的苹果Malus domestica、枇杷Eriobotryajaponi-
ca和梅Prunus mume相似度较高,甚至达到97%。
CAD系 统 进 化 树 显 示,PB-CAD和 PP-CAD与 苹
果、枇杷、梅、葡 萄、桉 树、楸 树、杜 仲、烟 草、水 稻、车
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第3期 陶书田,等:梨果实中肉桂醇脱氢酶基因的克隆与序列分析
前草都有较 高 的 同 源 性 和 较 近 的 亲 缘 关 系[22]。这
些分析表 明,本 研 究 克 隆 的PB-CAD 和PP-CAD是梨果实中编码肉 桂 醇 脱 氢 酶 的 基 因,且 不 同 物 种
间 CAD 基 因 具 有 一 定 的 保 守 性 和 进 化 的 稳
定性[23]。
果肉细胞的木质化是梨果实石细胞形成的直接
原因,也是造成梨果品质下降的重要因素,肉桂醇脱
氢酶是木质素代谢 过 程 中 一 个 关 键 酶,其 表 达 强 度
和酶活性将会影响梨果实中木质素、石细胞的含量,
最终影响果品品质,因此,对其研究具有重要的理论
和实际意义。梨果肉CAD基因的克隆和分析,为进
一步获得梨果实CAD基 因 全 长 以 及 研 究 其 表 达 特
性与木质素合成等相关代谢的调控机制提供了一定
的理论依据。
参 考 文 献
[1] 张秀芬,王奎玲,刘庆华,等.PP333对茌梨果实发育
的影响 [J].莱阳农学院学报,1996,13(2):124-128[2] 钱银才,顾志康,姚建祥,等.4种 类 型 果 袋 套 袋 对 梨
不同品种 果 实 品 质 的 影 响 [J].浙 江 林 学 院 学 报,
2000,17(3):276-279[3] Sterling C.Sclereid development and the texture of Bart-
lett pears[J].Food Research,1954,19:433-443[4] Ranadive A S,Haard N F.Chemical nature of stone
cells from pear fruit[J].Journal of Food Science,
1973,38:331-333[5] Anterola A M,Lewis N G.Trends in lignin modifica-
tion:a comprehensive analysis of the effects of geneticmanipulations/mutations on lignification and vascular in-tegrity[J].Phytochemistry,2002,61:221-294
[6] Baucher M,Halpin C,Petit-Conil M,et al.Lignin:
genetic engineering and impact on pulping[J].Criti-cal Reviews in Biochemistry and Molecular Biology,
2003,38:305-350[7] Sibout R,Eudes A,Mouille G,et al.Cinnamyl alco-
hol dehydrogenase-C and-D are the primary genesinvolved in lignin biosynthesis in the floral stem ofArabidopsis [J].The Plant Cell,2005,17:
2059-2076[8] 萨姆布鲁克J,拉塞尔 D W.分子克隆实验指南(第
三版)[M].黄 培 堂,王 嘉 玺,朱 厚 础,等 译.北 京:科学出版社,2002
[9] Gross G G,Stockigt J,Zenk M H.Three novel en-zymes involved in the reduction of ferulic acid to co-niferyl alcohol [J].FEBS Letters,1973,31:
283-286[10]Mansell R L,Gross G G,Zenk M H.Enzymic re-
duction of pcoumaric acid via p-coumaroyl-CoA to p-
coumaryl alcohol[J].Phytochemistry,1974,13:
2427-2435[11]Knigh T M E,Halpin C,Schu CH W.Identification
and characterisation of cDNA clones encoding cin-namyl alcohol dehydrogenase from tobacco[J].PlantMol Biol,1992,19:793-801
[12]Baucher M,Chabbert B,Pilate G,et al.Red xylemand higher lignin extractability by down-regulating aCinnamyl Alcohol Dehydrogenase in Poplar [J].Plant Physiology,1996,112(4):1479-1490
[13]Ralph J,MacK J J,Hatfied R D,et al.Abnormallingnin in a lobiolly pine mutant[J].Science,1997,
277:235-239[14]Halpin C,Knight M E,Foxon G A,et al.Manipula-
tion of lignin quality by down regulation of cinnamylalcohol dehydrogenase [J].The Plant Journal.1994,6(3):339-350
[15]Yahiaoui N,Marque C,Myton K E,et al.Impact ofdifferent levels of cinnamyl alcohol dehydrogenasedown-regulation on lignins of transgenic tobaccoplants[J].Planta,1998,204:8-15
[16]Baucher M,Bernard-Vailh M A,Chabbert B,et al.Down-regulation of cinnamyl alcohol dehydrogenasein transgenic alfalfa(Medicago sativa L.)and theimpact on lignin composition and digestibility [J].Plant Molecular Biology,1999,39:437-447
[17]Lapierre C,Pollet B,Petit-Conil M,et al.Structuralalterations of lignins in transgenic poplars with de-pressed cinnamyl alcohol dehydrogenase or caffeicacid O-methyltransferase activity have opposite im-pact on the efficiency of industrial kraft pulping[J].Plant Physiol,1999,119:153-163
[18]Tao S,Khanizadeh S,Zhang H,et al.Anatomy,ultra-structure and lignin distribution of stone cells in twoPyrus species[J].Plant Science,2009,176:413-419
[19]陶书田,张绍铃,乔勇进,等.梨果实发育过程中 石 细
胞团及几种相关酶活性变 化 的 研 究 [J].果 树 学 报,
2004,21(6):516-520[20]张绍铃,张振铭,乔勇进,等.不同时期套袋对幸 水 梨
果实品质、石 细 胞 发 育 及 其 相 关 酶 活 性 变 化 的 影 响
[J].西北植物学报,2006,26(7):1369-1377[21]张振铭,张绍铃,乔勇进,等.不同果袋对砀山酥 梨 果
实品质的影响 [J].果树学报,2006,23(4):510-514[22]刘卫平,韩玉珍,赵德刚.杜仲肉桂醇脱氢酶基因克隆
及序 列 分 析[J].中 国 农 业 大 学 学 报,2003,8(1):
27-30[23]张鲁斌,谷 会,弓德强,等.植物肉桂醇 脱 氢 酶 及
其基因研究进展[J].西北植物学报,2011,31(1):
204-211
(责任编辑:王新娟;英文编辑:董朝菊)
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