Migliori@enea.it Workshop finale dei Progetti Grid del PON "Ricerca" 2000-2006 - Avviso 1575 ITALIAN NATIONAL AGENCY FOR NEW TECNOLOGY,
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ITALIAN NATIONAL AGENCYFOR NEW TECNOLOGY, ENERGY
AND THE ENVIRONMENT
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ContenutoL’Infrastruttura ENEA-GRID
Il progetto CRESCO: i risultati scientifici ed i “Laboratori Virtuali”
Una infrastruttura Nazionale ICT a supporto dello sviluppo del sistema “Paese”
Silvio Migliori Responsabile ScientificoAndrea Quintiliani Responsabile Amministrativo
ENEA-Dipartimento Tecnologie Fisiche e Nuovi Materiali (FIM)
Il Progetto CRESCO ed ENEA-GRID
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Ringraziamenti (1) Ministero della Ricerca e dell’Università (MUR) Direzione dell’ENEA Capo Dipartimento Ing. Sandro Taglienti Comitato Scientifico: J. Dongarra, A. Mathis, D.
Ferrari Macrostruttura di progetto : Andrea Quintiliani,
Vittorio Rosato, Sandro Bologna Collaboratori direttamente coinvolti : Giovanni Bracco,
Salvatore Podda, Samuele Pierattini, Pietro D’Angelo, Daniele Remoli, Pasquale Cuomo, Francesco Beone, Antonio Perozziello, Carlo Pinto, Gazziano Furini,Cristina Baracca, Giorgio Mencuccini, Erminia Mattei, Gloria Tabili, Nadia Mencucci, CaterinaVinci, Dante Giammattei, Alessandro De Stefano,Vincenzo Colaci,, Matteo De Rosa
Il personale dell’Unità FIM-INFOGER coordinata da Roberto Guadagni
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Ringraziamenti (2)
Il personale del Centro ENEA di Portici e il Direttore Ezio Terzini
I ricercatori assegnisti di ricerca del progetto CRESCO Università, Consorzi e Società Partner di progetto Tutti i Ricercatori ENEA ed i rispettivi responsabili
coinvolti (circa 60 ricercatori dei Centri di Portici, Trisaia, Brindisi)
Il personale delle unità dell’Ufficio di Presidenza coordinate da Susanna Del Bufalo, Elisabetta Pasta e Diana Savelli
Il personale della ditta Computer Var e IBM per la realizzazione dell’infrastruttura
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TELEMICROSCOPY & GRID - BASED COMPUTINGTELEMICROSCOPY & GRID - BASED COMPUTINGREMOTE ACCESS FOR DATA ACQUISITION AND ANALYSISREMOTE ACCESS FOR DATA ACQUISITION AND ANALYSIS
QuickTime™ and a YUV420 codec decompressor are needed to see this picture.
Cell Centered Data Base Cell Centered Data Base ““CCDB”CCDB”
IMAGING-INSTRUMENTSIMAGING-INSTRUMENTS COMP.-RESOURCESCOMP.-RESOURCES MULTI-SCALE-DATA-BASESMULTI-SCALE-DATA-BASES
NETWORKNETWORK
ADV.-COMP.-GRAPHICSADV.-COMP.-GRAPHICSDATA ANALYSISDATA ANALYSISDATA ACQUISITIONDATA ACQUISITION
By-Mark EllismanBy-Mark Ellisman
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ENEA-GRID
Sensor nets
ENEA-GRID
Nasce nel 1998 con 6 cluster geografici “ Quadrics Ape100” Principali finalità
– Fornire ai ricercatori ENEA un ambiente unificato per l’utilizzo delle risorse informatiche eterogenee distribuite nei diversi centri di calcolo o Dipartimenti;
– Realizzare un’infrastruttura che avesse la possibilità di distribuire i livelli di gestione e sviluppo conservandone l’unicità architetturale e di utilizzo;
– Integrarsi con le principali infrastrutture ICT nazionali ed internazionali
www.afs.enea.it/project/eneagrid
Data archivesColleagues & 3D
Softwarecatalogs
ComputersApplication
Fabric
Connectivity
Resource
Collective
User
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ENEA-GRID from the user point of view Main feature:
– Access from any kind of connection– Sharing data in world wide areas (geographical file system AFS) – Access to the data from any kind of digital device client – Running any kind of programs – Access to National and International GRIDS
Sensor nets
Data archives
Computers
Portici (
Roma-1
Bologna EU…Brindisi Roma-2
Trisaia
Software catalogs
ComputersComputersComputers
Computers
Sensor netsEN
EA
-GR
ID
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ENEA-GRID from application point of view Potentiality:
– Running all Software Model for any kind of computer architecture – Only one installation for each software for all geographical computers– All authorized users can have access the software from local site – Any application can share the data in the common geographical file system– All sensors can share the data easily using the geographical file systems
Sensor nets
Computers
Portici (
Roma-1
Bologna EU…Brindisi Roma-2
Trisaia
Software catalogs
Computers
Computers
Sensor netsEN
EA
-GR
ID
Software Model 1
Software Model 2
Software Model 3
Software Model ..
