Top Banner
Cập nhật các phương pháp xét nghiệm vi sinh mới trong thực hành lâm sàng Phạm Hùng Vân
42

Vai trò của xét nghiệm vi sinh lâm sàng · Có thể có mẫuthuẩn nếubệnhphẩmlà loạibệnhphẩm có tạpnhiễmnhưđàm, phân, quệtâm đạo, quệthọng,

Jan 26, 2020

Download

Documents

dariahiddleston
Welcome message from author
This document is posted to help you gain knowledge. Please leave a comment to let me know what you think about it! Share it to your friends and learn new things together.
Transcript
Page 1: Vai trò của xét nghiệm vi sinh lâm sàng · Có thể có mẫuthuẩn nếubệnhphẩmlà loạibệnhphẩm có tạpnhiễmnhưđàm, phân, quệtâm đạo, quệthọng,

Cập nhật các phương pháp xét nghiệm vi sinh mới

trong thực hành lâm sàng

Phạm Hùng Vân

Page 2: Vai trò của xét nghiệm vi sinh lâm sàng · Có thể có mẫuthuẩn nếubệnhphẩmlà loạibệnhphẩm có tạpnhiễmnhưđàm, phân, quệtâm đạo, quệthọng,

Bệnhphẩm

KQ nhanhĐộ nhạy kémĐặc hiệu kém

KQ nhanhTự độngĐộ nhạy kémĐặc hiệu kém

KQ nhanhTự độngĐộ nhạy kémĐặc hiệu kém

Nuôi cấyphân lập

Khảo sáttrực tiếp

Hoámiễn dịch

Huyếtthanh học

KQ chậmTiêu chẩn vàngĐộ nhạy kém

Page 3: Vai trò của xét nghiệm vi sinh lâm sàng · Có thể có mẫuthuẩn nếubệnhphẩmlà loạibệnhphẩm có tạpnhiễmnhưđàm, phân, quệtâm đạo, quệthọng,

Mâu thuẩn giữa kết quả và thực tếkết quả cấy với khác thực tế điều trị

Có thể có mẫu thuẩn nếu bệnh phẩm là loại bệnh phẩmcó tạp nhiễm như đàm, phân, quệt âm đạo, quệt họng, quệtmủ.. hay quá trình lấy và xét nghiệm bị ngoại nhiễm như cấymáu, cấy DNT…và vi khuẩn cấy được không phải là vikhuẩn gây bệnh mà là vi khuẩn quần cư hay tạp nhiễm

Có thể có mâu thuẩn nếu PTN không có đầy đủ các môitrường phân lập để có thể cấy được các vi khuẩn thường làtác nhân gây bệnh nhưng lại rất khó mọc

Page 4: Vai trò của xét nghiệm vi sinh lâm sàng · Có thể có mẫuthuẩn nếubệnhphẩmlà loạibệnhphẩm có tạpnhiễmnhưđàm, phân, quệtâm đạo, quệthọng,

1.11

2.95

0.37

11.81

7.75

9.59

0.74 0.74

5.17

12.18

2.21

1.11

0.37

2.58

Nghiên cứu REAL 2016-2017 (N=271). Website HHH TP.HCM

VI SINH CAP và CAP/COPDKẾT QUẢ NUÔI CẤY

Page 5: Vai trò của xét nghiệm vi sinh lâm sàng · Có thể có mẫuthuẩn nếubệnhphẩmlà loạibệnhphẩm có tạpnhiễmnhưđàm, phân, quệtâm đạo, quệthọng,

Mâu thuẩn giữa kết quả và thực tế

“soikhôngthấy, cấy

khôngra”

trong khi lâm sàng có nhiễm

khuẩn

Page 6: Vai trò của xét nghiệm vi sinh lâm sàng · Có thể có mẫuthuẩn nếubệnhphẩmlà loạibệnhphẩm có tạpnhiễmnhưđàm, phân, quệtâm đạo, quệthọng,

Tác nhân vi sinh gây CAP ở trẻ emKÊT QUẢ NUÔI CẤY KHÔNG GIÚP CHO LÂM SÀNG

Trần Quang Khải (2016) Luận văn Thạc Sĩ nhi. Thực hiện tại BV. NĐ1. Đối tượng: 66 bệnhnhi xác định viêm phổi thùy. Mẫu cấy: NTA tin cậyCả 66 trường hợp đều cho KQ cấy [-]

Ngô Chí Thịnh (2016) Luận văn CKII nhi. Thực hiện tại BV. NĐ1. Đối tượng: 48 bệnh nhi viêm phổi nặng không đáp ứng điều trị. Mẫu cấy: NTA tin cậyCả 48 trường hợp đều cho KQ cấy [-]

