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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA osef Riedl 06 / 2004 — http://josef.riedl.org Junk DNA Junk DNA Nicht-proteinogene DNA Nicht-proteinogene DNA
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Junk DNA Nicht-proteinogene DNA Josef Riedl 06 / 2004 Junk DNA Nicht-proteinogene DNA.

Apr 05, 2015

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

Josef Riedl 06 / 2004 — http://josef.riedl.org

Junk DNAJunk DNA——

Nicht-proteinogene Nicht-proteinogene DNADNA

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

Josef Riedl 06 / 2004 — http://josef.riedl.org

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

Josef Riedl 06 / 2004 — http://josef.riedl.org

gilt für 2% der menschlichen DNA

Rest — ?

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

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EinführungEinführung

Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

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EinführungEinführung

Codierende DNA:

Mensch 2%Mais 1%

A. thaliana 70%

Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

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EinführungEinführung

Rest:

Junk DNAUnnötige DNADNA ohne erkennbare BedeutungNicht-proteincodierende DNA

ENCODE; RNome; Transkriptionseinheit

Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

Josef Riedl 06 / 2004 — http://josef.riedl.org

FragestellungFragestellung

Ist Junk-DNA überflüssig?

Woher kommt Junk-DNA?

Was beinhaltet Junk-DNA?

Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

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FragestellungFragestellung

Indizien:

• Fehlende Korrelation:

DNA-MengeEntwicklungsstufeZahl der Gene

• Ungewollte Anhäufung

Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

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FragestellungFragestellung

Mechanismen:

• Genduplikation• Stillegung von Genkopien• Transposons• Retroviren

• Mangelnde Selektion

Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

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FragestellungFragestellung

Neue Überlegung:

• 98% überflüssig?

• Regulatoren und andere Elemente jenseits der Genebene?

• Komplexität / Genanzahl?

Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

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ErklärungsansätzeErklärungsansätze

• „Schätze in Junk-DNA“

• Neue Erkenntnisse (und Spekulation) in verschiedenen Richtungen

• Keine allgemeine Methode

Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

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Aktive RNAAktive RNA

Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

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Aktive RNAAktive RNA

Ribozyme

- katalytisch aktiv- analoge Erkennung

(wie Proteine)

Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

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Aktive RNAAktive RNAEinführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

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Aktive RNAAktive RNAEinführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

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Aktive RNAAktive RNA

Antisense-RNA

- regulatorisch aktiv- digitale Erkennung

(Komplementärsequenz)

- wirkt allein, simpler Mechanismus

Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

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Aktive RNAAktive RNAEinführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen Blockierung der mRNA

durch Hybridisierung— Antisense-RNA

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Aktive RNAAktive RNA

Mikro-RNA und RNAi

- regulatorisch aktiv- digitale Erkennung

(Komplementärsequenz)

- komplexe Maschinerie

Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

Josef Riedl 06 / 2004 — http://josef.riedl.org

Aktive RNAAktive RNAEinführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen mikroRNA-Sequenzen im

Intron(oder anderswo); hairpin nach der Transkription

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

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Aktive RNAAktive RNAEinführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen Freisetzen durch Splicing

Spaltung durch Dicer:aktive Fragmente (RNAi)

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Aktive RNAAktive RNAEinführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen Erkennen der mRNA:

HybridisierungAbbau durch Enzymkomplex — Andere Funktionen?