Rules
Computers
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AFS Geographical cross platform & File System
AIX SGI SUN HP Win
Linux
Linux Alpha
…
LSF
User programs and commercial codes
LSF multi-cluster as integrator
XTERM
Graphical User Interface
Application Portal (ICA-Protocol)
ICAWEB
Qu
ality
of
serv
ice
Mon
itori
ng
, A
uto
mati
c r
ecovery
Accau
nti
ng
ENEA GRID
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Load Leveler LSF
Graphic User Interface LSF multi-cluster as integratorTelnet
User programs & commercial code
ICAWEB
Cluster 5° ( Portici)
& File System
Load Leveler LSF
Graphic User Interface
Telnet
ICAWEB
Cluster 6° ( Brindisi)
AFS Geographical cross platform& File System
Load Leveler LSF
Graphic User Interface LSF multi-cluster as integrator
Telnet
User programs & commercial code
ICAWEB
Cluster 2° (Casaccia)
AFS Geographical cross platform& File System
Load Leveler LSF
Graphic User Interface LSF multi-cluster as integrator
Telnet
User programs & commercial code
ICAWEB
Cluster 4° (Trisaia )
AFS Geographical cross platform& File System
Load Leveler LSF
Graphic User Interface LSF multi-cluster as integrator
Telnet
User programs & commercial code
ICAWEB
Cluster 3° (Frascati)
AFS Geographical cross platform& File System
Load Leveler LSF
Graphic User Interface LSF multi-cluster as integrator
Telnet
User programs & commercial code
ICAWEB
Cluster 1° ( Bologna)
A Simple view of ENEA GRID
10
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I centri computazionali di ENEA-GRID L'ENEA, Ente per le Nuove
tecnologie, l’Energia e l’Ambiente
Le principali presenze nel territorio nazionale sono rappresentate da 12 centri di ricerca di cui 6 sono corredati di infrastrutture per il calcolo scientifico e grafica 3D:
Bologna Casaccia(Roma Nord)Frascati Trisaia (MT) Portici (NA) Brindisi
L’intera infrastruttura è progettata, sviluppata e gestita dal Dipartimento Fisica dei Materiali (FIM)
Centrodi Brindisi
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L’ENEA gestisce in proprio le reti locali (LAN) su tutti I centri mentre la connettività fra i centri (WAN) è garantita dal “Consortium GARR” di cui l’ENEA è socio
Connessioni delle LAN ENEA alla rete GARR
ENEA & GARR
9 PoP, da 18 a 1000 Mbps
Centri ENEA-GRIDBrindisi (150 Mbps)Bologna (30 Mbps)Casaccia (100 Mbps)Frascati (135 Mbps)Portici (2000 Mbps) New Fibra Spenta CRESCO-SCOPETrisaia (18 Mbps)
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CASACCIACASACCIA
FRASCATIFRASCATI
S.TeresaS.Teresa
SaluggiaSaluggia
IspraIspra
BOLOGNABOLOGNA
PORTICIPORTICI
TRISAIATRISAIA
BRINDISIBRINDISI
ManfredoniaManfredonia
Centri computazionali ENEA-GRID
902750
400
140
30
#CPU/Core
45
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RISORSE COMPUTAZIONALI ENEA-GRID
I centri di calcolo e suppercalcolo di Portici (NA) , Brindisi e Trisaia (MT) sono stati potenziati con i progetti PON TELEGRID (Avv. MIUR 68)CRESCO (Avv. MUR 1575)
Frascati(4), Portici(34),Trisaia(4), Brindisi(4)
10046Windows 32/64
Frascati(1), Trisaia(13)6014Mac OS X
Trisaia(4), Casaccia(2), Bologna(2)108Solaris