Bùi Lê Hữu Bích Vân (2015) Luận văn Thạc Sĩ nhi. Thực hiện tại BV. NĐ1. Đối tượng: 32 bệnh nhi CAP không đáp ứng KS bước đầu. Mẫu cấy: NTA tin cậyChỉ 6 trường hợp cho KQ cấy [+]

Page 7: Vai trò của xét nghiệm vi sinh lâm sàng · Có thể có mẫuthuẩn nếubệnhphẩmlà loạibệnhphẩm có tạpnhiễmnhưđàm, phân, quệtâm đạo, quệthọng,

Đa số các trường hợp tiêu chảy xét nghiệm vi sinh thường âm tính

Tiêu chảy do các nguyên nhân khác như do virus (rotavirus,norovirus), do thẩm thấu, do đau bao tử, hay do các rối loạn tiêuhoá khác.

Tiêu chảy do các tác nhân vi khuẩn ngoài khả năng của phòngthí nghiệm: E. coli (EPEC, ETEC, EIEC, EHEC, VETEC), S. aureustiết enterotoxin; Campylobacter Jejuni, Clostridium difficille, Y.enterocolitica;

Không dùng đúng phương tiện để lấy và chuyên chở bệnh phẩm, Bệnh nhân đã dùng kháng sinh trước khi lấy mẫu nên không thể

cấy được vi khuẩn gây bệnh có trong phân

Page 8: Vai trò của xét nghiệm vi sinh lâm sàng · Có thể có mẫuthuẩn nếubệnhphẩmlà loạibệnhphẩm có tạpnhiễmnhưđàm, phân, quệtâm đạo, quệthọng,

Tác nhân lây truyền đường tình dụccác hạn chế phương pháp vi sinh truyền thống

Những tác nhân như C. trachomatis,Mycoplasma, Ureaplasma, HSV… có vai tròbệnh lý trong hiếm muộn, trong nhiễmtrùng sinh dục

KSTT chỉ giới hạn cho G. vaginalis,Candida, N. gonorrhoeae, T. vaginalis

KSTT chỉ có lợi điểm là KQ nhanh, nhưngcó độ nhạy và độ đặc hiệu rất thấp

Không có khả năng phát hiện các tác nhânkhông thấy được hay không cấy được

Page 9: Vai trò của xét nghiệm vi sinh lâm sàng · Có thể có mẫuthuẩn nếubệnhphẩmlà loạibệnhphẩm có tạpnhiễmnhưđàm, phân, quệtâm đạo, quệthọng,

LẠM DỤNG KS

ĐỀ KHÁNG KSTHẤT BẠI ĐIỀU TRỊ

THẤT BẠI KS KINH NGHIỆM

Không có hổ trợ từ kết quả vi sinhLẠM DỤNG KHÁNG SINH

Page 10: Vai trò của xét nghiệm vi sinh lâm sàng · Có thể có mẫuthuẩn nếubệnhphẩmlà loạibệnhphẩm có tạpnhiễmnhưđàm, phân, quệtâm đạo, quệthọng,

LÝ DO NUÔI CẤY THẤT BẠI

LÝ DO CHỦ QUAN KHÓ KHẮC PHỤC

Tác nhân thường gặp lại khó nuôi cấy (S. pneumoniae,H. influenzae), đòi hỏi các môi trường phân lập ít có sẵn

Không đánh giá độ tin cậy của mẫu nếu là mẫu bị tạpnhiễm (đàm, nước tiểu, sinh dục)

Bệnh phẩm ít được cấy ngay do chậm gửi đến PTN, dokhông được cấy ngay

Không biết cách đánh giá kết quả nuôi cấy để chọnđúng VK gây bệnh

LÝ DO KHÁCH QUAN KHÔNG THỂ KHẮC PHỤC

Bệnh nhân dùng kháng sinh trước nên các vi khuẩnnày không còn sống trong mẫu đàm (nhưng vẫn còntrong các dịch lót phế nang hay mô phổi)

Tác nhân không nuôi cấy được tại các phòng thínghiệm lâm sàng (vi khuẩn không điển hình, virus)

Page 11: Vai trò của xét nghiệm vi sinh lâm sàng · Có thể có mẫuthuẩn nếubệnhphẩmlà loạibệnhphẩm có tạpnhiễmnhưđàm, phân, quệtâm đạo, quệthọng,

VAI TRÒ XÉT NGHIỆM VI SINHGIẢI PHÁP NÀO PHÙ HỢP?