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Aktive RNAAktive RNA

Riboswitches

- regulatorisch und katalytisch aktiv

- analoge Erkennung(niedermolekulare Substanzen)

Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

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Aktive RNAAktive RNAEinführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen RNA beinhaltet:

- Riboswitch-Abschnitt- proteincodierenden Abschnitt

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Aktive RNAAktive RNAEinführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen RNA-Struktur verhindert

Ablesen

Aufhebung durch Signalstoffe

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Aktive RNA: Aktive RNA: BewertungBewertungBewertung- Schätzung Maus:

70000 Einheiten vs. 30000 Gene

- Pseudogene

Erforschung- Zufallsmutagenese (z.B. Maus)

Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

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VolumenfunktionVolumenfunktion

Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

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VolumenfunktionVolumenfunktion

Keine Korrelation:DNA-Menge – Genzahl

Korrelation:DNA-Menge – Kernvolumen DNA-Menge – Zellvolumen

(Th. Cavalier-Smith)

Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

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VolumenfunktionVolumenfunktion

Untersuchungsobjekt:

Cryptomonaden

Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

Page 29: Junk DNA Nicht-proteinogene DNA Josef Riedl 06 / 2004  Junk DNA Nicht-proteinogene DNA.

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

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VolumenfunktionVolumenfunktion

Biflagellat Rotalge

Endosymbiose

Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

Page 30: Junk DNA Nicht-proteinogene DNA Josef Riedl 06 / 2004  Junk DNA Nicht-proteinogene DNA.

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

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VolumenfunktionVolumenfunktion

Chimäre

Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

Cryptomonaden

Nucleus: reguliert Zellvolumen

Nucleomorph: abhängig

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VolumenfunktionVolumenfunktion

Unabhängige Entwicklung:

• Nucleus:DNA-Gehalt ~ ZellvolumenEvolutive Vergrösserung

• Nucleomorph:DNA-Gehalt unabhängigEvolutive Reduzierung

Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

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VolumenfunktionVolumenfunktion

Schlussfolgerung:

Selektion gegen und für DNA-Ansammlung ist möglich!

Für „Junk-DNA“ muss es einen evolutiven Grund geben!

Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

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VolumenfunktionVolumenfunktion

Erklärung:

Größere Zelle => mehr ProteineMehr Proteine => mehrAblesenMehr Ablesen => mehr EnzymeMehr Enzyme => mehr PlatzbedarfMehr Platzbedarf => Volumenschaffende sekundäre

DNA

Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

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Volumenfunktion: Volumenfunktion: BewertungBewertung

Wichtigste Erkenntnis:Selektion gegen/für Junk-DNA

Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

Page 35: Junk DNA Nicht-proteinogene DNA Josef Riedl 06 / 2004  Junk DNA Nicht-proteinogene DNA.

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

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TransposonsTransposons

Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

Page 36: Junk DNA Nicht-proteinogene DNA Josef Riedl 06 / 2004  Junk DNA Nicht-proteinogene DNA.

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

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TransposonsTransposons

• „springende“ Genelemente

• Mechanismus: Transposase

• teilweise ± stillgelegt

Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

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TransposonsTransposons

• erzeugen „Narben“ beim Ausschneiden

• erzeugen teilweise Kopien

• können Gene durch Disruption zerstören

Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

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TransposonsTransposons

Transposons und Junk-DNA:

Direkt:Transposons erzeugen wertlose

Bereiche durch Disruption und Selbstvervielfältigung

Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

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TransposonsTransposons

Transposons und Junk-DNA:

Indirekt:Transposonaktivität macht

Mehrfachkopien von Genen notwendig und sinnvoll

Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

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Transposons: Transposons: BewertungBewertung• eindeutig nachgewiesen

• fehlende Selektion—?

Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

Page 41: Junk DNA Nicht-proteinogene DNA Josef Riedl 06 / 2004  Junk DNA Nicht-proteinogene DNA.

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

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Long-Range EnhancerLong-Range Enhancer

Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

Page 42: Junk DNA Nicht-proteinogene DNA Josef Riedl 06 / 2004  Junk DNA Nicht-proteinogene DNA.

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

Josef Riedl 06 / 2004 — http://josef.riedl.org

Long-Range EnhancerLong-Range Enhancer

Experimenteller Ansatz:

Scanning Human Gene Deserts

Beispiel: DACH(u.a. Gehirnentwicklung)

Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

Page 43: Junk DNA Nicht-proteinogene DNA Josef Riedl 06 / 2004  Junk DNA Nicht-proteinogene DNA.

Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

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Long-Range EnhancerLong-Range EnhancerEinführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

DACH430 kb

1330 kb870 kb

wenige Regulations-elemente

Introns

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

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Long-Range EnhancerLong-Range Enhancer

Vergleich mit anderen Spezies:

1098 nicht-codierende Sequenzenkonserviert inMaus und Mensch

(Kriterium: > 100 bp, > 70%)

Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

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Long-Range EnhancerLong-Range Enhancer

Vergleich mit anderen Spezies:

32 nicht-codierende Sequenzenkonserviert inMaus, Mensch, Frosch, Zebrafisch, Fugu

entspricht 1 Mrd. Jahre Evolution

Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

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Long-Range EnhancerLong-Range Enhancer

Auswahl

9 konservierte Sequenzen(aus Introns und den beiden flankierenden „Genwüsten“)

Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

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Long-Range EnhancerLong-Range EnhancerTestverfahren: Enhancer?

Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

?

? -Galactosidase

Minimal-Promoter (aus Hsp68)

Expression in transgenen Mäusen

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

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Long-Range EnhancerLong-Range Enhancer

Ergebnis

7 konservierte Sequenzenwirken als Enhancer

Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

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Long-Range EnhancerLong-Range Enhancer

Ergebnis

7 konservierte Sequenzenwirken als Enhancer

Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

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Long-Range Long-Range Enhancer:Enhancer:BewertungBewertung• Nicht-codierende DNA ist

konserviert

• Regulationsbereichen von Genen deutlich größer als angenommen!

Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

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StrukturfunktionStrukturfunktion

Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

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Strukturfunktion Strukturfunktion

DNA in Chromosomen:

• Telomere

• Centromere

Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

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Strukturfunktion Strukturfunktion

DNA in Kernen:

• Euchromatin

• Heterochromatin

Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

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Strukturfunktion Strukturfunktion

DNA bei der Zellteilung:

• Chromosomenverteilung

Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

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Strukturfunktion:Strukturfunktion:BewertungBewertung

Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

• Sequenzabschnitte für Bindung und Erkennung durch Proteine?

• Ausmaß schwer einzuschätzen

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Andere offene Fragen Andere offene Fragen Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

• Epigenetische Ebene

• Einfluss der chromosomalen Struktur

Variationen zwischen Zellen!

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

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Andere offene Fragen Andere offene Fragen Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

Spekulationen:z.B. Unterschied Affe / Mensch?

• 98% der Gene (!) identisch

• Rolle der Junk-DNA...?

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

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Andere offene Fragen Andere offene Fragen Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

Aber:

• 98% des Genoms identisch

• Gene bereits identifiziert

Junk-DNA ist nicht Lösung aller Probleme!

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Schlussbetrachtung Schlussbetrachtung Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

Keine eindeutige Antwort

... aber:Neue Sichtweise über Gene

hinaus!

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TranslationRNAi Riboswitches

Antisense

RibozymeVolumenfunktion

Struktur

ModifikationEnhancer

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Junk DNA — Nicht-proteinogene DNA

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EndeEnde

Vielen Dank für Ihre Aufmerksamkeit!

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Referenzen (Auswahl)Referenzen (Auswahl)Einführung

Fragestellung

Erklärungsansätze

Aktive RNA:RibozymeDigitale ErkennungRiboswitchesVolumenfunktion

Transposons

LR-Enhancer

StrukturfunktionAndere offene FragenSchlussbetrachtungReferenzen

• Allgemein: Preziosen im DNA-Schrott, Spektrum der Wissenschaft 02/2004, 68

• RNA: An Expanding Universe of Noncoding RNAs, Science 296 (2002), 1260

• Volumenfunktion: Eukaryotic non-coding DNA is functional (...), Proc. R. Soc. Lond. B. 266, 2053

• LR-Enhancer: Scanning Human Gene Deserts (...), Science 302 (2003), 413

• http://josef.riedl.org/junk-dna.pdf