Frascati(8), Casaccia(4), Portici(1),Trisaia(8), Brindisi(1), Bologna(5)
4026IRIX
Casaccia30064Linux IA64 (Altix)
Frascati(140), Casaccia(54), Portici(2700),Trisaia(20), Brindisi(84)
25000>3000Linux x86 32/64
Frascati(258), Bologna(24), Portici(18),Brindisi(2)
3000>300AIX
Gflops#CPU/Core OS
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Jack Dongarra 2002
CRESCO in the Top500 List June 2008
Italy (06/2008)
90 CINECA
125 ENEA
131 ENI
135 CILEA
156 CINECA
226 Telecom
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AccessoClient
AccessoWEB
sp5-1.frascati.enea.it
pace.bologna.enea.it
dafne.casaccia.enea.it
2 0 0 9
GEANT
infocal.trisia.enea.it
Gatewayto
EGEE & GRISU
Portici
Brindisi
Kleos.portici.enea.it
ercules.brindisi.enea.it
AccessoDiretto www.afs.enea.it/project/eneagrid
www.cresco.enea.it
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GARR
PI2S2
GARR Altri Enti e realtà
La ENEA-GRID interopera con altre GRID
ENEA ha sviluppato la soluzione “shared proxy”
•Conserva l’autonomia architetturale interna
•Consente implementazioni multipiattaforma
•In produzione in EGEE
•In produzione per la rete GRISU•Richiesto da EFDA per l’accesso ad EGEE
EFDAEGEE
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CASACCIACASACCIA
FRASCATIFRASCATI
S.TeresaS.Teresa
SaluggiaSaluggia
IspraIspra
BOLOGNABOLOGNA
PORTICIPORTICI BRINDISIBRINDISI
ManfredoniaManfredonia
ENEA-GRID & GRISU & IGI
ENEA-GRID
SPACI
TRISAIATRISAIA
GRISU
INFN-GRID
IGIItalian GRID Infrastructure
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ENEA-GRID: Interoperabilità
L'interoperabiltà con gLite: realizzata col metodo SPAGO (Shared Proxy Approach for Grid Objects): una o piu' macchine proxy gLite che condividono lo spazio disco con i worker node ENEA-GRID
GARRPI2S2
GARR
G. Bracco, IES08, Napoli, May 27-29 2008
ENEA-GRID
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Il progetto CRESCO(PON 1575)
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Il Progetto CRESCOCentro computazionale di RicErca sui Sistemi COmplessi
Linee di attività progettuali LA1 Realizzazione del Polo di calcolo e sviluppo di
nuove funzionalità di GRID Computing
LA2 Sviluppo di tecnologie e modelli computazionali per la descrizione di sistemi complessi di origine biologica e di materiali innovativi
LA3 Sviluppo di modelli di simulazione ed analisi delle Reti Tecnologiche complesse e delle loro interdipendenze (energetiche, telecomunicazioni, trasporti,…)
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N° 7 Scientific Relations Session 1 Impact of a two-way grid refinement at the Strait of Gibraltar on the
thermohaline circulation of the Mediterranean Sea
Porting the MIT-Global Circulation Model on the Cell section of the CRESCO System
Session 2 Parallel implementations of Genetic Algorithms for parameters estimate of
metabolic pathways
Materials for hydrogen storage: ab-initio Molecular Dynamics study in the ENEA-GRID environment
Session 3Numerical Simulation of Turbulent Combustion on CRESCO Platform ENEA-GRID and gLite Interoperability: robustness of SPAGO approach New ENEA-GRID Integrated Support Services for CRESCO
