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R本体とパッケージのインストール Macintosh - 2015.04.03版 1 R本体とパッケージのインストール Macintosh版 東京大学・大学院農学生命科学研究科

Apr 01, 2020

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  • 2015.04.03版 1

    R本体とパッケージのインストール Macintosh版

    東京大学・大学院農学生命科学研究科 アグリバイオインフォマティクス教育研究プログラム

    門田幸二(かどた こうじ) [email protected]

    http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/

    R本体は最新のリリース版、 Rパッケージは「必要最小 限プラスアルファ」の推奨イ ンストール手順を示します。

  • R本体のインストール

    22015.04.03版

    R本体は最新版(リリース版) のインストールが基本です。

  • R本体のインストール

    32015.04.03版

    右下のページで、下のほうに 移動すると*.pkgがみられます。

  • R本体のインストール

    42015.04.03版

    R-3.X.Y-marvericks.pkgをクリック

  • R本体のインストール

    52015.04.03版

    「ダウンロード」フォルダ中 にあるインストーラを実行

  • R本体のインストール

    62015.04.03版

    基本は、言われるがま まに「続ける」を押す。

  • R本体のインストール

    72015.04.03版

    基本は、言われるがま まに「続ける」を押す。

  • R本体のインストール

    82015.04.03版

    「同意する」を押す。

  • R本体のインストール

    92015.04.03版

    「インストール」を押す。

  • R本体のインストール

    102015.04.03版

    「インストール」を押す。

  • R本体のインストール

    112015.04.03版

    これでR本体のイン ストールは完了です

  • PC環境設定

    122015.04.03版

    ファイルの拡張子を 明示させる作業です

  • PC環境設定

    132015.04.03版

    「すべてのファイル名拡 張子を表示」にチェック が入っていることを確認。

  • Rの起動

    142015.04.03版

    「アプリケーション」 - 「R.app」を起動

  • Rの起動

    152015.04.03版

    起動直後の状態です

  • Rの終了

    162015.04.03版

    通常のソフトウェアと同様、左上 の赤丸ボタンを押せばよい。

  • Rの終了

    172015.04.03版

    「ワークスペースのイメージファイルを保存し ますか?」というダイアログが出るが、最初の うちは「保存しない」でよい。(間違って「保 存」を押してしまっても.Rapp.historyというドッ トから始まる隠しファイルが作成されるだけ なので特に問題はない。ユーザ名kadotaの 環境では、/Users/kadota/.Rapp.historyにイ メージファイルが自動作成される。尚、隠し ファイルは通常は表示されない。

  • Rパッケージのインストール

    182015.04.03版

    「必要最小限プラスアルファ」の 推奨インストール手順を示します。

  • Rパッケージのインストール1

    192015.04.03版

    R本体を起動

  • Rパッケージのインストール2

    202015.04.03版

    CRANから提供されているパッ ケージのインストールを行いま す。枠内のコードを全選択し、 右クリックでコピーしたところ。

  • Rパッケージのインストール2

    212015.04.03版

    Rコンソール画面上でペースト

  • Rパッケージのインストール2

    222015.04.03版

    ペースト直後の状態。 「リターンキー」を押す。

  • Rパッケージのインストール2

    232015.04.03版

    どこからダウンロードするかを聞 かれているので、①近いところを 指定して、②OKボタンを押す。

  • Rパッケージのインストール2

    242015.04.03版

    パッケージのインストール がスタートします。東大有 線LAN環境では、数分程度 で起動直後と同じコマンド 入力待ち状態(>)になります。

  • Rパッケージのインストール3

    252015.04.03版

    Bioconductorから提供されてい るパッケージのインストールを 行います。約2時間かかります。 コンピュータがスリープ状態に ならないようにしておきましょう。

  • Rパッケージのインストール3

    262015.04.03版

    枠内を全選択し、右クリック でコピーしたところ。

  • Rパッケージのインストール3

    272015.04.03版

    Rコンソール画面で ペースト直後の状態。 「リターンキー」を押す。

  • Rパッケージのインストール3

    282015.04.03版

    インストール途中経過の状態 (左上)と終了後の状態(右 下)

  • Rパッケージのインストール4

    292015.04.03版

    Bioconductorから提供されて いるパッケージのうち、一つ 一つのサイズが大きいゲノム 配列パッケージ群のインス トールを行います。R本体は、 一旦終了して再起動してもい いし、前のスライドの続きから やってもよい。約1時間。

  • Rパッケージのインストール4

    302015.04.03版

    インストール途中経過(左上) と、終了後の状態(右下)。

  • パッケージインストール確認

    312015.04.03版

    パッケージが正しくインストー ルされているかを確認します。 まず、Biostringsというパッ ケージの読み込みができるか どうかを調べるべく、 「library(Biostrings)」と打って リターンキーを押す。

  • パッケージインストール確認

    322015.04.03版

    こんな感じでエラーメッセージ が出ていなければOK。

  • パッケージインストール確認

    332015.04.03版

    カーソルが黒矢印部分にある ことを確認。キーボードの上矢 印キーを1回押すと、直前に打 ち込んだコマンドが表示される。 もう一度リターンキーを押して 実行すると、何のメッセージも 表示されなくなる。これもエラー が出ていないのでOK。

  • パッケージインストール確認

    342015.04.03版

    カーソルの位置に注意して、 キーボードの上矢印キーを1 回押して直前に打ち込んだコ マンドを利用するなどして、次 のShortReadパッケージの確 認を行う。

  • パッケージインストール確認

    352015.04.03版

    ShortReadパッケージの読み 込みも、エラーメッセージが出 ていないことからうまくいって いることがわかる。

  • パッケージインストール確認

    362015.04.03版

    スペルミスに注意

  • パッケージインストール確認

    372015.04.03版

    最後にTCCパッケージの インストール確認。これは うまくいった場合の成功例。

  • エラー遭遇例と対処法

    382015.04.03版

    これはTCCパッケージが要求 している「RcppArmadilloパッ ケージがないからだめ!」と文 句を言われている例です。

  • エラー遭遇例と対処法

    392015.04.03版

    基本的な対処法は、文句を言 われたパッケージのみ、個別 にインストールすることです。

  • エラー遭遇例と対処法

    402015.04.03版

    ここでの目的は、RcppArmadillo パッケージの個別インストール。① 既存のR;コードをテンプレートとし て利用すべくコピー。②任意のテキ ストエディタにペーストして、パッ ケージ名部分のみ変更します。

  • エラー遭遇例と対処法

    412015.04.03版

    ここではMac付属の「テキストエディッ ト」にペーストして、パッケージ名部分 のみ変更します。二重クォーテーショ ン(“”)部分が勝手に変更されます。こ れが原因でエラーが出ることはわ かっていますが、とりあえずRコンソー ル画面上でペーストしてリターン。

  • エラー遭遇例と対処法

    422015.04.03版

    正しい二重クォーテーションに手動 で変更したのち、再度コピペ。

  • エラー遭遇例と対処法

    432015.04.03版

    今度はエラーメッセージを吐かずに インストールがうまくいっている。

  • エラー遭遇例と対処法

    442015.04.03版

    もう一度「library(TCC)」と打ち 込んで確認。さきほどこけた RcppArmadilloのところでつまづ くことなくTCCパッケージのロー ドに成功していることがわかる。

  • エディ

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