VI SINH TRUYỀN THỐNG (nuôi cấy, KSTT)Vẫn cần thiết nhưng không nhạy, không đầy đủ

HUYẾT THANH (kháng thể đặc hiệu)Không hữu dụng (IgG), kém đặc hiệu (IgM)

HOÁ MIỄN DỊCH (kháng nguyên đặc hiệu)Khó áp dụng, độ nhạy kém

REAL-TIME PCR (trình tự NA đặc hiệu)Độ nhạy cao, đặc hiệu cao

Page 12: Vai trò của xét nghiệm vi sinh lâm sàng · Có thể có mẫuthuẩn nếubệnhphẩmlà loạibệnhphẩm có tạpnhiễmnhưđàm, phân, quệtâm đạo, quệthọng,

Định danh dựa vào kiểu hình sinh vậthóa học biểu hiện từ các kiểu gen

Nuôi cấy

Xác định dựa vào kích thước đoạn gen hay một trình tự đặc hiệu của đoạn gen

PCR

PCR chính là nuôi cấy phân tử khuếch đại đoạn genPCR đạt độ nhạy ở mức phân tử

Nuôi cấy đạt độ nhạy ở mức tế bào

Page 13: Vai trò của xét nghiệm vi sinh lâm sàng · Có thể có mẫuthuẩn nếubệnhphẩmlà loạibệnhphẩm có tạpnhiễmnhưđàm, phân, quệtâm đạo, quệthọng,

CÁC BỆNH PHẨM KHÁC NHAU(Máu, mô, đàm, mủ, dịch cơ thể)

TÁCH CHIẾT DNA/RNANKDNARNAprep-MAGBEAD

Một bộ thuốc thử cho DNA và RNAChỉ 5 bước thực hiệnĐộ nhạy gấp 100 lần thủ côngTương thích cho KingFisher

REAL-TIME PCR/RTPCRNKReal-time PCR/RTPCR kit

Chọn lựa tuỳ tác nhânChứng nội kiểm soát chất ượngCùng một chương trình real-timeTương thích nhiều máy real-time

“Streamline” Real-time PCRÁP DỤNG DỄ DÀNG TẠI CÁC PHÒNG THÍ NGHIỆM LÂM SÀNG

Các thiết bị KingFishertách chiết DNA/RNA

Các thiết bị Real-time PCR

8 hrs

Page 14: Vai trò của xét nghiệm vi sinh lâm sàng · Có thể có mẫuthuẩn nếubệnhphẩmlà loạibệnhphẩm có tạpnhiễmnhưđàm, phân, quệtâm đạo, quệthọng,

Cơ sở của Multiplex real-time PCR làkết hợp nhiều cặp mồi và probe cócác màu huỳnh quang khác nhau đểphát hiện nhiều chỉ tiêu cùng mộtlúc. Với các thiết bị real-time 5 màu,có thể thiết kế multiplex real-time.

Thiết kế multiplex real-time PCR dễhơn multiplex PCR nhờ các nồng độmồi và probe trong real-time PCR làthấp hơn trong PCR

V.cholerae

Shigella

V.para

IC

Salmonella

Multiplex Realtime PCRPHÁT HIỆN NHIỀU TÁC NHÂN

Page 15: Vai trò của xét nghiệm vi sinh lâm sàng · Có thể có mẫuthuẩn nếubệnhphẩmlà loạibệnhphẩm có tạpnhiễmnhưđàm, phân, quệtâm đạo, quệthọng,

Phát hiện

Real-time PCRĐỊNH LƯỢNG ĐƯỢC TÁC NHÂN

Định lượng

PrimersTaq polymerasedNTPPCR buffer + MgCl2

DNA của mẫuFluorescent agent

GIỐNG NHƯ PHƯƠNG PHÁP CẤY ĐỊNH LƯỢNGPHÂN BIỆT TẠP NHIỄM VỚI GÂY BỆNH

Page 16: Vai trò của xét nghiệm vi sinh lâm sàng · Có thể có mẫuthuẩn nếubệnhphẩmlà loạibệnhphẩm có tạpnhiễmnhưđàm, phân, quệtâm đạo, quệthọng,

Mẫu thửĐÀM

Tách chiếtNA

Thực hiện Real-time PCR

VK cộng đồng

S. pneumoniaeH. influenzaeM. catarrhalisS. pyogenesS. agalactiaeS. suisH. influenzae b

VK khôngđiển hình

L. pneumophilaM. pneumoniaeC. pneumoniaeB. pertussisB. parapertussisC. Trachomatis

VIRUSInfluenzavirusA, B, CParainfluenzavirus1, 2, 3RhinovirusRSV, MeasleAdenovirus

VKBệnh viện

S. aureus (MR, MS)S. epidermidisE. faecalis, E. faeciumE. coli, K. pneumoniaeP. aeruginosaA. baumanniiE. cloacae

VI NẤMC. albican, C. tropicalisC. parapsilosisC. krusei, C. glabrateA. fumigatus, A. niger, A. terrus, A. flavusP. cariniiP. jiroveci

M. tuberculosis

Real-time PCR phát hiện tác nhân LRTIGIẢI PHÁP ĐƠN GIẢN CHO MẪU PHỨC TẠP

Page 17: Vai trò của xét nghiệm vi sinh lâm sàng · Có thể có mẫuthuẩn nếubệnhphẩmlà loạibệnhphẩm có tạpnhiễmnhưđàm, phân, quệtâm đạo, quệthọng,

