R本体とパッケージのインストール Macintosh - 2015.04.03版 1 R本体とパッケージのインストール Macintosh版 東京大学・大学院農学生命科学研究科

2015.04.03版 1

R本体とパッケージのインストール Macintosh版

東京大学・大学院農学生命科学研究科 アグリバイオインフォマティクス教育研究プログラム

門田幸二（かどた こうじ） [email protected]

http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/

R本体は最新のリリース版、 Rパッケージは「必要最小 限プラスアルファ」の推奨イ ンストール手順を示します。

R本体のインストール

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R本体は最新版（リリース版） のインストールが基本です。

R本体のインストール

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右下のページで、下のほうに 移動すると*.pkgがみられます。

②

R本体のインストール

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R-3.X.Y-marvericks.pkgをクリック

R本体のインストール

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「ダウンロード」フォルダ中 にあるインストーラを実行

②

①

②

R本体のインストール

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基本は、言われるがま まに「続ける」を押す。

R本体のインストール

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基本は、言われるがま まに「続ける」を押す。

R本体のインストール

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「同意する」を押す。

R本体のインストール

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「インストール」を押す。

R本体のインストール

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「インストール」を押す。

①

②

R本体のインストール

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これでR本体のイン ストールは完了です

PC環境設定

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ファイルの拡張子を 明示させる作業です

PC環境設定

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「すべてのファイル名拡 張子を表示」にチェック が入っていることを確認。

①

②

Rの起動

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「アプリケーション」 - 「R.app」を起動

Rの起動

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起動直後の状態です

Rの終了

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通常のソフトウェアと同様、左上 の赤丸ボタンを押せばよい。

Rの終了

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「ワークスペースのイメージファイルを保存し ますか?」というダイアログが出るが、最初の うちは「保存しない」でよい。（間違って「保 存」を押してしまっても.Rapp.historyというドッ トから始まる隠しファイルが作成されるだけ なので特に問題はない。ユーザ名kadotaの 環境では、/Users/kadota/.Rapp.historyにイ メージファイルが自動作成される。尚、隠し ファイルは通常は表示されない。

Rパッケージのインストール

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「必要最小限プラスアルファ」の 推奨インストール手順を示します。

Rパッケージのインストール1

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R本体を起動

Rパッケージのインストール2

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CRANから提供されているパッ ケージのインストールを行いま す。枠内のコードを全選択し、 右クリックでコピーしたところ。

Rパッケージのインストール2

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Rコンソール画面上でペースト

Rパッケージのインストール2

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ペースト直後の状態。 「リターンキー」を押す。

Rパッケージのインストール2

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①

②

どこからダウンロードするかを聞 かれているので、①近いところを 指定して、②OKボタンを押す。

Rパッケージのインストール2

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パッケージのインストール がスタートします。東大有 線LAN環境では、数分程度 で起動直後と同じコマンド 入力待ち状態(>)になります。

Rパッケージのインストール3

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Bioconductorから提供されてい るパッケージのインストールを 行います。約2時間かかります。 コンピュータがスリープ状態に ならないようにしておきましょう。

Rパッケージのインストール3

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枠内を全選択し、右クリック でコピーしたところ。

Rパッケージのインストール3

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Rコンソール画面で ペースト直後の状態。 「リターンキー」を押す。

Rパッケージのインストール3

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インストール途中経過の状態 （左上）と終了後の状態（右 下）

Rパッケージのインストール4

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Bioconductorから提供されて いるパッケージのうち、一つ 一つのサイズが大きいゲノム 配列パッケージ群のインス トールを行います。R本体は、 一旦終了して再起動してもい いし、前のスライドの続きから やってもよい。約1時間。

Rパッケージのインストール4

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インストール途中経過（左上） と、終了後の状態（右下）。

パッケージインストール確認

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パッケージが正しくインストー ルされているかを確認します。 まず、Biostringsというパッ ケージの読み込みができるか どうかを調べるべく、 「library(Biostrings)」と打って リターンキーを押す。

パッケージインストール確認

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こんな感じでエラーメッセージ が出ていなければOK。

パッケージインストール確認

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カーソルが黒矢印部分にある ことを確認。キーボードの上矢 印キーを1回押すと、直前に打 ち込んだコマンドが表示される。 もう一度リターンキーを押して 実行すると、何のメッセージも 表示されなくなる。これもエラー が出ていないのでOK。

パッケージインストール確認

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カーソルの位置に注意して、 キーボードの上矢印キーを1 回押して直前に打ち込んだコ マンドを利用するなどして、次 のShortReadパッケージの確 認を行う。

パッケージインストール確認

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ShortReadパッケージの読み 込みも、エラーメッセージが出 ていないことからうまくいって いることがわかる。

パッケージインストール確認

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スペルミスに注意

パッケージインストール確認

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最後にTCCパッケージの インストール確認。これは うまくいった場合の成功例。

エラー遭遇例と対処法

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これはTCCパッケージが要求 している「RcppArmadilloパッ ケージがないからだめ!」と文 句を言われている例です。

エラー遭遇例と対処法

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基本的な対処法は、文句を言 われたパッケージのみ、個別 にインストールすることです。

エラー遭遇例と対処法

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ここでの目的は、RcppArmadillo パッケージの個別インストール。① 既存のR;コードをテンプレートとし て利用すべくコピー。②任意のテキ ストエディタにペーストして、パッ ケージ名部分のみ変更します。

①

②

エラー遭遇例と対処法

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ここではMac付属の「テキストエディッ ト」にペーストして、パッケージ名部分 のみ変更します。二重クォーテーショ ン(“”)部分が勝手に変更されます。こ れが原因でエラーが出ることはわ かっていますが、とりあえずRコンソー ル画面上でペーストしてリターン。

エラー遭遇例と対処法

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正しい二重クォーテーションに手動 で変更したのち、再度コピペ。

エラー遭遇例と対処法

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今度はエラーメッセージを吐かずに インストールがうまくいっている。

エラー遭遇例と対処法

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もう一度「library(TCC)」と打ち 込んで確認。さきほどこけた RcppArmadilloのところでつまづ くことなくTCCパッケージのロー ドに成功していることがわかる。

エディ