EuroGrid -Seamless Access to Computer Resources … and GRIP... · EuroGrid -Seamless Access to Computer Resources with Unicore ... NQE (Cray T3E) UNICORE ... An Uniform Platform
Post on 19-Mar-2018
219 Views
Preview:
Transcript
�
EuroGridEuroGrid -- Seamless Access to Seamless Access to Computer Resources with Computer Resources with
UnicoreUnicore
Piotr Bała
ICM Warsaw University – Warsaw (PL)
N. Copernicus University – Toru� (PL)
Funding by European Commission Grant No. IST-1999-20247 (EUROGRID) and IST-2001-32257 (GRIP)
�������������� ������������������������������������������������ �
EUROGRID Vision
Build a European Grid infrastructure
that gives users
a seamless, secure access to
High Performance Computing resources
and that advances computational science
in Europe
�
�������������� ������������������������������������������������ �
UNICORE architecture
UNICORE Client
UNICORE Gateway A
UNICORE Server
(NJS)
TSI
NQE (Cray T3E)
UNICORE Gateway B
UNICORE Server
(NJS)
TSI
PBS (Linux cluster)
Insecure Internet
�������������� ������������������������������������������������ �
UNICORE Security
� Based on the PKA� Industrial standard X509
� Secure communication• Gateway, NJS cetificates
• Gateway, NJS check user certificate
• Multiuple CA accepted
� User certificates• User certificate stored in client• Public key stored in UUDB database at each site
• PKA mapped to user account (XLOGIN)
– more than one certificate can map to xlogin
– multiple CA allowed
• Multiple certificates allowed
�
�������������� ������������������������������������������������ �
EUROGRID resources
� European HPC GRID testbed� Agreement on security standards, certification, access policies
etc.
CRAY SV1 (16PE)NEC SX4B/2ALinux Cluster (4 PE)Linux Cluster (16PE)
SGI O2000 (64 PE)SGI Onyx 2000 (64PE)IBM SP4
CRAY T3E - 1200 (816 PE)FUJITSU VPP300 (8 PE)SGI O2000 (128 PE)SGI O3000 (256 PE)Sony Playstation2
IBM SP3 (8 PE)NEC SX5 cluster (40 PE)IBM Power4 (256 PE, 1.3 TFLOPS)COMPAQ Linux Cluster (24 PE)
Linux Intel Cluster (36 PE)IBM (1PE)CRAY T3E - 600 (512 PE)CRAY T3E - 1200 (512 PE)
FZJ
�������������� ������������������������������������������������ �
UNICORE Client
� Single application � Job preparation� Job monitoring
�
�������������� ������������������������������������������������
UNICORE Client
�������������� ������������������������������������������������ !
UNICORE Client – Gaussian98 job preparation
�
�������������� ������������������������������������������������ ��
UNICORE Client – edit resources for job
�������������� ������������������������������������������������ ��
UNICORE Applications
� Job files for user applications• script tasks• command tasks• file transfer tasks (client-vsite, vsite-vsite)
� Plug-in for job and input preparation
� User can run the same script at all VSITEs • Introduction of IDB entries for site dependent installation
�"#�#$!�%���&�&��'� !�(�)*������"#�#$!�
�+�$$,-.-/�"%���&�&�0 �1�&! (�)*������+�$$,-.-/�"
+��-"2#�-%���&��'3)��(�)*�����+��-"2#�-
�2+"��%���&�����''����3��)*)���4)�����''(�)*������2+"��
�
�������������� ������������������������������������������������ ��
Gaussian98 in EUROGRID
�������������� ������������������������������������������������ �4
BioGRID
� UNICORE Client (ver 3.6.7) unix and Windows• Easy installation (www.unicore.org)
� Example jobs: • Gaussian98
• Amber• Gromos
� Plugins• Gaussian98
• AMBER
• CPMD (Unicore Plus project)
• PDB Search• List Jobs
•Local Model (DWD, SCSC)
•Crash code (T-Systems)
•Electromagnetic code (EADS)
•Fluent (Unicore Plus project)
•Nastran (Unicore Plus project)
�
�������������� ������������������������������������������������ ��
Gaussian98 plugin
Input preparationreads existing input, recognizes keywords
Molecule coordinate editorformats: •XYZ•Z-matrix•text
�������������� ������������������������������������������������ ��
Gaussian98 plugin
CPU time estimatebased on known algorithm scaling O(N4)
Checks program avaliability
�
�������������� ������������������������������������������������ ��
Gaussian98 plugin
Prepares and transfers files for visualization
�������������� ������������������������������������������������ ��
Gaussian98 plugin
Output
�������������� ������������������������������������������������ �!