34.32

20.3

1.11

2.95

0.371.48 1.48

0.37 0.74

10.7

6.27 6.64

11.44

0.74

4.42.96

1.852.95

1.481.11

2.95

0.37

11.81

7.75

9.59

0.74 0.74

5.17

12.18

2.211.11

0.37

2.58

Real-time PCR

Nuôi cấy

Nghiên cứu REAL 2016-2017 (N-271). Website HHH TP.HCM

CAP người lớn nhập việnKẾT QUẢ NUÔI CẤY VS REAL-TIME PCR ĐÀM

Culture [+] (except flora) 42.1%Predominant pathogens Gram negative Rods

Real-time PCR [+] 69%Predominant pathogens S. pneumoniae

H. influenzae

Page 18: Vai trò của xét nghiệm vi sinh lâm sàng · Có thể có mẫuthuẩn nếubệnhphẩmlà loạibệnhphẩm có tạpnhiễmnhưđàm, phân, quệtâm đạo, quệthọng,

CAP trẻ em không đáp ứng KS ban đầuKẾT QUẢ REAL-TIME PCR

Bùi Lê Hữu Bích Vân (N=32). Luận văn Thạc Sỹ (2015)

Pathogens % Pathogens %

M. pneumoniae 3.13 S. pneumoniae 34.38

B. pertussis 3.13 S. pneumoniae + M. pneumoniae 15.63

RSV 3.13 S. pneumoniae + virus 3.13

E. coli 3.13 S. pneumoniae + virus + HA 12.52

K. pneumoniae 3.13 H. influenzae 3.13

(+) 87.50 H. influenzae + HA 3.13

Multi-pathogens are predominant

Page 19: Vai trò của xét nghiệm vi sinh lâm sàng · Có thể có mẫuthuẩn nếubệnhphẩmlà loạibệnhphẩm có tạpnhiễmnhưđàm, phân, quệtâm đạo, quệthọng,

Viêm phổi thùy ở trẻ emKẾT QUẢ REAL-TIME PCR

Trần Quang Khải (N=66). Luận văn Thạc Sỹ 2016

Pathogens % Pathogens %

MTB 1.52 PNE+HI+MC+MP 1.52MP 37.88 PNE+HI 4.55PNE 13.64 PNE+HI+MC 3.03PNE+MP 22.73 HI+MP 1.52PNE+MP+MTB 1.52 HI 1.52PNE+MC+MP 3.03 PNE+HA 1.52

(+) 95.45

Multi-pathogens are predominant

Page 20: Vai trò của xét nghiệm vi sinh lâm sàng · Có thể có mẫuthuẩn nếubệnhphẩmlà loạibệnhphẩm có tạpnhiễmnhưđàm, phân, quệtâm đạo, quệthọng,

CAP nặng ở trẻ emKẾT QUẢ REAL-TIME PCR

Ngô Chí Thịnh. Luận văn CK. II 2017 (N=48)

Pathogens % Pathogens %

ADE 4.17 PNE+pINF3 2.08RSV 4.17 PNE+RSV 2.08pINF3 2.08 PNE+ADE 2.08MP 4.17 PNE+ECO 2.08PNE 29.17 PNE+KLP 2.08PNE+MP 16.67 PNE+HI 10.42PNE+MP+ECO 2.08 PNE+HI+MP 2.08PNE+MP+pINF1 2.08 PNE+HI+MC+MRSA 2.08PNE+MP+pINF3 2.08 (+) 91.67

Multi-pathogens are predominant

Page 21: Vai trò của xét nghiệm vi sinh lâm sàng · Có thể có mẫuthuẩn nếubệnhphẩmlà loạibệnhphẩm có tạpnhiễmnhưđàm, phân, quệtâm đạo, quệthọng,

66.8166.81

7.33

0.862.59

11.64

7.76

2.590.43 0.86 0.86 1.72

10.34

2.590.86

6.03

0.432.16

6.90

0.86

7.76

2.59 3.88 2.59 1.72 1.29

11.21

4.310.86 1.29

Tác nhân vi sinh CAP out-patient Real-time PCR kết hợp nuôi cấy (N=232)

Real-time PCR [+] 92.7% Nuôi cấy [+] 82.8%Real-time PCR kết hợp nuôi cấy 94.0%

Eclo E. cloacaeEagg E. agglomeransPmira P. mirabilisPSA P. aeruginosaPS? Pseudomonas sp.AB A. baumanniiFungiMY MycoplasmaMP M. pneumoniaeBP B. pertussis

FluA Fluenzavirus AFluB Fluenzavirus BPara1 Parainfluenza 1Para2 Parainfluenza 3Rhino RhinovirushMPV Human MetapneumovirusRSV Respiratory SyncytialvirusAdeno Adenovirus