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N° 16 Poster CRESCO
1. Software tools for monitoring ENEA GRID with CRESCO cluster integration.
2. Parallel programming in Matlab environment on CRESCO cluster, interactive and batch mode.
3. Parallel implementations of the genetic algorithm for parameters estimate of metabolic pathways.
4. OpenFOAM and Fluent features in CFD simulations on CRESCO High Power Computing system.
5. Laser scanner technologies and 3D models integration: analysis and methodological approach.
6. Web Crawling on ENEA GRID infrastructure to perform Web Archive.
7. A new metric to describe the efficiency of data communication networks.
8. Applications of imaging analysis to tokamak fusion plasma by enea- grid technologies
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Poster CRESCO
9. CUDA based implementation of parallelized Pollard’s Rho algorithm for ECDLP
10. Numerical and Statistical tools for images analysis based on the database from Frascati Tokamak Upgrade.
11. Interdependencies among critical infrastructures.
12. CRESCO HPC system integrated into ENEA grid environment
13. Analysing a large Telecommunications Network on failure/repair sequences by NS2 simulation on a computational grid.
14. Visualization of 3D laser scanner data from an archeological site using openscenegraph in ENEA-Grid environment.
15. Models and tools for the evaluation of service availability of interconnected networks.
16. MAGO Monitoring all Grid Objects
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Stand CRESCO
Accesso sistema CRESCO/ENEA-GRID
Visualizzazione 3D dati scientifici
Descrizioni generali attività ENEA-GRID
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Il Progetto CRESCOCentro computazionale di RicErca sui Sistemi COmplessi
Potenziamento delle funzioni tradizionali dell’ENEA la ricerca – sarà fornito supporto (di tipo sia capacity che
capability), attraverso l’utilizzo dell’infrastruttura di calcolo, ad attività di ricerca già in corso di svolgimento nell’Ente nell’ambito delle linee programmatiche esistenti; tali attività potranno anche avere una focalizzazione di natura industriale;
la formazione – potranno essere potenziate le attività di formazione, in collaborazione con alcune sedi universitarie, al fine di supportare la diffusione delle metodologie sviluppate all’interno del Polo Multidisciplinare negli ambiti tematici oggetto di studio e ricerca, con positive ricadute anche nella creazione di percorsi formativi adatti al successivo reclutamento di personale;
il trasferimento tecnologico – verranno istituiti percorsi ed attivati idonei strumenti per favorire l’applicazione industriale delle tecnologie sviluppate, anche ricorrendo alla collaborazione di idonei partner (“industrial-exploitation partner”).