Amber 6.0 plugin
Input preparation
�������������� ������������������������������������������������ ��
Amber 6.0 plugin
Input can be edited by user
Errors are marked in red
�
�������������� ������������������������������������������������ ��
Amber 6.0 plugin
Panel for each group of options
Default options
Help window
�������������� ������������������������������������������������ ��
Amber 6.0 plugin
Find parameter button
��
�������������� ������������������������������������������������ �4
CPMD plugin
CPMD input
�������������� ������������������������������������������������ ��
PDB search plugin
Litesearch
��
�������������� ������������������������������������������������ ��
PDB search plugin
User can use different mirrors
The best one is selected(fastest answer)
�������������� ������������������������������������������������ �
PDB search plugin
Visualization with external packages
��
�������������� ������������������������������������������������ �!
PDB search plugin
Search results
�������������� ������������������������������������������������ 4�
PDB search plugin
Rasmol
JMV
Jmol
User-defined
��
�������������� ������������������������������������������������ 4�
List All Jobs Plugin
�������������� ������������������������������������������������ 4�
File filter plugin
Pick up job from JMC
Define file to process
Submit job
��
�������������� ������������������������������������������������ 4�
File filter plugin
Tail of the Amberstatus file
�������������� ������������������������������������������������ 4�
BioGRID
� Operate a GRID for biomolecular simulations
� Develop interfaces to existing biological andchemical codes
� Web site: biogrid.icm.edu.pl
��
�������������� ������������������������������������������������ 4!
UNICORE 4.0
� UNICORE 4.0• Loops, conditional execution
� Plugins available for 4.0• List All Jobs Plugin
• PDB Search Plugin• Gaussian98 Plugin
• CPMD Plugin (V. Huber)
� Work in progress:• Amber plugins should be available soon
• Text and graphical postprocessing
• Resource Broker (UoM)• Interactive Access (Parallab)
�������������� ������������������������������������������������ ��
GRIP Project
Extend EUROGRID to cooperativity with
globus middleware.
Provide UNICORE users with access to
resources avaliable trough globus.
��
�������������� ������������������������������������������������ ��
Dissemination - papers
� A. Nowinski, K. Nowinski, P. BałaWeb based system for wavepacket dynamicsLecture Notes in Computer Science 2329, pp. 552-561
� J. Pytli � ski, Ł. Skorwider, P. Bała, M. Nazaruk, K. WawruchBioGRID - uniform platform for biomolecular applicationsLecture Notes in Computer Science 2400, pp 881-884
� J. Pytli � ski, Ł. Skorwider, K. Bednarczyk, V. Huber, P. BałaUNICORE - An Uniform Platform for Chemistry on the GridJournal of Computational Methods in Science and Engineering 2 (3s-4s) p.
369-376
� P. Bała, B. Lesyng, D. ErwinEUROGRID – European Computational Grid TestbedJournal of Parallel and Distributed Computing (in press)
� J. Pytli � skiMaster degree in computer science thesis, UMK 2002
� Ł. SkorwiderMaster degree in computer science thesis, UMK 2002
Funding by European Commission Grant No. IST-1999-20247 (EUROGRID) and IST-2001-32257 (GRIP)
biogrid.icm.edu.pl
www.eurogrid.org
Piotr Bała
J. Pytli�ski, Ł. Skorwider, M. Wro
�ski, K.
Benedyczak, J. Wypychowski, A. Nowi�ski,
M. Nazaruk, K. Wawruch
ICM Warsaw University (PL) N. Copernicus University – Toru
� (PL)
top related