SP S. pneumoniaeHI H. influenzaeMC M. catarrhalisGAS Streptococci Group AGBS Streptococci Group BHib H. influenzae type bSAU S. aureusSE S. edipermidisEfecl E. faecalisEaero E. aerogenesEco E. coli

Nghiên cứu EACRI 2017-2018). Hội Lao và Bệnh Phổi VN

27.2%10.8%

Page 22: Vai trò của xét nghiệm vi sinh lâm sàng · Có thể có mẫuthuẩn nếubệnhphẩmlà loạibệnhphẩm có tạpnhiễmnhưđàm, phân, quệtâm đạo, quệthọng,

Mono Bacteria 2.16 SP+CA 1.29 SP+HI+CA 5.17

Mono Virus 2.59 SP+Virus 3.45 SP+HI+Virus 8.19

Mono SP 5.17 SP+CA+Virus 2.16 SP+HI+CA+Virus 0.86

Mono HI 7.76 SP+Virus+Fungi 0.86 SP+HI+CA+HA 4.31

SP+HI 20.69 SP+Fungi 0.43 SP+HI+CA+Virus+HA 1.72

HI+Virus 1.72 SP+CA+Virus+HA 0.43 SP+HI+Fungi 0.43

HI+CA 3.02 SP+HA 1.29 SP+HI+CA+Fungi 0.43

HI+CA+virus 0.43 SP+HA+Fungi 0.43 SP+HI+HA 7.33

HI+CA+HA 0.43 SP+Virus+HA 1.29 SP+HI+HA+Fungi 0.43

HI+HA 1.72 SP+Virus+HA+Fungi 0.43 HA 0.86

HI+HA+Fungi 0.86 CA+Fungi 0.43 HA+Fungi 1.29

HI+Virus+HA 1.29 CA+HA 0.86 HA+Virus 0.43

Virus+Fungi 0.43 CA+Virus+HA 0.43 HA+Virus+Fungi 0.43

Negatine 6.03HI: H. influenzae, SP: S. pneumoniae, CA: Community bacteria (M. catarrhalis, M. pneumoniae), HA: Hospital bacteria (Gram [-], gram [+])

Tác nhân vi sinh CAP out-patient PHÂN TÍCH ĐƠN VÀ ĐA TÁC NHÂN

PCR PHÁT HIỆN ĐA SỐ LÀ ĐA TÁC NHÂN

KQ nghiên cứu EACRI (2017-2018). Hội Lao và Bệnh Phổi VN

Page 23: Vai trò của xét nghiệm vi sinh lâm sàng · Có thể có mẫuthuẩn nếubệnhphẩmlà loạibệnhphẩm có tạpnhiễmnhưđàm, phân, quệtâm đạo, quệthọng,

Phát hiện cúm H1N1, H5N1, và các cúm khácCHỈ CÓ GIẢI PHÁP REAL-TIME PCR VÀ SINH HỌC PHÂN TỬ

Bệnh phẩmQUỆT MŨI SAU

QUỆT HỌNGMÁU (GĐ CẤP)

Multiplex RT-real-time PCRFluA, H1N1, H5N1

FluA [+] H1N1 [+] FluA [+] H5N1 [+] Chỉ FluA [+]

Giải trình tự

Cúm khác

Sử dụng mồi và taqman probe của CDCĐộ nhạy đạt 45 copies/ml

Page 24: Vai trò của xét nghiệm vi sinh lâm sàng · Có thể có mẫuthuẩn nếubệnhphẩmlà loạibệnhphẩm có tạpnhiễmnhưđàm, phân, quệtâm đạo, quệthọng,
Page 25: Vai trò của xét nghiệm vi sinh lâm sàng · Có thể có mẫuthuẩn nếubệnhphẩmlà loạibệnhphẩm có tạpnhiễmnhưđàm, phân, quệtâm đạo, quệthọng,

Tác nhân vi sinh gây tiêuchảy: sẽ bị lôi ra ánh sáng

Page 26: Vai trò của xét nghiệm vi sinh lâm sàng · Có thể có mẫuthuẩn nếubệnhphẩmlà loạibệnhphẩm có tạpnhiễmnhưđàm, phân, quệtâm đạo, quệthọng,

real-time PCR phát hiện tác nhân tiêu chảyKHÔNG CÓ GÌ LÀ KHÔNG THỂ

Mẫu thửPHÂN

Tách chiếtNA

Thực hiện PCR, Real-time PCR

E. coligây tiêu chảy

VKgây tiêu chảySalmonellaShigellaC. jejuni, C. coliV. choleraeV. ParahaemolyticusC. difficile

KST đơn bào

Entamoeba histolyticaEntamoeba coliGiardia lambliaDientamoeba fragilisCryptosporidium parvumCyclospora cayetanensis