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Macrostruttura del progetto
Silvio MIGLIORIResp. Scientifico
Comitato Scientifico
Sandro TAGLIENTIDirettore INFO
Andrea QUINTILIANIResp. Amministrativo
Silvio MIGLIORICoord. LA1
Vittorio ROSATO Coord. LA2
Sandro BOLOGNACoord. LA3
Comunicazione e Mktg(TBD)
Prof. Jack DongarraProf. Domenico FerrariProf. Agostino MathisDirettore dipartimento FIM
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Partner di progetto Università di Salerno Università di Catania Università di Lecce Università di Palermo Università Campus Biomedico Università del Piemonte Orientale Università di Roma “Tor Vergata” Università di Roma “La Sapienza” Consorzio Interuniversitario ECONA Consorzio Interuniversitario CASPUR Consorzio CRIAI Consorzio CETMA Centro di ricerca CERI Parco Scientifico e Tecnologico della Sicilia Soc. Ylichron (spin-off ENEA)
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Struttura a blocchi del sistema HPC CRESCO
Portici LAN
Interconnessione InfiniBand4XDDR SERVER GPFS
4 Nodi IBM 3650
IBFC
Sistema Dischi ad alta velocità
2 GByte/s160 TByte
IBM/DDN 9550
Sistema backup300 TByte
IBM Tape Library TS3500 con 4 drive
SERVER BACKUP3 Nodi IBM 3650
FCIB
GARR(WAN)
Sezione 1(Grande Memoria)
42 Nodi SMP IBM x3850-M2 con 4 Xeon Quad-Core Tigerton E7330 (32/64 GByte RAM 2.4GHz/ 1066MHz/6MB L2) per un totale di 672 core Intel Tigerton
Sezione 3(Speciale)
4 Nodi blades IBM QS21 con 2 Cell BE Processors 3.2 Ghz each.6 Nodi IBM x3755, 8 Core AMD 8222 con una scheda FPGA VIRTEX54 Nodi IBM x 3755, 8 core AMD 8222 con schede NVIDIA Quadro FX 4500 X2 4 Nodi windows 8 core 16 Byte RAM
Doppia Intercconnessione a 1 Gbit1 Rete a 1 Gbit di gestione
Sezione 2(Alto Parallelismo)
256 Nodi blades IBM HS21 con 2 Xeon Quad-Core Clovertown E5345 (2.33GHz/1333MHz/8MB L2), 16 GB RAM per un totale di 2048 core Intel Clovertown
4x10 Gbits 2000 Mbits
35 Nodi di Servizio
Server di :•Front-end•insallazione•AFS•… S
CPE
Fibra Spenta
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Rete INFINBAND CRESCO
SFS-7000D (D) SFS-7000D (e) SFS 7000D
SFS 7000D
SFS 7000D
SFS-7024-288P
4 X FRONT END GRAFICI
2X GPFS NODE
2X GPFS NODE
SFS 7012-144-P
4X FRONT END
FCFC
(2)
(4)
(4)
(4)
(4)
42 X 3850M210 X 3755 4X HS214 QS21
SECTION 1SECTION 3SECTION 4
252 X HS21SECTION 2
SM (ACTIVE) SM (standby
(4)
(4)
4 X FRONT END GRAFICI
4X FRONT END
2X GPFS NODE
(4)
(4)
(4)
(2)(2)
(2)(2)
(2) (2)
(4)
BACK-UP
STORAGE IBM DCS 9550
(4)
G. Bracco, IES08, Napoli, May 27-29 2008
InfiniBand 4x DDR 20 Gb/s
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Sala Calcolo CRESCO
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Particolari HPC CRESCO
Sezione 1 & 3 Sezione 2 & DDN
Sala controllo Sistema backupRETI: IB/GB
Corridoio CaldoSezioni 1 &2
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ENEA-GRID & CRESCO
Il supercalcolatore CRESCO è integrato in ENEA-GRID
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ENEA-GRID & CRESCOMonitoring
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ENEA-GRID & CRESCOSupport / Seminars
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Le potenzialità computazionali ENEA-GRID & CRESCO
Un sistema eterogeneo con più di 3000 CPU/core
Codici Risorsa
seriali Sezione 1 & ENEA-GRID
paralleli fortemente accoppiati Sezione 2
paralleli debolmente accoppiati Sezione 1, 2, ENEA-GRID
costituiti da più codici paralleli Sezione 1, 2, Sezione 1+2
speciali ( FPGA, GB, CELL) Sezione 3
windows (seriali e paralleli) Sezione 3
non disponibili per LINUX ENEA-GRID
con Data Base di grandi dimensioni
Sezione 1,2,3 e GPFS
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ENEA-GRID & i Laboratori Virtuali
Li
ENEA
Università e altri Enti di ricerca
Imprese
Schema concettuale dei Laboratori Virtuali supportati dall’infrastruttura ENEA-GRID potenziata dal sistema HPC del progetto CRESCO
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Opzioni di sottomissioneOpzioni di sottomissione
Opzioni Fluent:Opzioni Fluent:
Esempio di utilizzo industrialeEsempio di utilizzo industriale di FLUENT sulla GRID-ENEA di FLUENT sulla GRID-ENEA
Utente presso la sede industriale Si
cure
zza
ind
ustr
iale
Sicu
rezz
a E
NE
A
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Aviogroup: test di un’applicazione industrialeAviogroup: test di un’applicazione industriale
Test per la simulazione distacco I- II stadio VEGA(Tipo di calcolo HPC)
Fase 1 Fase 2 Fase 3
Attività CFD sul GRID ENEA (1)
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Attività CFD sul GRID ENEA (2)
Un set di 3 analisi CFD è stato dedicato al calcolo del carico radiativo sulla base del 1° stadio del Vega in diverse condizioni di volo.