VIRUSRotavius A, B, CNorovirus GI, GIIAdenovirus, AstrovirusSapovirus, AichivirusHpevirus, EnterovirusCaxavirus, BocavirusSaffoldvirus

ETECltETECstEPECbfpAEPECeaeASTECstx1STECstx2EIEC

Page 27: Vai trò của xét nghiệm vi sinh lâm sàng · Có thể có mẫuthuẩn nếubệnhphẩmlà loạibệnhphẩm có tạpnhiễmnhưđàm, phân, quệtâm đạo, quệthọng,

Tỷ lệ phát hiện tác nhân vi sinh gây bệnhTRONG 153 TRƯỜNG HỢP TRẺ EM TIÊU CHẢY CẤP

142

11

Positive

Negative

(7.19%)

(92.81%)

N = 153

NGHIÊN CỨU HỢP TÁC VỚI ĐẠI HỌC TOKYO 2016-2017

Page 28: Vai trò của xét nghiệm vi sinh lâm sàng · Có thể có mẫuthuẩn nếubệnhphẩmlà loạibệnhphẩm có tạpnhiễmnhưđàm, phân, quệtâm đạo, quệthọng,

Tỷ lệ các tác nhân phát hiện đượctrong 142 trường hợp [+]

0

10

20

30

40

50

60

31.7

54.9

2.10.7 0.7

8.5

1.4 1.42.8

1.4 0.73.5

8.5

14.1

6.3

1.4

9.2

2.1 1.4 0.7

Page 29: Vai trò của xét nghiệm vi sinh lâm sàng · Có thể có mẫuthuẩn nếubệnhphẩmlà loạibệnhphẩm có tạpnhiễmnhưđàm, phân, quệtâm đạo, quệthọng,

TIÊU CHẢY NGƯỜI LỚNPHÂN TÍCH KẾT QUẢ 250 CASE

0.4 1.22.4 1.6

5.2

2.4

19.2

7.2 7.2

2.40.8

9.6

0

5

10

15

20

25

EH ED DF GL SAL SHI ETEC STEC EPEC EIEC C. coli C. je

1.20.4

1.2

6

1.6 1.20.4

2.4

10.8

0.41.2

0

2

4

6

8

10

12

Rota A Rota C Noro I Noro II Astro Sapo Aichi Parecho Entero Boca Safford

PHÁT HIỆN ĐƯỢC TÁC NHÂN: 162 (64.8%)

EH E. histolyticaED E. disparDF D. fragilisGL G. lambliaSAL SalmonellaSHI ShigellaC. je C. jejuni

Page 30: Vai trò của xét nghiệm vi sinh lâm sàng · Có thể có mẫuthuẩn nếubệnhphẩmlà loạibệnhphẩm có tạpnhiễmnhưđàm, phân, quệtâm đạo, quệthọng,

CAS ĐẶC BIỆTTrường hợp cháu 8thtiêu đàm máu kéo dài

Bệnh nhi nam 8th, tiêu chảy phân đàmmáu kéo dài nhiều tháng, có lúc bớt rồi

trở lại. Làm xét nghiệm cấy phân tạiMEDIC, kết quả không tìm thấy vi

khuẩn gây bệnh. Bác sĩ có một đợt chocháu Cipro thì bớt nhưng lại tái phát.

Được chẩn đoán tiêu chảy do không hợpvới sửa và được khuyến cáo đổi sửa. Ngày 4/9/18, dược khuyên làm real-

time PCR phát hiện tác nhân tiêu chảy. Kết quả Salmonella. Giải trình tự

S. enteritica

Page 31: Vai trò của xét nghiệm vi sinh lâm sàng · Có thể có mẫuthuẩn nếubệnhphẩmlà loạibệnhphẩm có tạpnhiễmnhưđàm, phân, quệtâm đạo, quệthọng,

real-time PCR phát hiện tác nhân gây STDGIẢI PHÁP TOÀN DIỆN

Mẫu thửQuệt SD, Ntiểu

Tách chiếtNA

Thực hiệnReal-time PCR

MPL1NGR, CHL

MPL2HSV, TP

HSV1HSV2T. pallidum

MPL2TV, CA, GV, GBS

T. vaginalisC. albicansG. vaginalisStreptococci G. B

MPL4MG, LGV, UU. UPM. genitaliumM. hominisU. urealyticumU. parvum

N. gonorrhoeaeC. trachomatis

Page 32: Vai trò của xét nghiệm vi sinh lâm sàng · Có thể có mẫuthuẩn nếubệnhphẩmlà loạibệnhphẩm có tạpnhiễmnhưđàm, phân, quệtâm đạo, quệthọng,

TÁC NHÂN STDKẾT QUẢ TRÊN 277 MẪU XÉT NGHIỆM

50.54

2.89

8.66

18.05

7.94

27.08

3.251.08

7.94

4.332.89

1.080

10

20

30

40

50

60

POS MGE UU UP CA GV HSV1 HSV2 CHL NG GBS MH

51.09

32.12

10.95

5.11

0.72

1 tác nhân

2 tác nhân

3 tác nhân

4 tác nhân

5 tác nhân

MGE M. genilatumUU U. urealyticumUP U. parvumGV G. vaginalisMH M. hominisCHL C. trachomatisNG N. gonorrhoeaeCA C. albicansGBS Group B strepHSV1 Herpes simplex 1HSV1 Herpes simplex 2POS Positive [+]

Page 33: Vai trò của xét nghiệm vi sinh lâm sàng · Có thể có mẫuthuẩn nếubệnhphẩmlà loạibệnhphẩm có tạpnhiễmnhưđàm, phân, quệtâm đạo, quệthọng,

CAS ĐẶC BIỆTTrường hợploét họng do lậu

Bệnh nhân nữ làm xét nghiệm vết loéthọng lâu lành. Xét nghiệm tìm GAS

(Group A streptococci) là [-]. Làm xétnghiệm STD kết quả [+]

N. gonorrhoeae. Nuôi cấy cũng tìmđược N. gonorrhoeae

Thời đại 4.0 nên hành vi SEX cũng thay đổi, bệnh lý cũng thay đổi đến bất ngờ

Page 34: Vai trò của xét nghiệm vi sinh lâm sàng · Có thể có mẫuthuẩn nếubệnhphẩmlà loạibệnhphẩm có tạpnhiễmnhưđàm, phân, quệtâm đạo, quệthọng,

Rubella virusMeasles virusZika virus

Varicella-ZosterCMVEBVHHV6

Parvovirus B19AdenovirusT. PallidumT. gondii

Page 35: Vai trò của xét nghiệm vi sinh lâm sàng · Có thể có mẫuthuẩn nếubệnhphẩmlà loạibệnhphẩm có tạpnhiễmnhưđàm, phân, quệtâm đạo, quệthọng,

real-time PCR phát hiện TORCHGIẢI PHÁP GIẢI QUYẾT MỐI LO CHO SẢN PHỤ

Mẫu thửMÁU, ỐI, QUỆT

Tách chiếtNA

Thực hiệnReal-time PCR

MPL1RUB, MEA, ZIKA

MPL2VZV, CMV, EBV, HHV6

Varicella-ZosterCMVEBVHHV6

MPL3B19, TP, Tgon, Adeno

Parvovirus B19AdenovirusT. PallidumT. gondii

Rubella virusMeasles virusZika virus

Page 36: Vai trò của xét nghiệm vi sinh lâm sàng · Có thể có mẫuthuẩn nếubệnhphẩmlà loạibệnhphẩm có tạpnhiễmnhưđàm, phân, quệtâm đạo, quệthọng,

CAS ĐẶC BIỆTSong thai IVF có một thai T. pallidum [+]

Một cặp vợ chồng làm IVF và được song thai. Một hôm vợ thấy mẫn đỏ ở da giốngphát ban. Lo sợ nên đến khám tại nơi làmIVF. BS cho chọc ối để làm real-time PCR phát hiện Rubella. Do phòng xét nghiệm

Nam Khoa có bộ TORCH real-time PCR nên đã làm tất cả các tác nhân TORCH.

Kết quả không ngờ là thai 1 bên trái chokết quả bình thường, nhưng thai 2 bên

phải lại [+] T. pallidum với nồng độ cao(Ct#28) và làm xét nghiệm 2 lần đều cho

kết quả như nhau. BS cho làm xétnghiệm huyết thanh học tìm kháng thể

đặc hiệu giang mai trên 2 vợ chồng đềucho kết quả [+]

Page 37: Vai trò của xét nghiệm vi sinh lâm sàng · Có thể có mẫuthuẩn nếubệnhphẩmlà loạibệnhphẩm có tạpnhiễmnhưđàm, phân, quệtâm đạo, quệthọng,

real-time PCR phát hiện và định type HPVGIẢI PHÁP TIÊN TIẾN KHÔNG KHÁC ÂU MỸ

Mẫu thửQuệt CTC, SD

Tách chiếtNA

Thực hiệnReal-time PCR

MPLgenotype20 genotype

6, 11, 16, 18,26, 31, 33, 35, 39, 42, 43, 44, 45, 51, 52, 55, 56, 58, 66, 68

MPLdetection16, 18, 6, 11, HR, LR

Phát hiện HPV (16, 18, 6, 11, low risk thêm 3, high risk thêm 13)

Real-time PCR dùng mồi và taqmanprobe có độ nhạy và độ đặc hiệu cao

Page 38: Vai trò của xét nghiệm vi sinh lâm sàng · Có thể có mẫuthuẩn nếubệnhphẩmlà loạibệnhphẩm có tạpnhiễmnhưđàm, phân, quệtâm đạo, quệthọng,