E’ stato adottato un approccio bi-fase (fase gassosa + particelle solide di allumina) con il modello radiativo.
Celle di calcoloAVIO hardware
(4CPU)ENEA Grid
(8CPU)
400,000 15 7 53%
Tempo macchina per 1 CFD [gg] Guadagno tempo
[%]
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Attività CFD sul GRID ENEA(3)
E’ stata realizzata un’analisi CFD per valutare l’interazione meccanica tra le particelle di allumina e la parte di sommergenza dell’ugello all’interno del motore del 3° stadio del lanciatore Vega.
Celle di calcoloAVIO hardware
(4CPU)ENEA Grid
(8CPU)
1,500,000 25 10 60%
Tempo macchina per 1 CFD [gg] Guadagno tempo
[%]
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Sperimentazione in corso sul GRID-ENEA con PMI e Consorzi
Simulazione flussi di aria nei vagoni ferroviariCETMA
(Tipo di calcolo HPC)
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Sperimentazione in corso sul GRID ENEA con PMI e Consorzi
Simulazioni particolari di un CATAMARANO(Tipo di calcolo HPC)
CETMA
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CFD case study 2: hydro-dynamics analyses of Fast Ship T-Foil systemCFD case study 2: hydro-dynamics analyses of Fast Ship T-Foil system
Detail of T-foil meshDetail of T-foil mesh
Results: pressure contour (Pa): flap 0° , cruising speed 31.5 knotsResults: pressure contour (Pa): flap 0° , cruising speed 31.5 knots
T-Foil
3D Model: trimaran + T-foil3D Model: trimaran + T-foil
Mesh: 15 Millions of cells with dimensions ranging from 1 mm to 550 mm
Need of HPC: ENEA GRID
The analyses were carried out using 16 CPUs on ENEA GRID with a total running time of 70 h.
Centro di Progettazione, Design & Tecnologie dei MaterialiCentro di Progettazione, Design & Tecnologie dei Materiali
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Modello concettuale per il sistema produttivo
Canale dedicato industria A
Can
ale
dedi
cato
indu
stria
CCanale dedicato industria B
Richieste delle imprese•Sicurezza dei dati•Qualità del servizio•Strumenti Competitivi•Proprietà Intellettuale•Gestione Licenze
EGEEINFN_GRID
GRISU
INTER
OPE
RA
BILTA
’
(IG
I)
Sistema GRID•Potenziare le Competenze•Sviluppare l’offerta di servizi•Garantire l’Interoperabilità •Infrastrutture H/S & HPC•Connettività adeguata
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CRESCO per la FUSIONE EUROPEA
Cresco 25 Tflops di piccoSistema per lo sviluppo e test dei codici per la fusione termonucleare controllata
per ITER (Finaziamento EFDA) 1 Tflops di picco
IB
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CPUSENEA GRID
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DNA Sequence system
( ABI Prism 3700)Trisaia
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Electron Microscope (Brindisi)
300 KeV (sept. 2004)
ENEA GRID and experimental facilities
Controlled Nuclear Fusion:
FTUFrascati Tokamak
UpgradeVideo Acquisition
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