Qui trình xét nghiệm H. pyloriQUI TRÌNH VI SINH + SHPT

NKPylori testNKHPcarrier

Cấy phân lập vào MT chuyên dụng cho HP

(NKHPAgar)Ủ 37oC/vi hiếu khí/4 ngày

Có VK mọc

Định danhKSĐ

Không VK mọc

KQ cấy [-]

KQ cấy [+]KQ KSĐsau 4 ngày

Xét nghiệm SHPT• Phát hiện HP (cagA/vacA)• Kiểu gen CYP2C19• Phát hiện ClaR, LevoR

Kết quả sau 24 giờ

CUNG CẤP GIẢI PHÁP TOÀN DIỆN CHO MỘT BỆNH LÝ THƯỜNG GẶP

Page 39: Vai trò của xét nghiệm vi sinh lâm sàng · Có thể có mẫuthuẩn nếubệnhphẩmlà loạibệnhphẩm có tạpnhiễmnhưđàm, phân, quệtâm đạo, quệthọng,

Real-time PCR trong vi sinh lâm sàngGIẢI PHÁP KHÔNG THỂ THIẾU ĐƯỢC CHO NHIỀU BỆNH LÝ

Chẩn đoán xác định tác nhân vi sinh trong: Dịch não tủy, máu, nhiễm trùng mắt, nấm móng…

Chẩn đoán xác định nhiễm lao, NTM Giúp chỉ định theo dõi điều trị HBV, HCV Nhanh chóng phát hiện các tác nhân gây dich mới nổi

tại phòng xét nghiệm lâm sàng (không ATSH CIII) nhưZika, cúm, SXH, Liên cầu lợn…

Page 40: Vai trò của xét nghiệm vi sinh lâm sàng · Có thể có mẫuthuẩn nếubệnhphẩmlà loạibệnhphẩm có tạpnhiễmnhưđàm, phân, quệtâm đạo, quệthọng,

Kết quả real-time PCRGIÚP CHỌN KHÁNG SINH ĐIỀU TRỊ?

S. pneumoniae: kháng macrolide, cephalo 2nd, Co-tromoxazol,Tetracycline. Nhạy tốt với Amox/clav, Cephalo 3rd, FQ… H. influenzae, M. catarrhalis: Kháng Ampi Amox; nhưng còn nhạy

cao Amox/clav, Cephalo 2nd, Macrolide thề hệ mới.. E. coli, K. pneumoniae do ESBL nên ưu tiên carbapenem nhóm 1 S. aureus có tỷ lệ cao MRSA nên không dùng kháng sinh beta-lactam P. aeruginosa thì ưu tiên các cephalo 3rd hay FQ hướng

Pseudomonas A. baumannii do XDR nên dùng các phối hợp carbapnem nhóm 2 +

Colistin hay sulbactam

Page 41: Vai trò của xét nghiệm vi sinh lâm sàng · Có thể có mẫuthuẩn nếubệnhphẩmlà loạibệnhphẩm có tạpnhiễmnhưđàm, phân, quệtâm đạo, quệthọng,

Bệnh phẩm dễ lưu trữ và vận chuyểno Có thể lưu ở tủ mát không quá 24 giờo Nếu giữ -18 đến -20oC thì lâu hơn o Rất thuận lợi để chuyển từ xa

Qui trình xét nghiệm dễ chuẩn hóa Kết quả trong ngày nếu nhận buổi sáng Giúp sớm điều chỉnh KS bước đầu mà không cần phải

dùng liệu pháp kinh nghiệm

Real-time PCR trong vi sinh lâm sàngTHUẬN LỢI HƠN VI SINH TRUYỀN THỐNG

Page 42: Vai trò của xét nghiệm vi sinh lâm sàng · Có thể có mẫuthuẩn nếubệnhphẩmlà loạibệnhphẩm có tạpnhiễmnhưđàm, phân, quệtâm đạo, quệthọng,

KẾT LUẬN Vi sinh truyền thống (KSTT, cấy, huyết thanh..) vẫn là xét

nghiệm rất cần thiết và hữu dụng lâm sàng Tuy nhiên vi sinh truyền thống có những hạn chế khó thể

khắc phục Các giải pháp như định danh – KSĐ tự động, cấy máu tự

động, định danh nhanh bằng MADI-TOF không giúp nhiềuvề chất lượng phòng xét nghiệm VSLS

Rất cần thiết phải áp dụng real-time PCR vì đây mới là giảipháp giúp phòng VSLS nâng cao hẳn về chất lượng

KSTT là y tế quận phường – nuôi cấy là y tế tỉnh thành– vi sinh hiện đại là y tế trung ương và quốc tế